# TARGET T0351 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0351.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.081 0.028 0.009 0.023 0.013 0.025 0.060 0.002 0.001 0.005 0.755 2 I 0.076 0.035 0.008 0.045 0.033 0.045 0.124 0.003 0.001 0.006 0.626 3 L 0.125 0.073 0.009 0.047 0.039 0.057 0.108 0.002 0.001 0.006 0.534 4 Y 0.025 0.192 0.003 0.110 0.059 0.157 0.114 0.001 0.001 0.004 0.334 5 D 0.018 0.276 0.001 0.036 0.031 0.054 0.068 0.001 0.001 0.002 0.513 6 A 0.046 0.533 0.001 0.034 0.046 0.081 0.084 0.002 0.001 0.004 0.170 7 I 0.016 0.718 0.002 0.040 0.038 0.082 0.020 0.002 0.001 0.001 0.080 8 M 0.052 0.728 0.002 0.015 0.028 0.040 0.016 0.008 0.001 0.001 0.110 9 Y 0.076 0.732 0.004 0.015 0.020 0.053 0.008 0.023 0.001 0.001 0.068 10 K 0.238 0.424 0.020 0.007 0.008 0.012 0.007 0.051 0.001 0.001 0.232 11 Y 0.186 0.225 0.160 0.022 0.027 0.033 0.035 0.027 0.001 0.002 0.281 12 P 0.003 0.003 0.005 0.005 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.975 13 N 0.040 0.005 0.003 0.021 0.012 0.012 0.111 0.004 0.001 0.001 0.791 14 A 0.637 0.016 0.007 0.019 0.003 0.008 0.024 0.001 0.001 0.009 0.275 15 V 0.074 0.043 0.003 0.052 0.030 0.036 0.181 0.003 0.001 0.002 0.577 16 S 0.049 0.008 0.001 0.016 0.006 0.009 0.033 0.001 0.001 0.002 0.877 17 R 0.120 0.029 0.002 0.054 0.031 0.062 0.119 0.002 0.001 0.009 0.573 18 K 0.218 0.024 0.005 0.029 0.054 0.064 0.234 0.004 0.001 0.026 0.342 19 D 0.159 0.029 0.010 0.053 0.059 0.104 0.104 0.004 0.001 0.010 0.468 20 F 0.065 0.018 0.012 0.146 0.190 0.218 0.053 0.002 0.001 0.007 0.289 21 E 0.034 0.008 0.006 0.115 0.218 0.227 0.101 0.001 0.001 0.005 0.286 22 L 0.011 0.003 0.006 0.067 0.180 0.241 0.031 0.001 0.001 0.002 0.458 23 R 0.004 0.002 0.001 0.098 0.292 0.429 0.041 0.001 0.001 0.001 0.131 24 N 0.012 0.002 0.001 0.041 0.128 0.215 0.086 0.001 0.001 0.005 0.510 25 D 0.022 0.004 0.001 0.064 0.110 0.170 0.147 0.001 0.001 0.011 0.471 26 G 0.039 0.003 0.001 0.022 0.036 0.046 0.283 0.001 0.001 0.024 0.546 27 N 0.116 0.006 0.002 0.012 0.016 0.017 0.355 0.001 0.001 0.041 0.434 28 G 0.228 0.015 0.008 0.014 0.020 0.025 0.206 0.001 0.001 0.043 0.440 29 S 0.122 0.022 0.014 0.020 0.059 0.060 0.299 0.001 0.001 0.020 0.384 30 Y 0.020 0.012 0.005 0.018 0.081 0.134 0.162 0.001 0.001 0.005 0.563 31 I 0.010 0.014 0.001 0.038 0.203 0.491 0.056 0.001 0.001 0.002 0.184 32 E 0.011 0.023 0.001 0.035 0.222 0.399 0.055 0.001 0.001 0.002 0.252 33 K 0.025 0.037 0.001 0.024 0.145 0.320 0.057 0.002 0.001 0.005 0.385 34 W 0.094 0.058 0.004 0.090 0.184 0.257 0.063 0.005 0.001 0.006 0.239 35 N 0.060 0.037 0.005 0.065 0.127 0.158 0.092 0.008 0.001 0.007 0.440 36 L 0.048 0.023 0.017 0.087 0.116 0.178 0.055 0.003 0.001 0.005 0.467 37 R 0.029 0.010 0.006 0.058 0.062 0.115 0.072 0.004 0.001 0.004 0.639 38 A 0.055 0.006 0.009 0.052 0.048 0.102 0.056 0.001 0.001 0.003 0.667 39 P 0.004 0.001 