# TARGET T0351 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0351.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.012 0.716 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.070 0.021 0.137 2 I 0.006 0.798 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.049 0.015 0.080 3 L 0.014 0.913 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.015 0.004 0.038 4 Y 0.012 0.830 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.024 0.042 0.011 0.069 5 D 0.027 0.660 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.063 0.029 0.168 6 A 0.047 0.397 0.100 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.093 0.179 0.034 0.144 7 I 0.125 0.214 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.116 0.144 0.061 0.324 8 M 0.088 0.015 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.171 0.073 0.088 0.558 9 Y 0.002 0.009 0.003 0.001 0.003 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.195 0.069 0.123 0.587 10 K 0.021 0.040 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.088 0.048 0.133 0.663 11 Y 0.437 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.063 0.055 0.077 0.330 12 P 0.075 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.029 0.132 0.721 13 N 0.023 0.023 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.155 0.040 0.124 0.622 14 A 0.063 0.030 0.002 0.002 0.002 0.005 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.070 0.030 0.132 0.655 15 V 0.074 0.011 0.015 0.001 0.035 0.006 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.146 0.078 0.111 0.511 16 S 0.080 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.091 0.048 0.091 0.665 17 R 0.348 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.055 0.045 0.084 0.453 18 K 0.018 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.148 0.040 0.143 0.635 19 D 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.267 0.042 0.081 0.592 20 F 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.013 0.026 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.482 0.047 0.059 0.340 21 E 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 0.046 0.024 0.019 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.644 0.070 0.020 0.153 22 L 0.003 0.002 0.001 0.003 0.176 0.038 0.087 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 0.001 0.001 0.222 0.057 0.039 0.328 23 R 0.071 0.005 0.001 0.007 0.031 0.043 0.011 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.325 0.075 0.049 0.369 24 N 0.223 0.005 0.002 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.050 0.082 0.575 25 D 0.025 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.028 0.101 0.799 26 G 0.023 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.029 0.115 0.800 27 N 0.009 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.134 0.069 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.085 0.035 0.095 0.552 28 G 0.017 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.020 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.027 0.113 0.739 29 S 0.007 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.027 0.072 0.032 0.230 0.091 0.035 0.012 0.185 0.040 0.041 0.182 30 Y 0.019 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.011 0.032 0.078 0.026 0.013 0.122 0.082 0.078 0.508 31 I 0.043 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.014 0.037 0.031 0.019 0.310 0.120 0.067 0.339 32 E 0.063 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.014 0.018 0.348 0.055 0.082 0.397 33 K 0.026 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.380 0.039 0.072 0.473 34 W 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.418 0.032 0.076 0.460 35 N 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.315 0.048 0.070 0.545 36 L 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.245 0.026 0.084 0.629 37 R 0.016 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.102 0.033 0.093 0.751 38 A 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.104 0.037 0.106 0.747 39 P 0.006 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.027 0.096 0.844 40 L 0.041 0.034 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.091 0.016 0.119 0.694 41 P 0.019 0.097 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.014 0.083 0.759 42 T 0.046 0.778 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.053 0.011 0.108 43 Q 0.027 0.905 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.003 0.031 44 A 0.006 0.191 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.734 0.010 0.058 45 E 0.003 0.846 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.108 0.005 0.037 46 L 0.005 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.026 47 E 0.006 0.898 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.003 0.070 48 T 0.004 0.904 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.006 0.064 49 W 0.011 0.915 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.004 0.034 50 W 0.028 0.903 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.003 0.030 51 E 0.063 0.706 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.015 0.176 52 E 0.083 0.239 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.204 0.054 0.395 53 L 0.465 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.149 0.084 0.290 54 Q 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.021 0.084 0.869 55 K 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.040 0.952 56 N 0.054 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.033 0.094 0.809 57 P 0.166 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.048 0.099 0.672 58 P 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.008 0.059 0.912 59 Y 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.014 0.087 0.875 60 E 0.011 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.019 0.119 0.806 61 P 0.159 0.167 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.047 0.074 0.537 62 P 0.084 0.242 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.022 0.072 0.568 63 D 0.043 0.497 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.043 0.044 0.334 64 Q 0.061 0.564 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.019 0.052 0.025 0.271 65 V 0.032 0.713 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.016 0.018 0.193 66 E 0.057 0.513 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.056 0.029 0.317 67 L 0.022 0.547 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.051 0.050 0.301 68 L 0.076 0.794 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 0.010 0.101 69 A 0.123 0.341 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.396 0.018 0.116 70 Q 0.024 0.429 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.225 0.062 0.248 71 E 0.056 0.550 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.044 0.059 0.282 72 L 0.051 0.691 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.057 0.030 0.163 73 S 0.038 0.661 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.068 0.026 0.205 74 Q 0.004 0.833 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.007 0.122 75 E 0.007 0.875 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.006 0.069 76 K 0.007 0.935 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.004 0.046 77 L 0.007 0.848 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.085 0.004 0.053 78 A 0.010 0.927 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.004 0.034 79 R 0.018 0.885 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.004 0.059 80 K 0.004 0.913 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.005 0.057 81 Q 0.007 0.918 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.006 0.058 82 L 0.026 0.448 0.048 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.428 0.009 0.040 83 E 0.058 0.730 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.075 0.019 0.113 84 E 0.044 0.209 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.479 0.043 0.211 85 L 0.029 0.478 0.037 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.207 0.043 0.202 86 N 0.148 0.376 0.018 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.117 0.042 0.295 87 K 0.101 0.198 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.135 0.059 0.495 88 T 0.020 0.318 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.042 0.084 0.525 89 L 0.043 0.688 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.031 0.029 0.203 90 G 0.058 0.361 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.401 0.022 0.150 91 N 0.025 0.577 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.237 0.031 0.121 92 E 0.017 0.783 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.024 0.018 0.153 93 L 0.047 0.823 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.027 0.011 0.084 94 S 0.035 0.699 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.041 0.029 0.188 95 D 0.014 0.433 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.367 0.035 0.139 96 I 0.015 0.699 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.093 0.048 0.123 97 K 0.038 0.834 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.023 0.011 0.083 98 L 0.034 0.623 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.163 0.021 0.137 99 S 0.031 0.564 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.088 0.064 0.216 100 L 0.056 0.429 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.074 0.060 0.309 101 L 0.093 0.336 0.022 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.121 0.072 0.312 102 S 0.102 0.113 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.116 0.071 0.099 0.482 103 L 0.050 0.121 0.006 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.102 0.055 0.090 0.568 104 K 0.072 0.164 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.099 0.056 0.115 0.478 105 G 0.057 0.107 0.011 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.083 0.043 0.126 0.568 106 D 0.161 0.288 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.063 0.059 0.381 107 Y 0.205 0.240 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.048 0.065 0.402 108 A 0.061 0.303 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.062 0.081 0.444 109 E 0.108 0.259 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.101 0.058 0.420 110 L 0.119 0.206 0.018 0.003 0.003 0.002 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.148 0.077 0.380 111 E 0.120 0.131 0.009 0.007 0.003 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.073 0.072 0.529 112 H 0.121 0.056 0.009 0.004 0.004 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.079 0.069 0.614 113 H 0.079 0.027 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.065 0.073 0.705 114 H 0.107 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.037 0.066 0.756 115 H 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.017 0.077 0.853 116 H 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.012 0.079 0.879 117 H 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.027 0.021 0.112 0.823