# TARGET T0349 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0349.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6.4883 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.083 0.078 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.019 0.139 0.639 2 R 0.054 0.168 0.005 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.072 0.018 0.083 0.588 3 E 0.054 0.128 0.005 0.001 0.007 0.004 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.083 0.016 0.088 0.602 4 L 0.089 0.212 0.003 0.001 0.009 0.005 0.010 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.009 0.002 0.002 0.119 0.014 0.061 0.454 5 L 0.078 0.317 0.003 0.001 0.003 0.004 0.016 0.013 0.001 0.004 0.002 0.002 0.049 0.010 0.005 0.001 0.190 0.012 0.045 0.244 6 R 0.067 0.261 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.096 0.020 0.076 0.458 7 T 0.080 0.241 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.172 0.067 0.042 0.363 8 N 0.069 0.076 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.090 0.035 0.097 0.627 9 D 0.064 0.016 0.038 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.010 0.366 0.476 10 A 0.040 0.027 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.010 0.244 0.621 11 V 0.010 0.100 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.008 0.493 0.351 12 L 0.021 0.337 0.002 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.005 0.399 0.215 13 L 0.007 0.941 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.005 0.041 14 S 0.005 0.930 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.006 0.052 15 A 0.012 0.926 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.003 0.049 16 V 0.014 0.931 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.002 0.039 17 G 0.014 0.903 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.007 0.004 0.063 18 A 0.020 0.881 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.002 0.078 19 L 0.054 0.867 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.056 20 L 0.046 0.873 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.003 0.048 21 D 0.112 0.612 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.093 0.013 0.140 22 G 0.310 0.227 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.077 0.032 0.326 23 A 0.171 0.070 0.221 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.037 0.103 0.381 24 D 0.141 0.043 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.067 0.030 0.206 0.494 25 I 0.266 0.062 0.051 0.017 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.085 0.017 0.057 0.439 26 G 0.020 0.057 0.002 0.002 0.005 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.453 0.006 0.101 0.338 27 H 0.064 0.038 0.006 0.001 0.005 0.003 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.221 0.013 0.113 0.526 28 L 0.110 0.066 0.003 0.001 0.001 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.030 0.003 0.002 0.516 0.006 0.062 0.184 29 V 0.030 0.128 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.001 0.003 0.003 0.001 0.029 0.013 0.025 0.005 0.301 0.005 0.117 0.330 30 L 0.021 0.099 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.541 0.009 0.044 0.242 31 D 0.026 0.091 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.142 0.022 0.018 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.427 0.010 0.029 0.226 32 Q 0.092 0.067 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.156 0.020 0.099 0.557 33 N 0.074 0.062 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.035 0.031 0.449 0.340 34 M 0.410 0.045 0.034 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.063 0.081 0.174 0.187 35 S 0.041 0.143 0.004 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.127 0.015 0.288 0.362 36 I 0.081 0.058 0.054 0.001 0.026 0.018 0.008 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.205 0.017 0.122 0.400 37 L 0.130 0.083 0.004 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.070 0.008 0.429 0.251 38 E 0.104 0.149 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.118 0.011 0.218 0.389 39 G 0.117 0.191 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.005 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.149 0.016 0.049 0.446 40 S 0.631 0.105 0.055 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.010 0.010 0.150 41 L 0.081 0.380 0.021 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.107 0.012 0.035 0.349 42 G 0.262 0.110 0.034 0.001 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.195 0.031 0.045 0.308 43 V 0.095 0.078 0.240 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.122 0.011 0.042 0.397 44 I 0.053 0.061 0.015 0.006 0.012 0.003 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.503 0.003 0.029 0.307 45 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.997 46 R 0.011 0.011 0.003 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.475 0.005 0.058 0.428 47 R 0.107 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.562 0.013 0.042 0.253 48 V 0.092 0.023 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.651 0.006 0.023 0.195 49 L 0.018 0.019 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.787 0.003 0.018 0.141 50 V 0.005 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.813 0.002 0.022 0.138 51 H 0.003 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.290 0.006 0.169 0.519 52 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.189 0.006 0.061 0.740 53 D 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.006 0.189 0.786 54 D 0.195 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.011 0.406 0.382 55 L 0.304 0.224 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.008 0.072 0.383 56 A 0.042 0.429 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.012 0.101 0.409 57 G 0.055 0.391 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.062 0.472 58 A 0.074 0.708 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.010 0.193 59 R 0.011 0.906 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.070 60 R 0.006 0.909 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.078 61 L 0.007 0.955 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.035 62 L 0.003 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.016 63 T 0.004 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.014 64 D 0.013 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.017 65 A 0.044 0.858 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.061 0.001 0.033 66 G 0.576 0.161 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.182 0.004 0.069 67 L 0.009 0.012 0.934 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.031 68 A 0.022 0.057 0.001 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.124 0.006 0.097 0.678 69 H 0.062 0.050 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.062 0.005 0.082 0.731 70 E 0.142 0.132 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.075 0.012 0.110 0.520 71 L 0.247 0.214 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.006 0.003 0.134 0.023 0.053 0.301 72 R 0.171 0.274 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.131 0.029 0.060 0.309 73 S 0.100 0.149 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.015 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.079 0.037 0.051 0.538 74 D 0.060 0.050 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.020 0.072 0.741 75 D 0.068 0.026 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.021 0.204 0.655