# TARGET T0350 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0350.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 114 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.172 0.172 0.045 0.023 0.417 0.013 0.012 0.024 0.019 0.050 0.054 2 N 0.200 0.166 0.048 0.014 0.481 0.010 0.008 0.014 0.007 0.021 0.031 3 I 0.426 0.057 0.012 0.003 0.371 0.002 0.003 0.016 0.011 0.025 0.073 4 E 0.081 0.371 0.104 0.047 0.256 0.031 0.025 0.035 0.014 0.015 0.020 5 R 0.120 0.265 0.087 0.003 0.469 0.002 0.002 0.011 0.005 0.009 0.028 6 L 0.237 0.141 0.040 0.006 0.350 0.007 0.014 0.073 0.038 0.029 0.067 7 T 0.093 0.107 0.050 0.041 0.147 0.073 0.153 0.143 0.068 0.100 0.027 8 T 0.076 0.397 0.162 0.016 0.261 0.003 0.004 0.022 0.013 0.028 0.017 9 L 0.106 0.203 0.102 0.037 0.183 0.022 0.031 0.101 0.076 0.086 0.054 10 Q 0.043 0.411 0.257 0.011 0.185 0.004 0.010 0.035 0.017 0.014 0.013 11 P 0.104 0.292 0.114 0.010 0.236 0.007 0.018 0.111 0.052 0.024 0.033 12 V 0.091 0.184 0.127 0.021 0.185 0.024 0.060 0.152 0.060 0.064 0.032 13 W 0.051 0.330 0.233 0.038 0.133 0.022 0.025 0.074 0.030 0.040 0.025 14 D 0.066 0.361 0.155 0.022 0.173 0.010 0.014 0.087 0.047 0.038 0.028 15 R 0.041 0.138 0.070 0.016 0.107 0.014 0.030 0.296 0.208 0.062 0.018 16 Y 0.044 0.097 0.045 0.014 0.075 0.018 0.064 0.355 0.163 0.097 0.029 17 D 0.116 0.107 0.038 0.014 0.170 0.012 0.028 0.221 0.101 0.135 0.057 18 T 0.047 0.160 0.065 0.024 0.107 0.028 0.049 0.294 0.132 0.068 0.026 19 Q 0.080 0.172 0.110 0.017 0.166 0.008 0.014 0.213 0.084 0.089 0.046 20 I 0.094 0.171 0.058 0.012 0.152 0.016 0.032 0.321 0.070 0.043 0.033 21 H 0.065 0.148 0.065 0.021 0.133 0.025 0.040 0.339 0.080 0.056 0.028 22 N 0.049 0.079 0.053 0.028 0.079 0.018 0.022 0.463 0.118 0.063 0.028 23 Q 0.047 0.085 0.036 0.013 0.069 0.012 0.017 0.487 0.113 0.092 0.031 24 K 0.039 0.102 0.036 0.012 0.078 0.013 0.020 0.519 0.101 0.060 0.020 25 D 0.042 0.092 0.039 0.013 0.065 0.011 0.022 0.526 0.112 0.057 0.021 26 N 0.039 0.074 0.031 0.018 0.068 0.014 0.027 0.517 0.124 0.067 0.022 27 D 0.038 0.086 0.035 0.022 0.071 0.029 0.038 0.440 0.123 0.094 0.025 28 N 0.064 0.115 0.053 0.015 0.118 0.010 0.024 0.356 0.099 0.104 0.041 29 E 0.058 0.087 0.037 0.016 0.079 0.018 0.036 0.378 0.118 0.137 0.036 30 V 0.032 0.297 0.116 0.020 0.127 0.014 0.022 0.252 0.069 0.039 0.012 31 P 0.062 0.123 0.050 0.013 0.113 0.011 0.028 0.389 0.109 0.067 0.036 32 V 0.056 0.078 0.031 0.016 0.100 0.025 0.036 0.371 0.162 0.104 0.023 33 H 0.039 0.154 0.080 0.012 0.127 0.010 0.023 0.366 0.114 0.057 0.018 34 Q 0.103 0.157 0.055 0.006 0.134 0.008 0.019 0.252 0.088 0.126 0.052 35 V 0.035 0.343 0.091 0.013 0.169 0.023 0.036 0.206 0.039 0.032 0.012 36 S 0.061 0.479 0.210 0.005 0.111 0.001 0.002 0.071 0.014 0.026 0.019 37 Y 0.003 0.003 0.002 0.001 0.006 0.003 0.003 0.821 0.144 0.012 0.002 38 T 0.001 0.006 0.002 0.001 0.002 0.002 0.005 0.932 0.046 0.002 0.001 39 N 0.001 0.005 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.905 0.057 0.025 0.001 