# TARGET T0350 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0350.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 127 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.324 0.118 0.062 0.101 0.078 0.071 0.084 0.056 0.052 0.034 0.019 2 N 0.273 0.370 0.068 0.129 0.066 0.037 0.028 0.013 0.009 0.005 0.003 3 I 0.182 0.079 0.035 0.091 0.099 0.107 0.124 0.096 0.091 0.062 0.034 4 E 0.420 0.264 0.060 0.106 0.060 0.034 0.027 0.012 0.010 0.004 0.003 5 R 0.157 0.164 0.131 0.221 0.132 0.084 0.059 0.026 0.016 0.008 0.003 6 L 0.211 0.090 0.040 0.094 0.078 0.086 0.122 0.088 0.089 0.063 0.038 7 T 0.299 0.228 0.106 0.131 0.081 0.056 0.045 0.023 0.017 0.009 0.004 8 T 0.227 0.156 0.081 0.138 0.093 0.084 0.090 0.048 0.044 0.027 0.012 9 L 0.186 0.111 0.049 0.101 0.092 0.097 0.129 0.080 0.074 0.050 0.031 10 Q 0.214 0.160 0.081 0.162 0.119 0.087 0.080 0.041 0.031 0.016 0.008 11 P 0.420 0.186 0.073 0.117 0.071 0.046 0.040 0.020 0.016 0.008 0.004 12 V 0.255 0.158 0.064 0.108 0.090 0.088 0.097 0.057 0.046 0.026 0.012 13 W 0.095 0.058 0.036 0.089 0.103 0.123 0.169 0.121 0.111 0.064 0.032 14 D 0.257 0.258 0.120 0.158 0.088 0.049 0.036 0.015 0.010 0.005 0.002 15 R 0.284 0.186 0.134 0.165 0.099 0.061 0.039 0.015 0.010 0.005 0.002 16 Y 0.185 0.075 0.033 0.062 0.063 0.088 0.145 0.112 0.110 0.079 0.048 17 D 0.188 0.219 0.108 0.169 0.109 0.077 0.066 0.030 0.020 0.009 0.004 18 T 0.319 0.156 0.117 0.136 0.087 0.063 0.061 0.027 0.020 0.010 0.004 19 Q 0.287 0.166 0.101 0.156 0.105 0.075 0.058 0.023 0.016 0.008 0.004 20 I 0.077 0.049 0.042 0.068 0.070 0.099 0.170 0.137 0.139 0.094 0.055 21 H 0.147 0.149 0.110 0.170 0.127 0.106 0.099 0.044 0.029 0.014 0.005 22 N 0.182 0.176 0.168 0.134 0.099 0.078 0.075 0.037 0.029 0.015 0.006 23 Q 0.169 0.152 0.101 0.160 0.114 0.093 0.093 0.046 0.038 0.022 0.012 24 K 0.194 0.140 0.085 0.160 0.128 0.099 0.093 0.045 0.032 0.016 0.008 25 D 0.292 0.199 0.124 0.154 0.090 0.058 0.045 0.018 0.012 0.006 0.003 26 N 0.241 0.186 0.106 0.147 0.101 0.079 0.072 0.032 0.020 0.010 0.005 27 D 0.399 0.159 0.079 0.115 0.077 0.060 0.054 0.025 0.018 0.010 0.005 28 N 0.248 0.190 0.105 0.147 0.102 0.079 0.070 0.028 0.019 0.009 0.003 29 E 0.276 0.203 0.124 0.178 0.098 0.057 0.036 0.014 0.009 0.005 0.002 30 V 0.096 0.077 0.043 0.084 0.090 0.115 0.175 0.121 0.106 0.063 0.030 31 P 0.303 0.237 0.120 0.140 0.080 0.051 0.038 0.015 0.009 0.004 0.002 32 V 0.224 0.145 0.077 0.151 0.130 0.101 0.083 0.038 0.029 0.014 0.007 33 H 0.304 0.157 0.084 0.125 0.097 0.082 0.076 0.032 0.025 0.013 0.006 34 Q 0.301 0.158 0.091 0.193 0.103 0.065 0.050 0.021 0.011 0.005 0.002 35 V 0.047 0.034 0.023 0.050 0.075 0.117 0.245 0.182 0.133 0.068 0.027 36 S 0.053 0.607 0.123 0.124 0.043 0.023 0.014 0.005 0.004 0.002 0.001 37 Y 0.079 0.043 0.045 0.144 0.223 0.218 0.159 0.051 0.025 0.010 0.003 38 T 0.821 0.097 0.050 0.020 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 39 N 0.007 0.080 0.171 0.457 0.178 0.073 