# TARGET T0349 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-strand_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 22 (1 strand_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0349.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.88375 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.004 0.021 0.127 0.024 0.001 0.085 0.036 0.678 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.003 0.001 0.005 0.002 0.004 0.003 2 R 0.002 0.008 0.070 0.011 0.001 0.019 0.038 0.839 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 3 E 0.002 0.016 0.056 0.008 0.001 0.016 0.081 0.798 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.004 0.002 0.003 0.003 4 L 0.003 0.023 0.134 0.031 0.001 0.023 0.059 0.697 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.004 0.002 0.002 0.001 0.002 0.009 5 L 0.010 0.107 0.283 0.065 0.001 0.028 0.098 0.326 0.003 0.001 0.002 0.005 0.003 0.006 0.002 0.010 0.009 0.008 0.007 0.006 0.009 0.009 6 R 0.028 0.123 0.243 0.094 0.008 0.036 0.154 0.207 0.004 0.002 0.003 0.005 0.003 0.007 0.002 0.010 0.005 0.010 0.011 0.006 0.014 0.026 7 T 0.017 0.188 0.219 0.284 0.004 0.062 0.070 0.082 0.004 0.004 0.003 0.004 0.003 0.005 0.003 0.008 0.003 0.009 0.009 0.003 0.012 0.005 8 N 0.100 0.082 0.207 0.132 0.023 0.188 0.111 0.102 0.005 0.002 0.003 0.005 0.004 0.006 0.002 0.006 0.002 0.001 0.004 0.002 0.006 0.008 9 D 0.017 0.127 0.081 0.082 0.003 0.276 0.060 0.291 0.004 0.002 0.004 0.003 0.003 0.006 0.002 0.008 0.003 0.001 0.014 0.002 0.007 0.003 10 A 0.004 0.025 0.044 0.045 0.001 0.198 0.025 0.614 0.004 0.001 0.001 0.003 0.006 0.006 0.002 0.004 0.002 0.001 0.005 0.001 0.003 0.006 11 V 0.001 0.012 0.009 0.010 0.001 0.055 0.010 0.874 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.005 0.001 0.002 0.002 0.001 0.003 0.001 0.005 0.002 12 L 0.001 0.003 0.006 0.007 0.001 0.031 0.002 0.933 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 13 L 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.021 0.002 0.960 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 14 S 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.005 0.002 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 A 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.004 0.009 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 V 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 0.006 0.006 0.959 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 G 0.001 0.001 0.047 0.001 0.001 0.004 0.012 0.933 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 A 0.001 0.001 0.061 0.001 0.001 0.002 0.076 0.857 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 L 0.004 0.002 0.166 0.001 0.001 0.005 0.163 0.653 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 L 0.012 0.015 0.562 0.010 0.001 0.007 0.172 0.204 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.003 0.002 0.003 0.001 21 D 0.068 0.021 0.322 0.034 0.010 0.008 0.453 0.054 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.005 0.002 0.004 0.005 22 G 0.139 0.114 0.306 0.067 0.030 0.075 0.170 0.024 0.002 0.001 0.001 0.004 0.002 0.003 0.001 0.006 0.002 0.007 0.032 0.002 0.010 0.002 23 A 0.012 0.055 0.453 0.290 0.006 0.029 0.075 0.019 0.002 0.002 0.001 0.006 0.004 0.005 0.002 0.006 0.002 0.002 0.021 0.001 0.003 0.004 24 D 0.072 0.121 0.065 0.043 0.022 0.015 0.458 0.032 0.008 0.005 0.005 0.024 0.017 0.017 