# TARGET T0351 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0351.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.006 0.001 0.001 0.016 0.002 0.001 0.974 2 I 0.067 0.040 0.004 0.320 0.006 0.009 0.554 3 L 0.027 0.004 0.007 0.878 0.006 0.013 0.065 4 Y 0.030 0.001 0.013 0.888 0.012 0.009 0.048 5 D 0.043 0.001 0.012 0.918 0.007 0.006 0.014 6 A 0.054 0.001 0.017 0.893 0.007 0.015 0.013 7 I 0.076 0.003 0.013 0.862 0.006 0.026 0.014 8 M 0.087 0.002 0.016 0.830 0.013 0.037 0.014 9 Y 0.145 0.004 0.022 0.672 0.019 0.096 0.043 10 K 0.133 0.028 0.021 0.468 0.077 0.105 0.168 11 Y 0.048 0.017 0.021 0.118 0.254 0.031 0.510 12 P 0.018 0.006 0.092 0.059 0.164 0.463 0.198 13 N 0.022 0.011 0.069 0.029 0.175 0.528 0.166 14 A 0.052 0.018 0.075 0.031 0.261 0.145 0.418 15 V 0.119 0.041 0.024 0.014 0.210 0.052 0.540 16 S 0.144 0.039 0.032 0.008 0.149 0.060 0.569 17 R 0.166 0.014 0.198 0.030 0.142 0.145 0.306 18 K 0.284 0.009 0.172 0.021 0.165 0.126 0.223 19 D 0.400 0.012 0.107 0.017 0.083 0.094 0.286 20 F 0.700 0.008 0.011 0.009 0.020 0.017 0.235 21 E 0.899 0.022 0.002 0.005 0.004 0.003 0.066 22 L 0.913 0.021 0.001 0.004 0.004 0.002 0.055 23 R 0.659 0.007 0.003 0.009 0.052 0.021 0.250 24 N 0.360 0.015 0.007 0.009 0.243 0.120 0.245 25 D 0.080 0.006 0.013 0.006 0.299 0.277 0.318 26 G 0.059 0.011 0.014 0.006 0.399 0.232 0.279 27 N 0.085 0.016 0.018 0.010 0.267 0.205 0.399 28 G 0.185 0.022 0.016 0.013 0.193 0.082 0.490 29 S 0.366 0.027 0.012 0.023 0.135 0.043 0.394 30 Y 0.746 0.036 0.006 0.015 0.077 0.023 0.098 31 I 0.786 0.007 0.008 0.019 0.027 0.007 0.145 32 E 0.805 0.002 0.010 0.016 0.050 0.012 0.106 33 K 0.900 0.003 0.009 0.016 0.016 0.010 0.046 34 W 0.888 0.006 0.005 0.015 0.008 0.009 0.069 35 N 0.869 0.010 0.003 0.009 0.011 0.017 0.081 36 L 0.645 0.009 0.002 0.004 0.026 0.013 0.301 37 R 0.308 0.014 0.003 0.004 0.140 0.024 0.508 38 A 0.097 0.012 0.001 0.001 0.342 0.008 0.540 39 P 0.034 0.008 0.001 0.001 0.167 0.024 0.765 40 L 0.034 0.028 0.001 0.002 0.131 0.014 0.791 41 P 0.018 0.024 0.001 0.006 0.096 0.010 0.844 42 T 0.009 0.013 0.002 0.017 0.062 0.008 0.889 43 Q 0.001 0.001 0.020 0.960 0.004 0.010 0.005 44 A 0.001 0.001 0.011 0.980 0.001 0.006 0.001 45 E 0.001 0.001 0.018 0.972 0.001 0.006 0.002 46 L 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.004 0.001 47 E 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.007 0.001 48 T 0.001 0.001 0.001 0.982 0.001 0.017 0.001 49 W 0.001 0.001 0.001 0.976 0.001 0.014 0.008 50 W 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.003 0.003 51 E 0.001 0.001 0.002 0.990 0.001 0.006 0.001 52 E 0.001 0.001 0.004 0.979 0.001 0.015 0.001 53 L 0.001 0.001 0.016 0.928 0.002 0.051 0.002 54 Q 0.001 0.003 0.025 0.785 0.012 0.161 0.013 55 K 0.001 0.001 0.035 0.487 0.028 0.424 0.024 56 N 0.002 0.004 0.006 0.070 0.526 0.072 0.320 57 P 0.002 0.005 0.009 0.005 0.101 