# TARGET T0350 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0350.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 127 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.006 0.947 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.011 0.001 0.008 0.018 2 N 0.001 0.028 0.891 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.015 0.004 0.001 0.008 0.045 3 I 0.005 0.020 0.429 0.041 0.091 0.145 0.004 0.003 0.045 0.085 0.040 0.024 0.069 4 E 0.005 0.005 0.246 0.029 0.164 0.143 0.004 0.002 0.056 0.158 0.073 0.071 0.043 5 R 0.005 0.010 0.214 0.007 0.219 0.189 0.005 0.005 0.088 0.066 0.049 0.023 0.121 6 L 0.010 0.030 0.324 0.026 0.045 0.157 0.008 0.006 0.110 0.072 0.046 0.083 0.083 7 T 0.019 0.021 0.357 0.024 0.032 0.129 0.008 0.005 0.069 0.099 0.073 0.074 0.091 8 T 0.023 0.038 0.245 0.015 0.046 0.186 0.008 0.003 0.044 0.136 0.124 0.029 0.103 9 L 0.011 0.029 0.376 0.011 0.052 0.144 0.004 0.001 0.019 0.136 0.108 0.042 0.067 10 Q 0.004 0.009 0.467 0.006 0.050 0.115 0.001 0.001 0.009 0.181 0.102 0.026 0.028 11 P 0.003 0.015 0.514 0.003 0.061 0.134 0.001 0.001 0.008 0.090 0.124 0.011 0.036 12 V 0.005 0.027 0.346 0.002 0.104 0.206 0.002 0.001 0.010 0.087 0.155 0.021 0.034 13 W 0.004 0.019 0.401 0.009 0.056 0.187 0.001 0.001 0.009 0.159 0.100 0.019 0.034 14 D 0.003 0.009 0.385 0.003 0.044 0.231 0.001 0.001 0.006 0.163 0.102 0.025 0.025 15 R 0.003 0.009 0.303 0.001 0.057 0.358 0.001 0.001 0.005 0.110 0.119 0.011 0.024 16 Y 0.004 0.016 0.230 0.003 0.037 0.462 0.001 0.001 0.006 0.085 0.124 0.013 0.018 17 D 0.002 0.008 0.288 0.003 0.033 0.482 0.001 0.001 0.003 0.087 0.071 0.008 0.015 18 T 0.002 0.004 0.082 0.001 0.047 0.715 0.001 0.001 0.003 0.057 0.071 0.007 0.009 19 Q 0.004 0.007 0.107 0.002 0.052 0.659 0.001 0.001 0.004 0.045 0.094 0.009 0.015 20 I 0.004 0.010 0.175 0.003 0.058 0.608 0.001 0.001 0.007 0.038 0.071 0.007 0.018 21 H 0.006 0.020 0.258 0.006 0.047 0.442 0.002 0.001 0.010 0.056 0.097 0.023 0.032 22 N 0.005 0.008 0.345 0.004 0.038 0.317 0.002 0.001 0.006 0.096 0.121 0.026 0.031 23 Q 0.004 0.013 0.325 0.002 0.054 0.313 0.001 0.001 0.005 0.114 0.126 0.015 0.027 24 K 0.004 0.017 0.249 0.003 0.057 0.285 0.001 0.001 0.002 0.144 0.195 0.017 0.025 25 D 0.002 0.011 0.314 0.002 0.055 0.191 0.001 0.001 0.001 0.129 0.268 0.011 0.016 26 N 0.001 0.007 0.423 0.002 0.055 0.115 0.001 0.001 0.001 0.144 0.232 0.007 0.013 27 D 0.002 0.008 0.473 0.003 0.068 0.085 0.001 0.001 0.001 0.132 0.200 0.006 0.021 28 N 0.002 0.010 0.488 0.002 0.047 0.064 0.001 0.001 0.002 0.220 0.112 0.038 0.015 29 E 0.002 0.024 0.558 0.002 0.043 0.056 0.001 0.001 0.005 0.157 0.074 0.008 0.070 30 V 0.001 0.020 0.678 0.003 0.012 0.031 0.001 0.001 0.005 0.175 0.020 0.037 0.019 31 P 0.001 0.017 0.799 0.002 0.019 0.034 0.001 0.001 0.006 0.039 0.034 0.006 0.044 32 V 0.002 0.014 0.617 0.014 0.090 0.060 0.001 0.001 0.008 0.071 0.075 0.008 0.040 33 H 0.003 0.010 0.495 0.010 0.076 0.058 0.001 0.001 0.012 0.170 0.069 0.067 0.030 34 Q 0.002 0.016 0.588 0.001 0.041 0.070 0.001 0.001 0.021 0.094 0.053 0.009 0.104 35 V 0.001 0.032 0.689 0.001 0.003 0.035 0.001 0.001 0.016 0.131 0.013 0.065 0.015 36 S 0.001 0.013 0.898 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 0.005 0.026 0.003 0.001 0.031 37 Y 0.001 0.001 