# TARGET T0349 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-strand_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 22 (1 strand_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0349.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6.4883 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.004 0.020 0.127 0.024 0.001 0.084 0.034 0.681 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.003 0.001 0.004 0.002 0.004 0.003 2 R 0.002 0.008 0.069 0.011 0.001 0.017 0.040 0.838 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 3 E 0.003 0.017 0.057 0.008 0.001 0.016 0.083 0.791 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.004 0.002 0.003 0.003 4 L 0.003 0.024 0.134 0.035 0.001 0.022 0.058 0.689 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 0.010 5 L 0.010 0.120 0.277 0.072 0.001 0.027 0.093 0.308 0.003 0.001 0.002 0.005 0.003 0.006 0.002 0.010 0.011 0.012 0.008 0.007 0.009 0.011 6 R 0.025 0.143 0.246 0.108 0.009 0.031 0.140 0.175 0.004 0.002 0.003 0.005 0.003 0.006 0.003 0.010 0.006 0.016 0.010 0.007 0.015 0.033 7 T 0.015 0.203 0.218 0.318 0.005 0.048 0.062 0.057 0.003 0.004 0.003 0.004 0.002 0.004 0.003 0.008 0.003 0.013 0.008 0.003 0.011 0.005 8 N 0.135 0.076 0.226 0.137 0.031 0.142 0.130 0.068 0.005 0.002 0.003 0.005 0.004 0.006 0.003 0.006 0.002 0.001 0.004 0.002 0.005 0.009 9 D 0.026 0.175 0.096 0.102 0.005 0.204 0.092 0.210 0.006 0.003 0.005 0.004 0.004 0.007 0.003 0.011 0.005 0.002 0.022 0.003 0.010 0.004 10 A 0.009 0.050 0.071 0.076 0.003 0.227 0.036 0.443 0.007 0.002 0.003 0.005 0.011 0.010 0.003 0.009 0.005 0.001 0.012 0.002 0.005 0.013 11 V 0.002 0.034 0.021 0.022 0.001 0.066 0.019 0.749 0.006 0.003 0.006 0.005 0.005 0.011 0.002 0.007 0.008 0.001 0.009 0.004 0.014 0.007 12 L 0.002 0.010 0.015 0.017 0.001 0.045 0.005 0.844 0.007 0.001 0.001 0.003 0.006 0.007 0.001 0.005 0.005 0.001 0.008 0.002 0.006 0.010 13 L 0.001 0.004 0.011 0.006 0.001 0.040 0.005 0.895 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.003 0.003 0.001 0.003 0.004 0.007 0.005 14 S 0.001 0.001 0.011 0.003 0.001 0.009 0.004 0.959 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 15 A 0.001 0.002 0.034 0.003 0.001 0.008 0.019 0.921 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 16 V 0.002 0.002 0.052 0.003 0.001 0.014 0.015 0.900 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 17 G 0.004 0.001 0.070 0.002 0.001 0.011 0.021 0.880 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 18 A 0.001 0.001 0.072 0.002 0.001 0.004 0.065 0.849 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 L 0.005 0.005 0.172 0.004 0.001 0.008 0.169 0.622 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.004 20 L 0.012 0.031 0.542 0.020 0.001 0.009 0.151 0.192 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.010 0.005 0.005 0.008 0.003 21 D 0.062 0.027 0.338 0.049 0.012 0.009 0.414 0.046 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.004 0.004 0.004 0.005 0.003 0.007 0.008 22 G 0.146 0.126 0.257 0.068 0.040 0.061 0.193 0.020 0.003 0.002 0.001 0.005 0.003 0.004 0.002 0.008 0.002 0.009 0.029 0.003 0.015 0.003 23 A 0.012 0.063 0.406 0.327 0.006 0.027 0.067 0.016 0.003 0.002 0.002 0.006 0.006 0.006 0.003 0.008 0.003 0.003 0.023 0.001 0.004 0.006 24 D 0.074 0.123 0.064 0.045 0.025 0.014 0.403 0.028 0.011 0.007 0.006 0.030 0.023 0.021 0.005 0.030 0.023 