0.026 0.852 58 P 0.002 0.004 0.111 0.008 0.054 0.726 0.096 59 Y 0.004 0.008 0.163 0.006 0.158 0.602 0.060 60 E 0.012 0.010 0.026 0.005 0.499 0.022 0.425 61 P 0.009 0.013 0.003 0.005 0.031 0.006 0.932 62 P 0.020 0.020 0.129 0.333 0.064 0.172 0.262 63 D 0.030 0.024 0.128 0.549 0.057 0.128 0.084 64 Q 0.017 0.005 0.085 0.783 0.013 0.026 0.072 65 V 0.019 0.004 0.040 0.845 0.009 0.028 0.056 66 E 0.028 0.005 0.046 0.795 0.026 0.046 0.054 67 L 0.020 0.006 0.061 0.739 0.036 0.070 0.066 68 L 0.023 0.010 0.029 0.715 0.034 0.090 0.100 69 A 0.008 0.003 0.079 0.758 0.020 0.070 0.063 70 Q 0.005 0.001 0.125 0.697 0.029 0.101 0.043 71 E 0.003 0.002 0.091 0.696 0.022 0.135 0.051 72 L 0.005 0.008 0.040 0.631 0.069 0.087 0.159 73 S 0.005 0.006 0.026 0.616 0.046 0.130 0.171 74 Q 0.003 0.002 0.028 0.756 0.049 0.088 0.074 75 E 0.003 0.001 0.013 0.871 0.029 0.024 0.060 76 K 0.002 0.001 0.008 0.935 0.014 0.010 0.031 77 L 0.002 0.002 0.013 0.943 0.006 0.013 0.022 78 A 0.002 0.001 0.014 0.948 0.003 0.020 0.013 79 R 0.003 0.001 0.010 0.955 0.005 0.016 0.011 80 K 0.002 0.001 0.006 0.964 0.005 0.018 0.006 81 Q 0.001 0.001 0.005 0.956 0.003 0.027 0.008 82 L 0.001 0.001 0.004 0.962 0.003 0.019 0.011 83 E 0.001 0.001 0.008 0.968 0.002 0.020 0.003 84 E 0.001 0.001 0.012 0.949 0.002 0.033 0.004 85 L 0.001 0.001 0.018 0.923 0.003 0.046 0.010 86 N 0.001 0.001 0.015 0.926 0.007 0.037 0.012 87 K 0.001 0.001 0.029 0.864 0.011 0.083 0.011 88 T 0.001 0.001 0.024 0.848 0.014 0.103 0.010 89 L 0.001 0.001 0.017 0.837 0.010 0.123 0.011 90 G 0.002 0.001 0.050 0.731 0.025 0.147 0.044 91 N 0.004 0.002 0.127 0.647 0.034 0.138 0.048 92 E 0.005 0.003 0.102 0.745 0.025 0.090 0.028 93 L 0.008 0.004 0.056 0.808 0.022 0.050 0.051 94 S 0.009 0.001 0.039 0.736 0.029 0.140 0.047 95 D 0.015 0.001 0.029 0.795 0.028 0.111 0.021 96 I 0.112 0.007 0.015 0.747 0.024 0.035 0.060 97 K 0.243 0.012 0.015 0.574 0.019 0.040 0.096 98 L 0.415 0.005 0.034 0.348 0.046 0.036 0.115 99 S 0.431 0.004 0.032 0.329 0.078 0.040 0.087 100 L 0.466 0.003 0.045 0.377 0.024 0.051 0.035 101 L 0.592 0.006 0.016 0.290 0.016 0.042 0.039 102 S 0.574 0.005 0.013 0.306 0.011 0.045 0.047 103 L 0.512 0.008 0.011 0.296 0.021 0.071 0.081 104 K 0.293 0.012 0.014 0.213 0.074 0.182 0.212 105 G 0.136 0.008 0.013 0.082 0.331 0.160 0.269 106 D 0.176 0.019 0.013 0.070 0.206 0.090 0.426 107 Y 0.120 0.017 0.059 0.319 0.148 0.116 0.220 108 A 0.074 0.007 0.077 0.379 0.112 0.167 0.183 109 E 0.084 0.008 0.107 0.356 0.099 0.166 0.179 110 L 0.126 0.015 0.110 0.331 0.081 0.091 0.245 111 E 0.176 0.017 0.097 0.252 0.080 0.131 0.246 112 H 0.143 0.018 0.111 0.254 0.091 0.165 0.217 113 H 0.111 0.016 0.056 0.196 0.118 0.154 0.350 114 H 0.065 0.016 0.060 0.111 0.185 0.176 0.387 115 H 0.037 0.011 0.045 0.076 0.194 0.222 0.416 116 H 0.022 0.013 0.026 0.042 0.046 0.148 0.703 117 H 0.002 0.001 0.001 0.002 0.006 0.002 0.986