# TARGET T0350 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0350.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 127 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.579 0.242 0.107 0.051 0.017 0.004 0.001 2 N 0.722 0.173 0.058 0.030 0.012 0.003 0.001 3 I 0.431 0.232 0.180 0.114 0.037 0.006 0.001 4 E 0.710 0.212 0.053 0.019 0.005 0.001 0.001 5 R 0.433 0.258 0.173 0.097 0.033 0.006 0.001 6 L 0.278 0.249 0.235 0.155 0.068 0.014 0.001 7 T 0.476 0.268 0.142 0.080 0.028 0.006 0.001 8 T 0.345 0.277 0.195 0.121 0.049 0.011 0.001 9 L 0.266 0.203 0.203 0.200 0.101 0.026 0.002 10 Q 0.423 0.284 0.163 0.091 0.032 0.007 0.001 11 P 0.418 0.295 0.163 0.083 0.031 0.009 0.001 12 V 0.233 0.213 0.203 0.193 0.119 0.036 0.003 13 W 0.178 0.202 0.231 0.225 0.124 0.038 0.003 14 D 0.487 0.285 0.137 0.064 0.022 0.005 0.001 15 R 0.483 0.279 0.139 0.069 0.024 0.005 0.001 16 Y 0.450 0.226 0.151 0.110 0.049 0.012 0.001 17 D 0.486 0.260 0.146 0.076 0.026 0.006 0.001 18 T 0.599 0.238 0.107 0.042 0.012 0.002 0.001 19 Q 0.542 0.255 0.118 0.061 0.021 0.004 0.001 20 I 0.287 0.217 0.220 0.183 0.078 0.014 0.001 21 H 0.404 0.276 0.183 0.101 0.032 0.005 0.001 22 N 0.590 0.253 0.107 0.040 0.009 0.001 0.001 23 Q 0.675 0.206 0.076 0.032 0.009 0.001 0.001 24 K 0.599 0.231 0.109 0.047 0.012 0.001 0.001 25 D 0.712 0.193 0.065 0.025 0.005 0.001 0.001 26 N 0.761 0.171 0.050 0.016 0.003 0.001 0.001 27 D 0.699 0.204 0.070 0.023 0.004 0.001 0.001 28 N 0.731 0.200 0.053 0.014 0.002 0.001 0.001 29 E 0.724 0.202 0.056 0.015 0.002 0.001 0.001 30 V 0.462 0.275 0.168 0.078 0.016 0.001 0.001 31 P 0.628 0.259 0.080 0.027 0.006 0.001 0.001 32 V 0.479 0.286 0.155 0.066 0.014 0.001 0.001 33 H 0.515 0.288 0.134 0.051 0.011 0.001 0.001 34 Q 0.642 0.231 0.080 0.037 0.009 0.001 0.001 35 V 0.264 0.251 0.253 0.171 0.055 0.005 0.001 36 S 0.481 0.344 0.126 0.041 0.008 0.001 0.001 37 Y 0.310 0.371 0.221 0.082 0.015 0.002 0.001 38 T 0.786 0.164 0.034 0.012 0.004 0.001 0.001 39 N 0.354 0.358 0.192 0.079 0.016 0.002 0.001 40 L 0.063 0.086 0.182 0.404 0.234 0.030 0.001 41 A 0.350 0.448 0.167 0.032 0.003 0.001 0.001 42 E 0.512 0.407 0.071 0.009 0.001 0.001 0.001 43 M 0.073 0.084 0.182 0.371 0.251 0.038 0.001 44 V 0.043 0.090 0.206 0.365 0.244 0.050 0.001 45 G 0.439 0.408 0.121 0.027 0.004 0.001 0.001 46 E 0.206 0.341 0.291 0.133 0.025 0.003 0.001 47 M 0.044 0.039 0.077 0.213 0.418 0.203 0.006 48 N 0.143 0.214 0.310 0.240 0.080 0.012 0.001 49 K 0.573 0.353 0.060 0.011 0.002 0.001 0.001 50 L 0.289 0.234 0.236 0.185 0.049 0.006 0.001 51 L 0.270 0.175 0.172 0.229 0.128 0.025 0.001 52 E 0.580 0.305 0.089 0.022 0.004 0.001 0.001 53 P 0.760 0.177 0.044 0.016 0.003 0.001 0.001 54 S 0.452 0.270 0.169 0.082 0.023 0.004 0.001 55 Q 0.603 0.246 0.096 0.042 0.011 0.002 0.001 56 V 0.470 0.266 0.152 0.077 0.029 0.006 0.001 57 H 0.243 0.353 0.245 0.114 0.037 0.008 