# TARGET T0349 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0349.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 31 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.009 0.012 0.578 0.006 0.004 0.057 0.002 0.001 0.009 0.030 0.006 0.044 0.242 2 R 0.041 0.012 0.276 0.053 0.005 0.114 0.012 0.001 0.025 0.023 0.004 0.127 0.308 3 E 0.096 0.005 0.087 0.015 0.006 0.102 0.020 0.001 0.032 0.023 0.004 0.365 0.243 4 L 0.083 0.006 0.068 0.101 0.016 0.095 0.042 0.002 0.020 0.012 0.008 0.060 0.488 5 L 0.129 0.007 0.071 0.017 0.012 0.052 0.025 0.001 0.007 0.014 0.012 0.487 0.166 6 R 0.070 0.014 0.147 0.029 0.013 0.100 0.004 0.001 0.004 0.061 0.047 0.045 0.466 7 T 0.016 0.008 0.349 0.011 0.010 0.091 0.001 0.001 0.003 0.176 0.109 0.139 0.086 8 N 0.001 0.001 0.146 0.005 0.003 0.025 0.001 0.001 0.001 0.610 0.189 0.004 0.015 9 D 0.001 0.001 0.275 0.009 0.002 0.047 0.001 0.001 0.001 0.588 0.066 0.007 0.003 10 A 0.014 0.010 0.167 0.001 0.011 0.576 0.003 0.001 0.008 0.080 0.034 0.015 0.080 11 V 0.136 0.008 0.061 0.007 0.007 0.632 0.017 0.005 0.014 0.021 0.016 0.054 0.023 12 L 0.055 0.002 0.017 0.001 0.009 0.798 0.017 0.007 0.019 0.006 0.007 0.019 0.043 13 L 0.013 0.001 0.013 0.005 0.005 0.932 0.006 0.002 0.005 0.003 0.003 0.001 0.013 14 S 0.005 0.001 0.007 0.001 0.004 0.965 0.002 0.001 0.002 0.002 0.004 0.006 0.002 15 A 0.006 0.002 0.003 0.001 0.004 0.970 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.004 16 V 0.003 0.001 0.002 0.001 0.005 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 17 G 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.975 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.001 0.001 18 A 0.001 0.001 0.003 0.001 0.008 0.961 0.001 0.001 0.001 0.002 0.025 0.001 0.001 19 L 0.001 0.002 0.009 0.001 0.009 0.923 0.001 0.001 0.001 0.015 0.039 0.001 0.001 20 L 0.001 0.002 0.012 0.001 0.008 0.880 0.001 0.001 0.001 0.013 0.083 0.001 0.001 21 D 0.001 0.001 0.038 0.001 0.017 0.699 0.001 0.001 0.001 0.032 0.212 0.001 0.001 22 G 0.001 0.001 0.108 0.001 0.052 0.285 0.001 0.001 0.001 0.128 0.425 0.001 0.001 23 A 0.001 0.001 0.066 0.001 0.132 0.083 0.001 0.001 0.001 0.169 0.548 0.001 0.001 24 D 0.001 0.003 0.098 0.001 0.076 0.015 0.001 0.001 0.003 0.098 0.704 0.001 0.001 25 I 0.001 0.005 0.845 0.001 0.009 0.004 0.001 0.001 0.027 0.095 0.010 0.001 0.004 26 G 0.001 0.004 0.299 0.022 0.009 0.002 0.002 0.011 0.263 0.345 0.027 0.010 0.005 27 H 0.002 0.005 0.022 0.001 0.002 0.001 0.021 0.352 0.567 0.009 0.002 0.001 0.016 28 L 0.005 0.001 0.022 0.005 0.001 0.001 0.033 0.600 0.309 0.002 0.001 0.018 0.003 29 V 0.004 0.002 0.011 0.001 0.001 0.001 0.034 0.589 0.331 0.003 0.001 0.002 0.020 30 L 0.007 0.006 0.080 0.010 0.001 0.001 0.026 0.376 0.409 0.008 0.001 0.066 0.010 31 D 0.006 0.005 0.516 0.008 0.002 0.001 0.008 0.028 0.289 0.045 0.006 0.011 0.077 32 Q 0.004 0.006 0.218 0.071 0.062 0.012 0.003 0.010 0.067 0.243 0.266 0.015 0.021 33 N 0.023 0.009 0.143 0.032 0.110 0.029 0.003 0.005 0.021 0.176 0.373 0.035 0.041 34 M 0.030 0.027 0.387 0.015 0.084 0.055 0.004 0.005 0.027 0.144 0.077 0.033 0.113 35 