# TARGET T0351 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment /projects/compbio/experiments/protein-predict/casp7/T0351/T0351.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.076 0.017 0.110 0.146 0.001 0.047 0.003 0.001 0.004 0.003 0.047 0.096 0.432 0.001 0.002 0.014 2 I 0.013 0.029 0.083 0.100 0.002 0.125 0.003 0.001 0.001 0.001 0.060 0.099 0.478 0.001 0.001 0.005 3 L 0.002 0.021 0.013 0.071 0.002 0.120 0.002 0.001 0.001 0.001 0.093 0.075 0.597 0.001 0.001 0.001 4 Y 0.001 0.031 0.009 0.037 0.001 0.036 0.002 0.001 0.001 0.001 0.022 0.126 0.733 0.001 0.001 0.001 5 D 0.001 0.012 0.004 0.059 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.024 0.864 0.001 0.001 0.003 6 A 0.002 0.004 0.012 0.038 0.001 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.022 0.895 0.001 0.001 0.005 7 I 0.001 0.013 0.024 0.046 0.001 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 0.881 0.002 0.002 0.002 8 M 0.001 0.020 0.024 0.166 0.003 0.014 0.008 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 0.716 0.015 0.006 0.015 9 Y 0.005 0.015 0.061 0.190 0.016 0.044 0.035 0.004 0.001 0.001 0.009 0.005 0.529 0.023 0.022 0.040 10 K 0.013 0.111 0.210 0.259 0.007 0.010 0.017 0.012 0.005 0.002 0.010 0.006 0.144 0.018 0.031 0.146 11 Y 0.045 0.024 0.105 0.185 0.077 0.233 0.099 0.004 0.006 0.008 0.007 0.014 0.114 0.031 0.009 0.038 12 P 0.038 0.192 0.151 0.127 0.011 0.083 0.018 0.100 0.003 0.004 0.139 0.011 0.069 0.008 0.028 0.017 13 N 0.018 0.185 0.033 0.175 0.006 0.170 0.008 0.018 0.067 0.022 0.057 0.154 0.035 0.004 0.008 0.041 14 A 0.121 0.094 0.242 0.223 0.008 0.021 0.013 0.009 0.014 0.004 0.101 0.046 0.066 0.002 0.008 0.027 15 V 0.035 0.076 0.338 0.205 0.018 0.126 0.025 0.007 0.005 0.005 0.012 0.082 0.040 0.006 0.006 0.014 16 S 0.015 0.034 0.085 0.128 0.023 0.390 0.011 0.040 0.003 0.006 0.123 0.019 0.100 0.003 0.011 0.009 17 R 0.009 0.238 0.034 0.102 0.021 0.113 0.013 0.017 0.024 0.009 0.237 0.091 0.055 0.013 0.005 0.020 18 K 0.070 0.137 0.087 0.167 0.006 0.057 0.026 0.032 0.023 0.006 0.050 0.179 0.087 0.011 0.044 0.018 19 D 0.022 0.136 0.497 0.141 0.001 0.011 0.007 0.005 0.022 0.003 0.004 0.017 0.045 0.001 0.018 0.072 20 F 0.061 0.009 0.401 0.453 0.001 0.007 0.001 0.001 0.003 0.001 0.009 0.002 0.019 0.001 0.001 0.029 21 E 0.023 0.009 0.395 0.542 0.005 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.002 22 L 0.002 0.009 0.024 0.769 0.085 0.090 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.002 0.001 0.001 23 R 0.001 0.069 0.010 0.375 0.148 0.309 0.003 0.043 0.003 0.002 0.019 0.004 0.010 0.001 0.002 0.001 24 N 0.002 0.040 0.006 0.061 0.551 0.049 0.048 0.033 0.022 0.026 0.104 0.014 0.007 0.030 0.001 0.004 25 D 0.019 0.107 0.031 0.044 0.032 0.039 0.011 0.361 0.019 0.011 0.040 0.076 0.012 0.005 0.188 0.004 26 G 0.015 0.025 0.039 0.020 0.057 0.029 0.095 0.029 0.120 0.170 0.088 0.031 0.026 0.063 0.018 0.174 27 N 0.245 0.191 0.065 0.073 0.001 0.011 0.004 0.105 0.025 0.005 0.021 0.055 0.016 0.001 0.159 0.023 