# TARGET T0351 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0351.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.367 0.148 0.201 0.086 0.078 0.017 0.055 0.025 0.013 0.010 0.001 2 I 0.340 0.216 0.265 0.039 0.041 0.054 0.014 0.003 0.023 0.004 0.001 3 L 0.632 0.152 0.103 0.053 0.008 0.039 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 4 Y 0.673 0.181 0.062 0.038 0.020 0.010 0.004 0.001 0.010 0.001 0.001 5 D 0.673 0.100 0.126 0.039 0.019 0.026 0.008 0.002 0.005 0.001 0.001 6 A 0.599 0.236 0.053 0.031 0.061 0.008 0.003 0.002 0.006 0.001 0.001 7 I 0.341 0.527 0.049 0.025 0.037 0.007 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 8 M 0.295 0.390 0.205 0.032 0.022 0.031 0.003 0.001 0.019 0.001 0.001 9 Y 0.249 0.410 0.112 0.076 0.083 0.030 0.011 0.002 0.025 0.001 0.001 10 K 0.233 0.290 0.222 0.130 0.023 0.065 0.012 0.002 0.021 0.002 0.001 11 Y 0.015 0.229 0.187 0.004 0.040 0.028 0.029 0.001 0.466 0.002 0.001 12 P 0.370 0.005 0.531 0.018 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.002 0.058 13 N 0.159 0.068 0.141 0.368 0.039 0.086 0.072 0.026 0.037 0.004 0.001 14 A 0.158 0.254 0.312 0.114 0.067 0.038 0.016 0.011 0.022 0.006 0.001 15 V 0.166 0.354 0.265 0.074 0.034 0.030 0.016 0.002 0.056 0.002 0.001 16 S 0.116 0.098 0.657 0.039 0.024 0.039 0.006 0.005 0.006 0.006 0.003 17 R 0.276 0.209 0.204 0.136 0.065 0.042 0.025 0.011 0.027 0.004 0.001 18 K 0.199 0.378 0.195 0.058 0.106 0.015 0.015 0.004 0.022 0.007 0.001 19 D 0.175 0.205 0.264 0.199 0.028 0.068 0.026 0.002 0.028 0.001 0.004 20 F 0.033 0.457 0.224 0.040 0.180 0.023 0.012 0.004 0.024 0.003 0.001 21 E 0.012 0.738 0.159 0.005 0.032 0.025 0.002 0.001 0.026 0.001 0.001 22 L 0.029 0.501 0.365 0.012 0.011 0.058 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 23 R 0.076 0.534 0.198 0.040 0.063 0.046 0.005 0.001 0.036 0.002 0.001 24 N 0.118 0.307 0.120 0.109 0.124 0.072 0.076 0.008 0.053 0.012 0.001 25 D 0.092 0.086 0.131 0.333 0.047 0.030 0.196 0.014 0.063 0.007 0.002 26 G 0.040 0.011 0.064 0.020 0.082 0.002 0.038 0.361 0.001 0.379 0.001 27 N 0.145 0.095 0.190 0.339 0.040 0.034 0.107 0.013 0.023 0.010 0.002 28 G 0.109 0.085 0.249 0.043 0.169 0.005 0.029 0.166 0.002 0.141 0.001 29 S 0.214 0.357 0.231 0.074 0.083 0.016 0.007 0.004 0.010 0.003 0.001 30 Y 0.117 0.490 0.230 0.029 0.088 0.025 0.004 0.002 0.012 0.003 0.001 31 I 0.161 0.601 0.107 0.017 0.049 0.028 0.002 0.001 0.033 0.001 0.001 32 E 0.398 0.381 0.127 0.029 0.036 0.020 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 33 K 0.095 0.579 0.118 0.051 0.076 0.027 0.007 0.001 0.045 0.001 0.001 34 W 0.072 0.456 0.194 0.127 0.100 0.012 0.010 0.004 0.021 0.004 0.001 35 N 0.015 0.118 0.087 0.028 0.031 0.240 0.338 0.003 0.138 0.002 0.001 36 L 0.147 0.406 0.224 0.134 0.039 0.030 0.003 0.001 0.014 0.001 0.001 37 R 0.204 0.137 0.283 0.237 0.019 0.063 0.019 0.003 0.030 0.004 0.001 38 A 0.022 0.338 0.480 0.003 0.062 0.011 0.018 0.001 0.061 0.002 0.001 39 P 0.064 0.007 0.827 0.006 0.001 0.042 0.001 0.001 0.003 0.001 0.051 40 L 0.018 0.194 0.657 0.001 0.021 0.019 0.006 0.001 0.081 0.002 0.001 41 P 0.087 0.004 0.837 0.007 0.001 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 42 T 0.028 0.236 0.447 0.027 0.167 0.050 0.003 0.003 0.035 0.004 0.001 43 Q 0.946 0.008 0.014 0.020 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 A 0.975 0.001 0.004 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 E 0.941 0.001 0.007 0.040 0.001 0.006 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 46 L 0.971 0.001 0.003 0.022 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 47 E 0.989 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 48 T 0.982 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 49 W 0.985 0.001 0.002 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 W 0.991 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 51 E 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 52 E 0.976 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 53 L 0.895 0.003 0.016 0.080 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 54 Q 0.836 0.034 0.049 0.065 0.004 0.006 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 55 K 0.442 0.049 0.082 0.383 0.007 0.016 0.008 0.004 0.007 0.001 0.001 56 N 0.024 0.238 0.339 0.005 0.018 0.014 0.007 0.001 0.353 0.001 0.001 57 P 0.103 0.007 0.812 0.001 0.001 0.014 0.003 0.001 0.007 0.001 0.051 58 P 0.483 0.007 0.420 0.044 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 59 Y 0.180 0.124 0.268 0.297 0.036 0.046 0.020 0.009 0.017 0.001 0.001 60 