# TARGET T0351 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0351.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.042 0.039 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.012 0.097 0.785 2 I 0.051 0.065 0.008 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.074 0.012 0.190 0.592 3 L 0.037 0.113 0.007 0.002 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.084 0.009 0.097 0.643 4 Y 0.027 0.280 0.002 0.001 0.010 0.006 0.013 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.189 0.006 0.061 0.399 5 D 0.020 0.507 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.089 0.006 0.051 0.317 6 A 0.054 0.636 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.088 0.011 0.033 0.172 7 I 0.033 0.712 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.128 0.008 0.009 0.102 8 M 0.040 0.588 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.192 0.012 0.008 0.143 9 Y 0.056 0.537 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 0.004 0.002 0.138 0.023 0.014 0.190 10 K 0.112 0.291 0.042 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.203 0.057 0.018 0.264 11 Y 0.106 0.170 0.061 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.111 0.022 0.029 0.473 12 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.996 13 N 0.021 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.004 0.002 0.001 0.109 0.010 0.107 0.715 14 A 0.472 0.013 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.017 0.033 0.398 15 V 0.126 0.053 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 0.003 0.001 0.007 0.002 0.001 0.001 0.202 0.005 0.129 0.451 16 S 0.029 0.019 0.002 0.001 0.007 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.082 0.004 0.073 0.772 17 R 0.049 0.032 0.002 0.001 0.001 0.007 0.003 0.002 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.268 0.007 0.128 0.489 18 K 0.128 0.020 0.006 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.179 0.018 0.210 0.434 19 D 0.108 0.021 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.244 0.013 0.160 0.440 20 F 0.084 0.033 0.005 0.002 0.010 0.002 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.006 0.583 0.013 0.027 0.215 21 E 0.031 0.022 0.002 0.001 0.005 0.006 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.026 0.022 0.010 0.530 0.006 0.077 0.250 22 L 0.009 0.012 0.003 0.001 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.005 0.003 0.020 0.025 0.028 0.017 0.553 0.003 0.039 0.269 23 R 0.004 0.011 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.005 0.030 0.010 0.020 0.089 0.073 0.024 0.009 0.505 0.004 0.034 0.176 24 N 0.011 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.027 0.031 0.006 0.005 0.002 0.001 0.001 0.273 0.007 0.065 0.543 25 D 0.020 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.098 0.039 0.008 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.150 0.013 0.135 0.520 26 G 0.044 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.070 0.017 0.180 0.672 27 N 0.087 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 0.013 0.238 0.597 28 G 0.131 0.006 0.009 0.005 0.003 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.105 0.021 0.129 0.578 29 S 0.034 0.004 0.009 0.008 0.030 0.040 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.217 0.006 0.244 0.398 30 Y 0.020 0.003 0.002 0.001 0.057 0.025 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.110 0.003 0.115 0.651 31 I 0.028 0.010 0.001 0.001 0.006 0.044 0.034 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.553 0.002 0.051 0.242 32 E 0.019 0.026 0.001 0.001 0.002 0.003 0.018 0.020 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.542 0.003 0.053 0.308 33 K 0.034 0.035 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.350 0.013 0.062 0.486 34 W 0.017 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.004 0.003 0.709 0.006 0.017 0.200 35 N 0.051 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.384 0.014 0.063 0.461 36 L 0.034 0.017 0.021 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.487 0.006 0.040 0.380 37 R 0.005 0.010 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.412 0.003 0.090 0.472 38 A 0.037 0.005 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.147 0.004 0.047 0.753 39 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 40 L 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 0.001 0.033 0.901 41 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 42 T 0.022 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.003 0.257 0.672 43 Q 0.034 0.043 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.089 0.003 0.062 0.767 44 A 0.011 0.077 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.010 0.248 0.634 45 E 0.054 0.068 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.638 0.233 46 L 0.029 0.871 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.090 47 E 0.006 0.903 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.008 0.079 48 T 0.007 0.887 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.094 49 W 0.013 0.949 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.031 50 W 0.005 0.969 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.020 51 E 0.005 0.955 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.034 52 E 0.013 0.945 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.029 53 L 0.057 0.898 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.028 54 Q 0.045 0.867 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.002 