# TARGET T0350 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0350.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 114 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.521 0.146 0.121 0.103 0.065 0.038 0.006 2 N 0.526 0.160 0.102 0.096 0.068 0.037 0.010 3 I 0.419 0.122 0.081 0.099 0.132 0.119 0.028 4 E 0.462 0.139 0.095 0.106 0.095 0.073 0.029 5 R 0.271 0.145 0.135 0.179 0.133 0.099 0.037 6 L 0.345 0.108 0.108 0.129 0.163 0.119 0.028 7 T 0.599 0.135 0.071 0.062 0.064 0.060 0.009 8 T 0.613 0.153 0.106 0.074 0.037 0.016 0.001 9 L 0.625 0.179 0.087 0.057 0.036 0.015 0.001 10 Q 0.641 0.206 0.083 0.047 0.019 0.005 0.001 11 P 0.711 0.159 0.071 0.043 0.013 0.003 0.001 12 V 0.749 0.156 0.058 0.028 0.008 0.001 0.001 13 W 0.786 0.141 0.047 0.020 0.005 0.001 0.001 14 D 0.789 0.138 0.045 0.020 0.006 0.001 0.001 15 R 0.686 0.174 0.079 0.042 0.015 0.004 0.001 16 Y 0.631 0.191 0.095 0.059 0.020 0.005 0.001 17 D 0.557 0.240 0.112 0.059 0.024 0.007 0.001 18 T 0.495 0.204 0.139 0.101 0.047 0.013 0.001 19 Q 0.607 0.205 0.096 0.056 0.026 0.008 0.001 20 I 0.528 0.213 0.125 0.084 0.038 0.011 0.001 21 H 0.555 0.224 0.120 0.068 0.026 0.006 0.001 22 N 0.642 0.211 0.089 0.042 0.013 0.003 0.001 23 Q 0.690 0.187 0.075 0.034 0.011 0.002 0.001 24 K 0.675 0.194 0.080 0.038 0.011 0.002 0.001 25 D 0.727 0.175 0.065 0.026 0.007 0.001 0.001 26 N 0.718 0.179 0.065 0.028 0.008 0.001 0.001 27 D 0.761 0.163 0.052 0.019 0.005 0.001 0.001 28 N 0.694 0.193 0.073 0.031 0.008 0.001 0.001 29 E 0.684 0.196 0.079 0.032 0.008 0.001 0.001 30 V 0.652 0.192 0.093 0.047 0.013 0.002 0.001 31 P 0.674 0.216 0.072 0.029 0.008 0.001 0.001 32 V 0.630 0.233 0.093 0.036 0.008 0.001 0.001 33 H 0.647 0.246 0.075 0.026 0.005 0.001 0.001 34 Q 0.611 0.248 0.091 0.039 0.009 0.001 0.001 35 V 0.432 0.233 0.181 0.114 0.036 0.004 0.001 36 S 0.677 0.230 0.063 0.025 0.005 0.001 0.001 37 Y 0.609 0.259 0.097 0.030 0.005 0.001 0.001 38 T 0.898 0.094 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 39 N 0.342 0.413 0.172 0.063 0.010 0.001 0.001 40 L 0.075 0.138 0.261 0.348 0.161 0.016 0.001 41 A 0.369 0.454 0.148 0.026 0.003 0.001 0.001 42 E 0.487 0.432 0.072 0.008 0.001 0.001 0.001 43 M 0.061 0.127 0.238 0.382 0.174 0.018 0.001 44 V 0.068 0.139 0.252 0.336 0.181 0.023 0.001 45 G 0.419 0.463 0.102 0.015 0.002 0.001 0.001 46 E 0.199 0.388 0.297 0.098 0.016 0.002 0.001 47 M 0.037 0.058 0.097 0.263 0.385 0.155 0.005 48 N 0.128 0.314 0.334 0.178 0.041 0.004 0.001 49 K 0.515 0.382 0.081 0.018 0.004 0.001 0.001 50 L 0.117 0.204 0.264 0.282 0.114 0.019 0.001 51 L 0.142 0.158 0.208 0.302 0.160 0.027 0.001 52 E 0.614 0.307 0.063 0.014 0.002 0.001 0.001 53 P 0.533 0.315 0.107 0.037 0.007 0.001 0.001 54 S 0.212 0.197 0.209 0.241 0.114 0.025 0.001 55 Q 0.363 0.359 0.170 0.076 0.026 0.006 0.001 56 V 0.241 0.292 0.227 0.163 0.064 0.012 0.001 57 H 0.194 0.369 0.267 0.130 