28 G 0.097 0.026 0.331 0.141 0.001 0.033 0.003 0.002 0.135 0.052 0.008 0.018 0.020 0.001 0.002 0.130 29 S 0.394 0.046 0.241 0.215 0.002 0.053 0.003 0.001 0.001 0.001 0.009 0.018 0.013 0.001 0.001 0.002 30 Y 0.005 0.055 0.146 0.577 0.003 0.130 0.001 0.005 0.001 0.001 0.051 0.011 0.015 0.001 0.001 0.002 31 I 0.002 0.036 0.060 0.599 0.020 0.165 0.004 0.003 0.002 0.001 0.033 0.035 0.039 0.001 0.001 0.001 32 E 0.004 0.170 0.055 0.523 0.008 0.060 0.004 0.013 0.002 0.001 0.030 0.039 0.084 0.001 0.002 0.004 33 K 0.007 0.042 0.068 0.675 0.020 0.044 0.008 0.011 0.009 0.002 0.020 0.011 0.046 0.013 0.004 0.019 34 W 0.023 0.045 0.326 0.436 0.006 0.034 0.007 0.021 0.003 0.002 0.011 0.007 0.043 0.002 0.022 0.012 35 N 0.017 0.051 0.154 0.571 0.011 0.067 0.007 0.006 0.012 0.011 0.012 0.008 0.029 0.003 0.002 0.040 36 L 0.081 0.041 0.073 0.545 0.022 0.130 0.010 0.007 0.003 0.002 0.033 0.010 0.029 0.003 0.002 0.007 37 R 0.008 0.277 0.128 0.482 0.011 0.023 0.008 0.008 0.004 0.002 0.010 0.015 0.010 0.003 0.003 0.009 38 A 0.014 0.025 0.079 0.672 0.014 0.121 0.007 0.009 0.008 0.005 0.010 0.008 0.015 0.001 0.004 0.008 39 P 0.026 0.174 0.220 0.412 0.010 0.047 0.008 0.008 0.006 0.007 0.039 0.010 0.014 0.001 0.001 0.015 40 L 0.037 0.076 0.062 0.523 0.013 0.191 0.004 0.005 0.007 0.006 0.022 0.035 0.013 0.001 0.001 0.005 41 P 0.017 0.082 0.170 0.360 0.010 0.132 0.003 0.017 0.003 0.007 0.120 0.036 0.037 0.001 0.002 0.004 42 T 0.003 0.027 0.004 0.024 0.001 0.707 0.001 0.004 0.002 0.004 0.043 0.141 0.040 0.001 0.001 0.001 43 Q 0.001 0.004 0.002 0.006 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.829 0.038 0.096 0.001 0.001 0.001 44 A 0.001 0.007 0.004 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.722 0.233 0.001 0.001 0.001 45 E 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.017 0.963 0.001 0.001 0.003 46 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.007 0.978 0.001 0.001 0.001 47 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.018 0.975 0.001 0.001 0.001 48 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.992 0.001 0.001 0.001 49 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 50 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 51 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.995 0.001 0.001 0.001 52 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.986 0.007 0.001 0.004 53 L 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.946 0.015 0.013 0.011 54 Q 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.908 0.024 0.009 0.023 55 K 0.013 0.015 0.049 0.009 0.001 0.001 0.029 0.003 0.002 0.001 0.003 0.002 0.365 0.162 0.053 0.292 56 N 0.022 0.029 0.301 0.031 0.001 0.008 0.076 0.001 0.002 0.001 0.003 0.004 0.261 0.015 0.107 0.137 57 P 0.041 0.028 0.294 0.023 0.006 0.155 0.099 0.003 0.001 0.004 0.026 0.008 0.243 0.014 0.011 0.046 58 P 0.050 0.143 0.034 0.063 0.004 0.097 0.013 0.021 0.004 0.002 0.395 0.068 0.069 0.013 0.009 0.012 59 Y 0.017 0.456 0.106 0.164 0.002 0.008 0.005 0.004 