0.001 0.012 0.009 0.027 0.018 25 I 0.002 0.430 0.027 0.184 0.001 0.021 0.006 0.004 0.013 0.046 0.010 0.004 0.020 0.021 0.060 0.032 0.015 0.004 0.064 0.002 0.026 0.009 26 G 0.006 0.019 0.039 0.023 0.010 0.010 0.012 0.010 0.040 0.056 0.051 0.210 0.195 0.063 0.007 0.065 0.051 0.003 0.011 0.028 0.081 0.011 27 H 0.003 0.026 0.013 0.006 0.001 0.011 0.029 0.017 0.063 0.048 0.142 0.058 0.068 0.088 0.131 0.067 0.127 0.002 0.015 0.015 0.032 0.039 28 L 0.001 0.020 0.009 0.004 0.001 0.007 0.007 0.010 0.093 0.076 0.042 0.158 0.198 0.081 0.019 0.099 0.048 0.011 0.007 0.027 0.057 0.024 29 V 0.002 0.042 0.018 0.019 0.001 0.007 0.006 0.020 0.058 0.045 0.137 0.042 0.098 0.097 0.069 0.074 0.036 0.081 0.005 0.026 0.056 0.063 30 L 0.004 0.036 0.042 0.026 0.002 0.009 0.010 0.015 0.059 0.069 0.051 0.152 0.123 0.103 0.012 0.066 0.028 0.018 0.003 0.033 0.077 0.059 31 D 0.005 0.260 0.067 0.097 0.007 0.020 0.016 0.026 0.027 0.040 0.026 0.023 0.029 0.019 0.018 0.046 0.022 0.143 0.004 0.018 0.062 0.026 32 Q 0.014 0.029 0.611 0.050 0.008 0.108 0.020 0.032 0.012 0.008 0.007 0.009 0.014 0.010 0.003 0.019 0.010 0.006 0.002 0.005 0.012 0.011 33 N 0.040 0.061 0.158 0.032 0.009 0.021 0.449 0.119 0.006 0.006 0.010 0.008 0.006 0.010 0.004 0.013 0.008 0.006 0.005 0.006 0.016 0.008 34 M 0.044 0.146 0.150 0.101 0.006 0.104 0.092 0.103 0.013 0.008 0.012 0.009 0.009 0.016 0.003 0.032 0.025 0.013 0.039 0.013 0.035 0.027 35 S 0.025 0.135 0.163 0.093 0.008 0.038 0.072 0.120 0.017 0.008 0.013 0.012 0.013 0.016 0.006 0.053 0.034 0.013 0.043 0.012 0.044 0.061 36 I 0.021 0.098 0.155 0.040 0.003 0.031 0.063 0.102 0.032 0.009 0.016 0.020 0.015 0.029 0.015 0.047 0.054 0.012 0.100 0.013 0.038 0.086 37 L 0.018 0.094 0.153 0.049 0.005 0.020 0.048 0.077 0.033 0.011 0.019 0.024 0.019 0.019 0.007 0.078 0.102 0.030 0.063 0.020 0.041 0.068 38 E 0.031 0.083 0.116 0.142 0.010 0.037 0.054 0.042 0.023 0.008 0.020 0.016 0.023 0.026 0.015 0.076 0.063 0.013 0.051 0.028 0.037 0.088 39 G 0.085 0.057 0.079 0.065 0.074 0.026 0.080 0.050 0.016 0.017 0.024 0.024 0.011 0.035 0.007 0.036 0.028 0.034 0.033 0.074 0.108 0.037 40 S 0.022 0.094 0.188 0.093 0.008 0.036 0.067 0.059 0.017 0.007 0.010 0.021 0.013 0.016 0.008 0.066 0.020 0.004 0.029 0.077 0.070 0.076 41 L 0.021 0.149 0.174 0.070 0.005 0.022 0.118 0.035 0.015 0.010 0.009 0.007 0.008 0.015 0.007 0.061 0.014 0.022 0.012 0.070 0.089 0.069 42 G 0.108 0.064 0.098 0.054 0.067 0.026 0.098 0.047 0.015 0.005 0.007 0.015 0.009 0.026 0.003 0.071 0.026 0.007 0.063 0.049 0.123 0.018 43 V 0.020 0.148 0.163 0.103 0.005 0.048 0.108 0.028 0.014 0.013 0.005 0.008 0.009 0.013 0.014 0.031 0.013 0.007 0.056 0.023 0.051 0.119 44 I 0.005 0.127 0.101 0.069 0.006 0.067 0.012 0.031 0.024 0.009 0.007 0.022 0.016 0.018 0.001 0.115 0.076 0.009 0.035 0.118 0.122 0.011 45 P 0.007 0.029 0.120 0.428 0.009 0.023 0.041 0.099 0.012 0.003 0.004 0.007 0.013 0.011 0.009 0.027 0.030 0.001 0.007 0.017 0.023 0.080 46 R 0.008 0.044 0.069 0.030 0.002 0.033 0.073 0.104 0.035 0.022 0.022 0.030 0.020 0.030 0.005 0.082 0.138 0.004 0.009 0.078 0.150 0.013 47 R 0.014 0.030 0.079 0.028 0.003 0.013 0.090 0.122 0.027 0.013 0.025 0.023 0.029 0.028 0.013 0.101 0.164 0.002 0.010 0.059 0.075 0.050 48 V 0.009 0.033 0.049 0.010 0.001 0.009 0.051 0.073 0.031 0.023 0.036 0.032 0.028 0.048 0.027 0.150 0.102 0.008 0.013 0.077 0.120 0.068 49 L 0.014 0.048 