# TARGET T0351 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0351.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.051 0.024 0.026 0.019 0.025 0.085 0.007 0.761 2 I 0.045 0.034 0.022 0.021 0.026 0.119 0.007 0.726 3 L 0.061 0.092 0.035 0.029 0.059 0.098 0.007 0.620 4 Y 0.031 0.110 0.027 0.023 0.064 0.105 0.005 0.635 5 D 0.025 0.248 0.011 0.016 0.028 0.136 0.005 0.532 6 A 0.050 0.688 0.007 0.009 0.019 0.043 0.005 0.179 7 I 0.017 0.893 0.004 0.007 0.010 0.009 0.004 0.056 8 M 0.012 0.932 0.005 0.006 0.010 0.004 0.004 0.028 9 Y 0.038 0.878 0.007 0.013 0.011 0.002 0.016 0.034 10 K 0.087 0.722 0.026 0.017 0.022 0.005 0.063 0.059 11 Y 0.136 0.326 0.069 0.076 0.084 0.020 0.032 0.256 12 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 13 N 0.025 0.023 0.018 0.034 0.059 0.138 0.013 0.690 14 A 0.586 0.019 0.015 0.006 0.008 0.034 0.017 0.315 15 V 0.210 0.058 0.042 0.037 0.038 0.147 0.012 0.455 16 S 0.055 0.020 0.018 0.020 0.028 0.086 0.007 0.768 17 R 0.098 0.040 0.033 0.031 0.070 0.143 0.012 0.573 18 K 0.088 0.042 0.024 0.042 0.054 0.232 0.025 0.494 19 D 0.102 0.047 0.044 0.094 0.116 0.178 0.025 0.393 20 F 0.087 0.035 0.040 0.211 0.262 0.074 0.009 0.281 21 E 0.031 0.011 0.038 0.312 0.445 0.063 0.004 0.096 22 L 0.017 0.008 0.031 0.362 0.370 0.038 0.003 0.172 23 R 0.011 0.008 0.034 0.441 0.410 0.022 0.002 0.073 24 N 0.008 0.008 0.020 0.244 0.381 0.047 0.003 0.289 25 D 0.024 0.008 0.020 0.095 0.245 0.115 0.010 0.485 26 G 0.041 0.007 0.008 0.026 0.032 0.334 0.024 0.530 27 N 0.099 0.006 0.009 0.022 0.017 0.335 0.069 0.443 28 G 0.124 0.025 0.067 0.074 0.043 0.154 0.068 0.445 29 S 0.188 0.002 0.028 0.039 0.115 0.457 0.007 0.163 30 Y 0.017 0.002 0.017 0.094 0.130 0.072 0.002 0.665 31 I 0.020 0.003 0.021 0.180 0.652 0.061 0.001 0.061 32 E 0.010 0.006 0.026 0.306 0.494 0.045 0.002 0.112 33 K 0.010 0.022 0.017 0.208 0.483 0.028 0.002 0.231 34 W 0.028 0.025 0.039 0.241 0.479 0.051 0.005 0.132 35 N 0.068 0.039 0.025 0.301 0.241 0.067 0.016 0.242 36 L 0.062 0.035 0.126 0.116 0.332 0.040 0.015 0.273 37 R 0.035 0.035 0.040 0.042 0.114 0.224 0.020 0.491 38 A 0.227 0.029 0.053 0.047 0.060 0.146 0.022 0.417 39 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.995 40 L 0.099 0.008 0.138 0.046 0.041 0.105 0.022 0.541 41 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.996 42 T 0.013 0.013 0.019 0.018 0.084 0.245 0.002 0.606 43 Q 0.040 0.015 0.013 0.002 0.018 0.038 0.002 0.872 44 A 0.026 0.021 0.003 0.001 0.003 0.222 0.001 0.724 45 E 0.011 0.010 0.001 0.001 0.001 0.942 0.001 0.035 46 L 0.033 0.940 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 47 E 0.002 0.965 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.028 48 T 0.009 0.934 0.002 0.001 0.001 0.004 0.003 0.047 49 W 0.030 0.935 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.029 50 W 0.008 0.960 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.023 51 E 0.005 0.950 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.035 52 E 0.009 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.017 53 L 0.018 0.948 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 0.023 54 Q 0.042 0.868 0.007 0.003 0.004 0.006 0.015 0.056 55 K 0.089 0.655 0.022 0.006 0.006 0.011 0.062 0.150 56 N 0.205 0.416 0.040 0.012 0.010 0.015 0.072 0.229 57 P 