# TARGET T0350 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0350.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 127 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.007 0.001 0.001 0.020 0.122 0.096 0.122 0.006 0.001 0.025 0.601 2 N 0.054 0.007 0.001 0.037 0.032 0.053 0.120 0.005 0.001 0.048 0.643 3 I 0.083 0.003 0.001 0.032 0.032 0.044 0.101 0.006 0.001 0.062 0.635 4 E 0.033 0.004 0.001 0.048 0.032 0.053 0.115 0.002 0.001 0.050 0.662 5 R 0.022 0.005 0.001 0.043 0.028 0.053 0.128 0.003 0.001 0.035 0.682 6 L 0.054 0.004 0.001 0.050 0.055 0.063 0.121 0.009 0.001 0.056 0.586 7 T 0.088 0.004 0.001 0.029 0.032 0.037 0.109 0.002 0.001 0.042 0.656 8 T 0.012 0.004 0.001 0.027 0.031 0.056 0.131 0.002 0.001 0.024 0.714 9 L 0.021 0.018 0.001 0.022 0.021 0.029 0.130 0.004 0.001 0.019 0.734 10 Q 0.144 0.033 0.002 0.015 0.052 0.047 0.134 0.024 0.001 0.063 0.484 11 P 0.103 0.066 0.003 0.018 0.015 0.025 0.108 0.005 0.001 0.049 0.607 12 V 0.101 0.069 0.005 0.019 0.019 0.040 0.096 0.006 0.002 0.040 0.604 13 W 0.133 0.074 0.004 0.019 0.016 0.025 0.096 0.008 0.001 0.058 0.567 14 D 0.129 0.032 0.002 0.014 0.021 0.032 0.102 0.004 0.001 0.076 0.586 15 R 0.030 0.081 0.003 0.019 0.019 0.031 0.105 0.003 0.001 0.036 0.673 16 Y 0.106 0.142 0.005 0.009 0.021 0.025 0.096 0.009 0.002 0.028 0.558 17 D 0.177 0.156 0.002 0.010 0.025 0.024 0.092 0.026 0.001 0.068 0.419 18 T 0.121 0.067 0.002 0.012 0.018 0.037 0.110 0.009 0.001 0.071 0.551 19 Q 0.066 0.104 0.006 0.035 0.026 0.060 0.107 0.005 0.002 0.055 0.535 20 I 0.082 0.056 0.005 0.028 0.045 0.062 0.113 0.006 0.002 0.051 0.550 21 H 0.065 0.032 0.002 0.025 0.040 0.050 0.120 0.007 0.001 0.051 0.607 22 N 0.065 0.023 0.001 0.023 0.022 0.038 0.106 0.004 0.001 0.046 0.672 23 Q 0.065 0.033 0.003 0.020 0.022 0.039 0.128 0.005 0.001 0.062 0.622 24 K 0.047 0.031 0.004 0.015 0.015 0.026 0.110 0.004 0.002 0.044 0.703 25 D 0.121 0.048 0.005 0.014 0.017 0.024 0.103 0.010 0.002 0.076 0.580 26 N 0.199 0.040 0.002 0.010 0.012 0.018 0.086 0.012 0.001 0.071 0.549 27 D 0.146 0.022 0.001 0.009 0.008 0.014 0.083 0.003 0.001 0.041 0.672 28 N 0.021 0.022 0.001 0.012 0.034 0.058 0.118 0.002 0.001 0.027 0.704 29 E 0.017 0.044 0.002 0.009 0.018 0.028 0.102 0.003 0.001 0.021 0.756 30 V 0.150 0.041 0.005 0.008 0.064 0.041 0.105 0.026 0.003 0.053 0.505 31 P 0.244 0.054 0.001 0.008 0.011 0.016 0.079 0.015 0.001 0.055 0.516 32 V 0.157 0.049 0.002 0.012 0.005 0.014 0.075 0.005 0.001 0.042 0.639 33 H 0.051 0.031 0.001 0.023 0.009 0.018 0.098 0.002 0.001 0.040 0.726 34 Q 0.019 0.008 0.001 0.013 0.017 0.017 0.115 0.001 0.001 0.134 0.674 35 V 0.004 0.045 0.001 0.020 0.021 0.015 0.114 0.003 0.001 0.113 0.664 36 S 0.043 0.821 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.007 0.001 0.020 0.088 37 Y 0.029 0.893 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 0.001 0.018 0.046 38 T 0.014 0.851 