# TARGET T0350 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0350.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 127 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.993 2 N 0.035 0.026 0.002 0.008 0.005 0.009 0.915 3 I 0.085 0.019 0.040 0.100 0.120 0.081 0.555 4 E 0.110 0.011 0.085 0.111 0.098 0.109 0.477 5 R 0.147 0.014 0.118 0.168 0.095 0.054 0.404 6 L 0.134 0.013 0.049 0.119 0.075 0.038 0.573 7 T 0.169 0.022 0.066 0.098 0.107 0.068 0.470 8 T 0.145 0.038 0.064 0.100 0.124 0.119 0.410 9 L 0.150 0.018 0.058 0.107 0.163 0.105 0.399 10 Q 0.109 0.013 0.034 0.066 0.232 0.032 0.513 11 P 0.089 0.020 0.066 0.092 0.079 0.091 0.563 12 V 0.097 0.029 0.099 0.148 0.108 0.146 0.371 13 W 0.084 0.026 0.058 0.138 0.176 0.062 0.456 14 D 0.066 0.013 0.052 0.183 0.122 0.083 0.481 15 R 0.040 0.008 0.077 0.392 0.112 0.115 0.256 16 Y 0.045 0.010 0.062 0.313 0.114 0.119 0.337 17 D 0.049 0.009 0.064 0.282 0.116 0.107 0.373 18 T 0.064 0.010 0.074 0.422 0.126 0.090 0.215 19 Q 0.098 0.014 0.069 0.384 0.084 0.093 0.259 20 I 0.102 0.020 0.054 0.334 0.060 0.064 0.365 21 H 0.121 0.022 0.046 0.301 0.076 0.074 0.360 22 N 0.119 0.018 0.055 0.250 0.126 0.100 0.332 23 Q 0.076 0.012 0.052 0.199 0.131 0.105 0.425 24 K 0.057 0.015 0.064 0.141 0.154 0.170 0.399 25 D 0.035 0.010 0.079 0.092 0.168 0.187 0.430 26 N 0.035 0.011 0.097 0.085 0.204 0.241 0.328 27 D 0.042 0.009 0.111 0.080 0.192 0.244 0.323 28 N 0.069 0.014 0.058 0.059 0.265 0.144 0.391 29 E 0.090 0.019 0.043 0.050 0.214 0.076 0.508 30 V 0.096 0.018 0.005 0.015 0.218 0.007 0.641 31 P 0.058 0.019 0.005 0.010 0.022 0.010 0.875 32 V 0.105 0.024 0.034 0.034 0.112 0.041 0.651 33 H 0.176 0.012 0.055 0.046 0.186 0.078 0.447 34 Q 0.160 0.020 0.040 0.034 0.140 0.049 0.558 35 V 0.126 0.053 0.006 0.026 0.142 0.012 0.636 36 S 0.037 0.017 0.003 0.016 0.057 0.006 0.864 37 Y 0.001 0.001 0.042 0.929 0.003 0.020 0.006 38 T 0.001 0.001 0.030 0.952 0.002 0.013 0.002 39 N 0.001 0.001 0.030 0.951 0.002 0.010 0.006 40 L 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 41 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 42 E 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.003 0.001 43 M 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 44 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 45 G 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.007 0.001 46 E 0.001 0.001 0.001 0.977 0.001 0.021 0.001 47 M 0.001 0.001 0.002 0.965 0.002 0.027 0.004 48 N 0.001 0.001 0.007 0.953 0.003 0.034 0.003 49 K 0.001 0.001 0.026 0.831 0.010 0.121 0.012 50 L 0.004 0.002 0.047 0.704 0.025 0.177 0.041 51 L 0.041 0.048 0.039 0.299 0.222 0.175 0.176 52 E 0.050 0.016 0.021 0.025 0.171 0.075 0.643 53 P 0.022 0.003 0.174 0.064 0.102 0.490 0.145 54 S 0.030 0.004 0.181 0.019 0.125 0.573 0.068 55 Q 0.133 0.005 0.112 0.005 0.227 0.298 0.220 56 V 0.574 0.015 0.013 0.002 0.098 0.036 0.262 57 H 0.861 0.005 0.002 0.001 0.014 0.012 0.105 58 L 0.928 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.063 59 K 