# TARGET T0351 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0351.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.037 0.162 0.066 0.014 0.123 0.010 0.050 0.400 0.092 0.030 0.016 2 I 0.062 0.221 0.071 0.005 0.113 0.004 0.021 0.366 0.072 0.045 0.020 3 L 0.014 0.012 0.003 0.001 0.019 0.003 0.010 0.773 0.149 0.010 0.006 4 Y 0.006 0.007 0.001 0.001 0.011 0.002 0.008 0.897 0.059 0.003 0.002 5 D 0.007 0.005 0.001 0.001 0.012 0.003 0.013 0.869 0.069 0.018 0.002 6 A 0.009 0.005 0.001 0.001 0.013 0.002 0.010 0.918 0.034 0.004 0.002 7 I 0.013 0.006 0.001 0.001 0.021 0.002 0.006 0.811 0.096 0.037 0.006 8 M 0.023 0.016 0.002 0.002 0.036 0.007 0.044 0.714 0.110 0.040 0.007 9 Y 0.048 0.038 0.010 0.004 0.070 0.007 0.077 0.600 0.092 0.035 0.018 10 K 0.056 0.056 0.028 0.020 0.091 0.047 0.212 0.281 0.089 0.090 0.029 11 Y 0.115 0.251 0.140 0.029 0.204 0.010 0.017 0.105 0.038 0.053 0.039 12 P 0.027 0.138 0.060 0.028 0.068 0.058 0.114 0.274 0.179 0.043 0.012 13 N 0.061 0.116 0.062 0.023 0.120 0.016 0.047 0.113 0.117 0.255 0.068 14 A 0.065 0.114 0.062 0.019 0.096 0.019 0.056 0.160 0.191 0.174 0.044 15 V 0.050 0.331 0.155 0.024 0.149 0.021 0.062 0.095 0.055 0.036 0.021 16 S 0.085 0.277 0.123 0.021 0.179 0.016 0.034 0.086 0.070 0.071 0.038 17 R 0.073 0.105 0.045 0.016 0.117 0.020 0.038 0.207 0.240 0.101 0.039 18 K 0.067 0.145 0.066 0.023 0.148 0.029 0.046 0.170 0.113 0.140 0.053 19 D 0.315 0.086 0.019 0.006 0.277 0.005 0.014 0.037 0.036 0.110 0.096 20 F 0.254 0.150 0.025 0.002 0.486 0.001 0.002 0.012 0.012 0.017 0.039 21 E 0.137 0.259 0.030 0.001 0.524 0.001 0.004 0.014 0.007 0.009 0.013 22 L 0.405 0.093 0.017 0.002 0.373 0.003 0.005 0.011 0.005 0.015 0.072 23 R 0.095 0.306 0.134 0.028 0.293 0.024 0.030 0.029 0.014 0.017 0.029 24 N 0.164 0.143 0.082 0.037 0.220 0.022 0.026 0.061 0.051 0.111 0.084 25 D 0.049 0.154 0.199 0.187 0.087 0.062 0.060 0.086 0.055 0.037 0.024 26 G 0.012 0.040 0.082 0.168 0.017 0.113 0.116 0.193 0.111 0.129 0.019 27 N 0.032 0.294 0.144 0.071 0.105 0.029 0.063 0.048 0.027 0.145 0.042 28 G 0.085 0.066 0.050 0.067 0.084 0.028 0.011 0.066 0.072 0.288 0.181 29 S 0.092 0.233 0.077 0.010 0.293 0.014 0.026 0.161 0.051 0.025 0.018 30 Y 0.223 0.183 0.043 0.003 0.364 0.003 0.008 0.095 0.026 0.024 0.029 31 I 0.304 0.100 0.016 0.010 0.339 0.011 0.018 0.105 0.022 0.020 0.056 32 E 0.163 0.084 0.015 0.018 0.279 0.033 0.074 0.238 0.037 0.022 0.037 33 K 0.209 0.117 0.037 0.009 0.338 0.011 0.025 0.128 0.031 0.051 0.044 34 W 0.140 0.249 0.044 0.015 0.351 0.021 0.022 0.081 0.022 0.022 0.033 35 N 0.348 0.047 0.010 0.002 0.273 0.002 0.005 0.023 0.016 0.104 0.171 36 L 0.122 0.302 0.076 0.006 0.322 0.004 0.009 0.058 0.041 0.038 0.023 37 R 0.037 0.143 0.116 0.056 0.093 0.063 0.136 0.159 0.080 0.089 0.026 38 A 0.064 0.306 0.236 0.048 0.166 0.013 0.032 0.047 0.030 0.033 0.027 39 P 0.071 0.365 0.159 0.012 0.219 0.007 0.012 0.038 0.037 0.044 