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.002 0.001 0.042 0.073 39 N 0.007 0.947 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.024 0.014 40 L 0.006 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.007 0.010 41 A 0.008 0.690 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.254 0.034 42 E 0.002 0.949 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.024 0.017 43 M 0.007 0.933 0.004 0.001 0.001 0.001 0.004 0.010 0.001 0.023 0.019 44 V 0.015 0.825 0.005 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.001 0.118 0.025 45 G 0.011 0.898 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.031 0.050 46 E 0.027 0.721 0.065 0.001 0.001 0.001 0.016 0.013 0.025 0.057 0.075 47 M 0.245 0.564 0.020 0.002 0.001 0.001 0.020 0.036 0.010 0.032 0.070 48 N 0.211 0.242 0.004 0.004 0.001 0.004 0.051 0.010 0.004 0.071 0.397 49 K 0.092 0.060 0.004 0.009 0.002 0.006 0.111 0.003 0.001 0.053 0.659 50 L 0.027 0.020 0.010 0.032 0.006 0.018 0.148 0.002 0.003 0.083 0.650 51 L 0.028 0.013 0.007 0.026 0.013 0.020 0.149 0.003 0.003 0.056 0.681 52 E 0.230 0.012 0.004 0.020 0.019 0.029 0.103 0.012 0.003 0.092 0.475 53 P 0.122 0.002 0.003 0.014 0.006 0.015 0.116 0.003 0.002 0.068 0.650 54 S 0.017 0.001 0.001 0.030 0.029 0.080 0.131 0.003 0.001 0.041 0.668 55 Q 0.009 0.001 0.001 0.049 0.026 0.072 0.121 0.001 0.001 0.044 0.676 56 V 0.001 0.001 0.001 0.094 0.249 0.313 0.065 0.002 0.001 0.047 0.229 57 H 0.002 0.001 0.001 0.168 0.102 0.232 0.055 0.001 0.001 0.062 0.378 58 L 0.001 0.001 0.001 0.181 0.325 0.323 0.016 0.001 0.001 0.031 0.123 59 K 0.001 0.001 0.001 0.192 0.236 0.379 0.024 0.001 0.001 0.041 0.125 60 F 0.001 0.001 0.001 0.138 0.351 0.298 0.022 0.001 0.001 0.017 0.173 61 E 0.004 0.001 0.001 0.111 0.299 0.401 0.025 0.001 0.001 0.033 0.124 62 L 0.012 0.008 0.005 0.055 0.092 0.136 0.100 0.004 0.007 0.041 0.539 63 H 0.516 0.010 0.017 0.009 0.016 0.019 0.036 0.011 0.027 0.051 0.289 64 D 0.392 0.006 0.003 0.004 0.004 0.005 0.047 0.007 0.002 0.067 0.465 65 K 0.048 0.001 0.001 0.004 0.005 0.014 0.079 0.001 0.001 0.025 0.822 66 L 0.024 0.001 0.004 0.022 0.019 0.035 0.077 0.001 0.001 0.045 0.773 67 N 0.003 0.001 0.001 0.010 0.135 0.105 0.135 0.002 0.001 0.037 0.572 68 E 0.003 0.001 0.001 0.031 0.086 0.098 0.102 0.001 0.001 0.027 0.652 69 Y 0.001 0.001 0.001 0.213 0.211 0.242 0.052 0.001 0.001 0.065 0.215 70 Y 0.001 0.001 0.001 0.245 0.183 0.330 0.023 0.001 0.001 0.081 0.136 71 V 0.001 0.001 0.001 0.423 0.148 0.121 0.022 0.001 0.001 0.026 0.258 72 K 0.001 0.001 0.001 0.532 0.226 0.143 0.013 0.001 0.001 0.028 0.056 73 V 0.008 0.001 0.001 0.445 0.090 0.120 0.040 0.001 0.001 0.068 0.228 74 I 0.006 0.001 0.001 0.506 0.059 0.100 0.070 0.001 0.001 0.030 0.229 75 E 0.145 0.003 0.001 0.124 0.026 0.051 0.107 0.001 0.002 0.044 0.496 76 D 0.031 0.002 0.001 0.054 0.013 0.021 0.129 0.002 0.001 0.040 0.705 77 S 0.054 0.070 0.001 0.014 0.009 0.009 0.100 0.005 0.001 0.020 0.716 