# TARGET T0351 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment /projects/compbio/experiments/protein-predict/casp7/T0351/T0351.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.108 0.019 0.152 0.184 0.001 0.056 0.004 0.002 0.006 0.006 0.037 0.074 0.326 0.001 0.003 0.022 2 I 0.025 0.037 0.109 0.132 0.003 0.168 0.003 0.001 0.001 0.002 0.076 0.092 0.343 0.001 0.001 0.007 3 L 0.003 0.026 0.017 0.091 0.002 0.165 0.001 0.002 0.001 0.001 0.146 0.094 0.450 0.001 0.001 0.001 4 Y 0.001 0.032 0.010 0.042 0.001 0.051 0.002 0.001 0.001 0.001 0.037 0.188 0.633 0.001 0.001 0.001 5 D 0.001 0.016 0.003 0.056 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.039 0.842 0.001 0.001 0.002 6 A 0.001 0.004 0.010 0.034 0.001 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.030 0.892 0.001 0.001 0.005 7 I 0.001 0.012 0.020 0.040 0.001 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 0.894 0.001 0.002 0.002 8 M 0.001 0.016 0.023 0.150 0.002 0.011 0.008 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 0.738 0.018 0.005 0.016 9 Y 0.005 0.012 0.058 0.167 0.012 0.034 0.032 0.003 0.001 0.001 0.008 0.005 0.576 0.024 0.027 0.036 10 K 0.011 0.089 0.214 0.230 0.006 0.008 0.018 0.009 0.004 0.002 0.008 0.005 0.159 0.022 0.031 0.183 11 Y 0.049 0.024 0.112 0.190 0.067 0.222 0.102 0.004 0.005 0.007 0.006 0.013 0.121 0.026 0.009 0.041 12 P 0.036 0.196 0.155 0.124 0.012 0.096 0.019 0.089 0.003 0.004 0.137 0.010 0.070 0.007 0.023 0.019 13 N 0.018 0.186 0.031 0.167 0.006 0.187 0.007 0.021 0.058 0.021 0.070 0.149 0.034 0.004 0.008 0.033 14 A 0.104 0.103 0.202 0.192 0.007 0.029 0.013 0.010 0.015 0.005 0.139 0.066 0.080 0.003 0.008 0.024 15 V 0.036 0.082 0.264 0.153 0.017 0.166 0.026 0.008 0.006 0.005 0.021 0.127 0.061 0.007 0.007 0.015 16 S 0.017 0.043 0.103 0.123 0.020 0.254 0.015 0.040 0.004 0.005 0.172 0.031 0.140 0.004 0.015 0.013 17 R 0.011 0.256 0.056 0.128 0.016 0.094 0.015 0.017 0.028 0.008 0.130 0.108 0.074 0.014 0.011 0.033 18 K 0.087 0.101 0.125 0.190 0.006 0.071 0.033 0.024 0.023 0.007 0.047 0.095 0.112 0.011 0.037 0.030 19 D 0.025 0.182 0.491 0.143 0.001 0.012 0.006 0.004 0.015 0.002 0.004 0.016 0.038 0.001 0.013 0.050 20 F 0.044 0.009 0.354 0.533 0.001 0.006 0.001 0.001 0.003 0.001 0.009 0.002 0.014 0.001 0.001 0.022 21 E 0.017 0.006 0.395 0.559 0.004 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 22 L 0.001 0.007 0.021 0.771 0.088 0.095 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 23 R 0.001 0.070 0.009 0.436 0.175 0.228 0.003 0.041 0.002 0.001 0.019 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 24 N 0.001 0.025 0.004 0.041 0.703 0.043 0.044 0.022 0.013 0.017 0.045 0.009 0.004 0.026 0.001 0.002 25 D 0.010 0.055 0.016 0.019 0.034 0.034 0.009 0.525 0.011 0.009 0.045 0.037 0.008 0.004 0.181 0.002 26 G 0.009 0.026 0.018 0.009 0.043 0.018 0.076 0.033 0.158 0.188 0.108 0.035 0.017 0.081 0.021 0.159 27 N 0.278 0.107 0.036 0.032 0.001 0.009 0.004 0.094 0.027 0.006 0.020 0.063 0.014 0.001 