0.061 55 K 0.084 0.718 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.003 0.135 56 N 0.326 0.372 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.087 0.007 0.200 57 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 58 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 59 Y 0.105 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.005 0.091 0.754 60 E 0.346 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.007 0.068 0.521 61 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.995 62 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 63 D 0.029 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.005 0.145 0.762 64 Q 0.263 0.152 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.005 0.085 0.462 65 V 0.077 0.517 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.071 0.003 0.031 0.296 66 E 0.039 0.609 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.003 0.029 0.278 67 L 0.036 0.778 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.004 0.014 0.126 68 L 0.033 0.749 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.005 0.021 0.144 69 A 0.022 0.686 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.007 0.008 0.200 70 Q 0.027 0.670 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.015 0.017 0.258 71 E 0.117 0.577 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.022 0.036 0.233 72 L 0.044 0.847 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.091 73 S 0.041 0.810 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.011 0.122 74 Q 0.047 0.689 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 0.009 0.236 75 E 0.058 0.650 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.018 0.249 76 K 0.024 0.691 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.030 0.238 77 L 0.006 0.820 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 0.162 78 A 0.008 0.878 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.099 79 R 0.004 0.948 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.043 80 K 0.007 0.952 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.035 81 Q 0.008 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.019 82 L 0.009 0.956 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.027 83 E 0.010 0.928 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.048 84 E 0.020 0.901 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.004 0.059 85 L 0.046 0.881 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.003 0.052 86 N 0.018 0.917 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.052 87 K 0.016 0.860 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.003 0.100 88 T 0.029 0.866 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.007 0.079 89 L 0.045 0.827 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.031 0.008 0.080 90 G 0.045 0.753 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.024 0.012 0.154 91 N 0.048 0.562 0.054 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.021 0.053 0.255 92 E 0.047 0.627 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.020 0.038 0.250 93 L 0.054 0.776 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.011 0.019 0.123 94 S 0.063 0.666 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.020 0.037 0.169 95 D 0.177 0.474 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.042 0.032 0.244 96 I 0.287 0.369 0.058 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.049 0.028 0.185 97 K 0.032 0.343 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.253 0.010 0.097 0.245 98 L 0.015 0.240 0.026 0.003 0.006 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.266 0.006 0.050 0.380 99 S 0.029 0.189 0.004 0.001 0.003 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.461 0.008 0.075 0.216 100 L 0.071 0.148 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.371 0.018 0.050 0.334 101 L 0.095 0.251 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.420 0.014 0.024 0.173 102 S 0.068 0.236 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.360 0.015 0.047 0.253 103 L 0.053 0.215 0.036 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.295 0.014 0.027 0.345 104 K 0.025 0.146 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.004 0.003 0.398 0.010 0.059 0.330 105 G 0.056 0.102 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.259 0.014 0.055 0.494 106 D 0.059 0.120 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.104 0.008 0.110 0.574 107 Y 0.054 0.171 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.141 0.010 0.072 0.538 108 A 0.050 0.227 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.063 0.013 0.152 0.484 109 E 0.164 0.207 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.019 0.164 0.400 110 L 0.137 0.466 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.013 0.020 0.323 111 E 0.053 0.415 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.012 0.048 0.410 112 H 0.082 0.370 0.009 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.022 0.043 0.421 113 H 0.149 0.369 0.018 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.057 0.020 0.038 0.331 114 H 0.109 0.289 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.025 0.036 0.481 115 H 0.120 0.165 0.044 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.020 0.038 0.571 116 H 0.096 0.102 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.017 0.081 0.628 117 H 0.112 0.082 0.011 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.019 0.067 0.645