# TARGET T0350 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment /projects/compbio/experiments/protein-predict/casp7/T0350/T0350.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 127 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.152 0.054 0.213 0.373 0.008 0.045 0.015 0.016 0.008 0.011 0.020 0.016 0.038 0.003 0.008 0.020 2 N 0.026 0.068 0.105 0.198 0.011 0.437 0.008 0.009 0.010 0.011 0.024 0.040 0.039 0.002 0.003 0.009 3 I 0.029 0.086 0.071 0.298 0.013 0.061 0.007 0.011 0.007 0.004 0.317 0.035 0.046 0.004 0.003 0.008 4 E 0.020 0.133 0.109 0.345 0.009 0.057 0.008 0.010 0.009 0.004 0.016 0.226 0.036 0.003 0.007 0.008 5 R 0.018 0.044 0.172 0.359 0.016 0.109 0.015 0.013 0.010 0.006 0.045 0.016 0.125 0.006 0.008 0.038 6 L 0.024 0.133 0.176 0.357 0.009 0.081 0.014 0.012 0.007 0.004 0.047 0.036 0.078 0.003 0.007 0.014 7 T 0.032 0.088 0.109 0.310 0.010 0.196 0.012 0.012 0.009 0.010 0.038 0.061 0.091 0.003 0.005 0.013 8 T 0.021 0.081 0.107 0.302 0.012 0.150 0.009 0.014 0.007 0.004 0.145 0.036 0.090 0.004 0.005 0.014 9 L 0.014 0.169 0.161 0.428 0.004 0.023 0.005 0.010 0.008 0.002 0.030 0.059 0.062 0.003 0.007 0.015 10 Q 0.020 0.026 0.180 0.544 0.006 0.063 0.010 0.003 0.005 0.004 0.011 0.020 0.086 0.002 0.004 0.014 11 P 0.025 0.044 0.167 0.422 0.013 0.120 0.011 0.008 0.003 0.003 0.047 0.014 0.105 0.003 0.003 0.013 12 V 0.012 0.120 0.057 0.522 0.018 0.091 0.009 0.008 0.005 0.002 0.048 0.033 0.053 0.006 0.003 0.012 13 W 0.013 0.080 0.113 0.536 0.016 0.059 0.015 0.015 0.006 0.004 0.020 0.036 0.063 0.004 0.009 0.010 14 D 0.012 0.039 0.058 0.152 0.013 0.471 0.010 0.016 0.007 0.013 0.043 0.030 0.113 0.003 0.007 0.014 15 R 0.017 0.102 0.039 0.110 0.014 0.056 0.011 0.016 0.007 0.005 0.465 0.042 0.085 0.011 0.004 0.016 16 Y 0.019 0.111 0.069 0.130 0.004 0.084 0.009 0.019 0.008 0.003 0.042 0.346 0.108 0.006 0.033 0.010 17 D 0.015 0.051 0.163 0.084 0.006 0.109 0.023 0.008 0.012 0.008 0.065 0.045 0.316 0.010 0.018 0.068 18 T 0.046 0.102 0.124 0.151 0.003 0.058 0.012 0.011 0.006 0.002 0.117 0.076 0.241 0.005 0.017 0.031 19 Q 0.032 0.076 0.243 0.172 0.005 0.064 0.017 0.005 0.009 0.003 0.030 0.078 0.199 0.011 0.009 0.047 20 I 0.026 0.041 0.247 0.205 0.011 0.086 0.032 0.006 0.003 0.002 0.041 0.028 0.231 0.009 0.010 0.022 21 H 0.011 0.114 0.207 0.265 0.009 0.078 0.018 0.017 0.005 0.002 0.037 0.033 0.155 0.008 0.012 0.029 22 N 0.020 0.065 0.107 0.389 0.006 0.099 0.010 0.016 0.009 0.006 0.047 0.034 0.149 0.004 0.010 0.029 23 Q 0.031 0.061 0.135 0.171 0.020 0.182 0.023 0.009 0.007 0.007 0.087 0.049 0.179 0.009 0.005 0.023 24 K 0.020 0.121 0.097 0.144 0.017 0.122 0.025 0.026 0.004 0.003 0.143 0.086 0.149 0.015 0.014 0.013 25 D 0.011 0.107 0.088 0.131 0.008 0.152 0.014 0.032 0.012 0.006 0.073 0.114 0.175 0.009 0.038 0.029 26 N 0.028 0.068 0.102 0.091 0.009 0.076 0.024 0.012 0.013 0.009 0.156 0.068 0.253 0.015 0.018 0.057 27 D 0.063 0.104 0.147 0.099 0.005 0.065 0.028 0.016 0.009 0.004 0.064 0.122 0.189 0.018 0.030 0.036 28 N 0.028 0.086 0.252 0.146 0.003 0.055 0.020 0.012 0.010 0.004 0.050 0.049 0.195 0.006 0.027 0.059 29 E 0.036 0.112 0.334 0.286 0.002 0.020 0.010 0.003 0.008 0.002 0.012 0.019 0.080 0.003 0.006 0.067 30 V 0.040 0.027 0.355 0.407 0.004 0.065 0.009 0.002 0.002 0.002 0.008 0.010 0.055 0.001 0.002 0.011 31 P 0.012 0.049 0.150 0.253 0.028 0.355 0.013 0.007 0.001 0.002 0.047 0.014 0.056 0.005 0.001 0.005 32 V 0.006 0.229 0.039 0.383 0.008 0.090 0.005 0.025 0.004 0.001 0.121 0.035 0.037 0.005 0.007 0.005 33 H 0.014 0.113 0.111 0.415 0.003 0.046 0.007 0.014 0.022 0.006 0.042 0.107 0.060 0.002 0.011 0.026 34 Q 0.075 0.054 0.289 0.321 0.007 0.053 0.014 0.003 0.008 0.003 0.026 0.017 0.074 0.003 0.004 0.048 35 V 0.021 0.096 0.324 0.485 0.002 0.013 0.003 0.005 0.001 0.001 0.008 0.011 0.019 0.001 0.003 0.007 36 S 0.001 0.003 0.004 0.015 0.001 