# TARGET T0349 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0349.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.88375 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.106 0.064 0.078 0.124 0.165 0.155 0.115 0.080 0.057 0.033 0.014 0.006 0.002 0.001 2 R 0.162 0.128 0.137 0.162 0.144 0.097 0.069 0.045 0.027 0.015 0.008 0.004 0.001 0.001 3 E 0.255 0.148 0.123 0.131 0.113 0.078 0.050 0.043 0.029 0.016 0.009 0.003 0.002 0.001 4 L 0.057 0.039 0.051 0.107 0.148 0.155 0.138 0.132 0.084 0.049 0.022 0.012 0.005 0.002 5 L 0.050 0.038 0.055 0.105 0.138 0.162 0.155 0.119 0.085 0.049 0.024 0.014 0.006 0.002 6 R 0.133 0.113 0.132 0.163 0.139 0.114 0.078 0.055 0.038 0.017 0.010 0.005 0.002 0.001 7 T 0.129 0.084 0.088 0.123 0.137 0.144 0.100 0.072 0.058 0.033 0.019 0.008 0.003 0.001 8 N 0.105 0.104 0.111 0.147 0.166 0.130 0.095 0.062 0.042 0.020 0.011 0.004 0.002 0.001 9 D 0.111 0.098 0.117 0.138 0.141 0.126 0.106 0.073 0.046 0.023 0.012 0.005 0.003 0.002 10 A 0.085 0.055 0.069 0.094 0.138 0.174 0.149 0.092 0.065 0.036 0.021 0.012 0.006 0.004 11 V 0.069 0.034 0.047 0.071 0.102 0.138 0.162 0.110 0.102 0.061 0.050 0.029 0.017 0.007 12 L 0.042 0.027 0.041 0.080 0.105 0.142 0.181 0.133 0.112 0.064 0.037 0.021 0.011 0.006 13 L 0.052 0.030 0.036 0.052 0.084 0.126 0.142 0.145 0.128 0.075 0.062 0.040 0.020 0.008 14 S 0.079 0.056 0.061 0.098 0.108 0.135 0.133 0.121 0.087 0.062 0.029 0.016 0.010 0.004 15 A 0.022 0.026 0.038 0.082 0.138 0.169 0.204 0.151 0.087 0.049 0.017 0.011 0.004 0.003 16 V 0.009 0.008 0.020 0.032 0.071 0.158 0.231 0.240 0.135 0.059 0.024 0.008 0.004 0.001 17 G 0.030 0.073 0.131 0.181 0.263 0.154 0.077 0.048 0.026 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 18 A 0.057 0.087 0.120 0.195 0.212 0.127 0.082 0.071 0.027 0.016 0.004 0.002 0.001 0.001 19 L 0.017 0.021 0.039 0.132 0.164 0.184 0.222 0.159 0.043 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 20 L 0.032 0.039 0.078 0.140 0.175 0.180 0.176 0.091 0.061 0.019 0.006 0.002 0.001 0.001 21 D 0.347 0.267 0.182 0.107 0.049 0.026 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 G 0.272 0.208 0.175 0.136 0.115 0.053 0.019 0.007 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 23 A 0.205 0.131 0.135 0.169 0.148 0.106 0.053 0.027 0.015 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 24 D 0.305 0.208 0.142 0.118 0.111 0.057 0.028 0.013 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 25 I 0.061 0.035 0.055 0.111 0.160 0.178 0.138 0.105 0.066 0.047 0.024 0.011 0.006 0.002 26 G 0.156 0.108 0.120 0.151 0.136 0.099 0.087 0.051 0.040 0.022 0.015 0.010 0.003 0.002 27 H 0.044 0.028 0.040 0.061 0.101 0.117 0.115 0.151 0.129 0.102 0.058 0.033 0.015 0.006 28 L 0.052 0.033 0.036 0.064 0.087 0.108 0.108 0.131 0.115 0.101 0.072 0.054 0.028 0.010 29 V 0.066 0.054 0.070 0.108 0.114 0.120 0.124 0.092 0.089 0.067 0.050 0.029 0.010 0.007 30 L 0.039 0.026 0.037 0.066 0.098 0.130 0.126 0.117 0.131 0.103 0.070 0.037 0.013 0.006 31 D 0.063 0.067 0.083 0.115 0.131 0.147 0.117 0.103 0.081 0.043 0.028 0.013 0.006 0.003 32 Q 0.087 0.079 0.093 0.118 0.132 0.111 0.105 0.109 0.069 0.049 0.026 0.014 0.006 0.003 33 N 0.075 0.083 0.098 0.120 0.151 0.131 0.103 0.091 0.070 0.041 0.021 0.009 0.004 0.002 34 M 0.050 0.049 0.063 0.103 0.140 0.136 0.134 0.100 0.089 0.062 0.038 0.020 0.010 0.006 35 S 0.067 0.053 0.075 0.108 0.116 0.137 0.145 0.107 0.082 0.052 0.031 0.014 0.007 0.005 36 I 0.050 0.028 0.040 0.061 0.108 0.129 0.127 0.124 0.111 0.078 0.064 0.044 0.024 0.013 37 L 0.052 0.022 0.030 0.050 0.062 0.098 0.120 0.128 0.112 0.106 0.094 0.068 0.044 0.013 38 E 0.090 0.065 0.073 0.117 