0.036 0.012 0.003 0.012 0.032 0.046 0.027 0.037 0.050 0.042 0.039 0.055 0.019 0.123 0.051 0.056 0.024 0.056 0.154 0.063 50 V 0.008 0.104 0.090 0.066 0.002 0.010 0.018 0.023 0.025 0.032 0.035 0.030 0.027 0.048 0.025 0.105 0.046 0.019 0.016 0.062 0.109 0.102 51 H 0.012 0.291 0.062 0.185 0.019 0.021 0.013 0.028 0.011 0.023 0.014 0.027 0.017 0.019 0.015 0.038 0.010 0.063 0.007 0.031 0.075 0.017 52 E 0.015 0.051 0.396 0.103 0.018 0.272 0.016 0.047 0.003 0.004 0.005 0.008 0.007 0.007 0.007 0.008 0.002 0.005 0.002 0.007 0.010 0.008 53 D 0.021 0.039 0.251 0.052 0.006 0.088 0.186 0.321 0.001 0.001 0.002 0.004 0.003 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.004 0.005 0.003 54 D 0.044 0.118 0.061 0.058 0.007 0.175 0.102 0.410 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 0.002 0.005 0.002 55 L 0.007 0.019 0.121 0.016 0.002 0.526 0.016 0.285 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 56 A 0.001 0.003 0.028 0.004 0.001 0.053 0.026 0.881 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 G 0.001 0.002 0.007 0.002 0.001 0.027 0.036 0.922 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 A 0.001 0.001 0.011 0.003 0.001 0.025 0.008 0.951 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 R 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.010 0.012 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 R 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.004 0.032 0.955 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 L 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.007 0.011 0.957 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 L 0.001 0.001 0.036 0.002 0.001 0.004 0.015 0.939 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 T 0.002 0.001 0.048 0.001 0.001 0.009 0.026 0.910 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 D 0.001 0.001 0.452 0.001 0.001 0.003 0.246 0.292 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 A 0.044 0.003 0.074 0.005 0.001 0.003 0.833 0.035 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 G 0.910 0.004 0.004 0.001 0.026 0.005 0.030 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 67 L 0.001 0.092 0.030 0.159 0.001 0.020 0.002 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.669 0.001 0.001 0.002 68 A 0.010 0.085 0.299 0.131 0.011 0.069 0.064 0.161 0.004 0.002 0.003 0.040 0.028 0.009 0.001 0.009 0.022 0.002 0.011 0.004 0.009 0.027 69 H 0.011 0.060 0.150 0.042 0.003 0.082 0.218 0.280 0.003 0.001 0.005 0.011 0.005 0.006 0.010 0.006 0.013 0.003 0.074 0.002 0.004 0.009 70 E 0.008 0.069 0.159 0.037 0.002 0.041 0.197 0.322 0.007 0.002 0.004 0.026 0.020 0.008 0.004 0.010 0.020 0.010 0.022 0.006 0.006 0.021 71 L 0.009 0.199 0.186 0.112 0.002 0.020 0.117 0.163 0.005 0.003 0.008 0.014 0.010 0.012 0.016 0.010 0.016 0.028 0.009 0.022 0.009 0.031 72 R 0.027 0.205 0.235 0.176 0.010 0.023 0.077 0.076 0.005 0.004 0.006 0.020 0.011 0.013 0.005 0.013 0.008 0.024 0.011 0.009 0.018 0.024 73 S 0.022 0.210 0.273 0.231 0.013 0.035 0.081 0.035 0.002 0.003 0.004 0.007 0.003 0.004 0.005 0.007 0.004 0.023 0.010 0.004 0.011 0.012 74 D 0.042 0.099 0.465 0.134 0.019 0.067 0.084 0.031 0.002 0.001 0.002 0.008 0.003 0.004 0.002 0.006 0.003 0.004 0.007 0.003 0.005 0.006 75 D 0.050 0.138 0.288 0.129 0.019 0.086 0.156 0.073 0.002 0.001 0.003 0.006 0.003 0.003 0.002 0.005 0.004 0.004 0.013 0.003 0.005 0.007