# TARGET T0350 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0350.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 127 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.011 0.001 0.001 0.020 0.126 0.094 0.125 0.007 0.001 0.028 0.587 2 N 0.042 0.007 0.001 0.038 0.027 0.049 0.126 0.004 0.001 0.041 0.663 3 I 0.076 0.003 0.002 0.037 0.036 0.054 0.102 0.006 0.001 0.061 0.622 4 E 0.039 0.006 0.001 0.057 0.036 0.057 0.118 0.002 0.001 0.061 0.622 5 R 0.024 0.006 0.002 0.044 0.027 0.052 0.126 0.003 0.001 0.037 0.678 6 L 0.070 0.006 0.001 0.050 0.052 0.059 0.119 0.009 0.001 0.061 0.572 7 T 0.083 0.005 0.001 0.026 0.029 0.033 0.112 0.002 0.001 0.040 0.668 8 T 0.012 0.005 0.001 0.026 0.031 0.059 0.137 0.002 0.001 0.024 0.703 9 L 0.032 0.025 0.001 0.023 0.022 0.028 0.127 0.004 0.001 0.023 0.714 10 Q 0.148 0.037 0.002 0.016 0.053 0.047 0.134 0.023 0.001 0.065 0.473 11 P 0.081 0.075 0.002 0.019 0.015 0.026 0.112 0.005 0.001 0.043 0.619 12 V 0.101 0.088 0.006 0.021 0.020 0.040 0.095 0.006 0.002 0.039 0.583 13 W 0.123 0.104 0.004 0.020 0.016 0.023 0.098 0.010 0.002 0.065 0.536 14 D 0.161 0.043 0.003 0.014 0.017 0.025 0.095 0.005 0.001 0.114 0.522 15 R 0.040 0.136 0.004 0.021 0.016 0.027 0.100 0.003 0.002 0.056 0.595 16 Y 0.110 0.168 0.006 0.008 0.018 0.024 0.091 0.009 0.002 0.031 0.532 17 D 0.170 0.159 0.003 0.011 0.026 0.026 0.089 0.026 0.002 0.066 0.422 18 T 0.145 0.072 0.001 0.010 0.019 0.037 0.106 0.009 0.001 0.067 0.532 19 Q 0.064 0.097 0.007 0.032 0.021 0.049 0.110 0.006 0.002 0.050 0.563 20 I 0.090 0.062 0.004 0.024 0.034 0.049 0.117 0.006 0.002 0.043 0.569 21 H 0.060 0.037 0.002 0.023 0.034 0.043 0.120 0.006 0.001 0.050 0.625 22 N 0.059 0.034 0.002 0.024 0.020 0.035 0.109 0.004 0.001 0.051 0.661 23 Q 0.077 0.055 0.005 0.023 0.023 0.039 0.125 0.007 0.002 0.074 0.570 24 K 0.078 0.046 0.005 0.015 0.017 0.029 0.104 0.005 0.002 0.056 0.644 25 D 0.127 0.048 0.006 0.015 0.016 0.024 0.100 0.009 0.003 0.075 0.578 26 N 0.164 0.031 0.002 0.011 0.013 0.022 0.087 0.011 0.001 0.062 0.596 27 D 0.146 0.018 0.001 0.008 0.009 0.014 0.080 0.003 0.001 0.039 0.681 28 N 0.018 0.015 0.001 0.011 0.031 0.049 0.121 0.003 0.001 0.025 0.727 29 E 0.018 0.037 0.002 0.008 0.015 0.023 0.097 0.002 0.001 0.018 0.780 30 V 0.147 0.037 0.004 0.008 0.059 0.039 0.111 0.026 0.002 0.055 0.511 31 P 0.202 0.057 0.001 0.008 0.010 0.014 0.085 0.012 0.001 0.053 0.556 32 V 0.158 0.058 0.002 0.014 0.006 0.015 0.077 0.005 0.001 0.045 0.620 33 H 0.064 0.039 0.001 0.023 0.009 0.017 0.100 0.003 0.001 0.047 0.695 34 Q 0.021 0.009 0.001 0.015 0.015 0.016 0.114 0.001 0.001 0.150 0.657 35 V 0.004 0.052 0.001 0.023 0.020 0.015 0.112 0.003 0.001 0.120 0.651 36 S 0.046 0.809 0.001 0.001 0.002 0.002 0.016 0.008 0.001 0.022 0.094 37 Y 0.031 0.883 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 0.001 0.020 0.051 38 T 0.015 0.844 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.002 