# TARGET T0349 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0349.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.88375 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.558 0.182 0.097 0.082 0.052 0.025 0.003 2 R 0.453 0.232 0.161 0.096 0.042 0.014 0.002 3 E 0.533 0.261 0.114 0.058 0.023 0.009 0.002 4 L 0.267 0.160 0.154 0.161 0.128 0.101 0.030 5 L 0.190 0.138 0.142 0.169 0.167 0.151 0.042 6 R 0.306 0.214 0.160 0.127 0.093 0.073 0.029 7 T 0.323 0.153 0.104 0.120 0.123 0.123 0.055 8 N 0.253 0.166 0.144 0.142 0.131 0.114 0.050 9 D 0.270 0.197 0.152 0.145 0.115 0.086 0.036 10 A 0.205 0.138 0.140 0.173 0.155 0.124 0.066 11 V 0.080 0.064 0.079 0.124 0.174 0.278 0.201 12 L 0.033 0.034 0.046 0.089 0.156 0.305 0.336 13 L 0.037 0.031 0.052 0.093 0.165 0.284 0.337 14 S 0.034 0.035 0.051 0.098 0.174 0.318 0.290 15 A 0.023 0.025 0.041 0.076 0.120 0.281 0.434 16 V 0.007 0.006 0.010 0.030 0.104 0.421 0.422 17 G 0.016 0.053 0.120 0.252 0.274 0.229 0.057 18 A 0.022 0.047 0.086 0.192 0.297 0.308 0.048 19 L 0.017 0.041 0.081 0.190 0.287 0.339 0.045 20 L 0.020 0.038 0.098 0.292 0.396 0.149 0.006 21 D 0.366 0.426 0.156 0.044 0.007 0.001 0.001 22 G 0.378 0.369 0.170 0.068 0.013 0.002 0.001 23 A 0.205 0.296 0.246 0.174 0.065 0.014 0.001 24 D 0.218 0.357 0.245 0.133 0.040 0.006 0.001 25 I 0.027 0.043 0.104 0.275 0.360 0.181 0.011 26 G 0.092 0.263 0.282 0.213 0.102 0.042 0.005 27 H 0.064 0.101 0.152 0.219 0.233 0.195 0.037 28 L 0.037 0.054 0.070 0.131 0.237 0.365 0.105 29 V 0.053 0.104 0.156 0.214 0.212 0.183 0.078 30 L 0.034 0.051 0.079 0.146 0.215 0.319 0.157 31 D 0.085 0.106 0.123 0.190 0.216 0.212 0.068 32 Q 0.132 0.166 0.169 0.178 0.153 0.142 0.059 33 N 0.140 0.141 0.133 0.162 0.162 0.175 0.086 34 M 0.114 0.115 0.135 0.171 0.181 0.199 0.085 35 S 0.230 0.156 0.126 0.133 0.133 0.151 0.071 36 I 0.206 0.141 0.130 0.150 0.141 0.149 0.083 37 L 0.188 0.114 0.096 0.125 0.164 0.219 0.094 38 E 0.244 0.179 0.151 0.149 0.124 0.104 0.049 39 G 0.274 0.176 0.127 0.130 0.117 0.120 0.056 40 S 0.228 0.157 0.170 0.169 0.129 0.105 0.041 41 L 0.138 0.095 0.097 0.146 0.204 0.235 0.085 42 G 0.197 0.161 0.170 0.179 0.140 0.109 0.044 43 V 0.109 0.106 0.113 0.143 0.163 0.237 0.129 44 I 0.065 0.057 0.078 0.159 0.221 0.276 0.143 45 P 0.069 0.114 0.146 0.191 0.204 0.199 0.076 46 R 0.071 0.091 0.120 0.191 0.220 0.225 0.083 47 R 0.043 0.085 0.136 0.210 0.237 0.232 0.056 48 V 0.046 0.047 0.067 0.130 0.241 0.363 0.105 49 L 0.047 0.070 0.110 0.198 0.271 0.253 0.051 50 V 0.046 0.078 0.156 0.285 0.293 0.129 0.013 51 H 0.208 0.368 0.260 0.124 0.034 0.006 0.001 52 E 0.686 0.238 0.053 0.017 0.004 0.001 0.001 53 D 0.731 0.205 0.046 0.014 0.003 0.001 0.001 54 D 0.251 0.293 0.244 0.161 0.045 0.007 0.001 55 L 0.093 0.212 0.351 0.249 0.082 0.011 0.001 56 A 0.380 0.427 0.144 0.038 0.009 0.002 0.001 57 G 0.059 0.249 0.383 0.235 0.064 0.008 0.001 58 A 0.007 0.010 0.030 0.167 0.470 0.304 0.012 59 R 0.036 0.199 0.363 0.293 0.093 0.016 0.001 60 R 0.136 0.461 0.269 0.102 0.025 0.007 0.001 61 L 0.045 0.077 0.159 0.321 0.273 0.119 0.006 62 L 0.033 0.051 0.105 0.251 0.347 0.198 0.016 63 T 0.214 0.348 0.236 0.132 0.052 0.015 0.001 64 D 0.241 0.329 0.229 0.128 0.052 0.018 0.002 65 A 0.191 0.188 0.213 0.213 0.132 0.056 0.007 66 G 0.381 0.312 0.177 0.084 0.033 0.011 0.001 67 L 0.284 0.146 0.162 0.215 0.145 0.046 0.002 68 A 0.517 0.281 0.126 0.052 0.018 0.006 0.001 69 H 0.529 0.227 0.130 0.077 0.029 0.007 0.001 70 E 0.647 0.215 0.087 0.038 0.011 0.002 0.001 71 L 0.432 0.215 0.168 0.131 0.046 0.008 0.001 72 R 0.610 0.228 0.105 0.044 0.011 0.003 0.001 73 S 0.806 0.143 0.035 0.012 0.003 0.001 0.001 74 D 0.858 0.102 0.027 0.010 0.002 0.001 0.001 75 D 0.830 0.129 0.030 0.009 0.002 0.001 0.001