E 0.016 0.246 0.544 0.002 0.021 0.012 0.007 0.001 0.151 0.001 0.001 61 P 0.028 0.002 0.914 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.045 62 P 0.380 0.003 0.568 0.004 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 63 D 0.581 0.047 0.259 0.033 0.021 0.026 0.005 0.015 0.007 0.005 0.001 64 Q 0.899 0.019 0.019 0.041 0.003 0.011 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 65 V 0.933 0.025 0.015 0.018 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 66 E 0.953 0.009 0.013 0.014 0.002 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 67 L 0.944 0.011 0.013 0.024 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 68 L 0.921 0.010 0.021 0.037 0.001 0.005 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 69 A 0.968 0.003 0.008 0.016 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 Q 0.968 0.002 0.007 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 E 0.962 0.001 0.003 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 L 0.957 0.003 0.009 0.027 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 S 0.968 0.002 0.005 0.020 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 74 Q 0.907 0.003 0.005 0.077 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 E 0.893 0.008 0.018 0.072 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 76 K 0.928 0.007 0.017 0.018 0.002 0.005 0.012 0.006 0.002 0.002 0.001 77 L 0.969 0.002 0.006 0.013 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 78 A 0.967 0.001 0.002 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 R 0.991 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 K 0.990 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 Q 0.977 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 L 0.933 0.003 0.009 0.049 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 E 0.983 0.002 0.005 0.007 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 84 E 0.982 0.001 0.003 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 L 0.926 0.002 0.004 0.066 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 86 N 0.757 0.007 0.018 0.145 0.003 0.014 0.036 0.010 0.009 0.001 0.001 87 K 0.897 0.013 0.022 0.047 0.002 0.007 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 88 T 0.874 0.018 0.033 0.056 0.004 0.006 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 89 L 0.702 0.007 0.032 0.247 0.001 0.004 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 90 G 0.545 0.004 0.036 0.041 0.017 0.003 0.045 0.241 0.003 0.065 0.001 91 N 0.866 0.014 0.041 0.057 0.003 0.009 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 92 E 0.902 0.013 0.034 0.039 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 93 L 0.881 0.012 0.018 0.073 0.001 0.007 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 94 S 0.863 0.019 0.042 0.050 0.011 0.003 0.006 0.003 0.001 0.003 0.001 95 D 0.629 0.018 0.020 0.237 0.008 0.026 0.045 0.008 0.008 0.001 0.001 96 I 0.227 0.435 0.186 0.075 0.022 0.023 0.003 0.001 0.027 0.001 0.001 97 K 0.293 0.191 0.307 0.019 0.008 0.140 0.014 0.001 0.026 0.001 0.001 98 L 0.726 0.139 0.063 0.030 0.013 0.016 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 99 S 0.828 0.079 0.031 0.031 0.015 0.008 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 100 L 0.637 0.084 0.062 0.161 0.013 0.021 0.005 0.001 0.015 0.001 0.001 101 L 0.264 0.295 0.208 0.133 0.040 0.024 0.011 0.004 0.019 0.001 0.001 102 S 0.232 0.323 0.185 0.046 0.044 0.071 0.052 0.003 0.040 0.002 0.001 103 L 0.222 0.356 0.235 0.084 0.027 0.043 0.004 0.001 0.026 0.001 0.001 104 K 0.176 0.246 0.225 0.155 0.038 0.068 0.032 0.005 0.050 0.004 0.001 105 G 0.160 0.096 0.174 0.034 0.277 0.009 0.038 0.069 0.007 0.136 0.001 106 D 0.216 0.139 0.295 0.109 0.056 0.115 0.020 0.005 0.037 0.005 0.004 107 Y 0.602 0.078 0.090 0.157 0.016 0.025 0.012 0.004 0.014 0.002 0.001 108 A 0.725 0.043 0.083 0.098 0.016 0.010 0.011 0.005 0.004 0.004 0.001 109 E 0.480 0.096 0.112 0.189 0.033 0.028 0.028 0.006 0.024 0.002 0.001 110 L 0.470 0.131 0.159 0.131 0.024 0.030 0.028 0.005 0.017 0.002 0.001 111 E 0.543 0.173 0.121 0.085 0.025 0.019 0.013 0.003 0.013 0.003 0.001 112 H 0.379 0.147 0.161 0.163 0.028 0.042 0.037 0.004 0.035 0.002 0.001 113 H 0.389 0.142 0.139 0.223 0.018 0.034 0.026 0.003 0.023 0.002 0.001 114 H 0.254 0.117 0.128 0.225 0.041 0.068 0.115 0.011 0.033 0.007 0.001 115 H 0.302 0.173 0.155 0.237 0.043 0.026 0.028 0.010 0.019 0.006 0.001 116 H 0.255 0.187 0.218 0.195 0.029 0.040 0.033 0.009 0.030 0.004 0.001 117 H 0.195 0.209 0.273 0.141 0.043 0.044 0.047 0.010 0.030 0.008 0.001