# TARGET T0350 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0350.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 127 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.048 0.008 0.092 0.050 0.065 0.079 0.007 0.650 2 N 0.022 0.006 0.037 0.029 0.048 0.091 0.005 0.762 3 I 0.025 0.007 0.044 0.020 0.051 0.037 0.003 0.814 4 E 0.023 0.011 0.036 0.027 0.050 0.316 0.005 0.531 5 R 0.081 0.010 0.017 0.010 0.020 0.223 0.009 0.629 6 L 0.200 0.094 0.064 0.034 0.045 0.087 0.009 0.467 7 T 0.050 0.065 0.071 0.050 0.052 0.142 0.015 0.554 8 T 0.070 0.033 0.036 0.021 0.045 0.073 0.013 0.709 9 L 0.152 0.078 0.064 0.034 0.106 0.127 0.020 0.419 10 Q 0.098 0.045 0.038 0.043 0.064 0.214 0.012 0.486 11 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.995 12 V 0.071 0.058 0.032 0.029 0.061 0.134 0.011 0.604 13 W 0.222 0.102 0.050 0.026 0.031 0.072 0.015 0.483 14 D 0.106 0.140 0.034 0.029 0.064 0.089 0.015 0.523 15 R 0.144 0.089 0.037 0.015 0.032 0.076 0.010 0.598 16 Y 0.088 0.136 0.023 0.011 0.015 0.240 0.014 0.472 17 D 0.106 0.130 0.021 0.009 0.017 0.195 0.021 0.502 18 T 0.083 0.245 0.023 0.009 0.016 0.087 0.010 0.526 19 Q 0.071 0.187 0.016 0.007 0.014 0.311 0.016 0.378 20 I 0.210 0.308 0.020 0.009 0.016 0.112 0.018 0.308 21 H 0.076 0.559 0.019 0.014 0.020 0.051 0.009 0.252 22 N 0.075 0.327 0.026 0.022 0.037 0.069 0.017 0.428 23 Q 0.134 0.271 0.029 0.021 0.041 0.076 0.020 0.409 24 K 0.132 0.195 0.019 0.016 0.031 0.126 0.021 0.460 25 D 0.116 0.194 0.019 0.017 0.026 0.106 0.019 0.502 26 N 0.092 0.144 0.013 0.010 0.017 0.073 0.013 0.639 27 D 0.046 0.060 0.008 0.005 0.011 0.079 0.009 0.783 28 N 0.117 0.085 0.010 0.010 0.017 0.138 0.023 0.600 29 E 0.172 0.118 0.011 0.009 0.014 0.083 0.035 0.557 30 V 0.196 0.097 0.026 0.031 0.045 0.059 0.009 0.538 31 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 32 V 0.006 0.006 0.005 0.011 0.034 0.037 0.001 0.901 33 H 0.311 0.026 0.013 0.016 0.022 0.093 0.015 0.504 34 Q 0.339 0.033 0.010 0.012 0.015 0.050 0.010 0.531 35 V 0.267 0.067 0.065 0.025 0.030 0.083 0.005 0.459 36 S 0.030 0.039 0.015 0.011 0.018 0.173 0.004 0.711 37 Y 0.028 0.028 0.009 0.004 0.019 0.021 0.003 0.889 38 T 0.024 0.041 0.005 0.003 0.007 0.290 0.004 0.626 39 N 0.046 0.038 0.001 0.001 0.002 0.651 0.004 0.258 40 L 0.050 0.811 0.002 0.001 0.003 0.010 0.002 0.121 41 A 0.005 0.817 0.003 0.001 0.003 0.023 0.002 0.147 42 E 0.018 0.767 0.001 0.001 0.001 0.031 0.003 0.176 43 M 0.024 0.923 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.046 44 V 0.003 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 45 G 0.002 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 46 E 0.006 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 47 M 0.017 0.960 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.014 48 N 0.018 0.936 0.005 0.002 0.002 0.004 0.008 0.026 49 K 0.054 0.835 0.012 0.004 0.002 0.006 0.020 0.066 50 L 0.130 0.680 0.028 0.005 0.006 0.015 0.032 0.103 51 L 0.081 0.678 0.043 0.016 0.017 0.014 0.043 0.108 52 E 0.085 0.255 0.076 0.051 0.047 0.079 0.031 0.376 53 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 54 S 0.045 0.046 0.031 0.070 0.099 0.130 0.024 0.556 55 Q 0.394 0.020 0.028 0.034 0.028 0.091 0.064 0.342 56 V 0.213 0.020 0.087 0.124 0.097 0.078 0.021 0.360 57 H 0.080 0.006 0.076 0.172 0.187 0.106 0.006 0.366 58 L 0.061 0.003 