# TARGET T0350 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment /projects/compbio/experiments/protein-predict/casp7/T0350/T0350.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 34.5086 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.091 0.025 0.213 0.155 0.005 0.113 0.020 0.034 0.014 0.022 0.022 0.026 0.170 0.004 0.042 0.044 2 N 0.048 0.175 0.129 0.119 0.002 0.155 0.005 0.008 0.016 0.010 0.086 0.046 0.147 0.002 0.005 0.049 3 I 0.073 0.023 0.065 0.192 0.002 0.134 0.003 0.003 0.005 0.002 0.196 0.127 0.161 0.002 0.002 0.008 4 E 0.009 0.231 0.257 0.222 0.003 0.017 0.006 0.002 0.001 0.001 0.011 0.118 0.115 0.001 0.002 0.006 5 R 0.005 0.016 0.068 0.546 0.007 0.087 0.007 0.004 0.002 0.001 0.014 0.009 0.213 0.004 0.004 0.013 6 L 0.006 0.071 0.316 0.254 0.012 0.087 0.026 0.004 0.001 0.001 0.029 0.011 0.164 0.003 0.005 0.010 7 T 0.012 0.128 0.071 0.529 0.007 0.061 0.008 0.016 0.005 0.004 0.021 0.030 0.084 0.004 0.006 0.014 8 T 0.022 0.042 0.110 0.411 0.018 0.171 0.016 0.010 0.010 0.005 0.041 0.018 0.090 0.009 0.006 0.022 9 L 0.018 0.206 0.200 0.413 0.002 0.018 0.004 0.012 0.005 0.001 0.025 0.016 0.051 0.002 0.009 0.019 10 Q 0.021 0.028 0.143 0.611 0.007 0.078 0.007 0.002 0.007 0.006 0.011 0.019 0.039 0.002 0.002 0.016 11 P 0.035 0.052 0.185 0.418 0.019 0.134 0.011 0.008 0.001 0.002 0.052 0.013 0.060 0.002 0.002 0.007 12 V 0.006 0.168 0.050 0.464 0.019 0.133 0.006 0.012 0.006 0.003 0.046 0.038 0.035 0.003 0.002 0.008 13 W 0.014 0.122 0.084 0.484 0.019 0.078 0.015 0.015 0.008 0.005 0.035 0.044 0.058 0.003 0.007 0.009 14 D 0.013 0.051 0.065 0.128 0.010 0.469 0.008 0.019 0.008 0.011 0.053 0.049 0.099 0.002 0.007 0.010 15 R 0.017 0.098 0.053 0.102 0.012 0.055 0.010 0.012 0.009 0.005 0.454 0.051 0.090 0.009 0.004 0.019 16 Y 0.025 0.097 0.076 0.155 0.005 0.066 0.009 0.017 0.008 0.003 0.039 0.348 0.117 0.005 0.023 0.009 17 D 0.015 0.059 0.197 0.119 0.007 0.078 0.024 0.008 0.013 0.006 0.043 0.038 0.301 0.011 0.015 0.065 18 T 0.033 0.073 0.148 0.244 0.003 0.051 0.008 0.012 0.005 0.002 0.082 0.047 0.252 0.003 0.015 0.024 19 Q 0.025 0.053 0.214 0.243 0.008 0.077 0.012 0.005 0.007 0.005 0.028 0.058 0.218 0.007 0.005 0.035 20 I 0.025 0.030 0.119 0.244 0.033 0.133 0.031 0.009 0.002 0.002 0.056 0.030 0.247 0.018 0.007 0.012 21 H 0.007 0.118 0.116 0.250 0.013 0.089 0.015 0.041 0.005 0.003 0.056 0.046 0.186 0.011 0.025 0.020 22 N 0.015 0.057 0.062 0.271 0.007 0.110 0.011 0.022 0.019 0.012 0.057 0.057 0.232 0.006 0.016 0.047 23 Q 0.049 0.048 0.108 0.111 0.014 0.122 0.023 0.010 0.009 0.007 0.111 0.062 0.275 0.011 0.008 0.032 24 K 0.023 0.097 0.121 0.101 0.014 0.081 0.032 0.021 0.004 0.003 0.123 0.102 0.214 0.022 0.020 0.021 25 D 0.014 0.077 0.103 0.093 0.010 0.133 0.021 0.029 0.010 0.006 0.055 0.097 0.246 0.015 0.050 0.041 26 N 0.023 0.060 0.093 0.054 0.011 0.079 0.040 0.013 0.011 0.008 0.147 0.055 0.290 0.031 0.025 0.060 27 D 0.050 0.091 0.102 0.055 0.004 0.073 0.033 0.021 0.008 0.004 0.086 0.136 0.224 0.018 0.056 0.037 28 N 0.031 0.109 0.193 0.081 0.002 0.041 0.020 0.009 0.016 0.004 0.058 0.072 0.217 0.006 0.030 0.110 29 E 0.065 0.120 0.379 0.200 0.001 0.011 0.010 0.002 0.009 0.001 0.009 0.021 0.069 0.003 0.006 0.092 30 V 0.033 0.021 0.563 0.254 0.002 0.053 0.008 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.041 0.001 0.002 0.009 31 P 0.010 0.045 0.164 0.207 0.015 0.428 0.008 0.005 0.001 0.002 0.049 0.009 0.049 0.002 0.001 0.004 32 V 0.006 0.224 0.033 0.393 0.006 0.068 0.003 0.017 0.003 0.001 0.168 0.039 0.030 0.003 0.003 0.003 33 H 0.011 0.103 0.111 0.433 0.004 0.052 0.005 0.011 0.013 0.004 0.028 0.135 0.066 0.001 0.008 0.015 34 Q 0.036 0.043 0.281 0.344 0.008 0.061 0.013 0.003 0.005 0.003 0.036 0.016 0.109 0.003 0.003 0.036 35 V 0.020 0.096 0.242 0.503 0.004 0.028 0.004 0.008 0.001 0.001 0.017 0.021 0.042 0.001 0.003 0.008 36 S 0.003 0.013 0.013 0.054 0.001 