0.027 0.005 0.001 0.001 0.001 40 L 0.006 0.009 0.020 0.016 0.022 0.053 0.193 0.192 0.213 0.171 0.104 41 A 0.044 0.047 0.418 0.243 0.137 0.077 0.029 0.003 0.001 0.001 0.001 42 E 0.023 0.047 0.832 0.077 0.016 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 M 0.001 0.003 0.020 0.018 0.037 0.145 0.395 0.178 0.120 0.059 0.023 44 V 0.001 0.003 0.051 0.022 0.035 0.087 0.356 0.204 0.143 0.073 0.026 45 G 0.008 0.025 0.879 0.069 0.014 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 46 E 0.009 0.037 0.467 0.243 0.147 0.071 0.022 0.003 0.001 0.001 0.001 47 M 0.003 0.005 0.037 0.009 0.010 0.025 0.133 0.149 0.247 0.224 0.159 48 N 0.005 0.017 0.147 0.142 0.190 0.208 0.212 0.052 0.020 0.007 0.002 49 K 0.017 0.047 0.838 0.067 0.020 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 50 L 0.023 0.057 0.192 0.136 0.133 0.164 0.196 0.051 0.030 0.013 0.006 51 L 0.021 0.019 0.035 0.022 0.025 0.052 0.165 0.149 0.202 0.182 0.128 52 E 0.180 0.292 0.255 0.164 0.064 0.026 0.013 0.003 0.002 0.001 0.001 53 P 0.264 0.137 0.218 0.127 0.078 0.065 0.052 0.023 0.019 0.012 0.006 54 S 0.268 0.160 0.068 0.138 0.104 0.095 0.094 0.034 0.022 0.011 0.007 55 Q 0.265 0.189 0.106 0.201 0.117 0.061 0.033 0.012 0.008 0.004 0.003 56 V 0.027 0.046 0.050 0.107 0.127 0.153 0.211 0.120 0.090 0.048 0.023 57 H 0.069 0.143 0.134 0.339 0.194 0.083 0.028 0.006 0.003 0.001 0.001 58 L 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.010 0.059 0.119 0.265 0.277 0.259 59 K 0.014 0.119 0.105 0.418 0.238 0.072 0.026 0.005 0.002 0.001 0.001 60 F 0.001 0.002 0.001 0.004 0.007 0.018 0.084 0.139 0.271 0.272 0.201 61 E 0.078 0.194 0.111 0.390 0.164 0.043 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 62 L 0.002 0.006 0.003 0.011 0.019 0.041 0.144 0.179 0.243 0.215 0.136 63 H 0.015 0.078 0.057 0.266 0.220 0.154 0.120 0.043 0.028 0.012 0.008 64 D 0.512 0.205 0.064 0.124 0.053 0.023 0.013 0.003 0.002 0.001 0.001 65 K 0.398 0.173 0.076 0.170 0.088 0.052 0.027 0.008 0.005 0.002 0.001 66 L 0.103 0.093 0.039 0.093 0.080 0.093 0.145 0.105 0.099 0.080 0.070 67 N 0.407 0.230 0.076 0.154 0.066 0.037 0.020 0.005 0.002 0.001 0.001 68 E 0.105 0.203 0.198 0.282 0.126 0.052 0.022 0.007 0.003 0.001 0.001 69 Y 0.005 0.009 0.012 0.054 0.099 0.170 0.273 0.163 0.123 0.065 0.027 70 Y 0.004 0.021 0.027 0.131 0.145 0.142 0.191 0.125 0.110 0.063 0.042 71 V 0.001 0.002 0.003 0.009 0.019 0.044 0.155 0.176 0.232 0.215 0.144 72 K 0.014 0.069 0.112 0.359 0.238 0.103 0.064 0.022 0.012 0.004 0.002 73 V 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.017 0.078 0.148 0.288 0.263 0.192 74 I 0.004 0.029 0.031 0.177 0.227 0.176 0.178 0.084 0.057 0.025 0.013 75 E 0.021 0.074 0.035 0.177 0.206 0.184 0.200 0.064 0.028 0.008 0.002 76 D 0.344 0.184 0.085 0.211 0.100 0.046 0.021 0.006 0.002 0.001 0.001 77 S 0.602 0.239 0.053 0.062 0.025 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 78 T 0.029 0.105 0.032 0.119 0.135 0.138 0.196 0.120 