# TARGET T0349 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0349.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.88375 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.002 0.003 0.011 0.009 0.017 0.002 0.024 0.664 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.006 0.184 0.022 0.020 0.013 0.001 2 R 0.002 0.003 0.009 0.004 0.005 0.006 0.027 0.864 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.055 0.002 0.004 0.003 0.001 3 E 0.004 0.007 0.006 0.014 0.012 0.023 0.062 0.779 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.004 0.048 0.005 0.006 0.006 0.001 4 L 0.007 0.013 0.008 0.023 0.032 0.012 0.110 0.514 0.014 0.010 0.001 0.001 0.003 0.007 0.031 0.011 0.145 0.027 0.015 0.016 0.001 5 L 0.011 0.011 0.024 0.046 0.021 0.014 0.117 0.368 0.014 0.004 0.002 0.002 0.004 0.009 0.035 0.012 0.156 0.045 0.044 0.060 0.002 6 R 0.007 0.005 0.012 0.022 0.045 0.022 0.121 0.216 0.043 0.007 0.002 0.002 0.003 0.008 0.022 0.029 0.176 0.084 0.065 0.107 0.001 7 T 0.002 0.002 0.012 0.014 0.022 0.006 0.122 0.099 0.017 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.031 0.020 0.346 0.041 0.113 0.145 0.001 8 N 0.002 0.002 0.013 0.011 0.020 0.005 0.114 0.143 0.007 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.018 0.019 0.227 0.103 0.170 0.138 0.001 9 D 0.001 0.002 0.013 0.007 0.014 0.006 0.041 0.393 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.012 0.031 0.192 0.055 0.134 0.087 0.001 10 A 0.001 0.001 0.005 0.003 0.005 0.005 0.015 0.714 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.007 0.204 0.008 0.008 0.007 0.001 11 V 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.005 0.012 0.929 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.003 0.027 0.002 0.002 0.001 0.001 12 L 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.002 0.007 0.925 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.002 0.038 0.001 0.001 0.001 0.001 13 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 14 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 15 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.938 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.041 0.002 0.001 0.001 0.001 16 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.941 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.002 0.001 0.001 0.001 17 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.953 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 18 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.045 0.884 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.036 0.003 0.001 0.001 0.001 19 L 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.009 0.094 0.664 0.024 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.153 0.019 0.009 0.006 0.001 20 L 0.003 0.002 0.006 0.009 0.005 0.017 0.261 0.273 0.051 0.018 0.001 0.001 0.001 0.007 0.009 0.007 0.199 0.053 0.039 0.037 0.001 21 D 0.001 0.001 0.005 0.006 0.013 0.013 0.291 0.096 0.065 0.009 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.012 0.252 0.073 0.066 0.084 0.001 22 G 0.001 0.001 0.007 0.004 0.009 0.004 0.199 0.035 0.055 0.013 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.011 0.181 0.246 0.121 0.097 0.001 23 A 0.001 0.001 0.015 0.006 0.015 0.016 0.216 0.059 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.023 0.220 0.101 0.123 0.178 0.001 24 D 0.002 0.002 0.025 0.010 0.034 0.016 0.154 0.057 0.012 0.004 0.001 0.001 0.003 0.007 0.029 0.035 0.113 0.294 0.128 0.070 0.003 25 I 