# TARGET T0350 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0350.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 34.5086 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.139 0.216 0.244 0.098 0.167 0.012 0.052 0.027 0.018 0.027 0.001 2 N 0.125 0.157 0.275 0.071 0.058 0.155 0.096 0.008 0.043 0.008 0.003 3 I 0.310 0.325 0.182 0.092 0.020 0.039 0.007 0.001 0.022 0.001 0.001 4 E 0.353 0.250 0.259 0.044 0.030 0.031 0.008 0.002 0.020 0.003 0.001 5 R 0.202 0.349 0.315 0.023 0.021 0.042 0.009 0.001 0.037 0.001 0.001 6 L 0.262 0.100 0.473 0.042 0.010 0.086 0.007 0.001 0.014 0.001 0.004 7 T 0.311 0.289 0.111 0.178 0.073 0.017 0.004 0.003 0.013 0.002 0.001 8 T 0.089 0.519 0.154 0.067 0.122 0.015 0.008 0.001 0.022 0.002 0.001 9 L 0.127 0.245 0.459 0.082 0.022 0.035 0.006 0.002 0.019 0.002 0.003 10 Q 0.019 0.440 0.285 0.002 0.041 0.019 0.012 0.001 0.181 0.001 0.001 11 P 0.079 0.010 0.837 0.002 0.001 0.036 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 12 V 0.240 0.317 0.217 0.109 0.032 0.044 0.005 0.003 0.029 0.001 0.001 13 W 0.204 0.282 0.306 0.045 0.071 0.035 0.017 0.003 0.028 0.009 0.001 14 D 0.136 0.122 0.417 0.085 0.037 0.122 0.029 0.004 0.043 0.003 0.003 15 R 0.544 0.129 0.106 0.146 0.026 0.020 0.010 0.004 0.013 0.002 0.001 16 Y 0.410 0.172 0.173 0.137 0.043 0.022 0.013 0.006 0.019 0.006 0.001 17 D 0.372 0.110 0.182 0.167 0.030 0.054 0.040 0.006 0.035 0.003 0.001 18 T 0.428 0.166 0.169 0.140 0.050 0.017 0.010 0.005 0.011 0.003 0.001 19 Q 0.261 0.199 0.255 0.096 0.055 0.046 0.033 0.005 0.046 0.003 0.001 20 I 0.335 0.213 0.316 0.068 0.012 0.034 0.003 0.001 0.016 0.001 0.002 21 H 0.373 0.242 0.149 0.130 0.036 0.028 0.012 0.003 0.022 0.004 0.001 22 N 0.192 0.132 0.178 0.160 0.068 0.071 0.127 0.017 0.047 0.007 0.001 23 Q 0.330 0.209 0.236 0.123 0.033 0.029 0.012 0.005 0.019 0.002 0.001 24 K 0.321 0.280 0.210 0.088 0.034 0.025 0.009 0.003 0.025 0.004 0.001 25 D 0.273 0.160 0.286 0.138 0.026 0.048 0.029 0.005 0.029 0.006 0.001 26 N 0.233 0.133 0.187 0.200 0.044 0.041 0.094 0.020 0.037 0.009 0.001 27 D 0.443 0.125 0.119 0.203 0.024 0.021 0.035 0.010 0.016 0.004 0.001 28 N 0.165 0.103 0.183 0.292 0.030 0.061 0.125 0.011 0.024 0.004 0.001 29 E 0.194 0.206 0.336 0.162 0.022 0.034 0.019 0.003 0.020 0.002 0.001 30 V 0.018 0.426 0.381 0.002 0.013 0.019 0.005 0.001 0.136 0.001 0.001 31 P 0.038 0.008 0.907 0.001 0.001 0.034 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 32 V 0.229 0.262 0.301 0.090 0.047 0.036 0.011 0.005 0.016 0.001 0.001 33 H 0.121 0.367 0.245 0.048 0.110 0.030 0.031 0.008 0.035 0.005 0.001 34 Q 0.109 0.262 0.436 0.067 0.029 0.067 0.009 0.001 0.017 0.001 0.002 35 V 0.066 0.465 0.249 0.056 0.093 0.039 0.005 0.001 0.026 0.001 0.001 36 S 0.010 0.196 0.594 0.005 0.067 0.090 0.002 0.001 0.031 0.003 0.001 37 Y 0.938 0.007 0.006 0.035 0.003 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 38 T 0.956 0.003 0.005 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 N 0.795 0.004 0.021 0.097 0.004 0.035 0.008 0.001 0.034 0.001 0.001 40 L 0.996 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 E 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 M 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 V 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 G 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 46 E 0.985 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 47 M 0.971 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 48 N 0.969 0.001 0.003 0.019 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 49 K 0.944 0.006 0.008 0.037 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 L 0.888 0.004 0.010 0.092 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 51 L 0.548 0.061 0.092 0.233 0.006 0.019 0.004 0.002 0.034 0.001 0.001 52 E 0.170 0.192 0.334 0.008 0.028 0.032 0.057 0.001 0.170 0.006 0.001 53 P 0.515 0.003 0.398 0.018 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 54 S 0.439 0.061 0.090 0.315 0.050 0.008 0.011 0.018 0.004 0.004 0.001 55 Q 0.091 0.120 0.145 0.226 0.091 0.096 0.162 0.018 0.047 0.005 0.001 56 V 0.013 0.710 0.150 0.028 0.065 0.013 0.003 0.001 0.017 0.001 0.001 57 H 0.014 0.588 0.147 0.023 0.071 0.067 0.019 0.001 0.070 0.001 0.001 58 L 0.003 0.686 0.243 0.002 0.034 0.018 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 59 K 0.006 0.741 0.122 0.005 0.022 0.055 0.002 0.001 0.047 0.001 0.001 60 F 0.013 0.695 0.194 0.003 0.062 0.018 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 