0.822 0.001 0.004 0.001 0.004 0.011 0.019 0.051 0.001 0.001 0.002 37 Y 0.002 0.005 0.003 0.007 0.002 0.094 0.001 0.001 0.001 0.001 0.799 0.010 0.072 0.001 0.001 0.001 38 T 0.001 0.069 0.004 0.015 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.041 0.804 0.056 0.001 0.003 0.001 39 N 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.067 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.043 0.876 0.001 0.001 0.005 40 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.007 0.933 0.001 0.001 0.001 41 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.139 0.851 0.001 0.001 0.001 42 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 43 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.001 0.001 44 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 45 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 46 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.978 0.010 0.001 0.009 47 M 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.979 0.005 0.007 0.001 48 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.987 0.001 0.002 0.002 49 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.957 0.009 0.002 0.017 50 L 0.004 0.004 0.025 0.002 0.001 0.002 0.036 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.787 0.071 0.015 0.046 51 L 0.003 0.023 0.256 0.017 0.001 0.002 0.029 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.546 0.004 0.069 0.043 52 E 0.014 0.009 0.110 0.041 0.005 0.100 0.031 0.002 0.002 0.005 0.007 0.006 0.568 0.011 0.006 0.082 53 P 0.062 0.061 0.069 0.044 0.018 0.057 0.033 0.013 0.002 0.001 0.317 0.012 0.238 0.044 0.009 0.019 54 S 0.010 0.140 0.068 0.075 0.004 0.066 0.007 0.051 0.008 0.003 0.091 0.217 0.174 0.004 0.066 0.014 55 Q 0.029 0.125 0.140 0.116 0.012 0.043 0.051 0.004 0.044 0.007 0.031 0.044 0.180 0.024 0.008 0.142 56 V 0.103 0.107 0.232 0.325 0.001 0.035 0.010 0.017 0.003 0.001 0.017 0.023 0.086 0.001 0.027 0.013 57 H 0.014 0.075 0.493 0.328 0.001 0.013 0.002 0.001 0.012 0.002 0.002 0.004 0.013 0.001 0.001 0.039 58 L 0.055 0.012 0.109 0.793 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.006 0.001 0.001 0.002 59 K 0.002 0.011 0.195 0.786 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 F 0.001 0.001 0.012 0.982 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 E 0.001 0.008 0.017 0.896 0.042 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 L 0.001 0.026 0.002 0.858 0.014 0.079 0.001 0.013 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 H 0.001 0.035 0.003 0.125 0.013 0.764 0.001 0.014 0.007 0.010 0.019 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 64 D 0.005 0.035 0.003 0.019 0.009 0.055 0.001 0.024 0.003 0.003 0.808 0.019 0.014 0.001 0.001 0.001 65 K 0.007 0.085 0.019 0.011 0.035 0.009 0.037 0.006 0.017 0.002 0.080 0.198 0.009 0.469 0.003 0.012 66 L 0.003 0.005 0.026 0.008 0.001 0.008 0.008 0.032 0.001 0.001 0.003 0.008 0.018 0.001 0.877 0.002 67 N 0.002 0.039 0.034 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.063 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.848 68 E 0.878 0.003 0.029 0.085 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 69 Y 0.003 0.003 0.942 0.049 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 Y 0.001 0.005 0.019 0.972 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 V 0.001 0.002 0.010 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 K 0.001 0.001 0.008 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 V 0.001 0.006 0.006 0.940 0.010 0.037 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 I 0.001 0.048 0.001 0.938 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 E 0.001 0.004 0.001 0.051 0.010 0.930 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 D 0.001 0.094 0.002 0.012 0.004 0.040 0.001 0.019 0.001 0.001 0.823 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 77 S 0.002 0.110 