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 58 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 59 Y 0.087 0.005 0.018 0.012 0.020 0.084 0.012 0.762 60 E 0.289 0.011 0.017 0.009 0.011 0.073 0.011 0.579 61 P 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.990 62 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 63 D 0.016 0.004 0.008 0.013 0.021 0.204 0.002 0.732 64 Q 0.304 0.025 0.007 0.006 0.012 0.108 0.004 0.534 65 V 0.157 0.263 0.022 0.026 0.058 0.083 0.002 0.390 66 E 0.031 0.583 0.015 0.021 0.027 0.069 0.003 0.252 67 L 0.045 0.746 0.013 0.014 0.020 0.029 0.005 0.127 68 L 0.056 0.814 0.004 0.009 0.016 0.026 0.008 0.067 69 A 0.039 0.840 0.008 0.007 0.021 0.008 0.007 0.071 70 Q 0.029 0.750 0.004 0.005 0.010 0.029 0.011 0.162 71 E 0.101 0.676 0.003 0.002 0.003 0.042 0.021 0.152 72 L 0.057 0.880 0.003 0.001 0.002 0.004 0.005 0.048 73 S 0.026 0.813 0.004 0.002 0.003 0.022 0.009 0.119 74 Q 0.094 0.631 0.007 0.003 0.003 0.017 0.020 0.226 75 E 0.073 0.739 0.015 0.002 0.004 0.014 0.012 0.141 76 K 0.013 0.814 0.011 0.004 0.004 0.019 0.005 0.131 77 L 0.012 0.793 0.011 0.004 0.004 0.020 0.005 0.152 78 A 0.038 0.838 0.010 0.004 0.007 0.022 0.006 0.076 79 R 0.024 0.884 0.012 0.002 0.005 0.012 0.004 0.057 80 K 0.021 0.876 0.005 0.002 0.003 0.015 0.006 0.073 81 Q 0.051 0.847 0.004 0.001 0.002 0.012 0.012 0.070 82 L 0.066 0.847 0.006 0.002 0.004 0.005 0.009 0.060 83 E 0.026 0.817 0.015 0.004 0.008 0.020 0.010 0.099 84 E 0.085 0.708 0.007 0.003 0.005 0.017 0.019 0.157 85 L 0.125 0.719 0.025 0.004 0.006 0.011 0.019 0.093 86 N 0.063 0.706 0.017 0.008 0.008 0.018 0.023 0.156 87 K 0.132 0.405 0.079 0.012 0.016 0.029 0.043 0.285 88 T 0.172 0.304 0.051 0.013 0.017 0.172 0.033 0.238 89 L 0.180 0.297 0.052 0.012 0.017 0.116 0.040 0.285 90 G 0.160 0.293 0.063 0.015 0.017 0.064 0.034 0.355 91 N 0.127 0.109 0.077 0.014 0.016 0.172 0.023 0.462 92 E 0.075 0.096 0.023 0.011 0.018 0.123 0.013 0.641 93 L 0.153 0.237 0.043 0.024 0.081 0.133 0.011 0.318 94 S 0.045 0.270 0.031 0.042 0.054 0.187 0.013 0.358 95 D 0.053 0.266 0.014 0.016 0.025 0.051 0.011 0.565 96 I 0.139 0.439 0.029 0.033 0.049 0.089 0.014 0.207 97 K 0.058 0.624 0.020 0.041 0.050 0.097 0.013 0.096 98 L 0.031 0.765 0.026 0.037 0.054 0.020 0.008 0.059 99 S 0.040 0.756 0.023 0.043 0.052 0.029 0.009 0.048 100 L 0.051 0.720 0.033 0.037 0.052 0.018 0.013 0.075 101 L 0.058 0.757 0.033 0.041 0.049 0.012 0.015 0.035 102 S 0.082 0.634 0.060 0.058 0.057 0.021 0.026 0.062 103 L 0.165 0.462 0.061 0.062 0.081 0.024 0.039 0.106 104 K 0.165 0.329 0.107 0.052 0.097 0.051 0.027 0.172 105 G 0.082 0.236 0.067 0.052 0.058 0.076 0.031 0.398 106 D 0.079 0.183 0.038 0.019 0.033 0.088 0.021 0.540 107 Y 0.100 0.228 0.037 0.017 0.052 0.064 0.012 0.490 108 A 0.060 0.209 0.021 0.016 0.028 0.244 0.016 0.407 109 E 0.131 0.330 0.012 0.010 0.015 0.151 0.020 0.330 110 L 0.172 0.595 0.013 0.008 0.014 0.026 0.010 0.163 111 E 0.083 0.589 0.017 0.015 0.021 0.076 0.018 0.182 112 H 0.112 0.501 0.024 0.018 0.022 0.039 0.030 0.255 113 H 0.163 0.449 0.023 0.016 0.023 0.031 0.030 0.266 114 H 0.161 0.200 0.035 0.019 0.024 0.050 0.041 0.471 115 H 0.137 0.102 0.047 0.021 0.025 0.072 0.033 0.563 116 H 0.096 0.045 0.034 0.016 0.026 0.099 0.016 0.669 117 H 0.070 0.036 0.030 0.023 0.035 0.094 0.010 0.703