# TARGET T0350 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0350.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 127 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.672 0.190 0.087 0.038 0.011 0.002 0.001 2 N 0.741 0.182 0.053 0.018 0.005 0.001 0.001 3 I 0.482 0.215 0.154 0.102 0.038 0.008 0.001 4 E 0.620 0.238 0.091 0.037 0.011 0.003 0.001 5 R 0.440 0.266 0.160 0.091 0.034 0.009 0.001 6 L 0.323 0.236 0.200 0.146 0.070 0.023 0.002 7 T 0.515 0.237 0.129 0.074 0.033 0.010 0.001 8 T 0.429 0.265 0.168 0.092 0.034 0.010 0.001 9 L 0.357 0.227 0.184 0.145 0.067 0.019 0.002 10 Q 0.473 0.281 0.146 0.070 0.023 0.006 0.001 11 P 0.556 0.241 0.117 0.059 0.021 0.005 0.001 12 V 0.370 0.251 0.182 0.131 0.053 0.012 0.001 13 W 0.267 0.220 0.219 0.189 0.085 0.019 0.001 14 D 0.576 0.266 0.104 0.041 0.011 0.002 0.001 15 R 0.550 0.250 0.119 0.058 0.018 0.004 0.001 16 Y 0.373 0.211 0.178 0.148 0.069 0.019 0.001 17 D 0.499 0.279 0.136 0.062 0.019 0.004 0.001 18 T 0.600 0.225 0.103 0.050 0.017 0.004 0.001 19 Q 0.515 0.263 0.133 0.064 0.021 0.004 0.001 20 I 0.233 0.205 0.246 0.207 0.089 0.019 0.001 21 H 0.431 0.267 0.175 0.092 0.029 0.005 0.001 22 N 0.592 0.230 0.110 0.051 0.015 0.002 0.001 23 Q 0.733 0.173 0.062 0.024 0.006 0.001 0.001 24 K 0.636 0.230 0.094 0.033 0.006 0.001 0.001 25 D 0.759 0.172 0.052 0.015 0.003 0.001 0.001 26 N 0.832 0.122 0.033 0.011 0.003 0.001 0.001 27 D 0.808 0.133 0.041 0.015 0.003 0.001 0.001 28 N 0.756 0.170 0.056 0.015 0.002 0.001 0.001 29 E 0.727 0.211 0.051 0.010 0.001 0.001 0.001 30 V 0.531 0.241 0.154 0.062 0.011 0.001 0.001 31 P 0.741 0.178 0.058 0.019 0.004 0.001 0.001 32 V 0.725 0.183 0.064 0.023 0.005 0.001 0.001 33 H 0.654 0.212 0.096 0.033 0.005 0.001 0.001 34 Q 0.663 0.253 0.064 0.017 0.003 0.001 0.001 35 V 0.259 0.209 0.283 0.195 0.049 0.005 0.001 36 S 0.658 0.252 0.068 0.019 0.003 0.001 0.001 37 Y 0.413 0.349 0.175 0.053 0.008 0.001 0.001 38 T 0.865 0.103 0.021 0.008 0.003 0.001 0.001 39 N 0.415 0.372 0.161 0.045 0.006 0.001 0.001 40 L 0.102 0.111 0.239 0.380 0.152 0.016 0.001 41 A 0.351 0.446 0.167 0.033 0.003 0.001 0.001 42 E 0.630 0.312 0.049 0.007 0.001 0.001 0.001 43 M 0.088 0.104 0.207 0.370 0.200 0.030 0.001 44 V 0.036 0.072 0.203 0.354 0.255 0.078 0.002 45 G 0.427 0.402 0.138 0.029 0.004 0.001 0.001 46 E 0.284 0.388 0.218 0.088 0.019 0.003 0.001 47 M 0.051 0.060 0.112 0.265 0.340 0.168 0.005 48 N 0.167 0.217 0.275 0.218 0.094 0.028 0.002 49 K 0.585 0.324 0.073 0.016 0.003 0.001 0.001 50 L 0.293 0.261 0.242 0.155 0.042 0.008 0.001 51 L 0.226 0.157 0.163 0.229 0.178 0.046 0.001 52 E 0.507 0.337 0.115 0.033 0.006 0.001 0.001 53 P 0.681 0.209 0.068 0.032 0.008 0.001 0.001 54 S 0.450 0.276 0.165 0.083 0.022 0.004 0.001 55 Q 0.567 0.261 0.112 0.045 0.012 0.002 0.001 56 V 0.428 0.268 0.162 0.099 0.035 0.007 0.001 57 H 0.250 0.371 0.230 0.110 0.032 0.007 