0.034 0.002 0.014 0.111 0.029 0.003 0.012 0.035 60 E 0.039 0.029 0.511 0.318 0.002 0.009 0.013 0.001 0.002 0.002 0.002 0.009 0.033 0.001 0.004 0.025 61 P 0.010 0.005 0.162 0.061 0.012 0.685 0.005 0.003 0.001 0.003 0.012 0.004 0.034 0.001 0.001 0.002 62 P 0.003 0.039 0.007 0.046 0.003 0.079 0.001 0.013 0.001 0.001 0.773 0.013 0.020 0.001 0.001 0.001 63 D 0.002 0.099 0.004 0.064 0.001 0.016 0.001 0.002 0.008 0.001 0.010 0.772 0.019 0.001 0.001 0.001 64 Q 0.010 0.007 0.080 0.086 0.003 0.058 0.004 0.002 0.003 0.001 0.093 0.029 0.607 0.002 0.002 0.013 65 V 0.004 0.040 0.169 0.072 0.001 0.023 0.003 0.003 0.001 0.001 0.060 0.084 0.538 0.001 0.002 0.003 66 E 0.002 0.015 0.014 0.168 0.001 0.061 0.002 0.001 0.001 0.001 0.019 0.047 0.658 0.002 0.001 0.007 67 L 0.003 0.011 0.023 0.104 0.003 0.053 0.007 0.001 0.001 0.001 0.026 0.022 0.735 0.003 0.003 0.004 68 L 0.001 0.034 0.018 0.054 0.001 0.060 0.003 0.004 0.001 0.001 0.014 0.053 0.741 0.003 0.005 0.007 69 A 0.002 0.003 0.008 0.029 0.002 0.044 0.005 0.003 0.001 0.001 0.072 0.013 0.787 0.014 0.006 0.011 70 Q 0.004 0.022 0.022 0.019 0.001 0.004 0.003 0.003 0.001 0.001 0.049 0.046 0.795 0.003 0.017 0.013 71 E 0.010 0.009 0.023 0.019 0.002 0.017 0.013 0.001 0.004 0.001 0.006 0.028 0.704 0.046 0.006 0.110 72 L 0.011 0.014 0.122 0.019 0.002 0.023 0.049 0.002 0.001 0.001 0.023 0.013 0.675 0.011 0.025 0.011 73 S 0.002 0.034 0.049 0.021 0.001 0.091 0.005 0.012 0.001 0.002 0.026 0.047 0.660 0.002 0.016 0.029 74 Q 0.011 0.011 0.011 0.019 0.001 0.034 0.002 0.002 0.003 0.002 0.205 0.039 0.628 0.005 0.002 0.025 75 E 0.014 0.028 0.032 0.014 0.001 0.013 0.005 0.001 0.001 0.001 0.037 0.191 0.643 0.005 0.008 0.007 76 K 0.001 0.004 0.024 0.010 0.001 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 0.024 0.028 0.880 0.001 0.005 0.006 77 L 0.001 0.004 0.007 0.007 0.001 0.034 0.004 0.001 0.001 0.001 0.023 0.044 0.865 0.003 0.001 0.005 78 A 0.001 0.003 0.002 0.003 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.035 0.912 0.001 0.002 0.001 79 R 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.015 0.031 0.936 0.002 0.002 0.003 80 K 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.014 0.962 0.001 0.003 0.003 81 Q 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 0.951 0.009 0.001 0.010 82 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.976 0.001 0.003 0.001 83 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.012 0.970 0.001 0.002 0.003 84 E 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.893 0.058 0.003 0.020 85 L 0.001 0.003 0.018 0.001 0.001 0.004 0.013 0.001 0.001 0.001 0.007 0.005 0.876 0.016 0.049 0.007 86 N 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 0.008 0.008 0.919 0.003 0.016 0.021 87 K 0.013 0.004 0.007 0.004 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.025 0.022 0.886 0.004 0.003 0.025 88 T 0.016 0.005 0.015 0.004 0.005 0.014 0.044 0.001 0.001 0.001 0.013 0.031 0.463 0.362 0.004 0.022 89 L 0.001 0.016 0.073 0.006 0.001 0.009 0.017 