0.001 58 L 0.096 0.097 0.137 0.271 0.274 0.117 0.008 59 K 0.142 0.342 0.300 0.152 0.049 0.013 0.001 60 F 0.161 0.112 0.129 0.251 0.251 0.090 0.006 61 E 0.231 0.350 0.264 0.122 0.028 0.004 0.001 62 L 0.161 0.171 0.224 0.273 0.144 0.026 0.001 63 H 0.495 0.310 0.141 0.043 0.010 0.001 0.001 64 D 0.797 0.164 0.031 0.006 0.001 0.001 0.001 65 K 0.816 0.131 0.037 0.014 0.003 0.001 0.001 66 L 0.708 0.168 0.078 0.035 0.009 0.001 0.001 67 N 0.788 0.158 0.041 0.011 0.002 0.001 0.001 68 E 0.616 0.266 0.088 0.025 0.004 0.001 0.001 69 Y 0.272 0.285 0.239 0.140 0.055 0.010 0.001 70 Y 0.093 0.225 0.314 0.252 0.099 0.016 0.001 71 V 0.059 0.075 0.105 0.222 0.325 0.196 0.019 72 K 0.075 0.239 0.313 0.245 0.100 0.024 0.003 73 V 0.082 0.096 0.125 0.285 0.286 0.116 0.009 74 I 0.097 0.252 0.302 0.254 0.078 0.015 0.001 75 E 0.280 0.343 0.213 0.117 0.040 0.006 0.001 76 D 0.727 0.190 0.063 0.017 0.003 0.001 0.001 77 S 0.792 0.164 0.035 0.008 0.001 0.001 0.001 78 T 0.610 0.207 0.106 0.058 0.016 0.002 0.001 79 N 0.645 0.230 0.086 0.029 0.008 0.001 0.001 80 E 0.561 0.255 0.113 0.051 0.016 0.003 0.001 81 V 0.199 0.243 0.247 0.188 0.087 0.033 0.003 82 I 0.106 0.105 0.146 0.248 0.267 0.116 0.012 83 R 0.257 0.321 0.218 0.137 0.050 0.015 0.002 84 E 0.145 0.252 0.214 0.196 0.123 0.063 0.007 85 I 0.081 0.102 0.172 0.256 0.237 0.126 0.027 86 P 0.196 0.274 0.231 0.173 0.081 0.036 0.010 87 P 0.282 0.288 0.155 0.142 0.084 0.039 0.010 88 K 0.154 0.297 0.286 0.165 0.072 0.022 0.002 89 R 0.052 0.141 0.263 0.286 0.180 0.071 0.007 90 W 0.011 0.016 0.022 0.062 0.228 0.532 0.129 91 L 0.009 0.046 0.134 0.296 0.332 0.170 0.014 92 D 0.018 0.167 0.333 0.329 0.127 0.024 0.002 93 F 0.002 0.005 0.015 0.088 0.346 0.490 0.054 94 Y 0.004 0.014 0.035 0.154 0.389 0.363 0.041 95 A 0.044 0.330 0.363 0.193 0.056 0.013 0.001 96 A 0.009 0.072 0.270 0.436 0.187 0.025 0.001 97 M 0.002 0.005 0.013 0.071 0.303 0.527 0.080 98 T 0.055 0.218 0.288 0.283 0.128 0.028 0.002 99 E 0.141 0.401 0.271 0.131 0.043 0.012 0.001 100 F 0.039 0.078 0.169 0.324 0.277 0.104 0.009 101 L 0.083 0.190 0.257 0.252 0.142 0.066 0.011 102 G 0.222 0.223 0.165 0.141 0.135 0.096 0.018 103 L 0.118 0.145 0.187 0.217 0.195 0.114 0.023 104 F 0.046 0.064 0.109 0.217 0.296 0.235 0.034 105 V 0.085 0.099 0.135 0.231 0.270 0.159 0.020 106 D 0.238 0.332 0.252 0.130 0.041 0.007 0.001 107 E 0.438 0.360 0.152 0.043 0.007 0.001 0.001 108 K 0.603 0.274 0.084 0.032 0.007 0.001 0.001 109 K 0.254 0.233 0.253 0.187 0.065 0.007 0.001 110 L 0.660 0.254 0.067 0.016 0.003 0.001 0.001 111 E 0.622 0.251 0.089 0.031 0.006 0.001 0.001 112 H 0.364 0.259 0.185 0.137 0.047 0.008 0.001 113 H 0.575 0.214 0.107 0.069 0.029 0.006 0.001 114 H 0.737 0.168 0.062 0.024 0.007 0.001 0.001 115 H 0.711 0.177 0.072 0.030 0.008 0.002 0.001 116 H 0.807 0.131 0.041 0.015 0.004 0.001 0.001 117 H 0.836 0.108 0.038 0.014 0.004 0.001 0.001