40 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.949 0.046 0.003 0.001 41 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.963 0.032 0.001 0.001 42 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.963 0.028 0.003 0.001 43 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.957 0.034 0.004 0.001 44 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.936 0.054 0.005 0.001 45 G 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.941 0.041 0.004 0.001 46 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.930 0.040 0.014 0.001 47 M 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.888 0.091 0.009 0.001 48 N 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 0.874 0.097 0.010 0.001 49 K 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.005 0.036 0.843 0.092 0.016 0.001 50 L 0.004 0.004 0.001 0.001 0.006 0.003 0.041 0.796 0.103 0.037 0.003 51 L 0.023 0.027 0.007 0.002 0.036 0.007 0.036 0.498 0.190 0.151 0.022 52 E 0.014 0.046 0.020 0.011 0.029 0.013 0.052 0.582 0.177 0.044 0.011 53 P 0.025 0.022 0.008 0.008 0.035 0.012 0.097 0.568 0.144 0.070 0.011 54 S 0.017 0.138 0.061 0.022 0.083 0.046 0.162 0.295 0.118 0.052 0.006 55 Q 0.229 0.028 0.009 0.009 0.092 0.010 0.022 0.101 0.079 0.244 0.177 56 V 0.050 0.263 0.068 0.043 0.201 0.057 0.074 0.109 0.066 0.054 0.015 57 H 0.300 0.071 0.011 0.003 0.445 0.003 0.006 0.018 0.016 0.047 0.080 58 L 0.253 0.115 0.007 0.002 0.584 0.002 0.002 0.005 0.004 0.006 0.021 59 K 0.395 0.032 0.005 0.003 0.480 0.008 0.005 0.004 0.003 0.008 0.058 60 F 0.366 0.099 0.010 0.005 0.443 0.004 0.001 0.002 0.002 0.010 0.059 61 E 0.225 0.146 0.030 0.001 0.559 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.029 62 L 0.177 0.326 0.085 0.005 0.334 0.004 0.002 0.003 0.001 0.012 0.052 63 H 0.076 0.140 0.017 0.007 0.711 0.003 0.002 0.020 0.009 0.005 0.011 64 D 0.008 0.012 0.023 0.026 0.005 0.030 0.087 0.571 0.227 0.008 0.002 65 K 0.001 0.001 0.004 0.009 0.001 0.058 0.330 0.397 0.153 0.045 0.002 66 L 0.004 0.849 0.059 0.007 0.065 0.002 0.002 0.006 0.004 0.002 0.001 67 N 0.011 0.002 0.003 0.011 0.005 0.006 0.016 0.016 0.038 0.528 0.364 68 E 0.021 0.626 0.072 0.001 0.261 0.002 0.002 0.005 0.003 0.006 0.002 69 Y 0.311 0.038 0.003 0.001 0.608 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.036 70 Y 0.278 0.096 0.019 0.022 0.497 0.015 0.035 0.009 0.002 0.007 0.020 71 V 0.203 0.194 0.016 0.002 0.565 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 72 K 0.100 0.246 0.024 0.001 0.615 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 73 V 0.596 0.021 0.001 0.001 0.357 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 74 I 0.058 0.402 0.076 0.007 0.386 0.026 0.012 0.005 0.001 0.008 0.019 75 E 0.071 0.105 0.008 0.001 0.803 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 76 D 0.014 0.021 0.030 0.009 0.009 0.031 0.097 0.468 0.303 0.014 0.004 77 S 0.002 0.004 0.020 0.010 0.001 0.047 0.328 0.193 0.226 0.165 0.004 78 T 0.007 0.822 0.032 0.001 0.136 