0.001 0.010 0.004 0.008 0.008 0.001 0.001 0.001 0.964 40 L 0.044 0.002 0.002 0.064 0.023 0.092 0.129 0.001 0.001 0.005 0.640 41 P 0.015 0.001 0.001 0.009 0.003 0.005 0.011 0.001 0.001 0.001 0.955 42 T 0.048 0.010 0.001 0.036 0.020 0.029 0.152 0.001 0.001 0.002 0.702 43 Q 0.098 0.025 0.001 0.015 0.003 0.009 0.076 0.001 0.001 0.004 0.768 44 A 0.057 0.145 0.001 0.019 0.011 0.013 0.171 0.001 0.001 0.004 0.579 45 E 0.097 0.193 0.002 0.007 0.007 0.021 0.389 0.001 0.001 0.008 0.276 46 L 0.060 0.719 0.002 0.012 0.007 0.015 0.028 0.003 0.001 0.001 0.153 47 E 0.015 0.831 0.001 0.002 0.001 0.003 0.011 0.001 0.001 0.001 0.135 48 T 0.017 0.744 0.001 0.001 0.001 0.002 0.039 0.004 0.001 0.001 0.191 49 W 0.027 0.900 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 0.001 0.001 0.060 50 W 0.005 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 51 E 0.003 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 52 E 0.016 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 53 L 0.021 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.016 54 Q 0.080 0.869 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 0.025 55 K 0.146 0.695 0.060 0.001 0.001 0.002 0.001 0.017 0.001 0.001 0.077 56 N 0.141 0.296 0.008 0.007 0.003 0.004 0.002 0.195 0.001 0.001 0.343 57 P 0.147 0.022 0.005 0.005 0.001 0.001 0.002 0.014 0.001 0.001 0.803 58 P 0.006 0.001 0.010 0.004 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.971 59 Y 0.063 0.003 0.005 0.037 0.004 0.015 0.130 0.002 0.001 0.001 0.741 60 E 0.299 0.004 0.003 0.044 0.002 0.006 0.043 0.001 0.001 0.002 0.596 61 P 0.038 0.004 0.001 0.027 0.003 0.005 0.045 0.001 0.001 0.001 0.877 62 P 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.986 63 D 0.032 0.005 0.001 0.044 0.009 0.026 0.275 0.001 0.001 0.005 0.603 64 Q 0.323 0.027 0.001 0.017 0.008 0.016 0.126 0.001 0.001 0.010 0.471 65 V 0.161 0.373 0.003 0.053 0.017 0.034 0.055 0.001 0.001 0.003 0.300 66 E 0.065 0.339 0.002 0.036 0.020 0.037 0.074 0.002 0.001 0.002 0.422 67 L 0.099 0.507 0.003 0.026 0.019 0.035 0.033 0.004 0.001 0.002 0.271 68 L 0.069 0.636 0.006 0.011 0.016 0.024 0.025 0.006 0.001 0.001 0.206 69 A 0.047 0.595 0.008 0.014 0.019 0.050 0.041 0.008 0.001 0.003 0.216 70 Q 0.062 0.521 0.005 0.014 0.019 0.038 0.033 0.012 0.001 0.002 0.293 71 E 0.148 0.582 0.008 0.008 0.009 0.011 0.029 0.016 0.001 0.002 0.186 72 L 0.097 0.693 0.013 0.011 0.010 0.013 0.020 0.012 0.001 0.002 0.128 73 S 0.071 0.517 0.015 0.009 0.007 0.013 0.069 0.010 0.001 0.003 0.286 74 Q 0.068 0.399 0.023 0.005 0.005 0.008 0.060 0.007 0.001 0.002 0.423 75 E 0.066 0.517 0.006 0.007 0.004 0.008 0.068 0.006 0.001 0.003 0.315 76 K 0.057 0.525 0.004 0.005 0.004 0.006 0.135 0.009 0.001 0.005 0.250 77 L 0.038 0.748 0.004 0.002 0.001 0.002 0.021 0.002 0.001 0.001 0.182 78 A 0.023 0.882 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.002 0.001 