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 60 F 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 61 E 0.975 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.018 62 L 0.925 0.006 0.001 0.003 0.006 0.001 0.058 63 H 0.449 0.005 0.002 0.004 0.054 0.008 0.478 64 D 0.056 0.001 0.145 0.056 0.106 0.597 0.039 65 K 0.032 0.002 0.185 0.025 0.081 0.641 0.034 66 L 0.050 0.009 0.201 0.014 0.121 0.536 0.069 67 N 0.075 0.005 0.018 0.002 0.229 0.530 0.142 68 E 0.455 0.012 0.004 0.001 0.072 0.022 0.435 69 Y 0.812 0.009 0.001 0.001 0.022 0.004 0.152 70 Y 0.942 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.053 71 V 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 72 K 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 73 V 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 74 I 0.916 0.005 0.001 0.001 0.011 0.002 0.065 75 E 0.529 0.013 0.001 0.002 0.030 0.007 0.419 76 D 0.021 0.001 0.029 0.010 0.119 0.769 0.052 77 S 0.019 0.006 0.037 0.017 0.133 0.736 0.052 78 T 0.047 0.015 0.094 0.051 0.247 0.334 0.213 79 N 0.081 0.007 0.019 0.042 0.423 0.237 0.191 80 E 0.614 0.013 0.022 0.075 0.088 0.056 0.131 81 V 0.824 0.028 0.014 0.067 0.010 0.010 0.047 82 I 0.864 0.009 0.021 0.040 0.013 0.011 0.042 83 R 0.842 0.003 0.019 0.023 0.037 0.025 0.050 84 E 0.603 0.018 0.018 0.018 0.071 0.072 0.200 85 I 0.103 0.019 0.004 0.014 0.290 0.007 0.564 86 P 0.013 0.011 0.001 0.004 0.059 0.002 0.910 87 P 0.001 0.001 0.057 0.890 0.003 0.040 0.010 88 K 0.001 0.001 0.043 0.937 0.001 0.018 0.001 89 R 0.001 0.001 0.032 0.956 0.001 0.008 0.002 90 W 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 91 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 92 D 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.003 0.001 93 F 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 94 Y 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.005 0.001 95 A 0.001 0.001 0.001 0.968 0.001 0.030 0.001 96 A 0.001 0.001 0.003 0.907 0.001 0.086 0.003 97 M 0.001 0.001 0.010 0.921 0.008 0.038 0.022 98 T 0.001 0.001 0.034 0.891 0.009 0.056 0.009 99 E 0.001 0.001 0.033 0.862 0.006 0.092 0.006 100 F 0.006 0.003 0.034 0.805 0.017 0.110 0.025 101 L 0.011 0.003 0.046 0.683 0.033 0.189 0.035 102 G 0.023 0.001 0.058 0.443 0.089 0.338 0.048 103 L 0.055 0.005 0.061 0.560 0.071 0.154 0.094 104 F 0.111 0.017 0.030 0.523 0.064 0.140 0.114 105 V 0.122 0.022 0.021 0.422 0.092 0.077 0.245 106 D 0.108 0.010 0.017 0.281 0.135 0.054 0.395 107 E 0.016 0.001 0.054 0.786 0.024 0.084 0.035 108 K 0.023 0.003 0.070 0.767 0.023 0.077 0.038 109 K 0.044 0.009 0.100 0.647 0.022 0.090 0.088 110 L 0.052 0.013 0.059 0.601 0.053 0.087 0.135 111 E 0.051 0.012 0.041 0.381 0.099 0.097 0.319 112 H 0.015 0.005 0.077 0.315 0.088 0.205 0.295 113 H 0.013 0.005 0.068 0.225 0.135 0.315 0.239 114 H 0.017 0.006 0.062 0.091 0.254 0.220 0.349 115 H 0.024 0.012 0.051 0.067 0.235 0.232 0.378 116 H 0.023 0.018 0.017 0.030 0.052 0.073 0.787 117 H 0.003 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.985