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 N 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 0.525 0.453 80 E 0.003 0.744 0.062 0.002 0.091 0.013 0.043 0.020 0.005 0.016 0.001 81 V 0.620 0.021 0.001 0.001 0.297 0.001 0.002 0.010 0.004 0.003 0.041 82 I 0.028 0.022 0.018 0.228 0.027 0.480 0.149 0.021 0.013 0.004 0.009 83 R 0.099 0.313 0.086 0.014 0.303 0.009 0.024 0.038 0.030 0.032 0.052 84 E 0.165 0.091 0.032 0.003 0.182 0.002 0.009 0.011 0.043 0.269 0.193 85 I 0.025 0.404 0.337 0.046 0.138 0.017 0.011 0.003 0.003 0.008 0.008 86 P 0.080 0.527 0.163 0.003 0.196 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.022 87 P 0.028 0.211 0.075 0.012 0.084 0.006 0.006 0.316 0.217 0.031 0.014 88 K 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.009 0.018 0.792 0.162 0.010 0.001 89 R 0.002 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.006 0.863 0.096 0.024 0.002 90 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.886 0.090 0.020 0.001 91 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.934 0.058 0.002 0.001 92 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.947 0.043 0.001 0.001 93 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.938 0.054 0.004 0.001 94 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.917 0.078 0.003 0.001 95 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.925 0.061 0.002 0.001 96 A 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.009 0.868 0.067 0.045 0.002 97 M 0.003 0.004 0.001 0.001 0.005 0.001 0.003 0.709 0.232 0.038 0.004 98 T 0.001 0.008 0.001 0.001 0.003 0.002 0.023 0.789 0.168 0.004 0.001 99 E 0.002 0.003 0.001 0.002 0.003 0.005 0.048 0.666 0.167 0.099 0.004 100 F 0.021 0.016 0.009 0.008 0.027 0.029 0.094 0.474 0.120 0.173 0.028 101 L 0.029 0.081 0.028 0.028 0.048 0.022 0.056 0.419 0.148 0.099 0.041 102 G 0.012 0.032 0.043 0.044 0.018 0.012 0.009 0.283 0.155 0.362 0.031 103 L 0.023 0.091 0.031 0.009 0.096 0.009 0.063 0.534 0.093 0.043 0.008 104 F 0.074 0.040 0.013 0.009 0.113 0.013 0.039 0.532 0.092 0.052 0.023 105 V 0.022 0.093 0.036 0.021 0.074 0.036 0.102 0.483 0.073 0.043 0.016 106 D 0.180 0.081 0.034 0.009 0.182 0.006 0.009 0.308 0.064 0.069 0.058 107 E 0.004 0.008 0.004 0.002 0.008 0.004 0.009 0.677 0.251 0.030 0.004 108 K 0.007 0.020 0.008 0.002 0.016 0.003 0.019 0.800 0.110 0.012 0.003 109 K 0.007 0.007 0.003 0.003 0.009 0.003 0.014 0.813 0.113 0.024 0.003 110 L 0.007 0.010 0.004 0.003 0.013 0.005 0.015 0.812 0.111 0.017 0.004 111 E 0.016 0.013 0.006 0.005 0.026 0.005 0.020 0.746 0.137 0.018 0.008 112 H 0.014 0.015 0.009 0.006 0.026 0.015 0.060 0.710 0.108 0.029 0.006 113 H 0.035 0.035 0.013 0.013 0.052 0.018 0.078 0.550 0.138 0.053 0.016 114 H 0.041 0.059 0.027 0.018 0.072 0.025 0.075 0.439 0.136 0.090 0.020 115 H 0.052 0.084 0.047 0.037 0.099 0.045 0.098 0.296 0.101 0.110 0.032 116 H 0.087 0.101 0.062 0.044 0.129 0.039 0.054 0.178 0.091 0.152 0.064 117 H 0.120 0.119 0.060 0.028 0.170 0.018 0.030 0.152 0.094 0.139 0.070