0.078 0.274 0.432 0.059 0.003 0.089 59 K 0.011 0.001 0.056 0.322 0.524 0.020 0.001 0.066 60 F 0.002 0.001 0.043 0.483 0.421 0.007 0.001 0.042 61 E 0.003 0.001 0.063 0.339 0.430 0.015 0.001 0.148 62 L 0.002 0.002 0.044 0.296 0.494 0.024 0.001 0.137 63 H 0.004 0.003 0.023 0.160 0.508 0.053 0.001 0.248 64 D 0.011 0.005 0.011 0.045 0.199 0.092 0.004 0.633 65 K 0.055 0.015 0.005 0.016 0.030 0.418 0.016 0.445 66 L 0.398 0.048 0.005 0.020 0.020 0.223 0.068 0.217 67 N 0.264 0.112 0.030 0.125 0.038 0.038 0.155 0.236 68 E 0.168 0.013 0.071 0.059 0.108 0.145 0.035 0.401 69 Y 0.070 0.003 0.055 0.234 0.316 0.085 0.005 0.232 70 Y 0.013 0.001 0.031 0.301 0.566 0.025 0.001 0.061 71 V 0.002 0.001 0.042 0.340 0.471 0.009 0.001 0.134 72 K 0.001 0.001 0.121 0.558 0.302 0.002 0.001 0.016 73 V 0.001 0.001 0.033 0.244 0.404 0.012 0.001 0.306 74 I 0.001 0.001 0.204 0.268 0.496 0.007 0.001 0.023 75 E 0.002 0.001 0.037 0.202 0.293 0.067 0.001 0.398 76 D 0.009 0.002 0.043 0.078 0.387 0.073 0.005 0.403 77 S 0.035 0.002 0.007 0.010 0.022 0.420 0.009 0.495 78 T 0.091 0.004 0.006 0.013 0.009 0.401 0.049 0.427 79 N 0.156 0.044 0.062 0.111 0.037 0.096 0.084 0.411 80 E 0.192 0.006 0.030 0.029 0.102 0.468 0.007 0.166 81 V 0.034 0.007 0.033 0.124 0.201 0.129 0.003 0.469 82 I 0.017 0.026 0.040 0.301 0.517 0.038 0.001 0.060 83 R 0.013 0.031 0.060 0.334 0.423 0.023 0.005 0.111 84 E 0.028 0.038 0.042 0.158 0.378 0.024 0.014 0.319 85 I 0.057 0.030 0.052 0.245 0.335 0.045 0.014 0.222 86 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.995 87 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 88 K 0.008 0.004 0.002 0.003 0.010 0.051 0.001 0.922 89 R 0.098 0.023 0.001 0.001 0.001 0.100 0.003 0.772 90 W 0.111 0.525 0.003 0.002 0.003 0.066 0.002 0.286 91 L 0.008 0.950 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.035 92 D 0.003 0.964 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.028 93 F 0.007 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 94 Y 0.008 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 95 A 0.011 0.962 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.020 96 A 0.027 0.949 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.015 97 M 0.064 0.875 0.006 0.001 0.001 0.001 0.019 0.034 98 T 0.054 0.821 0.009 0.002 0.002 0.007 0.017 0.089 99 E 0.069 0.690 0.024 0.003 0.003 0.023 0.025 0.163 100 F 0.083 0.755 0.020 0.002 0.003 0.016 0.016 0.104 101 L 0.017 0.813 0.033 0.004 0.004 0.012 0.011 0.105 102 G 0.074 0.556 0.045 0.008 0.006 0.023 0.033 0.254 103 L 0.087 0.464 0.208 0.013 0.011 0.039 0.018 0.160 104 F 0.040 0.599 0.053 0.028 0.032 0.045 0.012 0.191 105 V 0.054 0.433 0.113 0.035 0.063 0.072 0.011 0.219 106 D 0.028 0.590 0.041 0.053 0.045 0.040 0.009 0.195 107 E 0.080 0.374 0.063 0.023 0.052 0.095 0.019 0.295 108 K 0.083 0.289 0.010 0.015 0.024 0.299 0.021 0.259 109 K 0.124 0.557 0.015 0.014 0.026 0.065 0.013 0.186 110 L 0.041 0.702 0.011 0.016 0.022 0.033 0.011 0.163 111 E 0.114 0.462 0.020 0.015 0.032 0.040 0.032 0.285 112 H 0.113 0.329 0.022 0.013 0.025 0.030 0.026 0.441 113 H 0.128 0.201 0.016 0.013 0.019 0.058 0.040 0.525 114 H 0.239 0.094 0.038 0.017 0.019 0.062 0.054 0.477 115 H 0.311 0.050 0.052 0.019 0.024 0.113 0.036 0.395 116 H 0.173 0.033 0.070 0.025 0.041 0.183 0.018 0.458 117 H 0.084 0.031 0.047 0.029 0.056 0.100 0.008 0.644