# TARGET T0350 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0350.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 34.5086 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.016 0.015 0.002 0.049 0.068 0.093 0.151 0.006 0.001 0.044 0.556 2 N 0.082 0.135 0.004 0.044 0.037 0.081 0.111 0.014 0.002 0.074 0.417 3 I 0.149 0.044 0.008 0.055 0.036 0.057 0.087 0.007 0.003 0.199 0.354 4 E 0.039 0.053 0.005 0.058 0.060 0.115 0.101 0.006 0.002 0.173 0.388 5 R 0.099 0.048 0.006 0.060 0.057 0.106 0.120 0.009 0.002 0.081 0.412 6 L 0.054 0.021 0.005 0.094 0.078 0.117 0.098 0.010 0.002 0.052 0.467 7 T 0.090 0.011 0.001 0.034 0.063 0.085 0.103 0.003 0.001 0.050 0.560 8 T 0.009 0.007 0.001 0.033 0.051 0.086 0.135 0.003 0.001 0.026 0.649 9 L 0.026 0.029 0.003 0.027 0.024 0.037 0.133 0.006 0.002 0.023 0.692 10 Q 0.187 0.059 0.004 0.025 0.062 0.062 0.109 0.021 0.003 0.088 0.381 11 P 0.068 0.102 0.005 0.022 0.013 0.024 0.094 0.004 0.003 0.044 0.622 12 V 0.158 0.146 0.010 0.020 0.021 0.036 0.078 0.011 0.003 0.044 0.472 13 W 0.179 0.134 0.004 0.017 0.012 0.016 0.082 0.012 0.002 0.071 0.472 14 D 0.129 0.044 0.004 0.017 0.013 0.023 0.102 0.005 0.002 0.122 0.540 15 R 0.041 0.163 0.005 0.029 0.018 0.031 0.097 0.004 0.002 0.058 0.554 16 Y 0.121 0.161 0.006 0.011 0.026 0.035 0.096 0.010 0.002 0.033 0.499 17 D 0.116 0.166 0.003 0.020 0.035 0.038 0.098 0.021 0.002 0.063 0.438 18 T 0.119 0.069 0.002 0.016 0.024 0.047 0.112 0.008 0.001 0.078 0.524 19 Q 0.063 0.124 0.008 0.043 0.029 0.061 0.118 0.008 0.003 0.066 0.478 20 I 0.105 0.081 0.007 0.029 0.030 0.049 0.113 0.007 0.003 0.044 0.532 21 H 0.074 0.049 0.003 0.031 0.038 0.052 0.111 0.009 0.002 0.060 0.570 22 N 0.081 0.044 0.002 0.026 0.021 0.042 0.106 0.005 0.001 0.063 0.609 23 Q 0.074 0.044 0.006 0.028 0.025 0.048 0.122 0.006 0.002 0.078 0.568 24 K 0.056 0.040 0.005 0.016 0.023 0.041 0.106 0.003 0.002 0.045 0.663 25 D 0.101 0.036 0.006 0.014 0.018 0.026 0.101 0.008 0.003 0.062 0.625 26 N 0.213 0.037 0.002 0.010 0.012 0.018 0.081 0.016 0.001 0.063 0.547 27 D 0.203 0.018 0.001 0.006 0.006 0.011 0.072 0.003 0.001 0.039 0.642 28 N 0.016 0.013 0.001 0.011 0.026 0.045 0.112 0.002 0.001 0.022 0.752 29 E 0.010 0.032 0.002 0.008 0.014 0.021 0.092 0.002 0.001 0.014 0.806 30 V 0.154 0.037 0.003 0.007 0.074 0.036 0.103 0.029 0.002 0.046 0.509 31 P 0.219 0.105 0.001 0.009 0.009 0.012 0.078 0.013 0.001 0.048 0.505 32 V 0.114 0.094 0.003 0.014 0.007 0.015 0.079 0.004 0.001 0.052 0.617 33 H 0.056 0.159 0.003 0.029 0.010 0.022 0.092 0.005 0.001 0.049 0.576 34 Q 0.035 0.027 0.001 0.015 0.014 0.014 0.083 0.002 0.001 0.386 0.422 35 V 0.006 0.115 0.002 0.022 0.019 0.012 0.078 0.003 0.001 0.315 0.428 36 S 0.021 0.835 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.008 0.001 0.018 0.099 37 Y 0.016 0.907 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.001 0.018 0.044 38 T 0.013 0.882 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 