0.035 0.006 0.001 58 L 0.011 0.033 0.091 0.271 0.401 0.184 0.010 59 K 0.040 0.207 0.374 0.278 0.087 0.013 0.001 60 F 0.016 0.049 0.091 0.251 0.415 0.171 0.007 61 E 0.044 0.279 0.390 0.222 0.058 0.008 0.001 62 L 0.069 0.173 0.221 0.319 0.183 0.035 0.001 63 H 0.281 0.426 0.193 0.083 0.015 0.002 0.001 64 D 0.466 0.355 0.131 0.041 0.007 0.001 0.001 65 K 0.715 0.217 0.050 0.015 0.003 0.001 0.001 66 L 0.351 0.296 0.185 0.122 0.040 0.006 0.001 67 N 0.433 0.369 0.144 0.046 0.007 0.001 0.001 68 E 0.188 0.491 0.227 0.076 0.016 0.002 0.001 69 Y 0.006 0.043 0.140 0.358 0.353 0.097 0.004 70 Y 0.005 0.054 0.196 0.354 0.298 0.090 0.003 71 V 0.004 0.009 0.028 0.111 0.329 0.470 0.049 72 K 0.009 0.081 0.288 0.392 0.191 0.037 0.002 73 V 0.008 0.033 0.087 0.210 0.405 0.241 0.015 74 I 0.036 0.177 0.292 0.322 0.145 0.026 0.001 75 E 0.327 0.399 0.185 0.074 0.013 0.001 0.001 76 D 0.625 0.276 0.079 0.017 0.003 0.001 0.001 77 S 0.728 0.189 0.058 0.020 0.004 0.001 0.001 78 T 0.841 0.115 0.032 0.010 0.002 0.001 0.001 79 N 0.778 0.178 0.035 0.008 0.001 0.001 0.001 80 E 0.556 0.297 0.111 0.031 0.005 0.001 0.001 81 V 0.157 0.275 0.250 0.206 0.096 0.017 0.001 82 I 0.066 0.104 0.209 0.330 0.229 0.059 0.003 83 R 0.158 0.329 0.275 0.175 0.053 0.009 0.001 84 E 0.133 0.220 0.240 0.242 0.130 0.033 0.001 85 I 0.085 0.188 0.232 0.278 0.170 0.045 0.002 86 P 0.168 0.264 0.250 0.231 0.077 0.011 0.001 87 P 0.436 0.337 0.156 0.056 0.013 0.002 0.001 88 K 0.603 0.305 0.073 0.015 0.003 0.001 0.001 89 R 0.090 0.307 0.309 0.207 0.072 0.014 0.002 90 W 0.003 0.017 0.077 0.231 0.459 0.201 0.011 91 L 0.025 0.248 0.351 0.257 0.100 0.018 0.001 92 D 0.043 0.402 0.376 0.156 0.020 0.002 0.001 93 F 0.003 0.010 0.033 0.164 0.451 0.328 0.011 94 Y 0.004 0.020 0.058 0.200 0.403 0.292 0.024 95 A 0.039 0.321 0.386 0.206 0.042 0.006 0.001 96 A 0.010 0.060 0.264 0.446 0.196 0.024 0.001 97 M 0.006 0.016 0.022 0.097 0.369 0.460 0.030 98 T 0.063 0.255 0.340 0.227 0.098 0.016 0.001 99 E 0.141 0.380 0.346 0.118 0.015 0.002 0.001 100 F 0.063 0.101 0.138 0.272 0.314 0.108 0.005 101 L 0.083 0.190 0.258 0.262 0.163 0.040 0.003 102 G 0.282 0.304 0.201 0.132 0.057 0.021 0.004 103 L 0.226 0.235 0.186 0.185 0.124 0.037 0.007 104 F 0.219 0.179 0.138 0.153 0.154 0.133 0.024 105 V 0.275 0.204 0.186 0.178 0.109 0.042 0.007 106 D 0.560 0.277 0.104 0.041 0.014 0.003 0.001 107 E 0.658 0.218 0.076 0.034 0.011 0.003 0.001 108 K 0.711 0.189 0.067 0.027 0.006 0.001 0.001 109 K 0.528 0.253 0.130 0.065 0.021 0.003 0.001 110 L 0.550 0.236 0.115 0.072 0.023 0.004 0.001 111 E 0.438 0.244 0.141 0.099 0.060 0.016 0.002 112 H 0.514 0.253 0.131 0.060 0.029 0.011 0.001 113 H 0.471 0.269 0.143 0.071 0.032 0.012 0.001 114 H 0.496 0.265 0.151 0.068 0.017 0.003 0.001 115 H 0.604 0.242 0.101 0.042 0.010 0.002 0.001 116 H 0.767 0.178 0.041 0.012 0.002 0.001 0.001 117 H 0.747 0.182 0.049 0.019 0.003 0.001 0.001