# TARGET T0350 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0350.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 127 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.111 0.322 0.092 0.016 0.305 0.013 0.023 0.032 0.020 0.030 0.035 2 N 0.202 0.240 0.066 0.005 0.398 0.002 0.005 0.016 0.007 0.018 0.042 3 I 0.080 0.082 0.020 0.008 0.118 0.010 0.018 0.204 0.324 0.099 0.036 4 E 0.047 0.127 0.079 0.024 0.115 0.024 0.056 0.299 0.144 0.064 0.022 5 R 0.104 0.116 0.030 0.008 0.156 0.009 0.031 0.242 0.118 0.149 0.036 6 L 0.108 0.175 0.053 0.015 0.218 0.015 0.038 0.153 0.096 0.084 0.044 7 T 0.079 0.203 0.094 0.022 0.175 0.022 0.044 0.154 0.099 0.072 0.035 8 T 0.083 0.172 0.058 0.011 0.182 0.010 0.036 0.221 0.115 0.083 0.030 9 L 0.114 0.144 0.066 0.023 0.144 0.017 0.035 0.116 0.113 0.169 0.059 10 Q 0.032 0.242 0.193 0.069 0.104 0.031 0.068 0.168 0.067 0.015 0.011 11 P 0.083 0.220 0.118 0.013 0.171 0.010 0.038 0.181 0.086 0.048 0.033 12 V 0.061 0.129 0.048 0.015 0.098 0.021 0.053 0.256 0.181 0.111 0.027 13 W 0.063 0.206 0.090 0.030 0.135 0.027 0.037 0.199 0.114 0.069 0.031 14 D 0.073 0.152 0.102 0.023 0.148 0.021 0.050 0.213 0.103 0.076 0.038 15 R 0.054 0.126 0.069 0.017 0.098 0.016 0.043 0.296 0.135 0.114 0.031 16 Y 0.080 0.228 0.073 0.016 0.174 0.016 0.029 0.191 0.074 0.076 0.043 17 D 0.128 0.105 0.046 0.017 0.187 0.016 0.032 0.207 0.100 0.105 0.058 18 T 0.034 0.112 0.051 0.013 0.085 0.010 0.029 0.421 0.160 0.066 0.019 19 Q 0.083 0.080 0.029 0.006 0.121 0.011 0.037 0.390 0.103 0.101 0.039 20 I 0.078 0.097 0.024 0.007 0.123 0.012 0.034 0.452 0.100 0.049 0.024 21 H 0.068 0.095 0.029 0.015 0.124 0.027 0.059 0.379 0.090 0.075 0.037 22 N 0.079 0.210 0.105 0.018 0.184 0.009 0.020 0.200 0.066 0.078 0.030 23 Q 0.077 0.080 0.034 0.015 0.096 0.017 0.036 0.420 0.123 0.068 0.034 24 K 0.032 0.096 0.045 0.034 0.066 0.039 0.083 0.382 0.124 0.078 0.023 25 D 0.101 0.103 0.047 0.022 0.115 0.022 0.053 0.247 0.099 0.126 0.066 26 N 0.046 0.095 0.045 0.016 0.092 0.012 0.027 0.312 0.178 0.144 0.033 27 D 0.092 0.071 0.023 0.012 0.097 0.026 0.067 0.273 0.179 0.114 0.046 28 N 0.052 0.179 0.074 0.027 0.150 0.016 0.042 0.213 0.120 0.100 0.027 29 E 0.149 0.101 0.050 0.009 0.184 0.011 0.048 0.140 0.105 0.133 0.071 30 V 0.045 0.464 0.217 0.010 0.167 0.004 0.009 0.051 0.017 0.007 0.009 31 P 0.112 0.265 0.060 0.009 0.269 0.012 0.040 0.129 0.051 0.026 0.027 32 V 0.115 0.105 0.034 0.021 0.141 0.030 0.066 0.159 0.163 0.109 0.056 33 H 0.065 0.222 0.076 0.019 0.213 0.019 0.038 0.158 0.094 0.063 0.032 34 Q 0.201 0.111 0.027 0.005 0.206 0.009 0.029 0.092 0.053 0.172 0.095 35 V 0.064 0.432 0.146 0.010 0.261 0.005 0.008 0.022 0.008 0.025 0.019 36 S 0.022 0.644 0.213 0.002 0.094 0.001 0.001 0.012 0.001 0.005 0.005 37 Y 0.003 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.764 0.218 0.005 0.002 38 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.952 0.039 0.002 0.001 39 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.952 0.028 0.017 