0.013 0.001 0.001 0.018 0.018 0.559 0.003 0.260 0.007 90 G 0.002 0.005 0.019 0.010 0.001 0.020 0.004 0.003 0.010 0.009 0.032 0.030 0.766 0.002 0.004 0.084 91 N 0.084 0.011 0.011 0.015 0.001 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.047 0.061 0.748 0.001 0.001 0.006 92 E 0.005 0.015 0.023 0.011 0.002 0.033 0.010 0.001 0.001 0.001 0.028 0.105 0.747 0.009 0.002 0.009 93 L 0.001 0.009 0.037 0.013 0.004 0.027 0.034 0.002 0.001 0.001 0.024 0.039 0.785 0.009 0.012 0.004 94 S 0.001 0.030 0.014 0.021 0.001 0.018 0.003 0.006 0.002 0.001 0.025 0.047 0.805 0.001 0.014 0.013 95 D 0.025 0.034 0.041 0.099 0.001 0.007 0.004 0.001 0.012 0.001 0.019 0.040 0.610 0.003 0.004 0.099 96 I 0.057 0.009 0.176 0.074 0.001 0.021 0.002 0.001 0.001 0.001 0.013 0.021 0.615 0.001 0.003 0.008 97 K 0.003 0.123 0.208 0.215 0.001 0.040 0.002 0.001 0.001 0.001 0.012 0.012 0.373 0.001 0.001 0.009 98 L 0.003 0.008 0.018 0.464 0.001 0.149 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.012 0.324 0.001 0.001 0.001 99 S 0.001 0.282 0.051 0.316 0.002 0.051 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.026 0.256 0.001 0.001 0.004 100 L 0.003 0.010 0.009 0.493 0.009 0.118 0.004 0.002 0.001 0.001 0.035 0.008 0.295 0.009 0.001 0.005 101 L 0.002 0.162 0.262 0.213 0.003 0.015 0.006 0.005 0.001 0.001 0.008 0.026 0.276 0.001 0.015 0.005 102 S 0.005 0.013 0.040 0.613 0.010 0.033 0.004 0.005 0.005 0.003 0.011 0.004 0.185 0.011 0.003 0.055 103 L 0.039 0.027 0.193 0.219 0.128 0.074 0.072 0.008 0.001 0.002 0.025 0.009 0.146 0.033 0.008 0.015 104 K 0.007 0.148 0.110 0.334 0.033 0.063 0.016 0.095 0.006 0.004 0.021 0.013 0.072 0.013 0.036 0.026 105 G 0.024 0.064 0.061 0.392 0.017 0.097 0.009 0.041 0.042 0.046 0.043 0.026 0.076 0.003 0.013 0.048 106 D 0.071 0.073 0.035 0.076 0.013 0.407 0.008 0.013 0.011 0.018 0.077 0.071 0.106 0.003 0.003 0.014 107 Y 0.015 0.037 0.032 0.038 0.012 0.105 0.010 0.016 0.004 0.003 0.491 0.111 0.110 0.007 0.005 0.005 108 A 0.005 0.134 0.044 0.067 0.003 0.029 0.006 0.019 0.007 0.002 0.046 0.460 0.146 0.004 0.019 0.008 109 E 0.015 0.020 0.050 0.079 0.005 0.061 0.016 0.008 0.016 0.007 0.030 0.062 0.539 0.013 0.016 0.064 110 L 0.021 0.018 0.156 0.046 0.005 0.042 0.024 0.007 0.003 0.002 0.096 0.043 0.494 0.008 0.015 0.020 111 E 0.016 0.051 0.093 0.076 0.007 0.039 0.020 0.013 0.005 0.003 0.049 0.097 0.460 0.020 0.015 0.036 112 H 0.024 0.028 0.088 0.112 0.022 0.048 0.047 0.012 0.009 0.004 0.030 0.043 0.409 0.052 0.021 0.051 113 H 0.015 0.054 0.163 0.095 0.015 0.049 0.046 0.027 0.006 0.004 0.035 0.028 0.338 0.023 0.055 0.047 114 H 0.025 0.053 0.112 0.106 0.014 0.086 0.035 0.030 0.017 0.013 0.054 0.043 0.292 0.016 0.030 0.074 115 H 0.069 0.074 0.109 0.109 0.017 0.072 0.026 0.021 0.017 0.011 0.090 0.071 0.238 0.015 0.018 0.043 116 H 0.039 0.061 0.118 0.073 0.058 0.092 0.079 0.017 0.010 0.007 0.075 0.090 0.172 0.059 0.019 0.031 117 H 0.021 0.083 0.149 0.091 0.025 0.059 0.046 0.075 0.009 0.005 0.076 0.070 0.156 0.021 0.086 0.028