0.001 0.080 79 R 0.031 0.899 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.007 0.001 0.001 0.050 80 K 0.043 0.874 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.072 81 Q 0.038 0.907 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.045 82 L 0.033 0.911 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.043 83 E 0.016 0.863 0.004 0.001 0.001 0.001 0.006 0.008 0.001 0.001 0.101 84 E 0.049 0.810 0.004 0.001 0.001 0.001 0.018 0.010 0.001 0.001 0.105 85 L 0.068 0.837 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.001 0.001 0.076 86 N 0.036 0.899 0.002 0.002 0.001 0.001 0.006 0.015 0.001 0.001 0.038 87 K 0.037 0.824 0.011 0.001 0.001 0.002 0.014 0.014 0.001 0.001 0.095 88 T 0.145 0.734 0.012 0.001 0.001 0.001 0.017 0.017 0.001 0.001 0.072 89 L 0.109 0.659 0.019 0.004 0.002 0.003 0.026 0.041 0.001 0.002 0.134 90 G 0.121 0.409 0.023 0.007 0.005 0.005 0.068 0.057 0.001 0.010 0.293 91 N 0.142 0.386 0.089 0.002 0.001 0.002 0.077 0.007 0.001 0.007 0.288 92 E 0.040 0.455 0.004 0.006 0.003 0.003 0.049 0.017 0.001 0.001 0.422 93 L 0.153 0.456 0.004 0.015 0.010 0.013 0.081 0.032 0.001 0.015 0.221 94 S 0.066 0.775 0.007 0.003 0.004 0.009 0.032 0.005 0.001 0.002 0.097 95 D 0.075 0.731 0.002 0.004 0.004 0.007 0.009 0.034 0.001 0.001 0.133 96 I 0.241 0.617 0.010 0.003 0.005 0.003 0.005 0.011 0.001 0.001 0.103 97 K 0.094 0.555 0.018 0.017 0.033 0.034 0.066 0.041 0.001 0.005 0.135 98 L 0.040 0.467 0.107 0.044 0.044 0.081 0.034 0.013 0.001 0.003 0.167 99 S 0.019 0.342 0.005 0.171 0.118 0.178 0.045 0.011 0.001 0.002 0.109 100 L 0.063 0.275 0.008 0.084 0.076 0.117 0.055 0.020 0.001 0.005 0.296 101 L 0.048 0.229 0.012 0.310 0.146 0.137 0.019 0.013 0.001 0.002 0.082 102 S 0.042 0.152 0.013 0.154 0.089 0.141 0.089 0.017 0.001 0.007 0.295 103 L 0.056 0.080 0.020 0.216 0.147 0.195 0.059 0.011 0.001 0.006 0.208 104 K 0.047 0.042 0.011 0.145 0.071 0.123 0.115 0.013 0.001 0.007 0.427 105 G 0.050 0.018 0.033 0.105 0.054 0.078 0.105 0.004 0.001 0.011 0.542 106 D 0.032 0.010 0.006 0.046 0.030 0.046 0.270 0.002 0.001 0.007 0.551 107 Y 0.046 0.011 0.008 0.044 0.018 0.027 0.099 0.001 0.001 0.011 0.735 108 A 0.034 0.026 0.002 0.034 0.023 0.038 0.299 0.001 0.001 0.011 0.530 109 E 0.101 0.036 0.002 0.017 0.021 0.029 0.282 0.003 0.001 0.021 0.489 110 L 0.230 0.206 0.005 0.028 0.027 0.041 0.114 0.004 0.001 0.013 0.332 111 E 0.100 0.233 0.006 0.018 0.034 0.044 0.146 0.006 0.001 0.011 0.401 112 H 0.135 0.237 0.007 0.016 0.035 0.053 0.108 0.011 0.001 0.010 0.388 113 H 0.212 0.224 0.010 0.014 0.026 0.035 0.062 0.016 0.001 0.006 0.394 114 H 0.169 0.183 0.017 0.014 0.025 0.033 0.100 0.014 0.001 0.009 0.435 115 H 0.099 0.077 0.019 0.013 0.019 0.032 0.084 0.008 0.001 0.007 0.643 116 H 0.120 0.053 0.010 0.018 0.022 0.029 0.130 0.008 0.001 0.007 0.602 117 H 0.156 0.051 0.012 0.022 0.017 0.028 0.096 0.004 0.001 0.009 0.604