# TARGET T0350 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0350.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 127 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.080 0.380 0.361 0.064 0.064 0.021 0.007 0.002 0.017 0.003 0.001 2 N 0.039 0.200 0.402 0.045 0.030 0.187 0.040 0.004 0.048 0.004 0.001 3 I 0.267 0.337 0.202 0.093 0.031 0.029 0.007 0.002 0.030 0.001 0.001 4 E 0.379 0.186 0.270 0.053 0.033 0.031 0.012 0.005 0.025 0.004 0.001 5 R 0.244 0.177 0.335 0.119 0.018 0.058 0.013 0.002 0.031 0.001 0.003 6 L 0.308 0.227 0.272 0.091 0.041 0.028 0.008 0.003 0.019 0.002 0.001 7 T 0.280 0.185 0.208 0.114 0.107 0.045 0.017 0.008 0.025 0.011 0.001 8 T 0.286 0.306 0.167 0.145 0.058 0.015 0.005 0.002 0.013 0.002 0.001 9 L 0.262 0.182 0.294 0.156 0.024 0.037 0.011 0.004 0.025 0.003 0.003 10 Q 0.078 0.289 0.361 0.003 0.078 0.010 0.020 0.002 0.148 0.012 0.001 11 P 0.212 0.004 0.525 0.007 0.001 0.039 0.001 0.001 0.001 0.001 0.210 12 V 0.330 0.234 0.225 0.124 0.018 0.035 0.005 0.002 0.025 0.001 0.002 13 W 0.318 0.211 0.299 0.061 0.038 0.037 0.009 0.002 0.019 0.005 0.001 14 D 0.192 0.138 0.334 0.102 0.034 0.116 0.023 0.003 0.055 0.002 0.002 15 R 0.640 0.099 0.105 0.112 0.012 0.013 0.004 0.002 0.012 0.001 0.001 16 Y 0.496 0.079 0.198 0.140 0.019 0.025 0.014 0.006 0.015 0.007 0.001 17 D 0.478 0.073 0.134 0.184 0.019 0.042 0.035 0.007 0.024 0.003 0.001 18 T 0.516 0.115 0.163 0.131 0.035 0.012 0.011 0.005 0.009 0.004 0.001 19 Q 0.362 0.104 0.293 0.110 0.032 0.030 0.027 0.007 0.029 0.003 0.002 20 I 0.386 0.188 0.283 0.082 0.015 0.026 0.003 0.001 0.013 0.001 0.002 21 H 0.364 0.220 0.181 0.123 0.030 0.045 0.009 0.002 0.022 0.003 0.001 22 N 0.201 0.258 0.212 0.146 0.061 0.045 0.022 0.005 0.046 0.004 0.001 23 Q 0.311 0.213 0.273 0.090 0.038 0.031 0.012 0.006 0.022 0.003 0.001 24 K 0.369 0.232 0.194 0.101 0.040 0.022 0.010 0.004 0.021 0.005 0.001 25 D 0.316 0.146 0.243 0.138 0.035 0.042 0.036 0.008 0.026 0.007 0.001 26 N 0.272 0.134 0.185 0.189 0.062 0.028 0.065 0.029 0.024 0.011 0.001 27 D 0.401 0.185 0.154 0.155 0.027 0.028 0.019 0.006 0.021 0.003 0.001 28 N 0.221 0.191 0.219 0.196 0.039 0.049 0.048 0.004 0.028 0.005 0.001 29 E 0.221 0.138 0.337 0.169 0.021 0.050 0.029 0.005 0.024 0.003 0.003 30 V 0.025 0.406 0.386 0.003 0.014 0.018 0.005 0.001 0.143 0.001 0.001 31 P 0.063 0.009 0.876 0.002 0.001 0.034 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 32 V 0.245 0.227 0.281 0.122 0.047 0.038 0.014 0.006 0.017 0.001 0.001 33 H 0.134 0.265 0.252 0.067 0.121 0.034 0.067 0.016 0.037 0.007 0.001 34 Q 0.121 0.239 0.395 0.108 0.034 0.066 0.014 0.002 0.017 0.001 0.002 35 V 0.047 0.424 0.328 0.062 0.071 0.044 0.004 0.001 0.019 0.001 0.001 36 S 0.004 0.164 0.639 0.003 0.067 0.084 0.001 0.001 0.034 0.003 0.001 37 Y 0.973 0.002 0.003 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 T 0.973 0.001 0.002 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 N 0.860 0.002 0.009 0.099 0.002 0.010 0.003 0.001 0.013 0.001 0.001 40 L 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 E 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 M 0.995 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 V 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 G 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 46 E 0.982 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 47 M 0.963 0.001 0.001 0.035 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 48 N 0.958 0.001 0.005 0.024 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 49 K 0.929 0.009 0.013 0.042 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 L 0.870 0.006 0.014 0.103 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 51 L 0.505 0.091 0.121 0.198 0.007 0.026 0.003 0.002 0.045 0.001 0.001 52 E 0.147 0.198 0.340 0.008 0.030 0.035 0.048 0.001 0.187 0.006 0.001 53 P 0.550 0.003 0.352 0.021 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 54 S 0.435 0.061 0.089 0.328 0.045 0.008 0.011 0.016 0.004 0.003 0.001 55 Q 0.081 0.108 0.153 0.235 0.088 0.101 0.164 0.019 0.045 0.005 0.001 56 V 0.015 0.679 0.161 0.036 0.075 0.011 0.003 0.001 0.017 0.001 0.001 57 H 0.013 0.529 0.185 0.026 0.076 0.078 0.022 0.001 0.068 0.001 0.001 58 L 0.003 0.695 0.238 0.002 0.033 0.017 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 59 K 0.005 0.797 0.089 0.005 0.027 0.036 0.001 0.001 0.040 0.001 0.001 60 F 0.009 0.693 0.226 0.002 0.045 0.016 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 