# TARGET T0350 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0350.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 127 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.013 0.011 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.089 0.026 0.117 0.717 2 N 0.107 0.091 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.069 0.062 0.077 0.588 3 I 0.128 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.084 0.096 0.625 4 E 0.028 0.020 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.104 0.113 0.105 0.613 5 R 0.017 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.074 0.059 0.098 0.714 6 L 0.073 0.050 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.081 0.040 0.103 0.640 7 T 0.077 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.135 0.057 0.101 0.592 8 T 0.015 0.068 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.083 0.047 0.096 0.682 9 L 0.073 0.146 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.085 0.059 0.086 0.543 10 Q 0.103 0.130 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.112 0.061 0.101 0.480 11 P 0.104 0.147 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.101 0.044 0.085 0.510 12 V 0.104 0.147 0.010 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.071 0.087 0.093 0.476 13 W 0.060 0.102 0.003 0.001 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.093 0.052 0.103 0.568 14 D 0.152 0.067 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.165 0.077 0.486 15 R 0.039 0.102 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.162 0.109 0.543 16 Y 0.080 0.203 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.047 0.086 0.555 17 D 0.135 0.168 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.062 0.067 0.536 18 T 0.042 0.121 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.066 0.151 0.099 0.512 19 Q 0.038 0.165 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.063 0.134 0.101 0.489 20 I 0.054 0.200 0.005 0.001 0.002 0.002 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.001 0.117 0.062 0.095 0.441 21 H 0.050 0.142 0.007 0.002 0.002 0.003 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.083 0.058 0.082 0.550 22 N 0.059 0.090 0.018 0.002 0.011 0.016 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.061 0.123 0.086 0.524 23 Q 0.080 0.113 0.010 0.004 0.023 0.004 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.101 0.091 0.513 24 K 0.104 0.068 0.008 0.020 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.093 0.074 0.585 25 D 0.145 0.043 0.027 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.108 0.066 0.587 26 N 0.117 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.029 0.071 0.706 27 D 0.067 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.024 0.076 0.785 28 N 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.007 0.006 0.002 0.002 0.002 0.002 0.003 0.093 0.025 0.093 0.743 29 E 0.005 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.019 0.071 0.862 30 V 0.034 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.004 0.028 0.002 0.014 0.011 0.009 0.006 0.069 0.039 0.091 0.654 31 P 0.150 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.075 0.023 0.068 0.659 32 V 0.089 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.053 0.069 0.738 33 H 0.006 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.114 0.022 0.081 0.753 34 Q 0.007 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.019 0.096 0.824 35 V 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.104 0.071 0.130 0.680 36 S 0.024 0.862 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.007 0.056 37 Y 0.030 0.882 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.003 0.055 38 T 0.005 0.832 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.007 0.135 39 N 0.004 0.943 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.002 0.032 40 L 0.003 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.015 41 A 0.004 0.905 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.057 0.002 0.032 42 E 0.001 0.952 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.002 0.033 43 M 0.006 0.959 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.024 44 V 0.010 0.472 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.480 0.005 0.028 45 G 0.007 0.872 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.011 0.059 46 E 0.053 0.759 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.015 0.117 47 M 0.072 0.739 0.038 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 0.016 0.074 48 N 0.120 0.461 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.086 0.041 0.285 49 K 0.202 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.034 0.067 0.658 50 L 0.003 0.045 0.009 0.003 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.092 0.142 0.685 51 L 0.067 0.027 0.023 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.116 0.131 0.619 52 E 0.569 0.009 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.066 0.038 0.295 53 P 0.098 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.034 0.095 0.755 54 S 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.086 0.036 0.155 0.696 55 Q 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.222 0.051 0.136 0.579 56 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.266 0.046 0.104 0.576 57 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.005 0.003 0.002 0.002 0.001 0.003 0.752 0.074 0.022 0.127 58 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.005 0.004 0.698 0.052 0.031 0.198 59 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.004 0.002 0.918 0.034 0.004 0.030 60 F 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.728 0.029 0.019 0.185 61 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.018 0.777 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.112 0.033 0.003 0.016 62 L 0.004 0.003 0.001 0.009 0.001 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.419 0.037 0.036 0.476 63 H 0.217 0.014 0.033 0.003 0.036 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.288 0.028 0.330 64 D 0.132 0.003 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.010 0.054 0.735 65 K 0.036 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.012 0.047 0.876 66 L 0.044 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.063 0.119 0.726 67 N 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.097 0.031 0.102 0.730 68 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.851 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.019 0.004 0.014 0.090 69 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 0.001 0.061 0.001 0.039 0.002 0.007 0.571 0.034 0.044 0.228 70 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.002 0.789 0.005 0.089 0.020 0.010 0.063 71 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.016 0.019 0.060 0.809 0.017 0.008 0.063 72 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.843 0.034 0.006 0.091 73 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.008 0.942 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.006 0.001 0.005 74 I 0.002 0.001 0.001 0.008 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.687 0.036 0.016 0.243 75 E 0.308 0.021 0.032 0.002 0.035 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.272 0.025 0.287 76 D 0.041 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.007 0.057 0.861 77 S 0.029 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.007 0.048 0.879 78 T 0.021 0.090 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.098 0.102 0.607 79 N 0.016 0.099 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.126 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.080 0.096 0.063 0.516 80 E 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.975 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.008 81 V 0.033 0.077 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.002 0.001 0.043 0.001 0.095 0.004 0.009 0.219 0.109 0.040 0.354 82 I 0.027 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.772 0.001 0.008 0.016 0.013 0.138 83 R 0.072 0.013 0.001 0.001 0.004 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.048 0.039 0.135 0.146 0.016 0.052 0.460 84 E 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.005 0.079 0.870 85 I 0.020 0.054 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 0.026 0.139 0.706 86 P 0.090 0.638 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.060 0.023 0.185 87 P 0.037 0.868 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.003 0.051 88 K 0.007 0.820 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.094 0.005 0.072 89 R 0.004 0.947 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.002 0.035 90 W 0.002 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.026 91 L 0.002 0.949 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.002 0.028 92 D 0.004 0.945 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.003 0.032 93 F 0.017 0.930 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.003 0.035 94 Y 0.061 0.147 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.747 0.008 0.032 95 A 0.003 0.705 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.121 0.040 0.129 96 A 0.057 0.769 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.019 0.130 97 M 0.050 0.774 0.016 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.096 0.016 0.044 98 T 0.050 0.474 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.210 0.072 0.177 99 E 0.042 0.556 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.057 0.049 0.280 100 F 0.051 0.698 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.040 0.037 0.158 101 L 0.030 0.627 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.056 0.048 0.219 102 G 0.018 0.708 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.069 0.025 0.154 103 L 0.015 0.707 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.045 0.028 0.159 104 F 0.027 0.834 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.022 0.014 0.086 105 V 0.017 0.770 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.031 0.011 0.132 106 D 0.037 0.661 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.063 0.017 0.200 107 E 0.117 0.466 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.074 0.031 0.023 0.279 108 K 0.039 0.264 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.069 0.041 0.561 109 K 0.070 0.217 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.067 0.070 0.516 110 L 0.087 0.223 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.071 0.069 0.520 111 E 0.217 0.118 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.087 0.059 0.494 112 H 0.220 0.064 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.155 0.065 0.478 113 H 0.152 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.060 0.087 0.678 114 H 0.052 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.019 0.085 0.824 115 H 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.013 0.094 0.873 116 H 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.020 0.091 0.872 117 H 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.025 0.109 0.832