# TARGET T0349 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0349.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6.4883 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.060 0.052 0.018 0.018 0.008 0.018 0.021 0.002 0.001 0.003 0.799 2 R 0.024 0.064 0.008 0.042 0.051 0.132 0.104 0.003 0.001 0.006 0.566 3 E 0.136 0.076 0.003 0.056 0.088 0.158 0.134 0.007 0.001 0.012 0.331 4 L 0.160 0.307 0.004 0.066 0.074 0.096 0.029 0.011 0.001 0.002 0.251 5 L 0.070 0.265 0.006 0.128 0.149 0.192 0.023 0.006 0.001 0.002 0.158 6 R 0.041 0.188 0.006 0.096 0.111 0.205 0.074 0.011 0.001 0.004 0.265 7 T 0.161 0.134 0.014 0.072 0.077 0.138 0.088 0.019 0.001 0.006 0.291 8 N 0.044 0.065 0.023 0.048 0.030 0.049 0.158 0.007 0.001 0.008 0.569 9 D 0.033 0.018 0.006 0.012 0.007 0.013 0.449 0.002 0.001 0.021 0.437 10 A 0.094 0.063 0.021 0.013 0.004 0.007 0.373 0.002 0.001 0.026 0.398 11 V 0.040 0.234 0.003 0.013 0.009 0.011 0.357 0.002 0.001 0.015 0.316 12 L 0.048 0.525 0.006 0.009 0.010 0.026 0.216 0.001 0.001 0.006 0.152 13 L 0.010 0.909 0.001 0.006 0.006 0.010 0.007 0.001 0.001 0.001 0.050 14 S 0.005 0.919 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.070 15 A 0.012 0.926 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.003 0.001 0.001 0.049 16 V 0.011 0.960 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.009 0.001 0.001 0.013 17 G 0.013 0.959 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.015 18 A 0.016 0.950 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.023 19 L 0.051 0.898 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 0.023 20 L 0.095 0.741 0.065 0.001 0.001 0.002 0.005 0.017 0.001 0.001 0.072 21 D 0.063 0.631 0.031 0.005 0.008 0.011 0.035 0.044 0.001 0.001 0.170 22 G 0.360 0.129 0.015 0.008 0.003 0.004 0.013 0.088 0.001 0.005 0.373 23 A 0.245 0.087 0.203 0.013 0.006 0.006 0.053 0.010 0.001 0.007 0.371 24 D 0.060 0.021 0.017 0.053 0.037 0.032 0.259 0.017 0.001 0.008 0.496 25 I 0.061 0.016 0.055 0.078 0.015 0.032 0.042 0.002 0.001 0.007 0.692 26 G 0.021 0.024 0.002 0.221 0.112 0.159 0.172 0.002 0.001 0.006 0.281 27 H 0.077 0.021 0.005 0.080 0.034 0.063 0.069 0.001 0.001 0.010 0.641 28 L 0.063 0.045 0.004 0.324 0.142 0.173 0.050 0.002 0.001 0.004 0.193 29 V 0.029 0.028 0.004 0.206 0.184 0.241 0.066 0.001 0.001 0.004 0.236 30 L 0.017 0.036 0.002 0.206 0.200 0.310 0.054 0.002 0.001 0.003 0.170 31 D 0.028 0.049 0.002 0.141 0.157 0.355 0.084 0.004 0.001 0.005 0.176 32 Q 0.028 0.050 0.004 0.042 0.064 0.092 0.108 0.004 0.001 0.007 0.601 33 N 0.060 0.023 0.004 0.033 0.046 0.072 0.317 0.006 0.001 0.032 0.405 34 M 0.252 0.040 0.069 0.053 0.040 0.063 0.168 0.004 0.001 0.041 0.268 35 S 0.035 0.054 0.009 0.103 0.165 0.100 0.188 0.003 0.001 0.006 0.337 36 I 0.031 0.044 0.009 0.050 0.094 0.135 0.133 0.001 0.001 0.007 