# TARGET T0351 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0351.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.493 0.282 0.117 0.062 0.031 0.012 0.002 2 I 0.118 0.232 0.285 0.225 0.108 0.030 0.003 3 L 0.051 0.055 0.083 0.183 0.275 0.302 0.051 4 Y 0.036 0.073 0.117 0.222 0.306 0.214 0.031 5 D 0.074 0.207 0.311 0.252 0.104 0.044 0.008 6 A 0.030 0.043 0.079 0.179 0.315 0.300 0.054 7 I 0.010 0.015 0.021 0.047 0.170 0.469 0.268 8 M 0.025 0.080 0.152 0.259 0.230 0.185 0.068 9 Y 0.039 0.077 0.134 0.214 0.257 0.204 0.076 10 K 0.029 0.097 0.180 0.279 0.243 0.148 0.024 11 Y 0.036 0.060 0.099 0.198 0.296 0.259 0.052 12 P 0.129 0.180 0.189 0.217 0.176 0.090 0.019 13 N 0.245 0.290 0.188 0.146 0.083 0.040 0.009 14 A 0.076 0.101 0.151 0.241 0.231 0.165 0.035 15 V 0.087 0.177 0.219 0.226 0.172 0.096 0.022 16 S 0.118 0.202 0.205 0.203 0.164 0.089 0.018 17 R 0.133 0.255 0.265 0.202 0.106 0.033 0.006 18 K 0.140 0.277 0.248 0.180 0.105 0.044 0.007 19 D 0.062 0.218 0.290 0.253 0.124 0.046 0.007 20 F 0.012 0.031 0.082 0.227 0.389 0.239 0.019 21 E 0.051 0.263 0.345 0.232 0.084 0.022 0.003 22 L 0.010 0.024 0.063 0.215 0.388 0.282 0.018 23 R 0.079 0.257 0.330 0.229 0.089 0.016 0.001 24 N 0.258 0.361 0.226 0.114 0.035 0.006 0.001 25 D 0.366 0.300 0.193 0.100 0.034 0.007 0.001 26 G 0.184 0.227 0.255 0.219 0.097 0.017 0.001 27 N 0.391 0.356 0.164 0.064 0.019 0.005 0.001 28 G 0.062 0.140 0.257 0.311 0.183 0.044 0.002 29 S 0.348 0.410 0.166 0.056 0.016 0.004 0.001 30 Y 0.031 0.097 0.217 0.338 0.247 0.068 0.003 31 I 0.022 0.036 0.087 0.262 0.409 0.177 0.007 32 E 0.144 0.412 0.301 0.117 0.023 0.003 0.001 33 K 0.279 0.413 0.214 0.077 0.015 0.002 0.001 34 W 0.012 0.053 0.148 0.330 0.336 0.117 0.004 35 N 0.045 0.227 0.355 0.251 0.101 0.020 0.001 36 L 0.029 0.047 0.103 0.258 0.370 0.182 0.011 37 R 0.215 0.398 0.235 0.105 0.035 0.009 0.001 38 A 0.090 0.204 0.255 0.260 0.141 0.047 0.004 39 P 0.225 0.288 0.227 0.157 0.075 0.026 0.003 40 L 0.330 0.260 0.176 0.134 0.072 0.026 0.003 41 P 0.296 0.241 0.183 0.150 0.085 0.038 0.007 42 T 0.234 0.226 0.206 0.187 0.109 0.034 0.004 43 Q 0.316 0.390 0.211 0.063 0.015 0.004 0.001 44 A 0.537 0.267 0.099 0.052 0.031 0.012 0.002 45 E 0.131 0.260 0.279 0.194 0.096 0.036 0.005 46 L 0.040 0.043 0.088 0.283 0.375 0.160 0.012 47 E 0.167 0.399 0.306 0.107 0.017 0.003 0.001 48 T 0.268 0.466 0.193 0.059 0.012 0.002 0.001 49 W 0.032 0.041 0.107 0.269 0.395 0.150 0.006 50 W 0.035 0.047 0.129 0.353 0.345 0.088 0.003 51 E 0.242 0.525 0.185 0.042 0.006 0.001 0.001 52 E 0.166 0.347 0.310 0.148 0.027 0.003 0.001 53 L 0.039 0.056 0.118 0.303 0.358 0.123 0.004 54 Q 0.110 0.247 0.308 0.242 0.083 0.010 0.001 55 K 0.612 0.288 0.073 0.021 0.006 0.001 0.001 56 N 0.413 0.284 0.175 0.093 0.029 0.005 0.001 57 P 0.508 0.274 0.123 0.070 0.020 0.005 0.001 58 P 0.513 0.245 0.116 