# TARGET T0351 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0351.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.004 0.001 0.001 0.012 0.002 0.001 0.981 2 I 0.050 0.037 0.003 0.371 0.006 0.011 0.522 3 L 0.017 0.003 0.005 0.893 0.006 0.010 0.065 4 Y 0.022 0.001 0.011 0.897 0.011 0.007 0.052 5 D 0.032 0.001 0.010 0.933 0.007 0.005 0.013 6 A 0.035 0.001 0.015 0.925 0.005 0.011 0.009 7 I 0.048 0.002 0.012 0.902 0.004 0.022 0.010 8 M 0.060 0.002 0.015 0.869 0.011 0.033 0.010 9 Y 0.100 0.003 0.022 0.733 0.013 0.099 0.030 10 K 0.089 0.020 0.023 0.540 0.071 0.111 0.147 11 Y 0.036 0.014 0.018 0.113 0.294 0.026 0.498 12 P 0.016 0.007 0.130 0.093 0.132 0.435 0.188 13 N 0.018 0.010 0.102 0.046 0.163 0.529 0.132 14 A 0.041 0.017 0.120 0.037 0.262 0.180 0.342 15 V 0.102 0.040 0.038 0.020 0.283 0.065 0.453 16 S 0.117 0.035 0.053 0.010 0.168 0.101 0.515 17 R 0.125 0.013 0.253 0.027 0.148 0.202 0.233 18 K 0.242 0.011 0.183 0.014 0.170 0.166 0.214 19 D 0.375 0.012 0.095 0.009 0.106 0.106 0.296 20 F 0.684 0.006 0.010 0.006 0.023 0.018 0.252 21 E 0.922 0.017 0.001 0.004 0.003 0.002 0.051 22 L 0.952 0.014 0.001 0.003 0.002 0.001 0.027 23 R 0.795 0.006 0.002 0.007 0.025 0.013 0.152 24 N 0.480 0.015 0.006 0.007 0.133 0.090 0.268 25 D 0.077 0.005 0.010 0.004 0.281 0.354 0.268 26 G 0.038 0.007 0.011 0.005 0.412 0.340 0.187 27 N 0.053 0.009 0.014 0.015 0.376 0.272 0.261 28 G 0.140 0.023 0.013 0.039 0.244 0.127 0.413 29 S 0.256 0.041 0.008 0.094 0.147 0.042 0.411 30 Y 0.575 0.063 0.005 0.108 0.079 0.023 0.147 31 I 0.570 0.012 0.020 0.184 0.036 0.015 0.163 32 E 0.619 0.003 0.036 0.125 0.054 0.029 0.134 33 K 0.606 0.008 0.056 0.158 0.040 0.036 0.096 34 W 0.550 0.018 0.042 0.130 0.041 0.065 0.154 35 N 0.431 0.019 0.022 0.073 0.055 0.166 0.234 36 L 0.296 0.016 0.008 0.016 0.089 0.049 0.527 37 R 0.143 0.017 0.008 0.014 0.207 0.047 0.564 38 A 0.047 0.011 0.001 0.001 0.391 0.007 0.541 39 P 0.026 0.008 0.001 0.001 0.125 0.022 0.817 40 L 0.036 0.036 0.001 0.002 0.101 0.015 0.809 41 P 0.019 0.030 0.001 0.004 0.072 0.005 0.870 42 T 0.007 0.011 0.001 0.011 0.035 0.003 0.932 43 Q 0.001 0.001 0.013 0.976 0.002 0.006 0.003 44 A 0.001 0.001 0.007 0.988 0.001 0.004 0.001 45 E 0.001 0.001 0.010 0.985 0.001 0.003 0.001 46 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 47 E 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.005 0.001 48 T 0.001 0.001 0.001 0.985 0.001 0.015 0.001 49 W 0.001 0.001 0.001 0.980 0.001 0.015 0.005 50 W 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.003 0.003 51 E 0.001 0.001 0.002 0.990 0.001 0.006 0.001 52 E 0.001 0.001 0.005 0.979 0.001 0.015 0.001 53 L 0.001 0.001 0.015 0.935 0.002 0.045 0.003 54 Q 0.001 0.003 0.023 0.790 0.011 0.160 0.013 55 K 0.001 0.001 0.025 0.517 0.027 0.405 0.024 56 N 0.002 0.004 0.006 0.086 0.414 0.096 0.393 57 P 0.002 0.005 0.008 0.006 0.106 0.034 