0.001 40 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.961 0.036 0.003 0.001 41 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.968 0.030 0.001 0.001 42 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.984 0.013 0.001 0.001 43 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.976 0.019 0.003 0.001 44 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.955 0.042 0.002 0.001 45 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.968 0.028 0.001 0.001 46 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.954 0.031 0.009 0.001 47 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.903 0.077 0.012 0.001 48 N 0.004 0.005 0.001 0.001 0.004 0.001 0.007 0.741 0.202 0.033 0.002 49 K 0.002 0.011 0.007 0.002 0.006 0.005 0.062 0.759 0.125 0.020 0.001 50 L 0.009 0.020 0.009 0.003 0.019 0.008 0.102 0.631 0.121 0.073 0.006 51 L 0.124 0.103 0.018 0.006 0.148 0.007 0.023 0.207 0.112 0.184 0.066 52 E 0.032 0.271 0.243 0.042 0.109 0.017 0.021 0.162 0.059 0.032 0.011 53 P 0.079 0.086 0.037 0.018 0.112 0.023 0.064 0.367 0.137 0.049 0.029 54 S 0.033 0.153 0.084 0.060 0.071 0.053 0.102 0.160 0.118 0.140 0.025 55 Q 0.320 0.046 0.010 0.013 0.194 0.011 0.026 0.057 0.043 0.129 0.150 56 V 0.078 0.209 0.031 0.023 0.377 0.044 0.064 0.084 0.034 0.037 0.019 57 H 0.403 0.049 0.006 0.002 0.426 0.002 0.003 0.007 0.005 0.026 0.071 58 L 0.292 0.085 0.006 0.001 0.586 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.025 59 K 0.322 0.045 0.005 0.002 0.532 0.002 0.003 0.003 0.002 0.014 0.070 60 F 0.355 0.087 0.007 0.001 0.512 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.034 61 E 0.173 0.171 0.017 0.001 0.611 0.001 0.001 0.003 0.001 0.006 0.016 62 L 0.186 0.303 0.042 0.006 0.385 0.005 0.005 0.010 0.003 0.012 0.042 63 H 0.099 0.222 0.084 0.019 0.516 0.006 0.005 0.014 0.006 0.012 0.017 64 D 0.010 0.028 0.053 0.006 0.010 0.005 0.020 0.565 0.283 0.014 0.006 65 K 0.004 0.008 0.020 0.007 0.003 0.020 0.172 0.568 0.148 0.047 0.004 66 L 0.002 0.801 0.134 0.015 0.041 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 67 N 0.034 0.004 0.005 0.006 0.005 0.007 0.003 0.007 0.022 0.475 0.434 68 E 0.012 0.614 0.189 0.002 0.168 0.001 0.001 0.005 0.004 0.003 0.001 69 Y 0.368 0.079 0.005 0.001 0.509 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.032 70 Y 0.260 0.142 0.026 0.008 0.524 0.006 0.006 0.001 0.001 0.002 0.024 71 V 0.197 0.132 0.016 0.001 0.636 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 72 K 0.201 0.199 0.014 0.001 0.569 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 73 V 0.462 0.067 0.007 0.001 0.410 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.049 74 I 0.078 0.409 0.063 0.014 0.381 0.015 0.008 0.005 0.003 0.006 0.018 75 E 0.109 0.201 0.045 0.005 0.612 0.002 0.002 0.006 0.002 0.004 0.010 76 D 0.013 0.022 0.055 0.007 0.010 0.004 0.024 0.611 0.234 0.012 0.008 77 S 0.003 0.012 0.022 0.017 0.005 0.052 0.223 0.451 0.148 0.063 0.005 78 T 0.002 0.803 0.088 0.004 0.102 