0.019 0.001 0.015 0.943 0.001 0.001 0.001 0.005 0.017 0.001 0.001 38 T 0.001 0.001 0.006 0.001 0.018 0.951 0.001 0.001 0.001 0.007 0.017 0.001 0.001 39 N 0.001 0.001 0.006 0.001 0.021 0.962 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.001 0.001 40 L 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 41 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 43 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 44 V 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 45 G 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 46 E 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.972 0.001 0.001 0.001 0.002 0.021 0.001 0.001 47 M 0.001 0.001 0.013 0.001 0.010 0.943 0.001 0.001 0.001 0.006 0.027 0.001 0.001 48 N 0.001 0.001 0.022 0.001 0.064 0.794 0.001 0.001 0.001 0.027 0.090 0.001 0.001 49 K 0.001 0.001 0.018 0.001 0.083 0.686 0.001 0.001 0.001 0.022 0.185 0.002 0.002 50 L 0.001 0.001 0.059 0.001 0.078 0.626 0.001 0.001 0.002 0.030 0.196 0.001 0.005 51 L 0.003 0.022 0.352 0.007 0.018 0.221 0.001 0.001 0.009 0.211 0.118 0.005 0.034 52 E 0.001 0.013 0.633 0.007 0.009 0.018 0.001 0.001 0.007 0.127 0.035 0.138 0.013 53 P 0.002 0.014 0.390 0.005 0.080 0.033 0.001 0.001 0.006 0.093 0.128 0.003 0.245 54 S 0.012 0.014 0.226 0.072 0.111 0.021 0.002 0.001 0.006 0.148 0.187 0.155 0.045 55 Q 0.019 0.008 0.202 0.017 0.088 0.012 0.002 0.001 0.005 0.160 0.173 0.069 0.245 56 V 0.051 0.007 0.224 0.104 0.019 0.005 0.007 0.001 0.006 0.188 0.060 0.127 0.200 57 H 0.170 0.004 0.141 0.058 0.004 0.002 0.014 0.001 0.007 0.042 0.023 0.258 0.278 58 L 0.570 0.001 0.031 0.007 0.001 0.001 0.021 0.001 0.004 0.009 0.003 0.102 0.250 59 K 0.650 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.211 0.104 60 F 0.599 0.001 0.009 0.005 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.003 0.001 0.051 0.321 61 E 0.528 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.416 0.043 62 L 0.484 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.002 0.001 0.020 0.475 63 H 0.250 0.020 0.106 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.010 0.002 0.300 0.302 64 D 0.028 0.001 0.029 0.001 0.079 0.086 0.001 0.001 0.001 0.050 0.661 0.003 0.060 65 K 0.025 0.002 0.007 0.001 0.069 0.037 0.001 0.001 0.001 0.043 0.764 0.033 0.018 66 L 0.001 0.001 0.020 0.027 0.041 0.013 0.001 0.001 0.001 0.031 0.859 0.005 0.002 67 N 0.001 0.002 0.255 0.005 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.351 0.368 0.003 0.008 68 E 0.015 0.008 0.661 0.010 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.152 0.013 0.057 0.079 69 Y 0.091 0.020 0.085 0.006 0.001 0.001 0.032 0.001 0.009 0.021 0.001 0.016 0.719 70 Y 0.436 0.001 0.035 0.035 0.001 0.001 0.088 0.002 0.004 0.001 0.001 0.334 0.064 71 V 0.619 0.001 0.009 0.006 0.001 0.001 0.153 0.004 0.006 0.001 0.001 0.037 0.165 72 K 0.755 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 0.109 0.011 0.009 0.001 0.001 0.075 0.032 73 V 0.721 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.116 0.005 0.009 0.001 0.001 0.039 0.104 74 I 0.734 0.001 0.014 0.006 0.001 0.001 0.090 0.001 0.008 0.001 0.001 0.069 0.077 75 E 0.226 0.019 0.127 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.024 0.008 0.001 0.064 0.518 76 D 0.006 0.001 0.235 0.002 0.027 