0.839 58 P 0.003 0.006 0.077 0.007 0.096 0.570 0.239 59 Y 0.006 0.012 0.094 0.006 0.279 0.468 0.135 60 E 0.012 0.010 0.016 0.005 0.478 0.024 0.454 61 P 0.008 0.009 0.002 0.004 0.034 0.005 0.937 62 P 0.021 0.020 0.091 0.249 0.048 0.116 0.456 63 D 0.035 0.017 0.100 0.516 0.085 0.122 0.125 64 Q 0.034 0.008 0.061 0.739 0.028 0.037 0.094 65 V 0.032 0.004 0.014 0.859 0.012 0.016 0.062 66 E 0.034 0.003 0.017 0.840 0.021 0.025 0.060 67 L 0.032 0.006 0.029 0.803 0.031 0.043 0.056 68 L 0.025 0.005 0.026 0.799 0.023 0.051 0.072 69 A 0.011 0.003 0.066 0.826 0.014 0.040 0.041 70 Q 0.006 0.001 0.102 0.770 0.020 0.071 0.030 71 E 0.003 0.001 0.063 0.784 0.013 0.105 0.031 72 L 0.004 0.005 0.027 0.745 0.044 0.088 0.087 73 S 0.004 0.003 0.017 0.702 0.031 0.137 0.106 74 Q 0.004 0.001 0.015 0.789 0.042 0.071 0.078 75 E 0.003 0.001 0.005 0.890 0.026 0.016 0.059 76 K 0.002 0.001 0.003 0.956 0.009 0.008 0.022 77 L 0.002 0.001 0.005 0.966 0.004 0.008 0.014 78 A 0.002 0.001 0.006 0.968 0.002 0.010 0.011 79 R 0.002 0.001 0.005 0.975 0.003 0.008 0.007 80 K 0.001 0.001 0.003 0.980 0.002 0.010 0.003 81 Q 0.001 0.001 0.003 0.976 0.001 0.014 0.005 82 L 0.001 0.001 0.003 0.974 0.002 0.013 0.007 83 E 0.001 0.001 0.006 0.962 0.003 0.025 0.003 84 E 0.001 0.001 0.011 0.933 0.004 0.045 0.006 85 L 0.001 0.001 0.018 0.897 0.006 0.058 0.019 86 N 0.003 0.003 0.020 0.862 0.016 0.071 0.026 87 K 0.002 0.001 0.042 0.784 0.020 0.124 0.027 88 T 0.002 0.001 0.036 0.766 0.026 0.140 0.029 89 L 0.003 0.003 0.024 0.612 0.030 0.298 0.029 90 G 0.005 0.002 0.029 0.330 0.073 0.466 0.094 91 N 0.018 0.005 0.050 0.297 0.188 0.190 0.253 92 E 0.043 0.020 0.047 0.550 0.102 0.090 0.148 93 L 0.044 0.008 0.034 0.736 0.023 0.030 0.125 94 S 0.045 0.002 0.033 0.707 0.044 0.072 0.097 95 D 0.066 0.001 0.021 0.813 0.024 0.049 0.025 96 I 0.195 0.003 0.009 0.744 0.007 0.011 0.031 97 K 0.315 0.004 0.006 0.628 0.005 0.011 0.032 98 L 0.365 0.002 0.012 0.552 0.018 0.013 0.037 99 S 0.302 0.003 0.014 0.586 0.026 0.026 0.043 100 L 0.167 0.002 0.028 0.715 0.013 0.049 0.026 101 L 0.150 0.004 0.034 0.665 0.027 0.087 0.033 102 S 0.131 0.003 0.039 0.659 0.018 0.102 0.047 103 L 0.136 0.007 0.035 0.581 0.030 0.148 0.063 104 K 0.108 0.011 0.024 0.435 0.067 0.200 0.154 105 G 0.094 0.009 0.022 0.222 0.230 0.169 0.254 106 D 0.112 0.017 0.017 0.225 0.153 0.092 0.384 107 Y 0.034 0.007 0.043 0.687 0.054 0.075 0.100 108 A 0.020 0.002 0.062 0.686 0.044 0.107 0.078 109 E 0.031 0.004 0.093 0.614 0.044 0.115 0.099 110 L 0.063 0.011 0.089 0.558 0.049 0.075 0.155 111 E 0.096 0.016 0.073 0.445 0.057 0.122 0.191 112 H 0.075 0.012 0.083 0.397 0.075 0.211 0.148 113 H 0.056 0.009 0.046 0.245 0.117 0.232 0.295 114 H 0.038 0.012 0.053 0.102 0.211 0.200 0.383 115 H 0.027 0.012 0.043 0.067 0.201 0.228 0.421 116 H 0.019 0.015 0.024 0.033 0.044 0.133 0.732 117 H 0.002 0.001 0.001 0.002 0.005 0.002 0.988