# TARGET T0350 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0350.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 127 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.284 0.124 0.053 0.091 0.077 0.078 0.088 0.070 0.061 0.046 0.027 2 N 0.322 0.308 0.072 0.130 0.071 0.037 0.028 0.014 0.010 0.006 0.003 3 I 0.136 0.061 0.029 0.076 0.098 0.109 0.150 0.131 0.108 0.069 0.032 4 E 0.459 0.252 0.060 0.106 0.061 0.027 0.018 0.008 0.005 0.003 0.001 5 R 0.157 0.147 0.126 0.193 0.134 0.089 0.074 0.036 0.024 0.013 0.007 6 L 0.185 0.085 0.050 0.109 0.099 0.098 0.126 0.091 0.074 0.053 0.029 7 T 0.278 0.193 0.122 0.137 0.090 0.059 0.055 0.029 0.021 0.012 0.005 8 T 0.250 0.174 0.097 0.127 0.090 0.070 0.083 0.046 0.034 0.021 0.010 9 L 0.154 0.090 0.055 0.096 0.092 0.101 0.141 0.091 0.077 0.062 0.041 10 Q 0.197 0.179 0.108 0.179 0.116 0.075 0.067 0.033 0.025 0.014 0.006 11 P 0.448 0.175 0.113 0.120 0.063 0.033 0.023 0.011 0.007 0.004 0.002 12 V 0.187 0.121 0.077 0.117 0.098 0.092 0.120 0.074 0.058 0.037 0.020 13 W 0.079 0.072 0.056 0.103 0.116 0.129 0.172 0.114 0.088 0.050 0.021 14 D 0.285 0.193 0.178 0.167 0.082 0.041 0.028 0.012 0.008 0.004 0.002 15 R 0.258 0.161 0.169 0.146 0.098 0.066 0.054 0.023 0.014 0.008 0.003 16 Y 0.185 0.087 0.061 0.081 0.082 0.098 0.138 0.096 0.083 0.059 0.031 17 D 0.175 0.170 0.132 0.176 0.121 0.082 0.076 0.033 0.021 0.011 0.004 18 T 0.228 0.137 0.215 0.152 0.095 0.065 0.059 0.025 0.015 0.007 0.003 19 Q 0.245 0.155 0.182 0.175 0.100 0.059 0.046 0.018 0.011 0.006 0.003 20 I 0.064 0.055 0.064 0.075 0.085 0.114 0.192 0.129 0.109 0.076 0.035 21 H 0.144 0.150 0.159 0.165 0.128 0.094 0.083 0.037 0.023 0.012 0.005 22 N 0.162 0.163 0.188 0.149 0.116 0.079 0.073 0.032 0.021 0.011 0.005 23 Q 0.193 0.180 0.154 0.165 0.111 0.070 0.064 0.028 0.018 0.011 0.006 24 K 0.210 0.126 0.101 0.161 0.136 0.095 0.090 0.038 0.024 0.013 0.006 25 D 0.398 0.202 0.113 0.114 0.069 0.043 0.034 0.013 0.008 0.004 0.002 26 N 0.262 0.182 0.137 0.137 0.098 0.067 0.062 0.026 0.016 0.009 0.004 27 D 0.337 0.177 0.094 0.126 0.083 0.060 0.063 0.028 0.018 0.010 0.005 28 N 0.289 0.175 0.110 0.145 0.100 0.067 0.060 0.025 0.016 0.008 0.003 29 E 0.326 0.193 0.111 0.152 0.091 0.054 0.041 0.016 0.010 0.005 0.002 30 V 0.105 0.095 0.066 0.107 0.113 0.124 0.161 0.099 0.070 0.043 0.018 31 P 0.358 0.216 0.110 0.125 0.079 0.046 0.036 0.015 0.010 0.005 0.002 32 V 0.256 0.161 0.091 0.154 0.132 0.081 0.073 0.029 0.016 0.007 0.002 33 H 0.325 0.163 0.108 0.143 0.090 0.065 0.057 0.024 0.014 0.008 0.004 34 Q 0.344 0.131 0.121 0.170 0.094 0.057 0.050 0.018 0.010 0.004 0.002 35 V 0.057 0.052 0.042 0.061 0.098 0.136 0.231 0.152 0.093 0.055 0.022 36 S 0.091 0.575 0.142 0.111 0.038 0.019 0.013 0.005 0.003 0.002 0.001 37 Y 0.085 0.059 0.068 0.165 0.209 0.198 0.146 0.042 0.019 0.007 0.002 38 T 0.798 0.103 0.068 0.022 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 N 0.024 0.113 0.198 0.390 0.160 0.076 