0.004 0.024 0.018 0.001 0.011 0.006 0.020 0.013 25 I 0.003 0.428 0.032 0.208 0.001 0.025 0.007 0.005 0.011 0.038 0.009 0.004 0.017 0.021 0.055 0.027 0.014 0.004 0.060 0.002 0.022 0.009 26 G 0.008 0.023 0.045 0.026 0.013 0.011 0.015 0.012 0.038 0.053 0.051 0.215 0.174 0.059 0.007 0.061 0.053 0.003 0.013 0.028 0.082 0.011 27 H 0.004 0.032 0.016 0.009 0.001 0.013 0.035 0.020 0.060 0.042 0.123 0.052 0.067 0.082 0.144 0.066 0.130 0.002 0.018 0.012 0.027 0.045 28 L 0.001 0.026 0.011 0.005 0.001 0.008 0.009 0.012 0.086 0.073 0.041 0.169 0.187 0.078 0.018 0.094 0.051 0.012 0.007 0.028 0.059 0.022 29 V 0.003 0.051 0.021 0.024 0.001 0.008 0.007 0.021 0.055 0.042 0.129 0.041 0.095 0.090 0.076 0.072 0.036 0.082 0.005 0.023 0.050 0.069 30 L 0.004 0.041 0.046 0.029 0.002 0.009 0.012 0.015 0.056 0.067 0.050 0.152 0.119 0.098 0.012 0.066 0.031 0.020 0.003 0.033 0.074 0.060 31 D 0.005 0.279 0.060 0.101 0.007 0.019 0.015 0.022 0.025 0.036 0.024 0.021 0.025 0.017 0.017 0.042 0.021 0.159 0.004 0.016 0.058 0.025 32 Q 0.013 0.028 0.614 0.049 0.008 0.114 0.018 0.029 0.012 0.008 0.007 0.009 0.014 0.010 0.003 0.018 0.010 0.007 0.002 0.005 0.010 0.012 33 N 0.037 0.065 0.163 0.036 0.008 0.020 0.431 0.121 0.006 0.006 0.011 0.009 0.007 0.010 0.004 0.014 0.010 0.008 0.005 0.006 0.015 0.009 34 M 0.049 0.143 0.151 0.100 0.007 0.097 0.096 0.094 0.014 0.008 0.012 0.009 0.010 0.016 0.003 0.033 0.028 0.014 0.037 0.013 0.035 0.031 35 S 0.026 0.139 0.162 0.088 0.008 0.034 0.073 0.100 0.018 0.008 0.014 0.013 0.014 0.016 0.006 0.059 0.037 0.015 0.046 0.013 0.045 0.066 36 I 0.022 0.098 0.149 0.039 0.004 0.026 0.061 0.078 0.033 0.010 0.017 0.020 0.015 0.029 0.015 0.051 0.057 0.014 0.108 0.014 0.041 0.099 37 L 0.018 0.095 0.139 0.049 0.006 0.016 0.043 0.054 0.035 0.012 0.021 0.024 0.018 0.019 0.007 0.086 0.120 0.031 0.066 0.023 0.046 0.072 38 E 0.030 0.084 0.106 0.140 0.011 0.031 0.048 0.028 0.024 0.009 0.021 0.015 0.024 0.025 0.017 0.086 0.070 0.012 0.055 0.029 0.039 0.097 39 G 0.076 0.057 0.069 0.063 0.067 0.020 0.068 0.033 0.017 0.020 0.027 0.025 0.011 0.038 0.008 0.043 0.033 0.033 0.035 0.091 0.125 0.039 40 S 0.022 0.093 0.141 0.091 0.008 0.028 0.054 0.041 0.021 0.008 0.013 0.024 0.016 0.020 0.009 0.077 0.025 0.004 0.032 0.100 0.084 0.087 41 L 0.017 0.166 0.136 0.078 0.004 0.018 0.079 0.023 0.019 0.014 0.011 0.008 0.010 0.018 0.009 0.074 0.016 0.024 0.014 0.080 0.100 0.082 42 G 0.088 0.070 0.078 0.056 0.071 0.021 0.074 0.034 0.019 0.006 0.008 0.017 0.011 0.030 0.003 0.084 0.031 0.008 0.061 0.062 0.145 0.021 43 V 0.015 0.170 0.145 0.125 0.005 0.038 0.078 0.020 0.015 0.017 0.006 0.007 0.010 0.014 0.018 0.033 0.013 0.009 0.047 0.028 0.059 0.129 44 I 0.005 0.123 0.093 0.073 0.008 0.070 0.010 0.025 0.024 0.009 0.008 0.024 0.016 0.017 0.001 0.113 0.072 0.010 0.027 0.131 0.129 0.011 45 P 0.006 0.028 0.132 0.444 0.010 0.025 0.041 0.089 0.011 0.003 0.004 0.006 0.010 0.009 0.008 0.024 0.026 0.001 0.005 0.017 0.021 0.077 46 R 0.010 0.047 0.078 0.034 0.002 0.037 0.091 0.117 0.034 0.018 0.019 0.029 0.018 0.026 0.004 0.078 0.132 0.004 0.007 0.075 0.130 0.012 47 R 0.018 0.034 0.088 0.033 0.004 0.016 0.114 0.141 0.022 0.010 0.022 0.018 0.022 0.023 0.013 0.088 0.161 0.002 0.010 0.049 0.064 0.050 48 V 0.011 0.039 0.058 0.012 0.001 0.011 0.069 0.087 0.027 0.019 0.030 0.031 0.024 0.041 0.024 0.144 0.092 0.008 0.015 0.073 0.115 0.068 49 