# TARGET T0349 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0349.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.88375 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.034 0.829 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.037 0.008 0.078 2 R 0.040 0.673 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.068 0.025 0.178 3 E 0.043 0.178 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.448 0.068 0.218 4 L 0.038 0.167 0.125 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.347 0.103 0.196 5 L 0.177 0.220 0.015 0.005 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.060 0.092 0.368 6 R 0.107 0.142 0.026 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.076 0.073 0.525 7 T 0.013 0.307 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.061 0.110 0.469 8 N 0.021 0.724 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.039 0.042 0.161 9 D 0.010 0.929 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.009 0.039 10 A 0.006 0.419 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.519 0.010 0.035 11 V 0.003 0.806 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.142 0.009 0.025 12 L 0.009 0.924 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.013 0.004 0.032 13 L 0.007 0.826 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.093 0.007 0.049 14 S 0.010 0.830 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.033 0.018 0.092 15 A 0.039 0.823 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.017 0.011 0.098 16 V 0.058 0.858 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.024 0.007 0.042 17 G 0.078 0.528 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.139 0.049 0.178 18 A 0.193 0.181 0.046 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.130 0.093 0.343 19 L 0.166 0.049 0.007 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.093 0.188 0.467 20 L 0.086 0.007 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.112 0.157 0.602 21 D 0.067 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.048 0.095 0.766 22 G 0.200 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.054 0.088 0.633 23 A 0.016 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.028 0.164 0.724 24 D 0.050 0.064 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.120 0.050 0.099 0.613 25 I 0.092 0.102 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.080 0.049 0.111 0.557 26 G 0.033 0.184 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.004 0.242 0.052 0.077 0.389 27 H 0.032 0.083 0.004 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.309 0.080 0.071 0.407 28 L 0.045 0.080 0.007 0.002 0.002 0.011 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.367 0.080 0.063 0.324 29 V 0.048 0.045 0.024 0.002 0.132 0.075 0.024 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.160 0.125 0.076 0.280 30 L 0.015 0.040 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.285 0.059 0.096 0.489 31 D 0.426 0.034 0.016 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.065 0.135 0.066 0.254 32 Q 0.020 0.044 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.113 0.044 0.150 0.621 33 N 0.032 0.059 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.132 0.041 0.109 0.618 34 M 0.042 0.100 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.073 0.004 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.206 0.092 0.113 0.347 35 S 0.041 0.114 0.014 0.001 0.002 0.001 0.006 0.002 0.003 0.059 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.337 0.098 0.079 0.237 36 I 0.050 0.056 0.008 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.018 0.001 0.036 0.005 0.003 0.002 0.280 0.092 0.097 0.343 37 L 0.052 0.092 0.008 0.003 0.008 0.008 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.017 0.001 0.004 0.291 0.140 0.089 0.270 38 E 0.035 0.055 0.013 0.003 0.002 0.004 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.010 0.002 0.244 0.063 0.122 0.437 39 G 0.140 0.061 0.011 0.002 0.016 0.006 0.004 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.200 0.075 0.103 0.365 40 S 0.124 0.059 0.005 0.003 0.001 0.001 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.196 0.083 0.111 0.399 41 L 0.122 0.018 0.003 0.002 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.129 0.040 0.128 0.544 42 G 0.005 0.017 0.005 0.001 0.030 0.004 0.002 0.001 0.005 0.002 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.276 0.036 0.123 0.481 43 V 0.007 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.176 0.034 0.127 0.620 44 I 0.164 0.072 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.005 0.006 0.002 0.008 0.002 0.002 0.001 0.170 0.117 0.091 0.307 45 P 0.068 0.024 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.073 0.063 0.108 0.645 46 R 0.038 0.039 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.002 0.031 0.010 0.008 0.004 0.315 0.118 0.055 0.367 47 R 0.017 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.002 0.004 0.011 0.002 0.006 0.002 0.006 0.357 0.058 0.065 0.440 48 V 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.005 0.003 0.794 0.024 0.023 0.136 49 L 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.003 0.001 0.016 0.003 0.004 0.003 0.351 0.023 0.097 0.488 50 V 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.708 0.013 0.049 0.217 51 H 0.415 0.295 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.063 0.027 0.178 52 E 0.159 0.456 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.048 0.032 0.297 53 D 0.020 0.414 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.056 0.042 0.462 54 D 0.016 0.889 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.006 0.059 55 L 0.025 0.900 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.003 0.030 56 A 0.004 0.910 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.004 0.042 57 G 0.012 0.918 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.003 0.047 58 A 0.013 0.927 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.003 0.027 59 R 0.011 0.111 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.817 0.014 0.044 60 R 0.012 0.661 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.173 0.042 0.103 61 L 0.061 0.619 0.020 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.093 0.045 0.149 62 L 0.062 0.093 0.409 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.267 0.040 0.121 63 T 0.507 0.033 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.038 0.065 0.349 64 D 0.077 0.046 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.045 0.085 0.735 65 A 0.020 0.031 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.039 0.175 0.711 66 G 0.039 0.121 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.056 0.113 0.644 67 L 0.083 0.200 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.061 0.098 0.530 68 A 0.172 0.239 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.077 0.071 0.395 69 H 0.165 0.086 0.004 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.125 0.084 0.497 70 E 0.055 0.046 0.006 0.002 0.003 0.005 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.107 0.090 0.641 71 L 0.083 0.011 0.003 0.003 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.064 0.082 0.719 72 R 0.056 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.031 0.073 0.808 73 S 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.016 0.075 0.881 74 D 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.020 0.100 0.850 75 D 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.026 0.115 0.821