61 E 0.014 0.771 0.118 0.003 0.039 0.025 0.002 0.001 0.028 0.001 0.001 62 L 0.075 0.502 0.317 0.016 0.014 0.051 0.002 0.001 0.021 0.001 0.001 63 H 0.094 0.160 0.356 0.011 0.064 0.200 0.012 0.001 0.099 0.003 0.001 64 D 0.957 0.003 0.008 0.020 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 65 K 0.861 0.010 0.009 0.109 0.001 0.002 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 66 L 0.259 0.015 0.066 0.631 0.004 0.003 0.018 0.001 0.003 0.001 0.001 67 N 0.007 0.001 0.005 0.016 0.003 0.003 0.791 0.170 0.002 0.002 0.001 68 E 0.032 0.525 0.348 0.039 0.031 0.014 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 69 Y 0.008 0.396 0.548 0.004 0.007 0.024 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 70 Y 0.005 0.777 0.161 0.003 0.019 0.019 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 71 V 0.002 0.670 0.277 0.001 0.014 0.017 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 72 K 0.002 0.438 0.515 0.001 0.002 0.032 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 73 V 0.005 0.431 0.487 0.001 0.002 0.062 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 74 I 0.162 0.524 0.208 0.035 0.010 0.046 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 75 E 0.082 0.267 0.490 0.004 0.079 0.056 0.002 0.001 0.018 0.001 0.001 76 D 0.915 0.013 0.012 0.047 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 77 S 0.674 0.051 0.016 0.202 0.011 0.007 0.013 0.001 0.024 0.001 0.001 78 T 0.325 0.084 0.145 0.413 0.016 0.006 0.002 0.001 0.004 0.003 0.001 79 N 0.223 0.008 0.039 0.038 0.012 0.005 0.374 0.281 0.004 0.015 0.001 80 E 0.390 0.184 0.318 0.057 0.019 0.022 0.004 0.001 0.005 0.001 0.001 81 V 0.307 0.179 0.471 0.007 0.002 0.027 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 82 I 0.739 0.132 0.055 0.042 0.005 0.014 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 83 R 0.444 0.332 0.141 0.035 0.029 0.012 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 84 E 0.141 0.431 0.223 0.112 0.029 0.025 0.008 0.001 0.029 0.001 0.001 85 I 0.007 0.498 0.289 0.001 0.011 0.010 0.002 0.001 0.182 0.001 0.001 86 P 0.016 0.002 0.959 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.003 0.002 0.004 87 P 0.935 0.001 0.046 0.007 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 88 K 0.973 0.002 0.003 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 R 0.969 0.006 0.006 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 90 W 0.995 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 L 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 D 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 93 F 0.980 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 94 Y 0.988 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 95 A 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 96 A 0.953 0.001 0.001 0.046 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 97 M 0.976 0.001 0.003 0.017 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 98 T 0.992 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 99 E 0.956 0.001 0.001 0.039 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 100 F 0.857 0.014 0.019 0.096 0.002 0.006 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 101 L 0.582 0.030 0.035 0.305 0.005 0.008 0.018 0.004 0.012 0.001 0.001 102 G 0.429 0.022 0.040 0.030 0.118 0.001 0.045 0.126 0.002 0.186 0.001 103 L 0.567 0.231 0.113 0.038 0.024 0.017 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 104 F 0.384 0.190 0.173 0.069 0.006 0.114 0.004 0.001 0.057 0.001 0.001 105 V 0.239 0.373 0.115 0.092 0.042 0.058 0.007 0.001 0.071 0.002 0.001 106 D 0.212 0.082 0.225 0.059 0.036 0.259 0.056 0.004 0.058 0.005 0.004 107 E 0.640 0.062 0.040 0.161 0.017 0.034 0.024 0.004 0.016 0.001 0.001 108 K 0.505 0.122 0.183 0.097 0.014 0.039 0.015 0.003 0.020 0.001 0.001 109 K 0.452 0.164 0.137 0.075 0.039 0.045 0.045 0.006 0.034 0.003 0.001 110 L 0.499 0.139 0.158 0.093 0.032 0.036 0.019 0.003 0.015 0.003 0.002 111 E 0.450 0.189 0.142 0.105 0.064 0.019 0.008 0.005 0.013 0.004 0.001 112 H 0.286 0.240 0.144 0.145 0.036 0.052 0.030 0.005 0.057 0.003 0.002 113 H 0.202 0.225 0.159 0.129 0.027 0.082 0.071 0.007 0.091 0.005 0.002 114 H 0.250 0.142 0.145 0.120 0.042 0.104 0.108 0.017 0.055 0.012 0.004 115 H 0.235 0.138 0.152 0.184 0.038 0.099 0.072 0.019 0.046 0.013 0.003 116 H 0.156 0.102 0.125 0.230 0.043 0.113 0.134 0.024 0.057 0.013 0.004 117 H 0.160 0.122 0.207 0.149 0.086 0.085 0.104 0.026 0.036 0.023 0.003