0.284 0.023 28 G 0.091 0.036 0.355 0.061 0.001 0.012 0.002 0.001 0.142 0.031 0.004 0.013 0.012 0.001 0.002 0.238 29 S 0.541 0.022 0.228 0.134 0.001 0.044 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 0.008 0.001 0.001 0.002 30 Y 0.005 0.061 0.288 0.420 0.002 0.150 0.001 0.004 0.001 0.001 0.048 0.008 0.012 0.001 0.001 0.001 31 I 0.002 0.034 0.038 0.597 0.013 0.194 0.002 0.002 0.001 0.001 0.041 0.041 0.033 0.001 0.001 0.001 32 E 0.003 0.140 0.052 0.505 0.009 0.060 0.003 0.011 0.002 0.001 0.046 0.056 0.106 0.001 0.002 0.003 33 K 0.006 0.034 0.059 0.610 0.023 0.055 0.010 0.015 0.009 0.002 0.029 0.018 0.092 0.014 0.004 0.020 34 W 0.018 0.060 0.318 0.361 0.008 0.039 0.013 0.019 0.004 0.003 0.013 0.013 0.087 0.003 0.024 0.018 35 N 0.019 0.051 0.131 0.411 0.019 0.144 0.018 0.010 0.012 0.015 0.020 0.015 0.073 0.008 0.004 0.049 36 L 0.067 0.073 0.083 0.330 0.022 0.171 0.017 0.018 0.005 0.004 0.091 0.019 0.073 0.007 0.006 0.013 37 R 0.012 0.345 0.120 0.327 0.008 0.024 0.014 0.010 0.010 0.004 0.020 0.045 0.026 0.007 0.007 0.019 38 A 0.030 0.038 0.177 0.498 0.011 0.094 0.019 0.008 0.010 0.005 0.013 0.018 0.043 0.003 0.011 0.022 39 P 0.034 0.131 0.359 0.317 0.005 0.032 0.010 0.008 0.005 0.005 0.030 0.010 0.023 0.001 0.003 0.027 40 L 0.051 0.070 0.093 0.490 0.009 0.191 0.005 0.003 0.008 0.006 0.017 0.028 0.019 0.001 0.002 0.009 41 P 0.023 0.104 0.176 0.420 0.005 0.079 0.002 0.013 0.002 0.006 0.096 0.030 0.039 0.001 0.002 0.004 42 T 0.001 0.005 0.001 0.005 0.001 0.892 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.058 0.022 0.001 0.001 0.001 43 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.925 0.015 0.050 0.001 0.001 0.001 44 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.906 0.083 0.001 0.001 0.001 45 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.989 0.001 0.001 0.001 46 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.993 0.001 0.001 0.001 47 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.994 0.001 0.001 0.001 48 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.998 0.001 0.001 0.001 49 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 50 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 51 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 52 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.984 0.009 0.001 0.005 53 L 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.960 0.011 0.011 0.007 54 Q 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.906 0.031 0.007 0.024 55 K 0.010 0.013 0.047 0.007 0.001 0.001 0.032 0.003 0.001 0.001 0.003 0.002 0.435 0.125 0.069 0.251 56 N 0.017 0.028 0.298 0.025 0.001 0.007 0.073 0.001 0.002 0.001 0.003 0.004 0.257 0.018 0.085 0.180 57 P 0.053 0.026 0.306 0.024 0.005 0.147 0.109 0.003 0.001 0.003 0.023 0.007 0.227 0.013 0.013 0.040 58 P 0.052 0.246 0.049 0.078 0.003 0.063 0.012 0.023 0.005 0.003 0.312 0.053 0.062 0.012 0.010 0.017 59 Y 0.033 0.268 0.149 0.254 0.002 0.014 0.008 0.004 0.041 0.002 0.018 0.115 0.038 