0.031 0.006 0.002 0.001 0.001 40 L 0.008 0.010 0.036 0.022 0.036 0.088 0.239 0.212 0.184 0.117 0.048 41 A 0.079 0.049 0.551 0.193 0.070 0.038 0.017 0.002 0.001 0.001 0.001 42 E 0.012 0.033 0.801 0.122 0.025 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 M 0.002 0.004 0.047 0.018 0.023 0.108 0.359 0.203 0.127 0.076 0.034 44 V 0.001 0.003 0.141 0.046 0.069 0.145 0.352 0.140 0.068 0.028 0.008 45 G 0.007 0.015 0.939 0.029 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 46 E 0.004 0.015 0.376 0.279 0.197 0.097 0.027 0.004 0.001 0.001 0.001 47 M 0.003 0.004 0.111 0.005 0.007 0.017 0.139 0.151 0.248 0.201 0.115 48 N 0.002 0.006 0.304 0.212 0.203 0.144 0.097 0.023 0.007 0.002 0.001 49 K 0.004 0.013 0.926 0.036 0.015 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 50 L 0.011 0.035 0.259 0.120 0.138 0.169 0.180 0.050 0.024 0.010 0.004 51 L 0.015 0.015 0.094 0.019 0.025 0.045 0.207 0.165 0.200 0.142 0.071 52 E 0.109 0.192 0.451 0.158 0.056 0.019 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 53 P 0.178 0.147 0.401 0.118 0.070 0.039 0.027 0.009 0.006 0.003 0.001 54 S 0.295 0.128 0.116 0.112 0.092 0.079 0.090 0.039 0.026 0.014 0.008 55 Q 0.224 0.161 0.180 0.186 0.111 0.065 0.043 0.015 0.009 0.004 0.002 56 V 0.065 0.052 0.083 0.126 0.123 0.145 0.193 0.105 0.064 0.033 0.013 57 H 0.067 0.122 0.153 0.336 0.186 0.085 0.035 0.010 0.004 0.001 0.001 58 L 0.002 0.002 0.003 0.005 0.008 0.017 0.088 0.158 0.257 0.262 0.199 59 K 0.009 0.076 0.114 0.417 0.249 0.090 0.033 0.007 0.003 0.001 0.001 60 F 0.002 0.003 0.005 0.007 0.012 0.025 0.106 0.155 0.275 0.244 0.166 61 E 0.070 0.152 0.133 0.361 0.193 0.059 0.023 0.005 0.002 0.001 0.001 62 L 0.005 0.017 0.010 0.028 0.046 0.060 0.169 0.171 0.210 0.174 0.110 63 H 0.012 0.061 0.049 0.215 0.217 0.168 0.147 0.065 0.039 0.018 0.011 64 D 0.508 0.235 0.097 0.102 0.036 0.013 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 65 K 0.534 0.185 0.090 0.111 0.043 0.021 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 66 L 0.086 0.090 0.048 0.103 0.091 0.114 0.170 0.106 0.095 0.063 0.035 67 N 0.438 0.218 0.094 0.130 0.059 0.034 0.019 0.005 0.002 0.001 0.001 68 E 0.085 0.174 0.258 0.293 0.115 0.047 0.020 0.006 0.002 0.001 0.001 69 Y 0.003 0.008 0.010 0.049 0.099 0.203 0.282 0.169 0.099 0.056 0.024 70 Y 0.003 0.012 0.022 0.093 0.122 0.143 0.212 0.149 0.124 0.078 0.041 71 V 0.001 0.001 0.004 0.012 0.025 0.057 0.190 0.203 0.219 0.181 0.107 72 K 0.011 0.058 0.105 0.318 0.229 0.120 0.088 0.039 0.021 0.008 0.003 73 V 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 0.017 0.087 0.149 0.278 0.258 0.194 74 I 0.004 0.025 0.041 0.154 0.181 0.146 0.206 0.103 0.077 0.041 0.023 75 E 0.018 0.078 0.031 0.148 0.190 0.159 0.242 0.080 0.038 0.011 0.003 76 D 0.317 0.216 0.119 0.211 0.083 0.033 0.015 0.004 0.001 0.001 0.001 77 S 0.441 0.363 0.073 0.074 0.027 0.014 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 78 T 0.024 0.108 0.031 