0.001 0.036 0.055 39 N 0.006 0.940 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.028 0.016 40 L 0.007 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.009 0.011 41 A 0.010 0.626 0.002 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.308 0.039 42 E 0.002 0.938 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.029 0.022 43 M 0.007 0.935 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.010 0.001 0.020 0.020 44 V 0.016 0.735 0.004 0.002 0.001 0.001 0.005 0.004 0.001 0.206 0.026 45 G 0.010 0.886 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.044 0.050 46 E 0.030 0.769 0.047 0.001 0.001 0.001 0.013 0.014 0.015 0.047 0.063 47 M 0.200 0.597 0.027 0.002 0.001 0.001 0.018 0.035 0.015 0.033 0.071 48 N 0.213 0.251 0.004 0.004 0.001 0.004 0.055 0.009 0.003 0.061 0.395 49 K 0.095 0.066 0.005 0.009 0.002 0.006 0.110 0.004 0.002 0.060 0.641 50 L 0.035 0.019 0.012 0.029 0.006 0.016 0.159 0.002 0.003 0.091 0.627 51 L 0.029 0.015 0.008 0.031 0.012 0.021 0.152 0.003 0.004 0.057 0.669 52 E 0.210 0.011 0.005 0.018 0.019 0.027 0.109 0.011 0.003 0.085 0.501 53 P 0.106 0.002 0.003 0.015 0.008 0.018 0.126 0.003 0.002 0.067 0.651 54 S 0.017 0.001 0.001 0.031 0.031 0.090 0.127 0.003 0.001 0.043 0.654 55 Q 0.008 0.001 0.001 0.062 0.030 0.089 0.117 0.001 0.001 0.049 0.642 56 V 0.001 0.001 0.001 0.089 0.264 0.356 0.050 0.001 0.001 0.045 0.194 57 H 0.002 0.001 0.001 0.152 0.116 0.246 0.049 0.001 0.001 0.056 0.377 58 L 0.001 0.001 0.001 0.141 0.361 0.334 0.016 0.001 0.001 0.026 0.122 59 K 0.001 0.001 0.001 0.147 0.240 0.377 0.031 0.001 0.001 0.039 0.164 60 F 0.001 0.001 0.001 0.091 0.368 0.314 0.025 0.001 0.001 0.015 0.186 61 E 0.010 0.002 0.001 0.085 0.283 0.384 0.033 0.001 0.001 0.036 0.165 62 L 0.024 0.014 0.007 0.041 0.076 0.102 0.096 0.006 0.009 0.043 0.582 63 H 0.465 0.009 0.015 0.007 0.015 0.020 0.038 0.010 0.020 0.049 0.352 64 D 0.306 0.006 0.003 0.005 0.005 0.008 0.054 0.006 0.002 0.064 0.541 65 K 0.044 0.001 0.001 0.005 0.008 0.020 0.086 0.001 0.001 0.028 0.807 66 L 0.020 0.001 0.004 0.024 0.024 0.042 0.082 0.001 0.001 0.049 0.753 67 N 0.002 0.001 0.001 0.013 0.170 0.146 0.127 0.002 0.001 0.041 0.499 68 E 0.002 0.001 0.001 0.036 0.093 0.125 0.094 0.001 0.001 0.031 0.618 69 Y 0.001 0.001 0.001 0.176 0.262 0.281 0.043 0.001 0.001 0.062 0.175 70 Y 0.001 0.001 0.001 0.203 0.207 0.358 0.023 0.001 0.001 0.077 0.131 71 V 0.001 0.001 0.001 0.356 0.201 0.152 0.020 0.001 0.001 0.030 0.239 72 K 0.001 0.001 0.001 0.469 0.255 0.177 0.012 0.001 0.001 0.033 0.053 73 V 0.009 0.001 0.001 0.395 0.108 0.154 0.038 0.001 0.001 0.075 0.220 74 I 0.012 0.001 0.001 0.500 0.070 0.106 0.061 0.001 0.001 0.037 0.212 75 E 0.120 0.003 0.001 0.117 0.030 0.057 0.108 0.001 0.002 0.046 0.515 76 D 0.022 0.002 0.001 0.052 0.016 0.025 0.132 0.002 0.001 0.036 0.710 77 S 0.051 0.084 0.001 0.017 0.011 0.011 0.108 0.006 0.001 0.024 0.687 78 T 0.123 