0.001 58 L 0.046 0.053 0.101 0.245 0.353 0.189 0.013 59 K 0.093 0.305 0.325 0.195 0.063 0.019 0.002 60 F 0.070 0.072 0.118 0.239 0.305 0.179 0.017 61 E 0.156 0.339 0.300 0.158 0.039 0.008 0.001 62 L 0.087 0.140 0.218 0.307 0.197 0.049 0.002 63 H 0.281 0.342 0.238 0.111 0.025 0.004 0.001 64 D 0.687 0.240 0.054 0.016 0.003 0.001 0.001 65 K 0.697 0.206 0.069 0.023 0.005 0.001 0.001 66 L 0.566 0.216 0.120 0.074 0.022 0.003 0.001 67 N 0.585 0.295 0.092 0.024 0.004 0.001 0.001 68 E 0.306 0.425 0.193 0.064 0.011 0.001 0.001 69 Y 0.047 0.114 0.210 0.296 0.245 0.085 0.003 70 Y 0.018 0.114 0.275 0.327 0.204 0.059 0.003 71 V 0.017 0.040 0.076 0.182 0.338 0.309 0.039 72 K 0.021 0.145 0.337 0.343 0.125 0.028 0.002 73 V 0.012 0.033 0.077 0.243 0.415 0.208 0.012 74 I 0.070 0.274 0.357 0.227 0.062 0.010 0.001 75 E 0.339 0.359 0.177 0.095 0.025 0.005 0.001 76 D 0.667 0.248 0.068 0.015 0.002 0.001 0.001 77 S 0.856 0.110 0.024 0.008 0.001 0.001 0.001 78 T 0.635 0.240 0.088 0.030 0.007 0.001 0.001 79 N 0.616 0.270 0.089 0.022 0.003 0.001 0.001 80 E 0.571 0.254 0.110 0.047 0.015 0.002 0.001 81 V 0.174 0.220 0.259 0.218 0.102 0.026 0.001 82 I 0.119 0.095 0.135 0.245 0.272 0.122 0.011 83 R 0.176 0.313 0.263 0.167 0.060 0.019 0.002 84 E 0.153 0.248 0.223 0.193 0.110 0.062 0.012 85 I 0.082 0.106 0.155 0.230 0.216 0.159 0.053 86 P 0.178 0.263 0.220 0.177 0.098 0.052 0.013 87 P 0.215 0.221 0.184 0.187 0.118 0.061 0.014 88 K 0.245 0.332 0.230 0.121 0.049 0.019 0.003 89 R 0.135 0.238 0.251 0.211 0.114 0.045 0.006 90 W 0.024 0.041 0.067 0.155 0.325 0.332 0.057 91 L 0.047 0.097 0.184 0.306 0.244 0.111 0.010 92 D 0.059 0.316 0.369 0.195 0.051 0.010 0.001 93 F 0.008 0.011 0.030 0.156 0.412 0.353 0.031 94 Y 0.030 0.064 0.095 0.191 0.306 0.288 0.026 95 A 0.122 0.337 0.310 0.170 0.048 0.011 0.001 96 A 0.018 0.105 0.317 0.384 0.151 0.025 0.001 97 M 0.005 0.009 0.022 0.109 0.374 0.444 0.036 98 T 0.113 0.292 0.293 0.205 0.078 0.017 0.002 99 E 0.238 0.412 0.236 0.088 0.021 0.005 0.001 100 F 0.048 0.097 0.178 0.292 0.257 0.116 0.011 101 L 0.068 0.169 0.248 0.256 0.166 0.082 0.011 102 G 0.191 0.197 0.160 0.168 0.153 0.109 0.022 103 L 0.124 0.148 0.183 0.239 0.184 0.105 0.018 104 F 0.089 0.083 0.115 0.192 0.253 0.232 0.036 105 V 0.112 0.118 0.159 0.215 0.217 0.157 0.021 106 D 0.273 0.302 0.216 0.139 0.055 0.013 0.001 107 E 0.416 0.315 0.165 0.077 0.022 0.004 0.001 108 K 0.554 0.252 0.108 0.061 0.021 0.005 0.001 109 K 0.408 0.245 0.179 0.122 0.039 0.007 0.001 110 L 0.634 0.239 0.088 0.031 0.006 0.001 0.001 111 E 0.704 0.202 0.065 0.023 0.005 0.001 0.001 112 H 0.688 0.165 0.078 0.045 0.018 0.005 0.001 113 H 0.765 0.144 0.053 0.025 0.009 0.003 0.001 114 H 0.816 0.128 0.037 0.013 0.004 0.001 0.001 115 H 0.769 0.143 0.057 0.023 0.006 0.001 0.001 116 H 0.804 0.132 0.044 0.015 0.005 0.001 0.001 117 H 0.843 0.105 0.034 0.013 0.004 0.001 0.001