# TARGET T0349 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0349.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 31 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.991 2 R 0.284 0.025 0.015 0.140 0.005 0.020 0.511 3 E 0.491 0.007 0.026 0.103 0.073 0.025 0.276 4 L 0.573 0.012 0.044 0.134 0.041 0.025 0.172 5 L 0.640 0.021 0.023 0.112 0.064 0.015 0.124 6 R 0.484 0.008 0.027 0.135 0.054 0.049 0.243 7 T 0.160 0.012 0.016 0.065 0.195 0.137 0.415 8 N 0.054 0.008 0.001 0.026 0.623 0.046 0.243 9 D 0.021 0.005 0.001 0.046 0.333 0.017 0.577 10 A 0.001 0.001 0.009 0.968 0.007 0.009 0.005 11 V 0.001 0.001 0.009 0.976 0.003 0.008 0.003 12 L 0.001 0.001 0.005 0.989 0.001 0.003 0.001 13 L 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.003 0.002 14 S 0.001 0.001 0.001 0.984 0.002 0.008 0.003 15 A 0.002 0.001 0.001 0.984 0.003 0.007 0.002 16 V 0.001 0.001 0.001 0.988 0.004 0.004 0.003 17 G 0.002 0.001 0.002 0.984 0.003 0.006 0.003 18 A 0.002 0.001 0.004 0.965 0.004 0.016 0.008 19 L 0.002 0.001 0.008 0.939 0.005 0.035 0.009 20 L 0.004 0.002 0.016 0.824 0.016 0.119 0.019 21 D 0.004 0.002 0.022 0.562 0.019 0.355 0.035 22 G 0.007 0.004 0.051 0.249 0.120 0.298 0.271 23 A 0.008 0.007 0.075 0.143 0.178 0.488 0.101 24 D 0.019 0.005 0.048 0.023 0.126 0.606 0.174 25 I 0.163 0.012 0.014 0.008 0.102 0.024 0.677 26 G 0.447 0.004 0.006 0.008 0.246 0.022 0.267 27 H 0.900 0.009 0.006 0.008 0.017 0.008 0.053 28 L 0.950 0.003 0.002 0.007 0.004 0.003 0.031 29 V 0.933 0.002 0.002 0.009 0.008 0.004 0.043 30 L 0.799 0.009 0.006 0.020 0.020 0.008 0.137 31 D 0.267 0.008 0.024 0.032 0.088 0.047 0.533 32 Q 0.057 0.006 0.085 0.076 0.152 0.391 0.232 33 N 0.046 0.013 0.087 0.075 0.193 0.440 0.146 34 M 0.061 0.013 0.139 0.170 0.170 0.155 0.292 35 S 0.067 0.025 0.093 0.225 0.119 0.083 0.387 36 I 0.055 0.014 0.182 0.434 0.069 0.184 0.063 37 L 0.073 0.026 0.116 0.480 0.045 0.181 0.079 38 E 0.056 0.014 0.091 0.483 0.051 0.226 0.079 39 G 0.069 0.008 0.066 0.276 0.122 0.306 0.153 40 S 0.072 0.021 0.073 0.188 0.128 0.180 0.338 41 L 0.031 0.016 0.190 0.117 0.135 0.361 0.151 42 G 0.033 0.008 0.107 0.063 0.182 0.404 0.203 43 V 0.055 0.074 0.057 0.053 0.203 0.148 0.411 44 I 0.070 0.051 0.008 0.027 0.178 0.027 0.639 45 P 0.057 0.006 0.022 0.044 0.112 0.065 0.693 46 R 0.158 0.008 0.070 0.066 0.295 0.112 0.290 47 R 0.589 0.053 0.064 0.036 0.051 0.040 0.167 48 V 0.686 0.007 0.034 0.026 0.033 0.046 0.169 49 L 0.796 0.013 0.009 0.006 0.041 0.038 0.096 50 V 0.396 0.039 0.003 0.002 0.119 0.007 0.435 51 H 0.092 0.005 0.001 0.001 0.051 0.003 0.846 52 E 0.004 0.002 0.316 0.434 0.071 0.129 0.046 53 D 0.002 0.004 0.307 0.458 0.077 0.125 0.028 54 D 0.001 0.001 0.177 0.665 0.037 0.066 0.052 55 L 0.001 0.001 0.013 0.943 0.011 0.013 0.018 56 A 0.001 0.001 0.003 0.969 0.004 0.018 0.005 57 G 0.001 0.001 0.003 0.980 0.002 0.012 0.003 58 A 0.001 0.001 0.001 0.993 0.002 0.003 0.001 59 R 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 60 R 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 61 L 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.007 0.001 62 L 0.001 0.001 0.001 0.988 0.002 0.008 0.001 63 T 0.001 0.001 0.008 0.955 0.002 0.033 0.002 64 D 0.001 0.001 0.015 0.879 0.006 0.096 0.004 65 A 0.001 0.001 0.020 0.360 0.038 0.567 0.014 66 G 0.001 0.002 0.007 0.029 0.032 0.890 0.039 67 L 0.007 0.016 0.022 0.043 0.102 0.044 0.766 68 A 0.032 0.023 0.127 0.083 0.089 0.061 0.585 69 H 0.050 0.006 0.448 0.141 0.072 0.124 0.160 70 E 0.060 0.014 0.425 0.167 0.084 0.110 0.140 71 L 0.072 0.024 0.205 0.198 0.144 0.119 0.238 72 R 0.059 0.015 0.069 0.161 0.181 0.104 0.411 73 S 0.025 0.010 0.062 0.170 0.159 0.216 0.358 74 D 0.019 0.011 0.038 0.139 0.023 0.171 0.600 75 D 0.001 0.001 0.002 0.006 0.002 0.002 0.988