0.428 0.003 0.006 0.007 0.008 0.055 0.025 0.001 0.014 0.330 79 N 0.090 0.399 0.002 0.009 0.027 0.031 0.053 0.017 0.001 0.043 0.328 80 E 0.055 0.313 0.023 0.018 0.037 0.072 0.063 0.009 0.007 0.117 0.286 81 V 0.242 0.176 0.020 0.018 0.046 0.079 0.063 0.033 0.006 0.090 0.227 82 I 0.267 0.041 0.004 0.035 0.039 0.069 0.077 0.015 0.003 0.067 0.384 83 R 0.032 0.007 0.001 0.033 0.036 0.066 0.099 0.001 0.001 0.019 0.706 84 E 0.002 0.003 0.001 0.023 0.011 0.020 0.093 0.001 0.001 0.010 0.838 85 I 0.004 0.003 0.001 0.010 0.061 0.044 0.189 0.006 0.001 0.084 0.597 86 P 0.032 0.372 0.002 0.008 0.003 0.004 0.050 0.005 0.001 0.103 0.422 87 P 0.045 0.900 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.023 0.025 88 K 0.027 0.790 0.003 0.002 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.126 0.043 89 R 0.007 0.699 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.244 0.038 90 W 0.002 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.006 91 L 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 92 D 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 93 F 0.004 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 94 Y 0.005 0.103 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.882 0.005 95 A 0.003 0.411 0.007 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.002 0.516 0.046 96 A 0.030 0.836 0.009 0.001 0.001 0.001 0.011 0.018 0.001 0.014 0.080 97 M 0.040 0.628 0.021 0.005 0.001 0.001 0.014 0.022 0.008 0.124 0.137 98 T 0.134 0.105 0.029 0.002 0.001 0.001 0.072 0.005 0.035 0.252 0.362 99 E 0.232 0.216 0.008 0.004 0.001 0.002 0.056 0.024 0.007 0.079 0.371 100 F 0.206 0.087 0.025 0.006 0.001 0.003 0.111 0.017 0.019 0.065 0.461 101 L 0.052 0.081 0.002 0.025 0.003 0.008 0.191 0.003 0.001 0.025 0.608 102 G 0.019 0.049 0.001 0.032 0.010 0.032 0.150 0.003 0.001 0.097 0.608 103 L 0.018 0.045 0.006 0.074 0.035 0.044 0.186 0.005 0.001 0.113 0.473 104 F 0.067 0.062 0.010 0.147 0.049 0.112 0.088 0.005 0.005 0.078 0.378 105 V 0.079 0.085 0.005 0.057 0.044 0.066 0.064 0.007 0.003 0.046 0.543 106 D 0.170 0.248 0.004 0.051 0.035 0.056 0.062 0.018 0.003 0.042 0.311 107 E 0.210 0.198 0.020 0.033 0.017 0.030 0.056 0.011 0.006 0.039 0.380 108 K 0.051 0.067 0.003 0.044 0.129 0.199 0.071 0.010 0.002 0.034 0.389 109 K 0.061 0.051 0.007 0.048 0.074 0.150 0.088 0.006 0.003 0.055 0.458 110 L 0.077 0.013 0.005 0.071 0.109 0.079 0.090 0.006 0.002 0.049 0.497 111 E 0.085 0.020 0.002 0.047 0.083 0.123 0.100 0.004 0.001 0.047 0.487 112 H 0.015 0.003 0.001 0.018 0.017 0.035 0.089 0.002 0.001 0.018 0.801 113 H 0.051 0.010 0.003 0.033 0.032 0.054 0.117 0.011 0.002 0.058 0.628 114 H 0.097 0.009 0.002 0.015 0.012 0.017 0.097 0.004 0.001 0.062 0.685 115 H 0.068 0.008 0.001 0.018 0.016 0.025 0.107 0.003 0.001 0.047 0.708 116 H 0.038 0.011 0.001 0.018 0.012 0.021 0.121 0.002 0.001 0.040 0.735 117 H 0.051 0.020 0.002 0.019 0.022 0.032 0.159 0.006 0.001 0.052 0.637