# TARGET T0350 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0350.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 34.5086 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.081 0.016 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 0.023 0.138 0.683 2 N 0.024 0.007 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.005 0.193 0.713 3 I 0.024 0.008 0.002 0.001 0.004 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.272 0.003 0.099 0.574 4 E 0.017 0.021 0.001 0.001 0.006 0.011 0.020 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.223 0.005 0.169 0.518 5 R 0.058 0.033 0.001 0.001 0.006 0.001 0.003 0.008 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.143 0.009 0.162 0.568 6 L 0.054 0.119 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.334 0.012 0.050 0.417 7 T 0.032 0.153 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.280 0.011 0.074 0.433 8 T 0.039 0.116 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.318 0.018 0.066 0.433 9 L 0.054 0.104 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.258 0.027 0.068 0.476 10 Q 0.071 0.067 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.247 0.013 0.139 0.444 11 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 12 V 0.040 0.044 0.005 0.003 0.005 0.003 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.006 0.012 0.009 0.261 0.010 0.080 0.508 13 W 0.076 0.105 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.188 0.007 0.073 0.536 14 D 0.036 0.095 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.102 0.008 0.058 0.670 15 R 0.035 0.077 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.140 0.011 0.112 0.617 16 Y 0.042 0.101 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.057 0.015 0.373 0.407 17 D 0.118 0.164 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 0.034 0.228 0.387 18 T 0.057 0.440 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.013 0.046 0.394 19 Q 0.036 0.351 0.011 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.079 0.012 0.158 0.346 20 I 0.077 0.353 0.011 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.060 0.015 0.080 0.391 21 H 0.053 0.480 0.004 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.112 0.010 0.037 0.284 22 N 0.089 0.396 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.049 0.018 0.039 0.392 23 Q 0.111 0.314 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.004 0.002 0.039 0.025 0.055 0.421 24 K 0.080 0.204 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.042 0.029 0.097 0.527 25 D 0.071 0.188 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.011 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.025 0.040 0.090 0.554 26 N 0.097 0.178 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.035 0.081 0.574 27 D 0.062 0.124 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.033 0.145 0.610 28 N 0.167 0.084 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.068 0.156 0.490 29 E 0.145 0.115 0.013 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.045 0.112 0.537 30 V 0.110 0.086 0.037 0.006 0.007 0.003 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.092 0.014 0.093 0.542 31 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 32 V 0.012 0.011 0.002 0.001 0.003 0.002 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.120 0.005 0.069 0.760 33 H 0.051 0.046 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.289 0.006 0.076 0.518 34 Q 0.058 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.086 0.007 0.053 0.761 35 V 0.062 0.059 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.407 0.008 0.089 0.363 36 S 0.008 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.003 0.192 0.746 37 Y 0.008 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.158 0.009 0.045 0.749 38 T 0.004 0.036 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.018 0.191 0.737 39 N 0.045 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.617 0.307 40 L 0.020 0.862 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.109 41 A 0.002 0.920 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.069 42 E 0.004 0.889 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.098 43 M 0.007 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.018 44 V 0.003 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 45 G 0.003 0.959 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.032 46 E 0.005 0.952 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.035 47 M 0.007 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.019 48 N 0.008 0.948 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.028 49 K 0.046 0.854 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.002 0.067 50 L 0.140 0.717 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 0.001 0.083 51 L 0.128 0.673 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.038 0.002 0.132 52 E 0.102 0.466 0.051 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.033 0.022 0.283 53 P 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.984 54 S 0.094 0.116 0.005 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.111 0.019 0.043 0.601 55 Q 0.352 0.076 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.092 0.027 0.060 0.378 56 V 0.065 0.040 0.091 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.326 0.009 0.078 0.374 57 H 0.022 0.008 0.003 0.004 0.007 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.602 0.005 0.066 0.278 58 L 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.740 0.003 0.029 0.200 59 K 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.855 0.001 0.024 0.105 60 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.024 0.026 0.050 0.709 0.001 0.017 0.162 61 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.841 0.056 0.078 0.001 0.003 0.009 62 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.041 0.032 0.178 0.025 0.007 0.370 0.002 0.060 0.277 63 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.933 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.029 0.001 0.003 0.014 64 D 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.035 0.002 0.002 0.017 0.001 0.001 0.001 0.121 0.012 0.072 0.703 65 K 0.039 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.011 0.482 0.425 66 L 0.307 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.052 0.270 0.317 67 N 0.132 0.204 0.002 0.001 0.005 0.002 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.066 0.100 0.087 0.394 68 E 0.036 0.003 0.505 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.006 0.187 0.240 69 Y 0.023 0.004 0.002 0.005 0.016 0.083 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.420 0.005 0.058 0.381 70 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 0.899 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.001 0.010 0.020 71 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.002 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.826 0.001 0.017 0.111 72 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.005 0.021 0.915 0.001 0.007 0.032 73 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.735 0.089 0.120 0.001 0.005 0.043 74 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.012 0.094 0.005 0.001 0.801 0.001 0.015 0.053 75 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.917 0.004 0.010 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.009 0.037 76 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.040 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.353 0.013 0.073 0.509 77 S 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.016 0.338 0.594 78 T 0.172 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.024 0.466 0.326 79 N 0.120 0.353 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.069 0.069 0.355 80 E 0.046 0.030 0.168 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.013 0.449 0.248 81 V 0.019 0.033 0.002 0.002 0.026 0.072 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.244 0.006 0.136 0.455 82 I 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.009 0.966 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.002 0.009 83 R 0.015 0.051 0.001 0.001 0.005 0.001 0.013 0.201 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.528 0.005 0.019 0.147 84 E 0.062 0.056 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.223 0.027 0.042 0.581 85 I 0.030 0.050 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.612 0.013 0.023 0.259 86 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.994 87 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 88 K 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.079 0.909 89 R 0.100 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.165 0.716 90 W 0.107 0.505 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.022 0.359 91 L 0.017 0.804 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.008 0.166 92 D 0.009 0.846 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.137 93 F 0.005 0.957 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.033 94 Y 0.006 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.015 95 A 0.008 0.952 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.023 96 A 0.019 0.936 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.027 97 M 0.035 0.917 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.034 98 T 0.024 0.839 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.002 0.108 99 E 0.075 0.705 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.002 0.175 100 F 0.121 0.743 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.002 0.094 101 L 0.054 0.721 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.024 0.007 0.148 102 G 0.032 0.671 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.010 0.007 0.236 103 L 0.082 0.749 0.014 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.007 0.009 0.120 104 F 0.031 0.810 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.005 0.005 0.079 105 V 0.017 0.823 0.032 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.005 0.006 0.075 106 D 0.020 0.812 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.008 0.008 0.109 107 E 0.032 0.689 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.013 0.025 0.198 108 K 0.024 0.581 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.022 0.138 0.218 109 K 0.164 0.394 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.048 0.119 0.226 110 L 0.049 0.714 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.011 0.022 0.171 111 E 0.053 0.567 0.022 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.013 0.029 0.257 112 H 0.085 0.540 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.020 0.018 0.279 113 H 0.208 0.457 0.018 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.031 0.020 0.208 114 H 0.150 0.438 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 0.031 0.035 0.265 115 H 0.167 0.276 0.045 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.063 0.038 0.051 0.346 116 H 0.189 0.158 0.036 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.068 0.036 0.082 0.416 117 H 0.142 0.102 0.027 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.004 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.086 0.020 0.087 0.511