0.003 0.012 0.039 60 E 0.037 0.030 0.537 0.308 0.002 0.009 0.013 0.001 0.001 0.002 0.003 0.008 0.027 0.001 0.003 0.018 61 P 0.013 0.012 0.169 0.191 0.015 0.528 0.005 0.005 0.001 0.004 0.012 0.007 0.034 0.001 0.001 0.003 62 P 0.004 0.032 0.012 0.090 0.006 0.222 0.001 0.013 0.002 0.003 0.570 0.014 0.031 0.001 0.001 0.001 63 D 0.003 0.188 0.007 0.093 0.001 0.026 0.001 0.004 0.007 0.002 0.036 0.604 0.027 0.001 0.001 0.001 64 Q 0.012 0.012 0.059 0.128 0.003 0.077 0.003 0.003 0.005 0.002 0.116 0.077 0.491 0.002 0.002 0.010 65 V 0.003 0.023 0.138 0.053 0.001 0.031 0.002 0.002 0.001 0.001 0.073 0.076 0.593 0.001 0.002 0.002 66 E 0.002 0.016 0.012 0.117 0.001 0.047 0.002 0.001 0.001 0.001 0.027 0.061 0.705 0.002 0.001 0.004 67 L 0.002 0.009 0.012 0.096 0.001 0.033 0.003 0.001 0.001 0.001 0.018 0.026 0.792 0.001 0.002 0.003 68 L 0.001 0.015 0.010 0.032 0.001 0.053 0.002 0.001 0.001 0.001 0.010 0.032 0.834 0.002 0.002 0.006 69 A 0.002 0.003 0.006 0.018 0.001 0.025 0.004 0.001 0.001 0.001 0.061 0.011 0.846 0.011 0.004 0.006 70 Q 0.002 0.018 0.014 0.016 0.001 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.024 0.044 0.847 0.002 0.015 0.009 71 E 0.006 0.005 0.013 0.011 0.002 0.012 0.012 0.001 0.003 0.001 0.005 0.014 0.748 0.057 0.005 0.108 72 L 0.008 0.008 0.078 0.008 0.001 0.017 0.043 0.002 0.001 0.001 0.024 0.011 0.752 0.010 0.029 0.008 73 S 0.002 0.038 0.043 0.015 0.001 0.043 0.004 0.010 0.001 0.002 0.027 0.050 0.705 0.002 0.018 0.038 74 Q 0.018 0.010 0.012 0.020 0.001 0.027 0.002 0.001 0.003 0.002 0.107 0.045 0.713 0.004 0.003 0.033 75 E 0.011 0.015 0.038 0.009 0.001 0.016 0.004 0.001 0.001 0.001 0.031 0.106 0.756 0.003 0.004 0.005 76 K 0.001 0.006 0.019 0.014 0.001 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.030 0.031 0.878 0.001 0.002 0.003 77 L 0.001 0.003 0.005 0.010 0.001 0.029 0.002 0.001 0.001 0.001 0.014 0.049 0.881 0.001 0.001 0.004 78 A 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.020 0.940 0.001 0.001 0.001 79 R 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.012 0.026 0.944 0.002 0.001 0.002 80 K 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.011 0.967 0.001 0.004 0.003 81 Q 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.943 0.010 0.001 0.020 82 L 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 0.965 0.003 0.003 0.002 83 E 0.001 0.004 0.004 0.002 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.012 0.955 0.002 0.005 0.006 84 E 0.003 0.002 0.004 0.004 0.001 0.004 0.008 0.001 0.001 0.001 0.005 0.010 0.864 0.048 0.004 0.040 85 L 0.003 0.006 0.035 0.004 0.001 0.006 0.023 0.002 0.001 0.001 0.014 0.009 0.808 0.027 0.050 0.010 86 N 0.002 0.007 0.026 0.006 0.001 0.010 0.013 0.002 0.001 0.001 0.014 0.018 0.820 0.007 0.037 0.037 87 K 0.025 0.009 0.023 0.015 0.001 0.006 0.005 0.002 0.003 0.001 0.031 0.027 0.780 0.006 0.007 0.059 88 T 0.024 0.006 0.025 0.007 0.026 0.023 0.107 0.001 0.001 0.001 0.014 0.028 0.280 0.434 0.003 0.020 89 L 0.002 0.028 0.072 0.011 