0.076 0.035 0.014 79 N 0.635 0.194 0.037 0.066 0.036 0.020 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 80 E 0.117 0.151 0.124 0.322 0.145 0.082 0.042 0.009 0.004 0.002 0.001 81 V 0.003 0.002 0.006 0.015 0.025 0.053 0.174 0.207 0.234 0.178 0.102 82 I 0.003 0.011 0.036 0.086 0.091 0.133 0.199 0.145 0.140 0.097 0.058 83 R 0.005 0.027 0.141 0.160 0.197 0.168 0.154 0.068 0.049 0.024 0.006 84 E 0.006 0.025 0.052 0.154 0.174 0.205 0.209 0.094 0.053 0.021 0.008 85 I 0.004 0.005 0.005 0.013 0.025 0.053 0.182 0.222 0.245 0.170 0.076 86 P 0.032 0.313 0.086 0.180 0.132 0.104 0.090 0.032 0.018 0.008 0.004 87 P 0.052 0.088 0.070 0.182 0.217 0.171 0.122 0.053 0.029 0.012 0.004 88 K 0.718 0.126 0.038 0.065 0.031 0.013 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 89 R 0.016 0.102 0.065 0.291 0.224 0.163 0.097 0.028 0.010 0.003 0.001 90 W 0.001 0.001 0.002 0.004 0.007 0.018 0.088 0.157 0.283 0.263 0.176 91 L 0.006 0.010 0.071 0.095 0.135 0.224 0.255 0.100 0.062 0.031 0.011 92 D 0.010 0.049 0.507 0.299 0.096 0.027 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 93 F 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.023 0.136 0.184 0.273 0.227 0.146 94 Y 0.001 0.001 0.002 0.003 0.009 0.030 0.134 0.174 0.253 0.237 0.159 95 A 0.010 0.021 0.673 0.164 0.073 0.034 0.018 0.004 0.002 0.001 0.001 96 A 0.001 0.003 0.033 0.063 0.149 0.310 0.324 0.076 0.029 0.010 0.003 97 M 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.003 0.023 0.057 0.203 0.336 0.373 98 T 0.010 0.016 0.041 0.112 0.189 0.228 0.229 0.090 0.049 0.024 0.011 99 E 0.050 0.101 0.539 0.180 0.071 0.034 0.016 0.005 0.002 0.001 0.001 100 F 0.005 0.006 0.008 0.018 0.030 0.080 0.260 0.195 0.190 0.138 0.069 101 L 0.021 0.030 0.031 0.064 0.057 0.084 0.195 0.144 0.166 0.126 0.081 102 G 0.044 0.087 0.105 0.125 0.106 0.107 0.127 0.084 0.089 0.070 0.056 103 L 0.010 0.022 0.035 0.074 0.086 0.133 0.243 0.155 0.125 0.077 0.040 104 F 0.016 0.016 0.018 0.026 0.029 0.043 0.128 0.149 0.208 0.200 0.169 105 V 0.005 0.016 0.015 0.034 0.043 0.062 0.140 0.130 0.190 0.185 0.181 106 D 0.043 0.162 0.184 0.281 0.156 0.081 0.053 0.019 0.013 0.006 0.002 107 E 0.247 0.131 0.133 0.202 0.129 0.077 0.053 0.016 0.008 0.003 0.001 108 K 0.318 0.114 0.148 0.131 0.082 0.070 0.073 0.030 0.020 0.009 0.005 109 K 0.017 0.023 0.053 0.078 0.100 0.173 0.279 0.128 0.087 0.042 0.019 110 L 0.029 0.056 0.211 0.160 0.138 0.128 0.139 0.060 0.044 0.024 0.011 111 E 0.106 0.163 0.470 0.152 0.063 0.027 0.013 0.003 0.002 0.001 0.001 112 H 0.147 0.109 0.139 0.146 0.132 0.129 0.110 0.041 0.027 0.014 0.006 113 H 0.153 0.153 0.067 0.109 0.089 0.086 0.121 0.080 0.071 0.045 0.025 114 H 0.378 0.182 0.114 0.137 0.086 0.052 0.031 0.011 0.006 0.003 0.001 115 H 0.167 0.109 0.090 0.123 0.114 0.112 0.121 0.066 0.054 0.030 0.013 116 H 0.169 0.189 0.066 0.126 0.092 0.081 0.092 0.065 0.062 0.038 0.020 117 H 0.436 0.123 0.034 0.086 0.068 0.064 0.067 0.044 0.039 0.024 0.012