# TARGET T0351 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0351.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.039 0.024 0.018 0.016 0.022 0.083 0.005 0.794 2 I 0.036 0.051 0.018 0.024 0.029 0.116 0.006 0.721 3 L 0.061 0.161 0.032 0.040 0.073 0.098 0.007 0.529 4 Y 0.038 0.250 0.029 0.042 0.092 0.093 0.005 0.451 5 D 0.022 0.470 0.013 0.028 0.042 0.079 0.005 0.343 6 A 0.036 0.784 0.007 0.014 0.026 0.026 0.005 0.101 7 I 0.015 0.908 0.004 0.011 0.013 0.007 0.004 0.038 8 M 0.014 0.924 0.005 0.009 0.014 0.004 0.005 0.024 9 Y 0.033 0.872 0.009 0.019 0.016 0.003 0.016 0.033 10 K 0.092 0.667 0.024 0.023 0.031 0.007 0.074 0.081 11 Y 0.139 0.294 0.073 0.083 0.095 0.022 0.033 0.260 12 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 13 N 0.029 0.020 0.020 0.041 0.067 0.126 0.015 0.681 14 A 0.546 0.018 0.021 0.009 0.010 0.031 0.018 0.347 15 V 0.192 0.045 0.067 0.054 0.052 0.149 0.012 0.429 16 S 0.038 0.014 0.021 0.024 0.033 0.076 0.005 0.789 17 R 0.074 0.032 0.045 0.041 0.107 0.140 0.010 0.551 18 K 0.059 0.030 0.028 0.040 0.055 0.283 0.020 0.486 19 D 0.101 0.040 0.042 0.074 0.092 0.202 0.025 0.424 20 F 0.112 0.048 0.053 0.211 0.221 0.073 0.011 0.270 21 E 0.035 0.013 0.053 0.266 0.403 0.072 0.005 0.152 22 L 0.018 0.008 0.045 0.330 0.357 0.040 0.003 0.200 23 R 0.014 0.010 0.038 0.378 0.428 0.033 0.002 0.097 24 N 0.012 0.009 0.025 0.192 0.324 0.055 0.005 0.379 25 D 0.028 0.009 0.023 0.077 0.174 0.115 0.011 0.564 26 G 0.054 0.007 0.010 0.028 0.032 0.302 0.025 0.542 27 N 0.090 0.006 0.012 0.021 0.020 0.332 0.047 0.472 28 G 0.112 0.025 0.070 0.078 0.057 0.140 0.053 0.466 29 S 0.174 0.003 0.034 0.047 0.116 0.421 0.007 0.198 30 Y 0.009 0.001 0.013 0.050 0.063 0.043 0.001 0.819 31 I 0.022 0.004 0.032 0.181 0.607 0.069 0.001 0.083 32 E 0.013 0.006 0.042 0.299 0.436 0.052 0.003 0.149 33 K 0.012 0.018 0.026 0.184 0.437 0.031 0.002 0.289 34 W 0.031 0.018 0.064 0.262 0.439 0.048 0.005 0.131 35 N 0.063 0.019 0.033 0.249 0.215 0.070 0.015 0.336 36 L 0.047 0.019 0.178 0.147 0.347 0.037 0.011 0.214 37 R 0.023 0.019 0.043 0.048 0.123 0.208 0.012 0.523 38 A 0.178 0.017 0.064 0.055 0.085 0.144 0.018 0.439 39 P 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.991 40 L 0.077 0.007 0.151 0.047 0.040 0.109 0.018 0.551 41 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 42 T 0.010 0.013 0.022 0.021 0.096 0.206 0.001 0.631 43 Q 0.038 0.015 0.011 0.002 0.018 0.042 0.001 0.873 44 A 0.033 0.035 0.003 0.002 0.004 0.246 0.002 0.676 45 E 0.018 0.020 0.001 0.001 0.001 0.926 0.001 0.034 46 L 0.041 0.940 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 47 E 0.004 0.962 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.027 48 T 0.017 0.912 0.003 0.001 0.001 0.007 0.006 0.053 49 W 0.032 0.932 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.029 50 W 0.010 0.949 0.002 0.001 0.004 0.002 0.002 0.029 51 E 0.008 0.934 0.002 0.001 0.001 0.007 0.004 0.044 52 E 0.014 0.951 0.002 0.001 0.001 0.002 0.005 0.026 53 L 0.025 0.929 0.003 0.001 0.001 0.002 0.008 0.032 54 Q 0.042 0.848 0.010 0.005 0.006 0.007 0.016 0.067 55 K 0.077 0.606 0.026 0.008 0.010 0.015 0.053 0.206 56 N 0.167 0.428 0.048 0.017 0.016 0.020 0.062 0.243 57 P 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.989 