0.004 0.005 0.046 0.020 0.058 0.005 0.049 0.043 0.004 0.001 0.007 0.005 0.008 0.018 0.075 0.106 0.146 0.031 0.212 0.151 0.005 26 G 0.012 0.019 0.119 0.068 0.040 0.016 0.063 0.052 0.003 0.002 0.006 0.009 0.023 0.081 0.227 0.026 0.099 0.038 0.035 0.054 0.007 27 H 0.021 0.032 0.019 0.051 0.104 0.006 0.053 0.028 0.003 0.001 0.016 0.026 0.041 0.195 0.054 0.218 0.026 0.016 0.048 0.028 0.013 28 L 0.044 0.032 0.128 0.070 0.049 0.003 0.016 0.033 0.002 0.001 0.023 0.024 0.062 0.179 0.216 0.027 0.023 0.012 0.024 0.021 0.012 29 V 0.040 0.040 0.045 0.081 0.122 0.006 0.021 0.039 0.004 0.001 0.017 0.026 0.036 0.148 0.083 0.148 0.036 0.027 0.035 0.031 0.015 30 L 0.029 0.033 0.042 0.062 0.131 0.005 0.028 0.030 0.006 0.002 0.013 0.013 0.042 0.125 0.213 0.077 0.055 0.020 0.035 0.032 0.009 31 D 0.024 0.026 0.068 0.104 0.080 0.005 0.043 0.040 0.010 0.004 0.013 0.014 0.019 0.056 0.134 0.056 0.053 0.045 0.106 0.092 0.008 32 Q 0.014 0.009 0.033 0.031 0.156 0.009 0.034 0.033 0.007 0.001 0.003 0.003 0.006 0.010 0.064 0.044 0.404 0.029 0.033 0.073 0.002 33 N 0.012 0.014 0.030 0.029 0.092 0.013 0.346 0.066 0.006 0.003 0.003 0.003 0.008 0.013 0.053 0.030 0.104 0.063 0.040 0.070 0.003 34 M 0.022 0.027 0.075 0.052 0.127 0.006 0.087 0.072 0.004 0.001 0.005 0.005 0.009 0.013 0.058 0.044 0.104 0.099 0.082 0.101 0.005 35 S 0.049 0.048 0.161 0.111 0.112 0.010 0.036 0.104 0.006 0.001 0.007 0.009 0.022 0.026 0.038 0.021 0.100 0.033 0.059 0.040 0.007 36 I 0.067 0.082 0.063 0.072 0.214 0.013 0.054 0.086 0.008 0.004 0.007 0.012 0.021 0.033 0.034 0.037 0.107 0.026 0.037 0.020 0.006 37 L 0.052 0.081 0.083 0.161 0.070 0.009 0.075 0.063 0.010 0.010 0.006 0.013 0.029 0.043 0.097 0.018 0.087 0.019 0.023 0.044 0.005 38 E 0.035 0.071 0.033 0.083 0.257 0.006 0.080 0.036 0.005 0.003 0.007 0.007 0.015 0.019 0.053 0.046 0.101 0.027 0.032 0.079 0.005 39 G 0.055 0.081 0.097 0.084 0.147 0.006 0.083 0.027 0.006 0.002 0.015 0.011 0.026 0.028 0.085 0.031 0.063 0.066 0.033 0.040 0.011 40 S 0.084 0.083 0.128 0.108 0.154 0.003 0.032 0.018 0.007 0.003 0.012 0.012 0.019 0.014 0.044 0.036 0.080 0.025 0.064 0.065 0.011 41 L 0.049 0.074 0.052 0.050 0.362 0.005 0.050 0.015 0.003 0.001 0.007 0.007 0.016 0.010 0.045 0.043 0.063 0.032 0.039 0.073 0.005 42 G 0.048 0.075 0.200 0.232 0.072 0.008 0.037 0.014 0.002 0.001 0.009 0.006 0.015 0.008 0.075 0.012 0.049 0.033 0.033 0.063 0.010 43 V 0.066 0.082 0.029 0.045 0.472 0.001 0.019 0.006 0.001 0.001 0.015 0.008 0.020 0.008 0.020 0.042 0.046 0.032 0.049 0.028 0.011 44 I 0.068 0.104 0.219 0.231 0.044 0.001 0.009 0.005 0.001 0.001 0.008 0.010 0.022 0.009 0.108 0.007 0.021 0.008 0.042 0.075 0.006 45 P 0.036 0.073 0.017 0.033 0.553 0.001 0.010 0.006 0.001 0.001 0.008 0.004 0.007 0.006 0.028 0.055 0.056 0.015 0.027 0.056 0.007 46 R 0.096 0.129 0.112 0.103 0.057 0.004 0.040 0.017 0.002 0.001 0.013 0.013 0.032 0.026 0.234 0.011 0.051 0.009 0.020 0.018 0.015 47 R 0.232 0.186 0.059 0.034 0.153 0.003 0.043 0.020 0.001 0.001 0.021 0.020 0.040 0.037 0.036 0.032 0.024 0.010 0.019 0.010 0.019 48 V 0.271 0.219 0.065 0.096 0.035 0.001 0.010 0.004 0.001 0.001 0.013 0.028 0.088 0.064 0.053 0.009 0.005 0.004 0.008 0.007 0.019 49 L 0.160 0.243 0.019 0.052 0.096 0.001 0.007 0.003 0.001 0.001 0.044 0.039 0.083 0.081 0.046 0.042 0.006 0.010 0.014 0.005 0.046 50 V 0.146 0.129 0.100 0.114 0.045 0.001 0.005 0.004 0.001 0.001 0.027 0.027 0.088 0.075 0.122 0.035 0.013 0.012 0.023 0.020 0.013 51 H 0.023 0.041 0.012 0.044 0.208 