0.949 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.014 0.001 0.001 0.001 37 Y 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.036 0.001 0.001 0.001 0.001 0.934 0.003 0.019 0.001 0.001 0.001 38 T 0.001 0.044 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.922 0.012 0.001 0.001 0.001 39 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.025 0.916 0.001 0.001 0.006 40 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.067 0.006 0.919 0.001 0.001 0.001 41 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.161 0.828 0.001 0.001 0.001 42 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 43 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 44 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 45 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.995 0.001 0.001 0.001 46 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.985 0.005 0.001 0.008 47 M 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.986 0.003 0.003 0.001 48 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.988 0.001 0.002 0.001 49 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.967 0.006 0.003 0.012 50 L 0.003 0.004 0.020 0.002 0.001 0.001 0.033 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.785 0.068 0.013 0.064 51 L 0.004 0.018 0.256 0.018 0.001 0.002 0.028 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.543 0.004 0.070 0.050 52 E 0.014 0.009 0.132 0.037 0.006 0.099 0.039 0.002 0.002 0.005 0.006 0.005 0.542 0.014 0.006 0.082 53 P 0.055 0.060 0.054 0.040 0.024 0.065 0.042 0.016 0.002 0.002 0.320 0.012 0.220 0.060 0.010 0.019 54 S 0.010 0.140 0.058 0.058 0.004 0.058 0.008 0.076 0.010 0.004 0.113 0.196 0.153 0.006 0.091 0.016 55 Q 0.032 0.121 0.129 0.085 0.010 0.042 0.055 0.005 0.065 0.010 0.030 0.053 0.159 0.024 0.010 0.168 56 V 0.154 0.116 0.240 0.255 0.001 0.032 0.011 0.016 0.004 0.001 0.019 0.023 0.078 0.001 0.032 0.018 57 H 0.020 0.072 0.556 0.255 0.001 0.012 0.002 0.001 0.014 0.002 0.002 0.004 0.011 0.001 0.001 0.047 58 L 0.073 0.014 0.152 0.726 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.007 0.001 0.001 0.002 59 K 0.001 0.013 0.202 0.779 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 F 0.001 0.001 0.011 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 E 0.001 0.005 0.020 0.929 0.024 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 L 0.001 0.016 0.001 0.919 0.006 0.049 0.001 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 H 0.001 0.017 0.001 0.083 0.007 0.868 0.001 0.005 0.002 0.004 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 64 D 0.002 0.024 0.001 0.010 0.006 0.037 0.001 0.013 0.001 0.001 0.888 0.009 0.006 0.001 0.001 0.001 65 K 0.004 0.102 0.014 0.010 0.027 0.008 0.028 0.005 0.016 0.002 0.074 0.306 0.006 0.387 0.003 0.007 66 L 0.002 0.004 0.023 0.006 0.001 0.006 0.008 0.023 0.001 0.001 0.002 0.006 0.017 0.001 0.900 0.002 67 N 0.002 0.026 0.030 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.878 68 E 0.892 0.003 0.026 0.075 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 69 Y 0.004 0.003 0.930 0.060 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 Y 0.001 0.004 0.016 0.975 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 V 0.001 0.002 0.008 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 K 0.001 0.001 0.008 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 V 0.001 0.006 0.006 0.946 0.010 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 I 0.001 0.040 0.001 0.950 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 E 0.001 0.002 0.001 0.034 0.007 0.954 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 D 0.001 0.073 0.001 0.007 0.003 0.029 0.001 0.013 0.001 0.001 0.872 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 S 0.001 0.098 0.003 0.011 0.023 0.014 0.014 0.003 0.025 0.005 0.070 0.664 0.001 0.064 0.001 0.002 78 