# TARGET T0349 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0349.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6.4883 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.581 0.061 0.132 0.132 0.022 0.020 0.025 0.013 0.010 0.003 0.001 2 R 0.833 0.047 0.061 0.034 0.006 0.006 0.005 0.001 0.005 0.002 0.001 3 E 0.721 0.073 0.153 0.018 0.006 0.014 0.004 0.001 0.011 0.001 0.001 4 L 0.777 0.031 0.125 0.038 0.001 0.021 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 5 L 0.566 0.178 0.112 0.072 0.024 0.026 0.003 0.001 0.017 0.001 0.001 6 R 0.351 0.161 0.145 0.220 0.036 0.038 0.019 0.006 0.020 0.004 0.001 7 T 0.312 0.255 0.194 0.122 0.070 0.017 0.004 0.002 0.018 0.005 0.001 8 N 0.456 0.023 0.036 0.388 0.016 0.024 0.029 0.014 0.009 0.005 0.001 9 D 0.073 0.230 0.267 0.078 0.087 0.093 0.043 0.002 0.123 0.004 0.001 10 A 0.777 0.036 0.082 0.066 0.005 0.015 0.005 0.005 0.002 0.002 0.004 11 V 0.844 0.088 0.038 0.009 0.008 0.005 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 12 L 0.888 0.031 0.047 0.007 0.001 0.021 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 13 L 0.968 0.008 0.007 0.008 0.001 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 14 S 0.969 0.010 0.006 0.008 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 A 0.974 0.004 0.002 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 V 0.971 0.006 0.003 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 G 0.976 0.003 0.003 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 A 0.971 0.004 0.005 0.017 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 L 0.932 0.003 0.007 0.052 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 L 0.643 0.048 0.070 0.201 0.004 0.014 0.005 0.001 0.014 0.001 0.001 21 D 0.294 0.035 0.195 0.332 0.011 0.020 0.093 0.005 0.012 0.004 0.001 22 G 0.135 0.007 0.031 0.071 0.018 0.004 0.156 0.531 0.003 0.042 0.001 23 A 0.186 0.134 0.479 0.071 0.081 0.014 0.011 0.008 0.006 0.012 0.001 24 D 0.135 0.108 0.253 0.210 0.058 0.119 0.060 0.016 0.033 0.006 0.003 25 I 0.162 0.336 0.318 0.065 0.038 0.040 0.008 0.001 0.030 0.001 0.001 26 G 0.540 0.049 0.065 0.276 0.029 0.009 0.009 0.011 0.003 0.008 0.001 27 H 0.054 0.612 0.079 0.049 0.170 0.010 0.008 0.001 0.015 0.001 0.001 28 L 0.027 0.688 0.171 0.008 0.033 0.027 0.003 0.001 0.042 0.001 0.001 29 V 0.033 0.715 0.155 0.004 0.015 0.036 0.001 0.001 0.041 0.001 0.001 30 L 0.078 0.355 0.316 0.029 0.030 0.136 0.008 0.001 0.044 0.002 0.002 31 D 0.092 0.261 0.250 0.059 0.062 0.145 0.016 0.003 0.106 0.005 0.002 32 Q 0.649 0.089 0.085 0.085 0.032 0.018 0.025 0.003 0.007 0.005 0.001 33 N 0.283 0.044 0.051 0.395 0.015 0.057 0.111 0.014 0.028 0.002 0.001 34 M 0.148 0.329 0.226 0.102 0.101 0.025 0.032 0.010 0.023 0.003 0.001 35 S 0.239 0.304 0.276 0.033 0.074 0.032 0.014 0.004 0.013 0.010 0.001 36 I 0.266 0.475 0.123 0.040 0.037 0.029 0.003 0.002 0.024 0.001 0.001 37 L 0.290 0.344 0.171 0.055 0.026 0.055 0.010 0.001 0.045 0.001 0.001 38 E 0.206 0.212 0.378 0.070 0.023 0.057 0.018 0.003 0.029 0.002 0.001 39 G 0.280 0.041 0.084 0.054 0.147 0.007 0.090 0.158 0.004 0.134 0.001 40 S 0.440 0.148 0.152 0.119 0.062 0.035 0.014 0.006 0.016 0.007 0.002 41 L 0.237 0.154 0.163 0.348 0.033 0.014 0.029 0.005 0.015 0.003 0.001 42 G 0.123 0.025 0.084 0.052 0.119 0.011 0.120 0.284 0.005 0.178 0.001 43 V 0.170 0.389 0.213 0.135 0.036 0.032 0.005 0.001 0.017 0.002 0.001 44 I 0.038 0.291 0.378 0.006 0.022 0.046 0.027 0.001 0.189 0.001 0.001 45 P 0.138 0.009 0.792 0.009 0.001 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 46 R 0.160 0.423 0.233 0.050 0.067 0.027 0.014 0.003 0.021 0.001 0.001 47 R 0.079 0.445 0.338 0.016 0.035 0.037 0.009 0.001 0.039 0.001 0.002 48 V 0.075 0.535 0.284 0.020 0.016 0.039 0.002 0.001 0.028 0.001 0.001 49 L 0.034 0.493 0.319 0.012 0.026 0.087 0.004 0.001 0.024 0.001 0.001 50 V 0.025 0.592 0.235 0.033 0.021 0.057 0.001 0.001 0.035 0.001 0.001 51 H 0.008 0.213 0.565 0.005 0.042 0.103 0.002 0.001 0.058 0.004 0.001 52 E 0.941 0.003 0.008 0.035 0.003 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 53 D 0.781 0.002 0.006 0.198 0.002 0.004 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 54 D 0.413 0.016 0.035 0.373 0.011 0.052 0.012 0.002 0.085 0.001 0.001 55 L 0.889 0.004 0.014 0.080 0.001 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 56 A 0.948 0.001 0.019 0.024 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 57 G 0.951 0.001 0.003 0.024 0.002 0.001 0.002 0.013 0.001 0.003 0.001 58 A 0.991 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 R 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 R 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 L 0.995 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 L 0.983 0.001 0.002 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 T 0.961 0.005 0.006 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 D 0.887 0.006 0.014 0.083 0.002 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 65 A 0.387 0.010 0.051 0.525 0.007 0.002 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 66 G 0.104 0.002 0.019 0.027 0.011 0.004 0.281 0.485 0.004 0.062 0.001 67 L 0.327 0.134 0.380 0.057 0.017 0.059 0.006 0.001 0.015 0.003 0.001 68 A 0.611 0.054 0.177 0.095 0.009 0.033 0.010 0.003 0.005 0.002 0.001 69 H 0.674 0.086 0.073 0.092 0.040 0.009 0.013 0.003 0.008 0.002 0.001 70 E 0.673 0.066 0.137 0.066 0.014 0.017 0.010 0.001 0.014 0.001 0.001 71 L 0.475 0.096 0.157 0.220 0.008 0.030 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 72 R 0.221 0.238 0.242 0.146 0.041 0.049 0.015 0.003 0.042 0.004 0.001 73 S 0.184 0.146 0.357 0.140 0.065 0.037 0.014 0.011 0.021 0.024 0.001 74 D 0.379 0.084 0.146 0.222 0.032 0.041 0.043 0.013 0.030 0.007 0.001 75 D 0.383 0.055 0.113 0.303 0.020 0.036 0.055 0.012 0.019 0.004 0.001