0.035 40 L 0.017 0.476 0.365 0.006 0.092 0.003 0.009 0.015 0.006 0.005 0.004 41 P 0.054 0.547 0.128 0.005 0.205 0.003 0.008 0.021 0.005 0.008 0.014 42 T 0.005 0.642 0.275 0.004 0.026 0.001 0.001 0.029 0.006 0.009 0.001 43 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.853 0.137 0.003 0.001 44 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.962 0.034 0.001 0.001 45 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.958 0.032 0.009 0.001 46 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.956 0.041 0.003 0.001 47 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.953 0.043 0.002 0.001 48 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.958 0.028 0.006 0.001 49 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.926 0.048 0.020 0.001 50 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.901 0.093 0.004 0.001 51 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.936 0.057 0.001 0.001 52 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.891 0.077 0.018 0.001 53 L 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.012 0.732 0.205 0.041 0.001 54 Q 0.009 0.021 0.004 0.002 0.015 0.004 0.028 0.610 0.217 0.085 0.005 55 K 0.023 0.049 0.017 0.005 0.058 0.015 0.163 0.344 0.129 0.181 0.015 56 N 0.083 0.293 0.159 0.008 0.293 0.004 0.026 0.042 0.022 0.036 0.034 57 P 0.039 0.421 0.178 0.014 0.203 0.005 0.014 0.068 0.040 0.012 0.008 58 P 0.035 0.087 0.023 0.007 0.080 0.018 0.089 0.269 0.271 0.104 0.018 59 Y 0.057 0.171 0.122 0.021 0.129 0.018 0.061 0.085 0.089 0.199 0.048 60 E 0.021 0.243 0.317 0.067 0.077 0.033 0.105 0.069 0.025 0.030 0.013 61 P 0.038 0.450 0.304 0.014 0.125 0.004 0.009 0.029 0.009 0.007 0.012 62 P 0.032 0.149 0.037 0.006 0.090 0.011 0.016 0.376 0.233 0.033 0.016 63 D 0.024 0.063 0.023 0.003 0.063 0.009 0.019 0.529 0.169 0.080 0.019 64 Q 0.046 0.050 0.013 0.002 0.064 0.002 0.007 0.657 0.089 0.056 0.014 65 V 0.023 0.028 0.006 0.002 0.042 0.002 0.004 0.782 0.076 0.028 0.008 66 E 0.016 0.018 0.004 0.001 0.025 0.003 0.011 0.840 0.064 0.012 0.006 67 L 0.009 0.009 0.004 0.001 0.012 0.001 0.008 0.903 0.043 0.007 0.003 68 L 0.006 0.016 0.008 0.003 0.010 0.003 0.010 0.815 0.092 0.035 0.003 69 A 0.007 0.007 0.002 0.001 0.008 0.002 0.007 0.814 0.139 0.011 0.002 70 Q 0.002 0.011 0.006 0.001 0.006 0.004 0.030 0.859 0.075 0.004 0.001 71 E 0.007 0.008 0.003 0.001 0.009 0.003 0.026 0.808 0.071 0.060 0.005 72 L 0.026 0.026 0.005 0.002 0.029 0.004 0.009 0.705 0.122 0.058 0.013 73 S 0.010 0.037 0.020 0.007 0.018 0.014 0.025 0.696 0.111 0.052 0.009 74 Q 0.008 0.019 0.008 0.002 0.016 0.002 0.008 0.763 0.106 0.062 0.006 75 E 0.006 0.022 0.008 0.002 0.014 0.002 0.006 0.834 0.080 0.024 0.003 76 K 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.936 0.046 0.003 0.001 77 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.962 0.025 0.002 0.001 78 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.924 