0.001 0.013 0.007 0.002 0.001 0.007 0.010 0.017 0.032 0.030 0.208 0.017 0.025 0.100 0.198 0.005 52 E 0.002 0.001 0.022 0.003 0.018 0.001 0.007 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.119 0.008 0.747 0.024 0.009 0.022 0.001 53 D 0.001 0.001 0.007 0.004 0.006 0.023 0.491 0.239 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.007 0.126 0.022 0.015 0.031 0.001 54 D 0.001 0.001 0.007 0.006 0.020 0.009 0.367 0.227 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.017 0.112 0.083 0.070 0.069 0.001 55 L 0.001 0.001 0.010 0.004 0.004 0.001 0.017 0.300 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.003 0.534 0.050 0.028 0.026 0.001 56 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.034 0.796 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.152 0.002 0.002 0.005 0.001 57 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.039 0.931 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.003 0.001 0.003 0.001 58 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.916 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.054 0.004 0.003 0.002 0.001 59 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.945 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.001 0.001 0.001 0.001 60 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.011 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 61 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.913 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.055 0.002 0.001 0.001 0.001 62 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.934 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.028 0.006 0.002 0.003 0.001 63 T 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.014 0.044 0.794 0.028 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.002 0.088 0.005 0.003 0.004 0.001 64 D 0.002 0.001 0.002 0.011 0.002 0.012 0.228 0.084 0.340 0.125 0.001 0.001 0.002 0.010 0.006 0.003 0.136 0.016 0.009 0.009 0.001 65 A 0.001 0.001 0.002 0.004 0.006 0.013 0.486 0.081 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.009 0.164 0.035 0.052 0.120 0.001 66 G 0.001 0.001 0.004 0.002 0.007 0.005 0.125 0.048 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 0.070 0.639 0.056 0.024 0.001 67 L 0.001 0.001 0.023 0.013 0.019 0.004 0.022 0.054 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.019 0.047 0.088 0.059 0.379 0.257 0.001 68 A 0.002 0.003 0.037 0.021 0.046 0.010 0.048 0.114 0.008 0.002 0.001 0.001 0.003 0.005 0.065 0.018 0.235 0.053 0.136 0.194 0.001 69 H 0.002 0.004 0.032 0.040 0.053 0.020 0.087 0.131 0.005 0.002 0.002 0.002 0.002 0.005 0.041 0.058 0.232 0.054 0.108 0.119 0.002 70 E 0.003 0.005 0.039 0.041 0.057 0.021 0.199 0.165 0.004 0.002 0.001 0.002 0.003 0.006 0.068 0.022 0.154 0.055 0.064 0.087 0.001 71 L 0.004 0.005 0.031 0.051 0.071 0.012 0.143 0.105 0.005 0.002 0.002 0.002 0.003 0.005 0.056 0.055 0.177 0.068 0.093 0.111 0.001 72 R 0.003 0.003 0.041 0.041 0.068 0.010 0.098 0.068 0.009 0.003 0.001 0.001 0.002 0.003 0.064 0.030 0.164 0.076 0.108 0.205 0.001 73 S 0.001 0.001 0.023 0.024 0.057 0.006 0.103 0.033 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.026 0.181 0.077 0.145 0.286 0.001 74 D 0.001 0.001 0.027 0.019 0.053 0.006 0.158 0.034 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.019 0.218 0.126 0.114 0.194 0.001 75 D 0.002 0.003 0.050 0.031 0.062 0.010 0.163 0.055 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.023 0.022 0.144 0.120 0.136 0.169 0.001