0.001 0.041 0.080 39 N 0.007 0.945 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.024 0.015 40 L 0.006 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.007 0.010 41 A 0.008 0.689 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.253 0.036 42 E 0.002 0.949 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.025 0.017 43 M 0.007 0.934 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.010 0.001 0.023 0.019 44 V 0.015 0.831 0.005 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.001 0.113 0.024 45 G 0.010 0.898 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.033 0.049 46 E 0.025 0.729 0.063 0.001 0.001 0.001 0.015 0.012 0.024 0.057 0.072 47 M 0.240 0.573 0.020 0.002 0.001 0.001 0.019 0.036 0.010 0.031 0.068 48 N 0.212 0.244 0.004 0.004 0.001 0.004 0.051 0.010 0.004 0.074 0.393 49 K 0.091 0.062 0.004 0.009 0.002 0.006 0.111 0.003 0.001 0.053 0.659 50 L 0.028 0.021 0.011 0.031 0.006 0.018 0.148 0.002 0.003 0.086 0.646 51 L 0.030 0.014 0.008 0.026 0.013 0.020 0.150 0.003 0.003 0.058 0.675 52 E 0.228 0.013 0.004 0.020 0.019 0.028 0.102 0.011 0.003 0.090 0.481 53 P 0.118 0.002 0.003 0.014 0.007 0.016 0.116 0.003 0.002 0.067 0.653 54 S 0.018 0.001 0.001 0.030 0.029 0.081 0.131 0.003 0.001 0.042 0.665 55 Q 0.009 0.001 0.001 0.050 0.026 0.071 0.120 0.001 0.001 0.044 0.677 56 V 0.001 0.001 0.001 0.095 0.247 0.309 0.066 0.002 0.001 0.047 0.234 57 H 0.002 0.001 0.001 0.169 0.100 0.228 0.056 0.001 0.001 0.062 0.382 58 L 0.001 0.001 0.001 0.185 0.322 0.316 0.017 0.001 0.001 0.031 0.128 59 K 0.001 0.001 0.001 0.196 0.236 0.375 0.025 0.001 0.001 0.041 0.126 60 F 0.001 0.001 0.001 0.142 0.346 0.294 0.022 0.001 0.001 0.017 0.178 61 E 0.004 0.001 0.001 0.119 0.296 0.393 0.026 0.001 0.001 0.033 0.127 62 L 0.013 0.008 0.005 0.058 0.087 0.130 0.101 0.005 0.007 0.042 0.545 63 H 0.516 0.009 0.016 0.009 0.016 0.018 0.037 0.010 0.026 0.052 0.291 64 D 0.372 0.006 0.003 0.004 0.004 0.005 0.050 0.007 0.002 0.070 0.477 65 K 0.049 0.001 0.001 0.004 0.006 0.015 0.083 0.001 0.001 0.026 0.815 66 L 0.025 0.001 0.004 0.023 0.021 0.038 0.079 0.001 0.001 0.048 0.761 67 N 0.003 0.001 0.001 0.011 0.137 0.109 0.134 0.002 0.001 0.038 0.564 68 E 0.003 0.001 0.001 0.032 0.084 0.099 0.101 0.001 0.001 0.027 0.653 69 Y 0.001 0.001 0.001 0.210 0.214 0.243 0.052 0.001 0.001 0.064 0.215 70 Y 0.001 0.001 0.001 0.246 0.184 0.328 0.023 0.001 0.001 0.081 0.136 71 V 0.001 0.001 0.001 0.420 0.149 0.121 0.022 0.001 0.001 0.026 0.260 72 K 0.001 0.001 0.001 0.538 0.223 0.141 0.013 0.001 0.001 0.028 0.056 73 V 0.008 0.001 0.001 0.447 0.089 0.118 0.040 0.001 0.001 0.068 0.228 74 I 0.006 0.001 0.001 0.512 0.057 0.097 0.069 0.001 0.001 0.030 0.226 75 E 0.144 0.003 0.001 0.127 0.024 0.049 0.109 0.001 0.002 0.044 0.496 76 D 0.030 0.003 0.002 0.056 0.013 0.022 0.131 0.002 0.001 0.041 0.700 77 S 0.054 0.078 0.001 0.015 0.009 0.009 0.101 0.005 0.001 0.020 0.708 