78 T 0.118 0.356 0.003 0.006 0.009 0.010 0.065 0.025 0.001 0.013 0.395 79 N 0.084 0.333 0.002 0.009 0.037 0.039 0.064 0.019 0.001 0.042 0.372 80 E 0.050 0.294 0.023 0.020 0.048 0.086 0.066 0.009 0.007 0.110 0.287 81 V 0.241 0.162 0.019 0.018 0.051 0.089 0.063 0.032 0.005 0.083 0.237 82 I 0.259 0.041 0.003 0.037 0.048 0.082 0.077 0.014 0.002 0.064 0.372 83 R 0.026 0.007 0.001 0.037 0.037 0.074 0.101 0.001 0.001 0.017 0.700 84 E 0.001 0.003 0.001 0.028 0.012 0.023 0.093 0.001 0.001 0.011 0.828 85 I 0.004 0.003 0.001 0.010 0.061 0.044 0.188 0.005 0.001 0.118 0.566 86 P 0.025 0.324 0.002 0.008 0.003 0.003 0.051 0.004 0.001 0.155 0.424 87 P 0.039 0.908 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.025 0.021 88 K 0.033 0.766 0.004 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.144 0.044 89 R 0.008 0.635 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.302 0.041 90 W 0.002 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.006 91 L 0.003 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 92 D 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 93 F 0.006 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.006 94 Y 0.007 0.119 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.856 0.007 95 A 0.006 0.481 0.010 0.001 0.001 0.001 0.020 0.002 0.004 0.406 0.071 96 A 0.034 0.815 0.008 0.001 0.001 0.001 0.013 0.019 0.001 0.011 0.098 97 M 0.038 0.655 0.016 0.004 0.001 0.001 0.016 0.020 0.007 0.103 0.140 98 T 0.140 0.123 0.030 0.002 0.001 0.001 0.070 0.006 0.033 0.245 0.348 99 E 0.224 0.246 0.008 0.004 0.001 0.002 0.051 0.021 0.005 0.092 0.346 100 F 0.199 0.177 0.019 0.005 0.001 0.002 0.091 0.019 0.014 0.054 0.418 101 L 0.070 0.172 0.003 0.021 0.002 0.005 0.146 0.003 0.001 0.024 0.552 102 G 0.025 0.142 0.002 0.027 0.009 0.030 0.130 0.007 0.001 0.099 0.528 103 L 0.046 0.107 0.005 0.050 0.023 0.032 0.157 0.007 0.001 0.118 0.454 104 F 0.067 0.136 0.017 0.119 0.029 0.060 0.097 0.005 0.007 0.087 0.374 105 V 0.064 0.299 0.005 0.032 0.021 0.033 0.061 0.010 0.002 0.032 0.440 106 D 0.160 0.562 0.004 0.013 0.009 0.013 0.028 0.018 0.003 0.023 0.169 107 E 0.145 0.521 0.012 0.009 0.008 0.013 0.029 0.013 0.004 0.038 0.209 108 K 0.066 0.416 0.010 0.008 0.032 0.070 0.050 0.007 0.006 0.034 0.300 109 K 0.099 0.284 0.038 0.007 0.035 0.053 0.052 0.011 0.018 0.032 0.371 110 L 0.326 0.128 0.010 0.005 0.026 0.024 0.046 0.020 0.006 0.032 0.377 111 E 0.213 0.058 0.003 0.004 0.013 0.023 0.053 0.008 0.002 0.029 0.595 112 H 0.024 0.017 0.002 0.006 0.004 0.013 0.050 0.002 0.001 0.012 0.870 113 H 0.048 0.026 0.005 0.013 0.026 0.039 0.070 0.006 0.001 0.056 0.710 114 H 0.050 0.012 0.002 0.010 0.021 0.021 0.078 0.002 0.001 0.052 0.751 115 H 0.029 0.007 0.001 0.016 0.032 0.031 0.098 0.004 0.001 0.041 0.741 116 H 0.069 0.021 0.001 0.025 0.022 0.024 0.139 0.003 0.001 0.050 0.646 117 H 0.036 0.014 0.001 0.030 0.018 0.030 0.175 0.007 0.001 0.044 0.645