S 0.030 0.068 0.337 0.004 0.047 0.075 0.009 0.022 0.026 0.119 0.054 0.102 0.107 36 I 0.025 0.063 0.221 0.006 0.058 0.122 0.004 0.009 0.014 0.198 0.118 0.021 0.140 37 L 0.013 0.025 0.304 0.013 0.103 0.118 0.003 0.003 0.012 0.180 0.153 0.036 0.038 38 E 0.010 0.007 0.110 0.008 0.138 0.138 0.001 0.001 0.003 0.159 0.384 0.017 0.023 39 G 0.022 0.008 0.129 0.018 0.093 0.105 0.002 0.001 0.005 0.190 0.372 0.023 0.031 40 S 0.070 0.033 0.269 0.004 0.074 0.142 0.007 0.008 0.014 0.134 0.104 0.054 0.088 41 L 0.137 0.025 0.162 0.018 0.048 0.184 0.016 0.023 0.020 0.115 0.133 0.030 0.090 42 G 0.109 0.017 0.212 0.009 0.049 0.149 0.018 0.024 0.035 0.085 0.145 0.089 0.060 43 V 0.059 0.045 0.253 0.016 0.027 0.098 0.021 0.032 0.051 0.128 0.082 0.013 0.174 44 I 0.014 0.012 0.431 0.011 0.016 0.057 0.004 0.005 0.039 0.172 0.046 0.173 0.020 45 P 0.020 0.012 0.394 0.012 0.027 0.062 0.009 0.009 0.071 0.092 0.112 0.006 0.176 46 R 0.060 0.012 0.250 0.030 0.037 0.084 0.015 0.033 0.149 0.124 0.096 0.083 0.027 47 R 0.157 0.015 0.109 0.008 0.027 0.090 0.059 0.121 0.177 0.065 0.040 0.028 0.104 48 V 0.128 0.015 0.087 0.004 0.016 0.107 0.087 0.161 0.249 0.028 0.026 0.038 0.053 49 L 0.113 0.008 0.111 0.004 0.011 0.100 0.084 0.188 0.221 0.024 0.026 0.044 0.065 50 V 0.038 0.019 0.266 0.001 0.010 0.116 0.022 0.047 0.235 0.097 0.040 0.060 0.048 51 H 0.003 0.016 0.450 0.002 0.009 0.131 0.001 0.003 0.071 0.199 0.071 0.003 0.041 52 E 0.001 0.005 0.090 0.001 0.051 0.634 0.001 0.001 0.003 0.075 0.136 0.001 0.003 53 D 0.001 0.002 0.039 0.001 0.057 0.760 0.001 0.001 0.001 0.054 0.086 0.001 0.001 54 D 0.001 0.002 0.023 0.001 0.028 0.888 0.001 0.001 0.001 0.021 0.036 0.001 0.001 55 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.006 0.983 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 56 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 57 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 58 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 62 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 63 T 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 64 D 0.001 0.001 0.004 0.001 0.007 0.931 0.001 0.001 0.001 0.005 0.052 0.001 0.001 65 A 0.001 0.001 0.016 0.001 0.013 0.552 0.001 0.001 0.001 0.027 0.391 0.001 0.001 66 G 0.001 0.001 0.040 0.001 0.010 0.118 0.001 0.001 0.001 0.038 0.791 0.001 0.001 67 L 0.001 0.004 0.801 0.001 0.003 0.038 0.001 0.001 0.006 0.134 0.012 0.002 0.001 68 A 0.001 0.023 0.664 0.003 0.042 0.031 0.001 0.001 0.042 0.125 0.051 0.003 0.016 69 H 0.001 0.024 0.259 0.004 0.273 0.062 0.005 0.004 0.060 0.121 0.145 0.013 0.028 70 E 0.002 0.028 0.337 0.003 0.280 0.062 0.008 0.005 0.083 0.054 0.084 0.026 0.028 71 L 0.003 0.034 0.329 0.005 0.149 0.062 0.006 0.004 0.078 0.177 0.086 0.021 0.047 72 R 0.001 0.015 0.581 0.004 0.038 0.049 0.001 0.001 0.033 0.200 0.048 0.016 0.015 73 S 0.001 0.013 0.505 0.001 0.041 0.073 0.001 0.001 0.011 0.176 0.159 0.005 0.015 74 D 0.001 0.010 0.712 0.001 0.026 0.051 0.001 0.001 0.005 0.061 0.127 0.002 0.006 75 D 0.001 0.001 0.959 0.001 0.004 0.012 0.001 0.001 0.001 0.014 0.005 0.001 0.002