0.075 0.038 0.011 0.001 59 Y 0.317 0.243 0.202 0.144 0.070 0.021 0.003 60 E 0.322 0.319 0.189 0.110 0.043 0.014 0.002 61 P 0.279 0.280 0.208 0.143 0.064 0.023 0.004 62 P 0.323 0.224 0.176 0.144 0.094 0.034 0.004 63 D 0.268 0.260 0.220 0.155 0.071 0.022 0.003 64 Q 0.159 0.103 0.113 0.206 0.236 0.159 0.023 65 V 0.143 0.175 0.210 0.246 0.155 0.064 0.006 66 E 0.150 0.331 0.278 0.158 0.059 0.021 0.003 67 L 0.038 0.066 0.141 0.258 0.291 0.178 0.028 68 L 0.036 0.052 0.084 0.146 0.273 0.345 0.064 69 A 0.112 0.196 0.246 0.237 0.144 0.058 0.008 70 Q 0.244 0.367 0.218 0.111 0.044 0.014 0.002 71 E 0.069 0.190 0.261 0.267 0.157 0.053 0.004 72 L 0.042 0.061 0.125 0.285 0.337 0.142 0.008 73 S 0.411 0.356 0.159 0.057 0.015 0.003 0.001 74 Q 0.464 0.319 0.141 0.059 0.013 0.002 0.001 75 E 0.275 0.264 0.201 0.161 0.072 0.025 0.002 76 K 0.307 0.312 0.203 0.115 0.048 0.014 0.001 77 L 0.153 0.231 0.236 0.212 0.126 0.039 0.003 78 A 0.034 0.065 0.143 0.305 0.332 0.116 0.005 79 R 0.118 0.235 0.286 0.226 0.105 0.028 0.001 80 K 0.344 0.414 0.179 0.053 0.009 0.001 0.001 81 Q 0.131 0.359 0.319 0.152 0.035 0.004 0.001 82 L 0.006 0.024 0.114 0.394 0.378 0.082 0.001 83 E 0.408 0.411 0.135 0.036 0.008 0.001 0.001 84 E 0.596 0.302 0.079 0.019 0.003 0.001 0.001 85 L 0.142 0.203 0.254 0.262 0.111 0.027 0.001 86 N 0.129 0.229 0.269 0.228 0.113 0.031 0.001 87 K 0.280 0.356 0.215 0.105 0.035 0.008 0.001 88 T 0.133 0.164 0.192 0.246 0.178 0.077 0.009 89 L 0.071 0.083 0.124 0.211 0.258 0.221 0.032 90 G 0.234 0.263 0.225 0.170 0.074 0.030 0.004 91 N 0.428 0.318 0.147 0.070 0.026 0.009 0.001 92 E 0.109 0.134 0.197 0.253 0.216 0.085 0.006 93 L 0.109 0.094 0.136 0.192 0.238 0.200 0.031 94 S 0.292 0.222 0.190 0.168 0.093 0.031 0.003 95 D 0.423 0.349 0.149 0.055 0.017 0.005 0.001 96 I 0.079 0.091 0.155 0.286 0.254 0.122 0.013 97 K 0.158 0.262 0.222 0.181 0.114 0.056 0.005 98 L 0.082 0.076 0.113 0.202 0.303 0.201 0.022 99 S 0.230 0.286 0.240 0.164 0.063 0.017 0.001 100 L 0.154 0.197 0.229 0.223 0.137 0.056 0.005 101 L 0.108 0.100 0.139 0.255 0.269 0.120 0.009 102 S 0.305 0.386 0.200 0.077 0.024 0.007 0.001 103 L 0.187 0.132 0.181 0.264 0.181 0.051 0.003 104 K 0.408 0.318 0.155 0.076 0.031 0.011 0.001 105 G 0.324 0.225 0.184 0.162 0.085 0.018 0.001 106 D 0.525 0.279 0.128 0.051 0.014 0.003 0.001 107 Y 0.381 0.248 0.191 0.129 0.044 0.007 0.001 108 A 0.731 0.192 0.054 0.018 0.004 0.001 0.001 109 E 0.732 0.198 0.052 0.015 0.003 0.001 0.001 110 L 0.593 0.208 0.120 0.061 0.016 0.002 0.001 111 E 0.780 0.169 0.036 0.012 0.003 0.001 0.001 112 H 0.573 0.236 0.119 0.056 0.015 0.002 0.001 113 H 0.546 0.224 0.123 0.077 0.026 0.005 0.001 114 H 0.649 0.207 0.091 0.041 0.011 0.002 0.001 115 H 0.754 0.167 0.055 0.019 0.004 0.001 0.001 116 H 0.802 0.133 0.044 0.017 0.004 0.001 0.001 117 H 0.762 0.146 0.061 0.024 0.006 0.001 0.001