L 0.017 0.058 0.042 0.015 0.003 0.014 0.040 0.056 0.023 0.030 0.044 0.035 0.031 0.048 0.019 0.116 0.051 0.065 0.029 0.052 0.142 0.071 50 V 0.008 0.112 0.098 0.072 0.002 0.011 0.021 0.025 0.021 0.025 0.028 0.028 0.022 0.042 0.020 0.101 0.042 0.018 0.020 0.065 0.111 0.106 51 H 0.012 0.323 0.055 0.201 0.020 0.020 0.013 0.028 0.008 0.018 0.010 0.021 0.013 0.015 0.014 0.032 0.009 0.070 0.008 0.027 0.066 0.016 52 E 0.014 0.040 0.411 0.086 0.016 0.307 0.013 0.043 0.003 0.003 0.004 0.007 0.006 0.005 0.005 0.007 0.001 0.004 0.002 0.007 0.009 0.007 53 D 0.020 0.037 0.220 0.050 0.005 0.074 0.210 0.351 0.001 0.001 0.002 0.004 0.002 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.004 0.004 0.002 54 D 0.046 0.106 0.059 0.054 0.007 0.192 0.102 0.410 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 0.002 0.005 0.002 55 L 0.007 0.021 0.125 0.017 0.001 0.481 0.018 0.319 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 56 A 0.001 0.004 0.030 0.005 0.001 0.050 0.029 0.878 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 G 0.001 0.003 0.008 0.002 0.001 0.029 0.038 0.917 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 A 0.001 0.001 0.013 0.003 0.001 0.030 0.009 0.943 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 R 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.011 0.012 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 R 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.004 0.026 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 L 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.007 0.009 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 L 0.001 0.001 0.030 0.002 0.001 0.004 0.013 0.948 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 T 0.002 0.001 0.046 0.001 0.001 0.009 0.024 0.915 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 D 0.001 0.001 0.461 0.001 0.001 0.002 0.240 0.291 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 A 0.046 0.003 0.081 0.006 0.001 0.003 0.824 0.034 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 G 0.909 0.004 0.006 0.001 0.025 0.005 0.032 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 67 L 0.001 0.099 0.027 0.168 0.001 0.012 0.002 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.664 0.001 0.001 0.002 68 A 0.013 0.125 0.234 0.197 0.016 0.051 0.051 0.090 0.005 0.002 0.004 0.053 0.031 0.011 0.002 0.010 0.030 0.005 0.013 0.005 0.011 0.040 69 H 0.014 0.126 0.177 0.099 0.004 0.096 0.140 0.129 0.005 0.002 0.008 0.013 0.007 0.008 0.019 0.008 0.013 0.009 0.099 0.002 0.006 0.017 70 E 0.011 0.106 0.191 0.074 0.004 0.040 0.167 0.201 0.008 0.003 0.005 0.032 0.026 0.009 0.006 0.012 0.020 0.021 0.024 0.006 0.007 0.025 71 L 0.014 0.193 0.200 0.119 0.003 0.025 0.135 0.114 0.005 0.003 0.010 0.018 0.010 0.011 0.017 0.010 0.013 0.026 0.009 0.025 0.009 0.031 72 R 0.029 0.199 0.249 0.190 0.010 0.025 0.088 0.061 0.004 0.003 0.006 0.019 0.010 0.010 0.005 0.011 0.007 0.023 0.011 0.007 0.014 0.020 73 S 0.040 0.159 0.308 0.190 0.017 0.044 0.110 0.036 0.002 0.002 0.004 0.007 0.003 0.004 0.004 0.007 0.004 0.014 0.014 0.005 0.011 0.014 74 D 0.052 0.132 0.364 0.137 0.021 0.068 0.108 0.039 0.003 0.001 0.003 0.008 0.003 0.004 0.002 0.007 0.004 0.005 0.015 0.005 0.008 0.010 75 D 0.036 0.149 0.284 0.163 0.016 0.089 0.113 0.071 0.003 0.001 0.002 0.006 0.003 0.004 0.002 0.007 0.005 0.005 0.022 0.004 0.006 0.010