0.016 0.001 0.001 0.001 0.128 0.538 0.005 0.040 77 S 0.001 0.001 0.021 0.001 0.020 0.006 0.001 0.001 0.001 0.097 0.839 0.010 0.005 78 T 0.001 0.001 0.047 0.008 0.021 0.009 0.001 0.001 0.001 0.068 0.841 0.003 0.002 79 N 0.001 0.001 0.403 0.001 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.428 0.148 0.004 0.004 80 E 0.014 0.028 0.652 0.004 0.002 0.008 0.002 0.001 0.001 0.105 0.022 0.040 0.121 81 V 0.057 0.116 0.046 0.001 0.001 0.002 0.010 0.001 0.002 0.008 0.001 0.019 0.737 82 I 0.228 0.005 0.083 0.373 0.008 0.006 0.019 0.001 0.002 0.004 0.002 0.140 0.130 83 R 0.183 0.003 0.052 0.006 0.012 0.006 0.028 0.001 0.008 0.011 0.004 0.526 0.161 84 E 0.063 0.012 0.075 0.003 0.008 0.007 0.012 0.001 0.014 0.014 0.005 0.024 0.761 85 I 0.004 0.011 0.397 0.006 0.001 0.005 0.002 0.001 0.012 0.120 0.005 0.406 0.030 86 P 0.001 0.006 0.854 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.004 0.079 0.010 0.001 0.038 87 P 0.001 0.002 0.237 0.001 0.017 0.547 0.001 0.001 0.001 0.121 0.070 0.001 0.003 88 K 0.001 0.001 0.005 0.001 0.033 0.935 0.001 0.001 0.001 0.008 0.019 0.001 0.001 89 R 0.001 0.001 0.003 0.001 0.020 0.966 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 90 W 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 93 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 94 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 95 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 96 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 97 M 0.001 0.001 0.017 0.001 0.003 0.950 0.001 0.001 0.001 0.009 0.022 0.001 0.001 98 T 0.001 0.001 0.024 0.001 0.033 0.867 0.001 0.001 0.001 0.014 0.061 0.001 0.001 99 E 0.001 0.001 0.016 0.001 0.029 0.838 0.001 0.001 0.001 0.019 0.095 0.001 0.001 100 F 0.001 0.001 0.026 0.001 0.025 0.889 0.001 0.001 0.004 0.012 0.043 0.001 0.001 101 L 0.001 0.002 0.037 0.005 0.012 0.823 0.001 0.001 0.009 0.044 0.059 0.001 0.004 102 G 0.001 0.001 0.024 0.002 0.013 0.841 0.002 0.004 0.016 0.035 0.050 0.008 0.003 103 L 0.003 0.001 0.021 0.001 0.008 0.889 0.003 0.009 0.017 0.013 0.029 0.002 0.006 104 F 0.016 0.006 0.023 0.001 0.005 0.839 0.010 0.019 0.032 0.007 0.022 0.007 0.014 105 V 0.023 0.006 0.052 0.004 0.006 0.748 0.012 0.016 0.033 0.016 0.044 0.020 0.020 106 D 0.019 0.002 0.113 0.004 0.013 0.636 0.004 0.006 0.016 0.057 0.083 0.018 0.029 107 E 0.012 0.001 0.079 0.002 0.039 0.639 0.001 0.001 0.004 0.067 0.132 0.009 0.014 108 K 0.010 0.009 0.114 0.001 0.048 0.603 0.001 0.001 0.003 0.039 0.134 0.013 0.023 109 K 0.011 0.020 0.153 0.004 0.068 0.483 0.002 0.001 0.004 0.052 0.148 0.013 0.040 110 L 0.011 0.021 0.280 0.008 0.056 0.373 0.001 0.001 0.003 0.090 0.097 0.029 0.031 111 E 0.001 0.010 0.473 0.005 0.054 0.194 0.001 0.001 0.002 0.132 0.091 0.014 0.024 112 H 0.001 0.009 0.201 0.001 0.103 0.224 0.001 0.001 0.001 0.080 0.362 0.003 0.015 113 H 0.001 0.015 0.224 0.004 0.089 0.142 0.001 0.001 0.001 0.188 0.318 0.008 0.008 114 H 0.001 0.015 0.428 0.002 0.063 0.084 0.001 0.001 0.002 0.211 0.175 0.007 0.012 115 H 0.001 0.024 0.388 0.001 0.047 0.069 0.001 0.001 0.002 0.182 0.264 0.005 0.014 116 H 0.001 0.034 0.636 0.002 0.019 0.028 0.001 0.001 0.002 0.156 0.101 0.007 0.012 117 H 0.001 0.008 0.825 0.001 0.017 0.011 0.001 0.001 0.001 0.096 0.032 0.004 0.005