T 0.005 0.015 0.036 0.008 0.001 0.037 0.010 0.056 0.001 0.001 0.019 0.042 0.040 0.001 0.728 0.002 79 N 0.001 0.036 0.026 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.074 0.003 0.003 0.002 0.004 0.001 0.001 0.844 80 E 0.859 0.003 0.042 0.077 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.006 0.001 0.001 0.002 81 V 0.004 0.002 0.415 0.014 0.004 0.526 0.005 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.024 0.001 0.001 0.001 82 I 0.001 0.461 0.011 0.213 0.003 0.037 0.003 0.012 0.001 0.001 0.195 0.021 0.037 0.003 0.003 0.001 83 R 0.001 0.026 0.029 0.615 0.004 0.015 0.002 0.022 0.013 0.002 0.060 0.105 0.078 0.004 0.010 0.013 84 E 0.038 0.019 0.471 0.166 0.005 0.005 0.017 0.003 0.007 0.003 0.003 0.004 0.090 0.006 0.007 0.156 85 I 0.026 0.029 0.526 0.350 0.002 0.011 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.020 0.001 0.003 0.019 86 P 0.002 0.001 0.010 0.012 0.002 0.951 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 87 P 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.129 0.001 0.001 0.001 0.001 0.848 0.009 0.009 0.001 0.001 0.001 88 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.069 0.919 0.010 0.001 0.001 0.001 89 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.231 0.761 0.001 0.001 0.001 90 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.993 0.001 0.001 0.001 91 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.991 0.001 0.001 0.001 92 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 93 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 94 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 95 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 96 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.985 0.003 0.001 0.011 97 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.001 0.001 98 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 99 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.981 0.003 0.001 0.009 100 F 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.057 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.746 0.153 0.006 0.012 101 L 0.001 0.009 0.021 0.002 0.001 0.002 0.012 0.004 0.001 0.001 0.002 0.006 0.728 0.004 0.203 0.007 102 G 0.003 0.003 0.012 0.010 0.001 0.008 0.007 0.001 0.008 0.003 0.006 0.006 0.704 0.007 0.008 0.215 103 L 0.164 0.013 0.038 0.024 0.001 0.006 0.006 0.001 0.001 0.001 0.033 0.023 0.643 0.004 0.008 0.035 104 F 0.015 0.038 0.289 0.065 0.004 0.032 0.025 0.001 0.001 0.001 0.014 0.038 0.395 0.021 0.006 0.054 105 V 0.009 0.070 0.180 0.269 0.003 0.066 0.012 0.010 0.001 0.001 0.011 0.021 0.309 0.004 0.023 0.012 106 D 0.002 0.009 0.017 0.029 0.003 0.642 0.005 0.004 0.002 0.005 0.029 0.015 0.227 0.002 0.002 0.007 107 E 0.002 0.015 0.004 0.007 0.001 0.012 0.001 0.003 0.001 0.001 0.773 0.026 0.152 0.001 0.001 0.001 108 K 0.004 0.032 0.010 0.012 0.001 0.010 0.012 0.002 0.003 0.001 0.017 0.671 0.169 0.038 0.007 0.012 109 K 0.006 0.013 0.135 0.023 0.001 0.007 0.025 0.004 0.001 0.001 0.009 0.016 0.565 0.007 0.140 0.049 110 L 0.010 0.023 0.232 0.039 0.003 0.025 0.040 0.003 0.005 0.004 0.012 0.012 0.349 0.013 0.011 0.219 111 E 0.099 0.038 0.102 0.076 0.005 0.134 0.023 0.012 0.002 0.003 0.054 0.034 0.372 0.011 0.015 0.021 112 H 0.012 0.065 0.082 0.052 0.009 0.162 0.029 0.010 0.007 0.004 0.134 0.064 0.302 0.029 0.011 0.029 113 H 0.014 0.132 0.070 0.095 0.004 0.032 0.020 0.013 0.006 0.001 0.095 0.148 0.304 0.009 0.034 0.023 114 H 0.021 0.047 0.175 0.106 0.009 0.036 0.043 0.008 0.016 0.004 0.027 0.062 0.280 0.029 0.019 0.118 115 H 0.041 0.047 0.383 0.117 0.012 0.030 0.061 0.011 0.004 0.003 0.023 0.021 0.162 0.016 0.029 0.041 116 H 0.019 0.045 0.157 0.078 0.042 0.238 0.071 0.024 0.007 0.013 0.038 0.037 0.158 0.021 0.019 0.033 117 H 0.026 0.098 0.057 0.068 0.026 0.104 0.033 0.049 0.011 0.009 0.279 0.050 0.121 0.020 0.024 0.025