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 N 0.021 0.001 0.001 0.003 0.002 0.005 0.003 0.019 0.042 0.558 0.345 80 E 0.014 0.612 0.158 0.001 0.199 0.001 0.003 0.008 0.002 0.001 0.001 81 V 0.363 0.044 0.002 0.001 0.556 0.001 0.001 0.003 0.002 0.004 0.025 82 I 0.229 0.124 0.017 0.010 0.477 0.017 0.012 0.016 0.013 0.014 0.069 83 R 0.142 0.228 0.018 0.001 0.548 0.001 0.004 0.009 0.004 0.010 0.036 84 E 0.206 0.234 0.097 0.002 0.394 0.001 0.004 0.004 0.003 0.016 0.039 85 I 0.016 0.557 0.330 0.006 0.079 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.002 86 P 0.003 0.643 0.311 0.006 0.030 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 87 P 0.007 0.187 0.045 0.003 0.034 0.004 0.008 0.422 0.267 0.019 0.004 88 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.802 0.176 0.005 0.001 89 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.868 0.084 0.038 0.001 90 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.919 0.065 0.015 0.001 91 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.944 0.054 0.001 0.001 92 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.973 0.023 0.001 0.001 93 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.945 0.044 0.008 0.001 94 Y 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.908 0.079 0.005 0.001 95 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.904 0.069 0.007 0.001 96 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.854 0.071 0.060 0.001 97 M 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.847 0.126 0.016 0.002 98 T 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.004 0.014 0.881 0.093 0.002 0.001 99 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.908 0.046 0.010 0.001 100 F 0.003 0.006 0.005 0.004 0.005 0.007 0.027 0.752 0.101 0.086 0.004 101 L 0.008 0.022 0.003 0.003 0.014 0.005 0.022 0.760 0.135 0.023 0.006 102 G 0.007 0.007 0.004 0.009 0.008 0.010 0.022 0.729 0.141 0.054 0.009 103 L 0.006 0.013 0.006 0.003 0.019 0.007 0.051 0.793 0.085 0.014 0.002 104 F 0.035 0.013 0.003 0.001 0.030 0.002 0.012 0.796 0.060 0.034 0.015 105 V 0.025 0.106 0.024 0.011 0.076 0.027 0.042 0.515 0.093 0.068 0.012 106 D 0.126 0.127 0.039 0.006 0.229 0.005 0.015 0.270 0.044 0.085 0.054 107 E 0.016 0.016 0.007 0.002 0.020 0.002 0.008 0.637 0.234 0.047 0.012 108 K 0.011 0.024 0.009 0.004 0.020 0.009 0.054 0.681 0.146 0.038 0.006 109 K 0.029 0.030 0.009 0.005 0.035 0.010 0.054 0.623 0.135 0.057 0.013 110 L 0.040 0.101 0.048 0.015 0.078 0.019 0.059 0.437 0.119 0.061 0.023 111 E 0.046 0.164 0.125 0.028 0.094 0.016 0.031 0.310 0.111 0.053 0.023 112 H 0.037 0.067 0.025 0.015 0.056 0.031 0.097 0.477 0.149 0.031 0.014 113 H 0.042 0.072 0.031 0.022 0.066 0.031 0.068 0.218 0.158 0.240 0.052 114 H 0.174 0.088 0.023 0.008 0.216 0.009 0.035 0.116 0.085 0.159 0.086 115 H 0.098 0.075 0.029 0.012 0.109 0.015 0.041 0.171 0.175 0.201 0.074 116 H 0.069 0.117 0.084 0.044 0.108 0.030 0.060 0.131 0.113 0.188 0.057 117 H 0.057 0.204 0.134 0.046 0.129 0.025 0.033 0.148 0.100 0.094 0.032