0.134 0.114 0.117 0.091 0.076 0.048 0.031 0.026 0.010 0.007 39 G 0.077 0.039 0.045 0.067 0.074 0.106 0.113 0.126 0.112 0.094 0.079 0.042 0.020 0.007 40 S 0.080 0.065 0.068 0.108 0.149 0.140 0.117 0.091 0.081 0.048 0.025 0.016 0.007 0.005 41 L 0.040 0.030 0.038 0.068 0.094 0.117 0.136 0.124 0.122 0.103 0.064 0.036 0.020 0.009 42 G 0.048 0.047 0.075 0.116 0.141 0.156 0.151 0.095 0.078 0.044 0.025 0.012 0.007 0.004 43 V 0.030 0.029 0.038 0.071 0.102 0.140 0.138 0.113 0.114 0.098 0.070 0.030 0.017 0.010 44 I 0.024 0.027 0.042 0.078 0.101 0.130 0.149 0.137 0.111 0.087 0.060 0.031 0.014 0.008 45 P 0.018 0.029 0.041 0.071 0.095 0.102 0.135 0.136 0.128 0.096 0.074 0.042 0.019 0.012 46 R 0.005 0.008 0.015 0.029 0.046 0.072 0.123 0.154 0.164 0.154 0.117 0.062 0.031 0.020 47 R 0.004 0.005 0.012 0.021 0.042 0.061 0.096 0.147 0.153 0.161 0.146 0.075 0.039 0.038 48 V 0.003 0.002 0.003 0.006 0.012 0.024 0.034 0.082 0.118 0.165 0.170 0.169 0.133 0.079 49 L 0.005 0.003 0.006 0.016 0.028 0.036 0.068 0.140 0.161 0.164 0.115 0.144 0.075 0.039 50 V 0.004 0.006 0.009 0.030 0.039 0.071 0.101 0.205 0.175 0.144 0.132 0.049 0.026 0.008 51 H 0.025 0.049 0.060 0.121 0.151 0.203 0.132 0.070 0.088 0.037 0.039 0.015 0.004 0.005 52 E 0.179 0.206 0.149 0.160 0.140 0.059 0.041 0.023 0.025 0.008 0.008 0.001 0.001 0.001 53 D 0.284 0.356 0.193 0.094 0.035 0.020 0.009 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 D 0.314 0.267 0.182 0.091 0.070 0.046 0.015 0.007 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 55 L 0.083 0.107 0.146 0.210 0.250 0.094 0.058 0.030 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 56 A 0.598 0.247 0.099 0.030 0.013 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 G 0.214 0.229 0.227 0.123 0.127 0.047 0.019 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 A 0.012 0.011 0.024 0.075 0.163 0.201 0.233 0.189 0.057 0.026 0.005 0.002 0.001 0.001 59 R 0.075 0.134 0.176 0.192 0.204 0.115 0.058 0.025 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 60 R 0.279 0.210 0.165 0.139 0.094 0.051 0.025 0.018 0.011 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 61 L 0.017 0.020 0.041 0.139 0.192 0.207 0.183 0.129 0.044 0.019 0.005 0.003 0.001 0.001 62 L 0.020 0.023 0.048 0.094 0.157 0.183 0.178 0.145 0.099 0.036 0.011 0.004 0.001 0.001 63 T 0.269 0.229 0.159 0.152 0.087 0.051 0.028 0.013 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 64 D 0.271 0.205 0.192 0.121 0.092 0.058 0.031 0.010 0.012 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 65 A 0.152 0.097 0.117 0.166 0.184 0.141 0.073 0.033 0.020 0.011 0.006 0.001 0.001 0.001 66 G 0.350 0.229 0.163 0.097 0.079 0.037 0.023 0.011 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 67 L 0.094 0.047 0.070 0.137 0.189 0.181 0.115 0.075 0.041 0.033 0.011 0.004 0.002 0.001 68 A 0.261 0.178 0.165 0.151 0.114 0.055 0.037 0.017 0.013 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 69 H 0.273 0.110 0.107 0.133 0.122 0.097 0.056 0.046 0.023 0.021 0.009 0.002 0.001 0.001 70 E 0.384 0.209 0.128 0.114 0.082 0.038 0.022 0.012 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 71 L 0.145 0.079 0.117 0.171 0.176 0.130 0.076 0.055 0.027 0.017 0.005 0.002 0.001 0.001 72 R 0.354 0.149 0.135 0.135 0.109 0.060 0.028 0.014 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 73 S 0.559 0.153 0.106 0.086 0.052 0.023 0.010 0.005 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 74 D 0.573 0.192 0.104 0.068 0.036 0.014 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 D 0.520 0.194 0.125 0.071 0.045 0.024 0.011 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001