# TARGET T0349 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0349.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.88375 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.016 0.002 0.034 0.393 0.099 0.457 2 R 0.045 0.004 0.112 0.604 0.091 0.144 3 E 0.059 0.006 0.088 0.653 0.104 0.091 4 L 0.093 0.017 0.072 0.631 0.087 0.101 5 L 0.086 0.012 0.026 0.653 0.094 0.128 6 R 0.069 0.007 0.021 0.446 0.235 0.222 7 T 0.032 0.008 0.007 0.349 0.234 0.370 8 N 0.015 0.010 0.002 0.151 0.202 0.619 9 D 0.008 0.004 0.004 0.603 0.119 0.262 10 A 0.002 0.001 0.002 0.964 0.016 0.016 11 V 0.003 0.001 0.002 0.985 0.005 0.004 12 L 0.004 0.001 0.003 0.990 0.002 0.002 13 L 0.004 0.001 0.006 0.987 0.002 0.001 14 S 0.007 0.001 0.008 0.979 0.004 0.002 15 A 0.007 0.001 0.008 0.977 0.005 0.002 16 V 0.005 0.001 0.005 0.982 0.006 0.002 17 G 0.003 0.001 0.010 0.976 0.008 0.002 18 A 0.002 0.001 0.014 0.968 0.011 0.004 19 L 0.001 0.001 0.013 0.958 0.016 0.011 20 L 0.001 0.003 0.014 0.928 0.038 0.017 21 D 0.002 0.002 0.024 0.764 0.130 0.078 22 G 0.001 0.002 0.057 0.208 0.437 0.295 23 A 0.004 0.003 0.128 0.088 0.507 0.269 24 D 0.019 0.009 0.048 0.023 0.396 0.505 25 I 0.067 0.014 0.036 0.075 0.398 0.410 26 G 0.160 0.007 0.020 0.088 0.267 0.459 27 H 0.604 0.011 0.021 0.111 0.103 0.149 28 L 0.856 0.009 0.011 0.052 0.033 0.039 29 V 0.883 0.007 0.013 0.041 0.026 0.030 30 L 0.774 0.016 0.013 0.049 0.056 0.091 31 D 0.339 0.012 0.036 0.043 0.486 0.084 32 Q 0.038 0.002 0.111 0.072 0.734 0.042 33 N 0.017 0.002 0.112 0.073 0.740 0.055 34 M 0.105 0.016 0.083 0.062 0.673 0.061 35 S 0.332 0.025 0.060 0.122 0.205 0.255 36 I 0.544 0.045 0.063 0.105 0.108 0.134 37 L 0.627 0.023 0.037 0.098 0.109 0.106 38 E 0.629 0.009 0.020 0.079 0.121 0.142 39 G 0.401 0.012 0.041 0.098 0.228 0.220 40 S 0.326 0.020 0.072 0.122 0.247 0.213 41 L 0.354 0.014 0.143 0.136 0.239 0.114 42 G 0.349 0.021 0.096 0.110 0.277 0.147 43 V 0.463 0.024 0.056 0.077 0.224 0.156 44 I 0.432 0.021 0.034 0.054 0.271 0.188 45 P 0.379 0.011 0.066 0.072 0.292 0.180 46 R 0.370 0.009 0.149 0.089 0.238 0.145 47 R 0.419 0.010 0.211 0.118 0.149 0.092 48 V 0.598 0.021 0.102 0.106 0.088 0.085 49 L 0.494 0.032 0.036 0.086 0.135 0.218 50 V 0.374 0.038 0.013 0.045 0.158 0.373 51 H 0.138 0.015 0.008 0.026 0.326 0.487 52 E 0.010 0.002 0.218 0.409 0.285 0.076 53 D 0.008 0.003 0.230 0.449 0.246 0.064 54 D 0.005 0.005 0.200 0.601 0.142 0.046 55 L 0.001 0.001 0.031 0.940 0.020 0.009 56 A 0.001 0.001 0.014 0.970 0.012 0.004 57 G 0.001 0.001 0.015 0.970 0.012 0.003 58 A 0.001 0.001 0.009 0.977 0.009 0.004 59 R 0.001 0.001 0.008 0.983 0.005 0.003 60 R 0.001 0.001 0.007 0.980 0.007 0.004 61 L 0.001 0.001 0.004 0.982 0.006 0.007 62 L 0.001 0.001 0.006 0.979 0.008 0.005 63 T 0.001 0.001 0.011 0.962 0.013 0.011 64 D 0.001 0.001 0.021 0.928 0.032 0.016 65 A 0.001 0.001 0.026 0.903 0.025 0.045 66 G 0.001 0.001 0.004 0.019 0.071 0.906 67 L 0.005 0.011 0.009 0.025 0.125 0.826 68 A 0.020 0.014 0.029 0.059 0.216 0.662 69 H 0.023 0.011 0.215 0.217 0.259 0.274 70 E 0.036 0.008 0.228 0.308 0.234 0.186 71 L 0.053 0.009 0.214 0.294 0.254 0.176 72 R 0.047 0.015 0.068 0.254 0.241 0.375 73 S 0.031 0.011 0.033 0.127 0.238 0.560 74 D 0.010 0.004 0.005 0.032 0.132 0.816 75 D 0.003 0.001 0.001 0.003 0.032 0.961