# TARGET T0349 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0349.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.88375 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.056 0.209 0.009 0.050 0.023 0.046 0.091 0.012 0.002 0.049 0.452 2 R 0.044 0.082 0.003 0.026 0.059 0.073 0.111 0.008 0.001 0.081 0.513 3 E 0.035 0.044 0.003 0.211 0.092 0.137 0.075 0.005 0.001 0.135 0.263 4 L 0.028 0.009 0.004 0.187 0.049 0.074 0.113 0.002 0.001 0.126 0.408 5 L 0.015 0.008 0.003 0.326 0.090 0.098 0.101 0.002 0.002 0.065 0.289 6 R 0.130 0.038 0.003 0.126 0.031 0.057 0.099 0.004 0.002 0.059 0.452 7 T 0.063 0.066 0.002 0.050 0.016 0.033 0.132 0.011 0.001 0.066 0.559 8 N 0.022 0.339 0.001 0.015 0.004 0.010 0.082 0.004 0.001 0.060 0.462 9 D 0.013 0.804 0.001 0.016 0.007 0.012 0.024 0.002 0.001 0.036 0.085 10 A 0.007 0.533 0.001 0.021 0.021 0.024 0.019 0.001 0.001 0.304 0.070 11 V 0.002 0.871 0.001 0.006 0.009 0.007 0.005 0.001 0.001 0.069 0.027 12 L 0.004 0.929 0.001 0.003 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.043 0.013 13 L 0.003 0.792 0.002 0.004 0.003 0.004 0.003 0.001 0.001 0.175 0.013 14 S 0.004 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.013 0.011 15 A 0.004 0.963 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.007 0.013 16 V 0.019 0.932 0.004 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 0.001 0.008 0.019 17 G 0.057 0.701 0.003 0.003 0.001 0.002 0.018 0.005 0.002 0.088 0.120 18 A 0.065 0.179 0.085 0.006 0.002 0.003 0.085 0.010 0.045 0.268 0.252 19 L 0.216 0.142 0.032 0.014 0.003 0.005 0.116 0.016 0.019 0.106 0.332 20 L 0.166 0.044 0.021 0.012 0.003 0.005 0.098 0.008 0.021 0.064 0.558 21 D 0.124 0.038 0.002 0.007 0.002 0.005 0.118 0.006 0.001 0.034 0.662 22 G 0.103 0.024 0.003 0.011 0.002 0.008 0.093 0.004 0.002 0.048 0.703 23 A 0.048 0.031 0.003 0.028 0.017 0.034 0.141 0.005 0.001 0.049 0.643 24 D 0.042 0.066 0.002 0.059 0.017 0.050 0.110 0.004 0.001 0.045 0.604 25 I 0.040 0.085 0.003 0.091 0.074 0.079 0.098 0.008 0.001 0.053 0.468 26 G 0.035 0.050 0.002 0.197 0.119 0.154 0.079 0.006 0.001 0.064 0.293 27 H 0.016 0.034 0.002 0.169 0.112 0.190 0.079 0.003 0.001 0.048 0.346 28 L 0.018 0.021 0.003 0.279 0.114 0.173 0.078 0.003 0.001 0.061 0.249 29 V 0.063 0.012 0.006 0.133 0.131 0.155 0.093 0.003 0.003 0.128 0.270 30 L 0.036 0.016 0.003 0.126 0.062 0.109 0.113 0.005 0.002 0.065 0.462 31 D 0.210 0.066 0.005 0.043 0.025 0.044 0.107 0.006 0.004 0.088 0.404 32 Q 0.059 0.122 0.005 0.050 0.023 0.033 0.118 0.006 0.002 0.058 0.523 33 N 0.045 0.195 0.002 0.023 0.028 0.048 0.108 0.009 0.001 0.044 0.498 34 M 0.051 0.232 0.004 0.045 0.058 0.058 0.090 0.014 0.001 0.075 0.371 35 S 0.080 0.293 0.005 0.063 0.040 0.065 0.090 0.010 0.002 0.084 0.269 36 I 0.056 0.059 0.005 0.074 0.045 0.069 0.069 0.005 0.001 0.382 0.234 37 L 0.060 0.132 0.011 0.118 0.043 0.072 0.091 