61 E 0.008 0.840 0.075 0.002 0.033 0.018 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 62 L 0.051 0.575 0.293 0.007 0.011 0.044 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 63 H 0.080 0.158 0.358 0.005 0.060 0.227 0.005 0.001 0.104 0.002 0.001 64 D 0.984 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 K 0.912 0.004 0.004 0.076 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 66 L 0.241 0.008 0.036 0.698 0.002 0.001 0.011 0.001 0.002 0.001 0.001 67 N 0.004 0.001 0.003 0.008 0.001 0.001 0.788 0.191 0.001 0.002 0.001 68 E 0.036 0.468 0.398 0.042 0.029 0.016 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 69 Y 0.009 0.346 0.601 0.004 0.006 0.024 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 70 Y 0.006 0.775 0.158 0.003 0.017 0.021 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 71 V 0.002 0.588 0.353 0.001 0.011 0.022 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 72 K 0.002 0.412 0.538 0.001 0.002 0.033 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 73 V 0.005 0.424 0.495 0.001 0.002 0.060 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 74 I 0.137 0.490 0.264 0.030 0.008 0.057 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 75 E 0.071 0.232 0.522 0.004 0.069 0.077 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 76 D 0.945 0.007 0.007 0.033 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 S 0.702 0.032 0.010 0.218 0.006 0.005 0.008 0.001 0.018 0.001 0.001 78 T 0.316 0.067 0.125 0.466 0.013 0.005 0.002 0.001 0.003 0.002 0.001 79 N 0.169 0.009 0.040 0.033 0.014 0.005 0.416 0.293 0.005 0.017 0.001 80 E 0.316 0.195 0.375 0.060 0.019 0.024 0.004 0.001 0.006 0.001 0.001 81 V 0.214 0.175 0.569 0.005 0.002 0.031 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 82 I 0.773 0.102 0.041 0.058 0.004 0.012 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 83 R 0.309 0.428 0.163 0.031 0.046 0.012 0.004 0.001 0.005 0.001 0.001 84 E 0.121 0.443 0.245 0.093 0.025 0.028 0.009 0.001 0.034 0.001 0.001 85 I 0.008 0.491 0.328 0.001 0.014 0.010 0.002 0.001 0.146 0.001 0.001 86 P 0.016 0.002 0.954 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.003 0.002 0.004 87 P 0.967 0.001 0.021 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 88 K 0.987 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 R 0.988 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 90 W 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 D 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 93 F 0.988 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 94 Y 0.991 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 95 A 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 96 A 0.953 0.001 0.001 0.046 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 97 M 0.970 0.001 0.005 0.020 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 98 T 0.992 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 99 E 0.956 0.002 0.001 0.040 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 100 F 0.859 0.015 0.021 0.091 0.002 0.006 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 101 L 0.658 0.027 0.032 0.235 0.004 0.007 0.020 0.004 0.012 0.001 0.001 102 G 0.581 0.011 0.025 0.022 0.064 0.001 0.028 0.109 0.001 0.158 0.001 103 L 0.769 0.087 0.075 0.035 0.012 0.013 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 104 F 0.554 0.108 0.136 0.082 0.005 0.078 0.004 0.001 0.031 0.001 0.001 105 V 0.351 0.305 0.117 0.114 0.033 0.045 0.004 0.001 0.030 0.001 0.001 106 D 0.410 0.064 0.283 0.034 0.033 0.112 0.026 0.003 0.029 0.004 0.001 107 E 0.922 0.009 0.006 0.047 0.003 0.005 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 108 K 0.943 0.009 0.012 0.031 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 109 K 0.853 0.024 0.017 0.084 0.004 0.005 0.006 0.001 0.006 0.001 0.001 110 L 0.846 0.018 0.055 0.023 0.006 0.008 0.030 0.003 0.008 0.003 0.001 111 E 0.849 0.014 0.088 0.033 0.002 0.006 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 112 H 0.722 0.030 0.065 0.159 0.006 0.005 0.006 0.002 0.003 0.002 0.001 113 H 0.408 0.059 0.127 0.172 0.028 0.027 0.115 0.034 0.023 0.007 0.001 114 H 0.455 0.142 0.177 0.129 0.027 0.025 0.021 0.004 0.015 0.004 0.001 115 H 0.360 0.162 0.165 0.218 0.025 0.039 0.008 0.002 0.019 0.002 0.001 116 H 0.160 0.160 0.188 0.319 0.041 0.057 0.025 0.004 0.042 0.003 0.001 117 H 0.173 0.122 0.217 0.119 0.131 0.017 0.056 0.064 0.018 0.082 0.001