# TARGET T0349 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0349.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6.4883 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.045 0.623 0.016 0.021 0.038 0.037 0.066 0.155 2 R 0.098 0.380 0.019 0.050 0.060 0.055 0.150 0.187 3 E 0.063 0.077 0.035 0.060 0.082 0.056 0.379 0.249 4 L 0.017 0.039 0.048 0.062 0.119 0.097 0.344 0.275 5 L 0.019 0.031 0.078 0.069 0.132 0.126 0.114 0.431 6 R 0.106 0.047 0.054 0.053 0.068 0.112 0.068 0.492 7 T 0.116 0.128 0.013 0.017 0.024 0.091 0.036 0.574 8 N 0.048 0.219 0.019 0.010 0.026 0.107 0.032 0.540 9 D 0.037 0.573 0.017 0.019 0.037 0.051 0.044 0.223 10 A 0.017 0.319 0.042 0.041 0.038 0.053 0.277 0.213 11 V 0.005 0.727 0.030 0.042 0.031 0.014 0.092 0.060 12 L 0.016 0.884 0.008 0.008 0.014 0.005 0.044 0.021 13 L 0.013 0.758 0.034 0.023 0.017 0.008 0.110 0.036 14 S 0.007 0.886 0.009 0.013 0.017 0.006 0.035 0.027 15 A 0.019 0.901 0.009 0.003 0.004 0.005 0.035 0.024 16 V 0.027 0.854 0.011 0.008 0.007 0.009 0.059 0.025 17 G 0.106 0.535 0.020 0.010 0.010 0.020 0.157 0.141 18 A 0.062 0.332 0.057 0.016 0.014 0.048 0.169 0.303 19 L 0.232 0.181 0.069 0.013 0.017 0.075 0.085 0.329 20 L 0.189 0.023 0.054 0.010 0.007 0.076 0.097 0.544 21 D 0.062 0.030 0.010 0.003 0.005 0.066 0.023 0.801 22 G 0.053 0.022 0.017 0.003 0.006 0.067 0.043 0.789 23 A 0.016 0.029 0.049 0.036 0.027 0.210 0.038 0.595 24 D 0.060 0.050 0.050 0.013 0.025 0.072 0.062 0.668 25 I 0.084 0.072 0.064 0.043 0.033 0.109 0.075 0.519 26 G 0.044 0.076 0.131 0.043 0.085 0.092 0.105 0.423 27 H 0.025 0.048 0.134 0.050 0.098 0.082 0.131 0.430 28 L 0.031 0.069 0.258 0.105 0.120 0.092 0.068 0.258 29 V 0.020 0.038 0.251 0.090 0.130 0.069 0.134 0.269 30 L 0.045 0.050 0.121 0.051 0.079 0.105 0.101 0.448 31 D 0.227 0.056 0.047 0.029 0.036 0.073 0.313 0.220 32 Q 0.032 0.069 0.028 0.020 0.026 0.127 0.094 0.603 33 N 0.037 0.134 0.032 0.014 0.044 0.110 0.059 0.569 34 M 0.072 0.116 0.045 0.049 0.051 0.105 0.124 0.438 35 S 0.051 0.134 0.073 0.082 0.117 0.113 0.126 0.305 36 I 0.085 0.076 0.066 0.035 0.060 0.117 0.136 0.426 37 L 0.079 0.094 0.078 0.081 0.078 0.112 0.159 0.318 38 E 0.047 0.046 0.060 0.035 0.087 0.086 0.081 0.558 39 G 0.156 0.030 0.072 0.056 0.104 0.102 0.086 0.395 40 S 0.128 0.016 0.059 0.099 0.133 0.094 0.082 0.390 41 L 0.024 0.003 0.030 0.048 0.079 0.076 0.026 0.714 42 G 0.006 0.003 0.050 0.117 0.302 0.111 0.035 0.377 43 V 0.005 0.002 0.045 0.047 0.079 0.110 0.034 0.679 44 I 0.136 0.012 0.086 0.183 0.131 0.102 0.071 0.279 45 P 0.060 0.014 0.038 0.040 0.088 0.083 0.071 0.606 46 R 0.021 0.009 0.087 0.071 0.202 0.114 0.055 0.441 47 R 0.005 0.003 0.153 0.184 0.405 0.038 0.052 0.160 48 V 0.005 0.005 0.125 0.195 0.250 0.055 0.034 0.329 49 L 0.004 0.006 0.238 0.228 0.266 0.042 0.025 0.191 50 V 0.013 0.015 0.153 0.136 0.118 0.083 0.038 0.443 51 H 0.242 0.234 0.041 0.033 0.031 0.041 0.175 0.202 52 E 0.264 0.345 0.015 0.007 0.007 0.048 0.060 0.254 53 D 0.049 0.305 0.014 0.007 0.007 0.063 0.100 0.454 54 D 0.039 0.855 0.002 0.001 0.001 0.011 0.017 0.075 55 L 0.036 0.898 0.001 0.001 0.001 0.009 0.017 0.037 56 A 0.006 0.929 0.001 0.001 0.001 0.007 0.014 0.040 57 G 0.005 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.008 58 A 0.013 0.930 0.001 0.001 0.001 0.003 0.044 0.008 59 R 0.004 0.153 0.004 0.002 0.002 0.004 0.821 0.010 60 R 0.004 0.852 0.005 0.002 0.002 0.007 0.099 0.029 61 L 0.057 0.784 0.028 0.004 0.007 0.021 0.049 0.051 62 L 0.048 0.215 0.219 0.038 0.019 0.051 0.280 0.130 63 T 0.240 0.227 0.017 0.005 0.007 0.048 0.083 0.372 64 D 0.337 0.116 0.018 0.002 0.002 0.060 0.059 0.406 65 A 0.020 0.091 0.032 0.008 0.008 0.178 0.034 0.629 66 G 0.038 0.087 0.021 0.003 0.005 0.075 0.035 0.735 67 L 0.175 0.277 0.026 0.012 0.008 0.081 0.060 0.362 68 A 0.184 0.202 0.064 0.010 0.016 0.069 0.087 0.367 69 H 0.097 0.060 0.037 0.020 0.026 0.082 0.133 0.546 70 E 0.028 0.024 0.080 0.043 0.054 0.123 0.137 0.511 71 L 0.047 0.011 0.063 0.025 0.040 0.121 0.067 0.627 72 R 0.233 0.010 0.029 0.028 0.035 0.106 0.056 0.503 73 S 0.095 0.005 0.006 0.006 0.010 0.073 0.027 0.778 74 D 0.029 0.005 0.008 0.007 0.018 0.125 0.020 0.788 75 D 0.033 0.007 0.014 0.022 0.044 0.125 0.037 0.718