0.051 0.018 0.001 79 R 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.946 0.042 0.003 0.001 80 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.954 0.032 0.002 0.001 81 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.958 0.022 0.006 0.001 82 L 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.907 0.070 0.018 0.001 83 E 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.003 0.007 0.923 0.058 0.002 0.001 84 E 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 0.914 0.042 0.023 0.002 85 L 0.002 0.008 0.006 0.003 0.005 0.008 0.032 0.867 0.057 0.011 0.001 86 N 0.029 0.018 0.002 0.002 0.037 0.002 0.007 0.738 0.102 0.049 0.016 87 K 0.012 0.013 0.007 0.003 0.010 0.010 0.055 0.706 0.150 0.028 0.006 88 T 0.008 0.021 0.021 0.013 0.015 0.017 0.104 0.670 0.076 0.046 0.009 89 L 0.032 0.244 0.101 0.059 0.086 0.050 0.072 0.192 0.067 0.070 0.027 90 G 0.053 0.044 0.056 0.095 0.040 0.044 0.022 0.127 0.116 0.289 0.112 91 N 0.025 0.119 0.060 0.029 0.065 0.022 0.049 0.361 0.176 0.079 0.015 92 E 0.070 0.078 0.036 0.011 0.075 0.013 0.066 0.351 0.133 0.112 0.057 93 L 0.063 0.062 0.016 0.011 0.064 0.016 0.032 0.434 0.184 0.075 0.043 94 S 0.010 0.059 0.020 0.016 0.039 0.061 0.065 0.602 0.096 0.025 0.006 95 D 0.099 0.028 0.008 0.002 0.094 0.002 0.010 0.474 0.087 0.135 0.060 96 I 0.131 0.095 0.020 0.002 0.199 0.001 0.004 0.412 0.063 0.045 0.028 97 K 0.056 0.046 0.007 0.002 0.101 0.003 0.011 0.664 0.068 0.024 0.019 98 L 0.094 0.039 0.005 0.002 0.105 0.003 0.011 0.624 0.078 0.018 0.021 99 S 0.008 0.017 0.009 0.005 0.019 0.013 0.058 0.797 0.062 0.009 0.003 100 L 0.037 0.017 0.003 0.003 0.041 0.004 0.019 0.752 0.078 0.034 0.012 101 L 0.053 0.066 0.010 0.005 0.104 0.010 0.020 0.511 0.136 0.066 0.019 102 S 0.056 0.051 0.013 0.003 0.073 0.005 0.032 0.569 0.099 0.075 0.024 103 L 0.083 0.056 0.019 0.008 0.093 0.014 0.045 0.449 0.102 0.083 0.049 104 K 0.085 0.069 0.029 0.026 0.098 0.032 0.070 0.293 0.108 0.136 0.055 105 G 0.038 0.214 0.136 0.056 0.089 0.038 0.039 0.244 0.073 0.055 0.020 106 D 0.141 0.154 0.071 0.007 0.198 0.007 0.027 0.240 0.043 0.060 0.052 107 Y 0.039 0.027 0.008 0.005 0.041 0.006 0.010 0.523 0.226 0.090 0.027 108 A 0.009 0.048 0.015 0.008 0.029 0.020 0.035 0.664 0.145 0.023 0.005 109 E 0.061 0.024 0.012 0.003 0.049 0.003 0.020 0.579 0.104 0.112 0.032 110 L 0.024 0.028 0.012 0.006 0.036 0.007 0.019 0.633 0.167 0.055 0.012 111 E 0.033 0.049 0.014 0.010 0.054 0.021 0.052 0.576 0.131 0.045 0.015 112 H 0.055 0.057 0.025 0.014 0.071 0.017 0.057 0.436 0.130 0.111 0.028 113 H 0.054 0.088 0.039 0.024 0.096 0.032 0.080 0.316 0.115 0.118 0.038 114 H 0.123 0.099 0.030 0.015 0.153 0.015 0.034 0.181 0.110 0.161 0.079 115 H 0.083 0.083 0.027 0.014 0.114 0.017 0.049 0.233 0.173 0.160 0.046 116 H 0.067 0.123 0.063 0.024 0.116 0.022 0.061 0.211 0.129 0.141 0.044 117 H 0.086 0.180 0.086 0.026 0.154 0.021 0.045 0.178 0.093 0.086 0.044