0.002 0.016 0.024 0.071 0.001 0.001 0.029 0.020 0.312 0.006 0.396 0.008 90 G 0.004 0.019 0.032 0.025 0.001 0.027 0.007 0.011 0.062 0.041 0.042 0.046 0.448 0.004 0.013 0.218 91 N 0.308 0.012 0.029 0.024 0.001 0.016 0.004 0.002 0.004 0.003 0.053 0.069 0.458 0.001 0.003 0.012 92 E 0.015 0.036 0.068 0.018 0.003 0.084 0.011 0.001 0.001 0.001 0.062 0.150 0.529 0.008 0.002 0.012 93 L 0.004 0.015 0.049 0.029 0.005 0.064 0.019 0.004 0.001 0.001 0.058 0.089 0.648 0.005 0.009 0.003 94 S 0.001 0.058 0.025 0.037 0.001 0.024 0.002 0.004 0.002 0.001 0.031 0.108 0.692 0.001 0.006 0.009 95 D 0.019 0.023 0.040 0.173 0.001 0.009 0.002 0.001 0.007 0.001 0.032 0.034 0.611 0.002 0.002 0.045 96 I 0.019 0.009 0.175 0.094 0.001 0.021 0.002 0.001 0.001 0.001 0.011 0.023 0.640 0.001 0.002 0.003 97 K 0.001 0.092 0.102 0.265 0.001 0.046 0.002 0.001 0.001 0.001 0.010 0.012 0.460 0.001 0.001 0.008 98 L 0.002 0.008 0.013 0.484 0.001 0.109 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.009 0.355 0.001 0.001 0.001 99 S 0.001 0.209 0.042 0.289 0.002 0.068 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.030 0.344 0.001 0.001 0.004 100 L 0.003 0.010 0.008 0.374 0.008 0.121 0.004 0.002 0.001 0.001 0.047 0.008 0.397 0.011 0.002 0.005 101 L 0.002 0.162 0.172 0.172 0.002 0.015 0.006 0.005 0.001 0.001 0.011 0.033 0.391 0.001 0.017 0.007 102 S 0.006 0.016 0.039 0.486 0.007 0.031 0.006 0.004 0.006 0.003 0.010 0.006 0.290 0.011 0.004 0.076 103 L 0.042 0.032 0.236 0.196 0.050 0.074 0.052 0.006 0.001 0.001 0.024 0.011 0.228 0.018 0.009 0.019 104 K 0.008 0.124 0.123 0.276 0.030 0.101 0.018 0.056 0.005 0.004 0.033 0.016 0.136 0.017 0.024 0.027 105 G 0.020 0.067 0.055 0.337 0.010 0.108 0.007 0.042 0.021 0.023 0.080 0.039 0.145 0.002 0.015 0.028 106 D 0.033 0.069 0.024 0.062 0.008 0.355 0.006 0.008 0.010 0.013 0.076 0.115 0.197 0.004 0.003 0.017 107 Y 0.013 0.022 0.026 0.030 0.009 0.092 0.012 0.012 0.002 0.001 0.393 0.120 0.247 0.010 0.006 0.005 108 A 0.003 0.088 0.040 0.047 0.002 0.022 0.006 0.017 0.004 0.002 0.043 0.391 0.299 0.005 0.023 0.008 109 E 0.009 0.010 0.026 0.051 0.003 0.028 0.012 0.005 0.011 0.004 0.019 0.039 0.688 0.015 0.014 0.069 110 L 0.017 0.009 0.130 0.028 0.005 0.023 0.032 0.004 0.002 0.001 0.058 0.027 0.613 0.013 0.015 0.022 111 E 0.012 0.032 0.088 0.040 0.014 0.033 0.045 0.015 0.003 0.002 0.035 0.059 0.500 0.062 0.022 0.037 112 H 0.017 0.028 0.070 0.068 0.020 0.041 0.057 0.025 0.009 0.005 0.032 0.034 0.410 0.066 0.058 0.060 113 H 0.018 0.052 0.113 0.055 0.011 0.041 0.048 0.028 0.014 0.008 0.044 0.031 0.340 0.029 0.070 0.097 114 H 0.059 0.054 0.117 0.063 0.009 0.063 0.037 0.025 0.018 0.012 0.061 0.059 0.286 0.017 0.038 0.082 115 H 0.078 0.075 0.141 0.076 0.013 0.068 0.028 0.017 0.016 0.010 0.083 0.085 0.228 0.016 0.019 0.048 116 H 0.041 0.061 0.138 0.068 0.051 0.090 0.084 0.015 0.009 0.006 0.072 0.089 0.173 0.053 0.019 0.031 117 H 0.020 0.085 0.162 0.096 0.024 0.059 0.047 0.071 0.009 0.005 0.072 0.072 0.154 0.019 0.076 0.028