0.496 37 L 0.023 0.088 0.003 0.121 0.197 0.351 0.085 0.001 0.001 0.003 0.127 38 E 0.009 0.058 0.001 0.051 0.064 0.120 0.090 0.002 0.001 0.003 0.601 39 G 0.037 0.068 0.002 0.042 0.108 0.132 0.120 0.005 0.001 0.013 0.474 40 S 0.270 0.085 0.015 0.026 0.024 0.040 0.137 0.004 0.001 0.020 0.378 41 L 0.053 0.069 0.010 0.050 0.074 0.068 0.104 0.007 0.001 0.007 0.558 42 G 0.086 0.035 0.009 0.059 0.091 0.104 0.097 0.007 0.001 0.014 0.499 43 V 0.174 0.070 0.071 0.035 0.057 0.122 0.067 0.003 0.001 0.011 0.390 44 I 0.018 0.029 0.004 0.123 0.261 0.286 0.054 0.003 0.001 0.002 0.220 45 P 0.003 0.002 0.001 0.012 0.012 0.020 0.006 0.001 0.001 0.001 0.943 46 R 0.014 0.004 0.002 0.209 0.190 0.387 0.044 0.001 0.001 0.005 0.145 47 R 0.052 0.005 0.004 0.254 0.153 0.220 0.044 0.001 0.001 0.007 0.259 48 V 0.014 0.005 0.002 0.349 0.221 0.254 0.027 0.001 0.001 0.002 0.125 49 L 0.005 0.003 0.001 0.337 0.198 0.334 0.032 0.001 0.001 0.001 0.088 50 V 0.005 0.005 0.001 0.379 0.173 0.275 0.035 0.001 0.001 0.002 0.124 51 H 0.010 0.006 0.003 0.225 0.139 0.251 0.099 0.001 0.001 0.004 0.263 52 E 0.008 0.003 0.003 0.073 0.037 0.070 0.093 0.001 0.001 0.004 0.710 53 D 0.005 0.002 0.001 0.028 0.015 0.032 0.235 0.001 0.001 0.006 0.676 54 D 0.052 0.005 0.001 0.008 0.007 0.010 0.474 0.001 0.001 0.021 0.422 55 L 0.311 0.069 0.003 0.012 0.008 0.007 0.200 0.002 0.001 0.028 0.360 56 A 0.084 0.198 0.004 0.003 0.003 0.005 0.265 0.001 0.001 0.012 0.424 57 G 0.053 0.244 0.003 0.003 0.006 0.008 0.148 0.003 0.001 0.005 0.528 58 A 0.070 0.697 0.004 0.004 0.006 0.026 0.027 0.003 0.001 0.005 0.158 59 R 0.018 0.811 0.001 0.005 0.016 0.047 0.021 0.010 0.001 0.002 0.068 60 R 0.029 0.864 0.001 0.001 0.004 0.008 0.003 0.005 0.001 0.001 0.084 61 L 0.020 0.943 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 0.025 62 L 0.028 0.927 0.002 0.002 0.004 0.009 0.003 0.005 0.001 0.001 0.020 63 T 0.015 0.892 0.005 0.007 0.010 0.023 0.006 0.010 0.001 0.001 0.032 64 D 0.066 0.822 0.003 0.004 0.004 0.007 0.005 0.021 0.001 0.001 0.066 65 A 0.117 0.703 0.010 0.005 0.005 0.006 0.021 0.032 0.001 0.001 0.101 66 G 0.241 0.218 0.036 0.009 0.010 0.011 0.143 0.084 0.001 0.017 0.230 67 L 0.122 0.113 0.498 0.009 0.005 0.008 0.073 0.005 0.001 0.004 0.161 68 A 0.011 0.070 0.008 0.022 0.010 0.017 0.038 0.003 0.001 0.001 0.820 69 H 0.062 0.069 0.005 0.020 0.021 0.032 0.079 0.003 0.001 0.006 0.703 70 E 0.262 0.132 0.003 0.012 0.016 0.020 0.060 0.008 0.001 0.005 0.480 71 L 0.246 0.222 0.009 0.041 0.047 0.066 0.058 0.015 0.001 0.007 0.289 72 R 0.163 0.123 0.011 0.041 0.053 0.097 0.087 0.013 0.001 0.008 0.402 73 S 0.185 0.081 0.014 0.035 0.043 0.063 0.101 0.014 0.001 0.007 0.455 74 D 0.095 0.036 0.010 0.021 0.015 0.017 0.110 0.008 0.001 0.006 0.683 75 D 0.059 0.017 0.007 0.010 0.006 0.007 0.305 0.003 0.001 0.014 0.573