0.007 0.005 0.195 0.266 38 E 0.145 0.110 0.018 0.083 0.033 0.063 0.112 0.009 0.007 0.104 0.315 39 G 0.071 0.054 0.010 0.084 0.050 0.111 0.120 0.012 0.005 0.084 0.399 40 S 0.098 0.062 0.002 0.027 0.033 0.085 0.116 0.009 0.001 0.080 0.487 41 L 0.067 0.011 0.006 0.036 0.034 0.069 0.131 0.005 0.003 0.101 0.537 42 G 0.031 0.010 0.004 0.048 0.071 0.148 0.136 0.004 0.002 0.071 0.474 43 V 0.041 0.003 0.004 0.040 0.040 0.080 0.116 0.002 0.002 0.069 0.603 44 I 0.052 0.005 0.003 0.100 0.104 0.112 0.140 0.007 0.001 0.096 0.380 45 P 0.061 0.007 0.001 0.087 0.031 0.066 0.140 0.004 0.001 0.069 0.533 46 R 0.008 0.003 0.001 0.110 0.096 0.140 0.109 0.005 0.001 0.048 0.479 47 R 0.004 0.004 0.001 0.240 0.111 0.233 0.064 0.002 0.001 0.045 0.298 48 V 0.002 0.001 0.001 0.277 0.143 0.178 0.057 0.001 0.001 0.038 0.303 49 L 0.002 0.001 0.001 0.475 0.182 0.149 0.036 0.001 0.001 0.030 0.123 50 V 0.007 0.012 0.002 0.320 0.075 0.101 0.067 0.001 0.001 0.032 0.383 51 H 0.272 0.365 0.003 0.046 0.011 0.017 0.041 0.023 0.002 0.020 0.201 52 E 0.137 0.362 0.004 0.013 0.001 0.003 0.039 0.009 0.002 0.073 0.356 53 D 0.023 0.275 0.014 0.008 0.003 0.004 0.058 0.003 0.005 0.168 0.438 54 D 0.066 0.710 0.002 0.001 0.004 0.003 0.019 0.015 0.001 0.071 0.108 55 L 0.052 0.806 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 0.007 0.001 0.041 0.083 56 A 0.016 0.845 0.002 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.039 0.079 57 G 0.002 0.950 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.011 0.027 58 A 0.006 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.002 0.008 59 R 0.009 0.461 0.001 0.003 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.491 0.026 60 R 0.004 0.871 0.004 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.078 0.032 61 L 0.038 0.823 0.016 0.001 0.001 0.001 0.009 0.014 0.003 0.056 0.039 62 L 0.040 0.099 0.378 0.002 0.001 0.001 0.012 0.014 0.328 0.067 0.059 63 T 0.548 0.129 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.008 0.001 0.011 0.271 64 D 0.097 0.069 0.005 0.004 0.001 0.003 0.045 0.009 0.005 0.030 0.731 65 A 0.052 0.063 0.008 0.010 0.002 0.006 0.144 0.003 0.002 0.022 0.689 66 G 0.027 0.053 0.005 0.014 0.006 0.016 0.092 0.002 0.002 0.029 0.755 67 L 0.100 0.058 0.002 0.010 0.029 0.020 0.127 0.014 0.001 0.060 0.578 68 A 0.151 0.105 0.002 0.040 0.012 0.030 0.115 0.012 0.002 0.071 0.459 69 H 0.103 0.029 0.003 0.037 0.028 0.064 0.103 0.007 0.001 0.058 0.567 70 E 0.027 0.021 0.003 0.053 0.037 0.094 0.118 0.003 0.001 0.048 0.596 71 L 0.052 0.013 0.006 0.040 0.040 0.061 0.088 0.004 0.002 0.046 0.647 72 R 0.187 0.013 0.002 0.021 0.025 0.029 0.090 0.007 0.002 0.058 0.566 73 S 0.055 0.005 0.001 0.006 0.010 0.014 0.085 0.004 0.001 0.027 0.794 74 D 0.027 0.006 0.001 0.008 0.009 0.015 0.094 0.003 0.001 0.021 0.817 75 D 0.040 0.010 0.001 0.012 0.026 0.030 0.123 0.007 0.001 0.038 0.713