78 T 0.117 0.388 0.003 0.006 0.008 0.010 0.061 0.025 0.001 0.013 0.370 79 N 0.086 0.364 0.002 0.008 0.033 0.035 0.059 0.018 0.001 0.042 0.353 80 E 0.051 0.311 0.024 0.019 0.043 0.078 0.065 0.009 0.008 0.112 0.280 81 V 0.254 0.171 0.019 0.017 0.046 0.080 0.062 0.033 0.005 0.083 0.229 82 I 0.272 0.043 0.003 0.035 0.044 0.076 0.077 0.015 0.002 0.064 0.369 83 R 0.027 0.007 0.001 0.035 0.034 0.069 0.102 0.001 0.001 0.017 0.708 84 E 0.001 0.003 0.001 0.027 0.011 0.021 0.094 0.001 0.001 0.011 0.831 85 I 0.004 0.003 0.001 0.010 0.057 0.041 0.190 0.006 0.001 0.120 0.568 86 P 0.026 0.337 0.002 0.008 0.002 0.003 0.050 0.004 0.001 0.156 0.412 87 P 0.039 0.909 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.025 0.021 88 K 0.032 0.767 0.003 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.145 0.043 89 R 0.008 0.632 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.307 0.040 90 W 0.002 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.006 91 L 0.002 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 92 D 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 93 F 0.005 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.006 94 Y 0.006 0.111 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.867 0.006 95 A 0.005 0.462 0.009 0.001 0.001 0.001 0.018 0.002 0.004 0.434 0.065 96 A 0.033 0.821 0.008 0.001 0.001 0.001 0.012 0.019 0.001 0.012 0.093 97 M 0.037 0.659 0.017 0.004 0.001 0.001 0.015 0.020 0.007 0.104 0.136 98 T 0.140 0.125 0.030 0.002 0.001 0.001 0.069 0.006 0.034 0.241 0.350 99 E 0.224 0.248 0.008 0.003 0.001 0.002 0.050 0.022 0.006 0.089 0.347 100 F 0.205 0.165 0.020 0.005 0.001 0.002 0.092 0.020 0.015 0.055 0.420 101 L 0.070 0.155 0.003 0.022 0.002 0.005 0.153 0.003 0.001 0.025 0.561 102 G 0.025 0.125 0.002 0.028 0.009 0.029 0.136 0.006 0.001 0.102 0.537 103 L 0.044 0.099 0.005 0.054 0.025 0.033 0.157 0.007 0.001 0.112 0.462 104 F 0.078 0.132 0.016 0.117 0.030 0.071 0.094 0.006 0.007 0.078 0.371 105 V 0.066 0.265 0.005 0.037 0.024 0.039 0.065 0.008 0.003 0.043 0.442 106 D 0.182 0.515 0.006 0.015 0.011 0.018 0.035 0.019 0.004 0.029 0.166 107 E 0.207 0.458 0.009 0.010 0.008 0.014 0.034 0.018 0.003 0.027 0.211 108 K 0.106 0.234 0.004 0.010 0.043 0.089 0.055 0.006 0.002 0.024 0.428 109 K 0.025 0.293 0.013 0.011 0.039 0.055 0.064 0.003 0.005 0.016 0.476 110 L 0.138 0.309 0.021 0.006 0.033 0.030 0.049 0.022 0.009 0.025 0.357 111 E 0.417 0.239 0.005 0.003 0.010 0.011 0.027 0.025 0.002 0.040 0.220 112 H 0.116 0.081 0.005 0.007 0.008 0.026 0.059 0.005 0.002 0.036 0.655 113 H 0.056 0.050 0.013 0.021 0.015 0.040 0.058 0.002 0.002 0.042 0.700 114 H 0.057 0.011 0.002 0.010 0.042 0.036 0.078 0.003 0.001 0.050 0.710 115 H 0.045 0.005 0.001 0.010 0.026 0.022 0.100 0.004 0.001 0.037 0.751 116 H 0.046 0.011 0.001 0.013 0.009 0.012 0.124 0.003 0.001 0.027 0.754 117 H 0.051 0.011 0.001 0.013 0.014 0.021 0.163 0.009 0.001 0.045 0.671