58 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.997 59 Y 0.075 0.008 0.021 0.016 0.026 0.102 0.014 0.737 60 E 0.304 0.017 0.019 0.011 0.015 0.093 0.014 0.528 61 P 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.990 62 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 63 D 0.020 0.006 0.009 0.017 0.029 0.233 0.003 0.684 64 Q 0.348 0.038 0.010 0.009 0.021 0.096 0.005 0.472 65 V 0.094 0.321 0.023 0.037 0.063 0.065 0.002 0.396 66 E 0.023 0.616 0.014 0.024 0.030 0.057 0.002 0.234 67 L 0.043 0.789 0.012 0.014 0.024 0.019 0.004 0.094 68 L 0.045 0.829 0.004 0.010 0.018 0.023 0.008 0.062 69 A 0.059 0.808 0.008 0.007 0.020 0.013 0.010 0.074 70 Q 0.044 0.781 0.004 0.004 0.006 0.020 0.013 0.127 71 E 0.121 0.679 0.003 0.002 0.003 0.033 0.025 0.133 72 L 0.065 0.860 0.006 0.002 0.003 0.006 0.007 0.052 73 S 0.027 0.816 0.006 0.003 0.005 0.022 0.009 0.110 74 Q 0.089 0.619 0.011 0.003 0.005 0.019 0.018 0.235 75 E 0.083 0.696 0.016 0.003 0.004 0.032 0.015 0.151 76 K 0.030 0.773 0.013 0.003 0.003 0.032 0.009 0.137 77 L 0.013 0.813 0.010 0.003 0.003 0.018 0.004 0.136 78 A 0.038 0.814 0.011 0.003 0.007 0.027 0.007 0.092 79 R 0.035 0.837 0.012 0.002 0.005 0.021 0.006 0.081 80 K 0.026 0.860 0.004 0.002 0.002 0.020 0.006 0.081 81 Q 0.033 0.891 0.003 0.001 0.001 0.010 0.007 0.054 82 L 0.048 0.879 0.004 0.002 0.003 0.004 0.008 0.052 83 E 0.022 0.842 0.012 0.003 0.006 0.017 0.008 0.091 84 E 0.053 0.797 0.005 0.002 0.003 0.018 0.011 0.112 85 L 0.063 0.857 0.008 0.001 0.002 0.006 0.010 0.054 86 N 0.050 0.840 0.008 0.002 0.003 0.007 0.017 0.072 87 K 0.153 0.568 0.048 0.005 0.005 0.014 0.043 0.163 88 T 0.136 0.457 0.064 0.007 0.008 0.087 0.034 0.208 89 L 0.143 0.441 0.046 0.008 0.013 0.084 0.036 0.229 90 G 0.096 0.479 0.084 0.012 0.016 0.052 0.020 0.241 91 N 0.058 0.236 0.073 0.011 0.015 0.159 0.016 0.432 92 E 0.104 0.271 0.025 0.009 0.016 0.158 0.015 0.402 93 L 0.108 0.597 0.024 0.011 0.027 0.052 0.009 0.173 94 S 0.035 0.536 0.018 0.017 0.022 0.086 0.016 0.270 95 D 0.101 0.416 0.012 0.009 0.012 0.031 0.023 0.396 96 I 0.218 0.433 0.027 0.017 0.023 0.070 0.023 0.188 97 K 0.063 0.582 0.032 0.034 0.040 0.110 0.021 0.120 98 L 0.041 0.660 0.058 0.035 0.056 0.039 0.014 0.098 99 S 0.039 0.674 0.062 0.059 0.056 0.041 0.010 0.058 100 L 0.045 0.591 0.076 0.044 0.062 0.027 0.015 0.139 101 L 0.068 0.590 0.109 0.064 0.089 0.019 0.018 0.045 102 S 0.099 0.471 0.116 0.096 0.100 0.032 0.025 0.061 103 L 0.168 0.325 0.110 0.093 0.124 0.027 0.043 0.111 104 K 0.192 0.189 0.165 0.065 0.118 0.058 0.033 0.180 105 G 0.121 0.127 0.109 0.071 0.070 0.073 0.042 0.387 106 D 0.080 0.074 0.062 0.024 0.042 0.096 0.022 0.601 107 Y 0.077 0.080 0.052 0.019 0.060 0.075 0.011 0.624 108 A 0.061 0.093 0.026 0.017 0.031 0.320 0.014 0.439 109 E 0.131 0.161 0.017 0.011 0.018 0.257 0.018 0.386 110 L 0.167 0.462 0.020 0.011 0.020 0.045 0.009 0.266 111 E 0.074 0.413 0.021 0.017 0.028 0.117 0.017 0.314 112 H 0.125 0.402 0.021 0.019 0.026 0.060 0.027 0.321 113 H 0.188 0.431 0.021 0.017 0.029 0.038 0.025 0.250 114 H 0.139 0.217 0.029 0.022 0.030 0.053 0.034 0.476 115 H 0.149 0.123 0.041 0.024 0.030 0.062 0.033 0.537 116 H 0.104 0.053 0.031 0.018 0.028 0.091 0.018 0.657 117 H 0.071 0.040 0.027 0.024 0.037 0.089 0.011 0.701