0.150 0.183 0.163 0.184 0.085 0.045 0.019 0.007 79 N 0.821 0.126 0.016 0.022 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 E 0.046 0.101 0.112 0.384 0.189 0.108 0.049 0.008 0.002 0.001 0.001 81 V 0.001 0.002 0.005 0.010 0.019 0.050 0.188 0.236 0.219 0.179 0.092 82 I 0.001 0.002 0.013 0.039 0.067 0.111 0.238 0.195 0.170 0.110 0.056 83 R 0.002 0.015 0.189 0.167 0.185 0.168 0.148 0.074 0.034 0.015 0.003 84 E 0.006 0.026 0.068 0.141 0.141 0.190 0.238 0.097 0.055 0.028 0.010 85 I 0.001 0.002 0.003 0.006 0.015 0.026 0.145 0.241 0.272 0.198 0.092 86 P 0.037 0.430 0.106 0.187 0.103 0.062 0.048 0.015 0.007 0.004 0.002 87 P 0.027 0.083 0.076 0.165 0.227 0.167 0.145 0.059 0.034 0.014 0.004 88 K 0.795 0.106 0.031 0.038 0.018 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 89 R 0.019 0.099 0.074 0.303 0.222 0.148 0.094 0.028 0.010 0.003 0.001 90 W 0.001 0.001 0.002 0.004 0.006 0.017 0.083 0.177 0.283 0.259 0.167 91 L 0.003 0.004 0.024 0.068 0.129 0.247 0.273 0.125 0.072 0.038 0.018 92 D 0.013 0.056 0.551 0.252 0.090 0.027 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 93 F 0.001 0.001 0.001 0.005 0.009 0.034 0.188 0.212 0.239 0.204 0.108 94 Y 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.015 0.092 0.158 0.263 0.260 0.202 95 A 0.008 0.015 0.476 0.243 0.136 0.074 0.033 0.009 0.004 0.002 0.001 96 A 0.001 0.004 0.049 0.065 0.129 0.276 0.319 0.097 0.040 0.017 0.005 97 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.026 0.071 0.196 0.327 0.373 98 T 0.016 0.022 0.069 0.117 0.163 0.197 0.228 0.099 0.054 0.023 0.011 99 E 0.037 0.063 0.525 0.202 0.088 0.047 0.023 0.007 0.004 0.002 0.001 100 F 0.003 0.005 0.012 0.020 0.031 0.072 0.230 0.186 0.192 0.158 0.090 101 L 0.012 0.015 0.016 0.042 0.047 0.085 0.220 0.191 0.174 0.121 0.077 102 G 0.028 0.054 0.137 0.134 0.125 0.132 0.122 0.083 0.077 0.062 0.045 103 L 0.006 0.012 0.022 0.044 0.064 0.120 0.258 0.181 0.144 0.102 0.047 104 F 0.007 0.013 0.021 0.032 0.034 0.043 0.124 0.157 0.201 0.203 0.165 105 V 0.002 0.006 0.012 0.020 0.028 0.043 0.116 0.126 0.216 0.214 0.218 106 D 0.047 0.125 0.208 0.288 0.163 0.078 0.054 0.020 0.011 0.004 0.002 107 E 0.207 0.143 0.147 0.190 0.129 0.079 0.066 0.022 0.012 0.004 0.001 108 K 0.171 0.102 0.148 0.172 0.107 0.094 0.102 0.049 0.032 0.015 0.009 109 K 0.044 0.052 0.073 0.118 0.123 0.163 0.221 0.102 0.062 0.030 0.012 110 L 0.090 0.103 0.232 0.158 0.119 0.103 0.097 0.049 0.028 0.014 0.006 111 E 0.253 0.193 0.268 0.122 0.068 0.039 0.031 0.013 0.007 0.004 0.001 112 H 0.286 0.152 0.096 0.123 0.096 0.071 0.077 0.042 0.031 0.019 0.007 113 H 0.229 0.141 0.065 0.107 0.092 0.085 0.113 0.068 0.053 0.034 0.014 114 H 0.252 0.151 0.137 0.172 0.109 0.071 0.058 0.025 0.015 0.007 0.003 115 H 0.159 0.088 0.101 0.116 0.102 0.099 0.127 0.086 0.065 0.040 0.017 116 H 0.185 0.184 0.092 0.138 0.104 0.078 0.078 0.057 0.044 0.027 0.013 117 H 0.391 0.182 0.059 0.103 0.082 0.053 0.048 0.034 0.026 0.015 0.007