0.004 0.014 0.036 0.017 0.024 0.004 0.029 0.007 0.091 0.555 0.002 0.100 0.001 0.004 78 T 0.006 0.014 0.032 0.008 0.001 0.040 0.009 0.067 0.001 0.001 0.018 0.040 0.034 0.001 0.730 0.001 79 N 0.001 0.041 0.023 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.089 0.003 0.002 0.002 0.004 0.001 0.001 0.829 80 E 0.873 0.003 0.037 0.073 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 0.002 81 V 0.003 0.002 0.526 0.015 0.003 0.425 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 82 I 0.001 0.411 0.011 0.270 0.004 0.042 0.002 0.011 0.001 0.001 0.200 0.014 0.029 0.002 0.002 0.001 83 R 0.001 0.029 0.028 0.667 0.005 0.015 0.002 0.022 0.011 0.001 0.051 0.092 0.056 0.004 0.008 0.009 84 E 0.032 0.021 0.451 0.215 0.007 0.006 0.018 0.004 0.008 0.003 0.003 0.004 0.084 0.006 0.007 0.132 85 I 0.028 0.030 0.474 0.398 0.003 0.013 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.019 0.001 0.003 0.019 86 P 0.003 0.003 0.016 0.023 0.004 0.921 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.002 0.015 0.001 0.001 0.001 87 P 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.210 0.001 0.002 0.001 0.001 0.760 0.011 0.011 0.001 0.001 0.001 88 K 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.113 0.870 0.013 0.001 0.001 0.001 89 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.330 0.658 0.001 0.001 0.001 90 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.990 0.001 0.001 0.001 91 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.989 0.001 0.001 0.001 92 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 93 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 94 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 95 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 96 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.005 97 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 98 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 99 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.992 0.001 0.001 0.003 100 F 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.795 0.145 0.003 0.014 101 L 0.001 0.008 0.018 0.002 0.001 0.002 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.783 0.002 0.164 0.005 102 G 0.002 0.003 0.016 0.014 0.001 0.005 0.005 0.001 0.005 0.002 0.004 0.003 0.651 0.006 0.007 0.278 103 L 0.212 0.010 0.046 0.034 0.001 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 0.019 0.012 0.606 0.006 0.007 0.034 104 F 0.017 0.027 0.224 0.066 0.011 0.049 0.049 0.001 0.001 0.001 0.019 0.028 0.418 0.047 0.006 0.036 105 V 0.007 0.089 0.107 0.248 0.011 0.065 0.025 0.019 0.001 0.001 0.020 0.028 0.324 0.006 0.034 0.014 106 D 0.004 0.045 0.035 0.076 0.014 0.282 0.015 0.014 0.011 0.015 0.057 0.032 0.347 0.006 0.007 0.040 107 E 0.035 0.098 0.056 0.066 0.008 0.052 0.024 0.013 0.006 0.003 0.287 0.063 0.246 0.014 0.012 0.017 108 K 0.021 0.134 0.108 0.105 0.001 0.050 0.009 0.014 0.010 0.004 0.031 0.251 0.185 0.005 0.050 0.021 109 K 0.033 0.052 0.203 0.140 0.002 0.035 0.010 0.002 0.015 0.003 0.030 0.029 0.295 0.005 0.010 0.136 110 L 0.055 0.025 0.224 0.163 0.006 0.079 0.018 0.002 0.002 0.001 0.045 0.043 0.313 0.003 0.003 0.017 111 E 0.009 0.127 0.189 0.322 0.025 0.041 0.028 0.006 0.002 0.001 0.018 0.033 0.169 0.014 0.003 0.013 112 H 0.007 0.027 0.047 0.414 0.054 0.136 0.033 0.024 0.006 0.004 0.014 0.017 0.169 0.015 0.018 0.016 113 H 0.008 0.076 0.114 0.185 0.042 0.109 0.044 0.043 0.016 0.015 0.081 0.019 0.168 0.018 0.021 0.041 114 H 0.050 0.081 0.046 0.162 0.021 0.101 0.027 0.047 0.033 0.021 0.089 0.110 0.140 0.015 0.023 0.037 115 H 0.051 0.088 0.127 0.104 0.023 0.059 0.040 0.022 0.024 0.016 0.101 0.095 0.145 0.028 0.024 0.052 116 H 0.044 0.083 0.141 0.109 0.020 0.072 0.045 0.029 0.012 0.009 0.060 0.097 0.158 0.025 0.048 0.046 117 H 0.025 0.069 0.109 0.077 0.021 0.151 0.044 0.026 0.014 0.016 0.090 0.084 0.185 0.016 0.034 0.039