# TARGET T0349 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0349.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.88375 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.002 0.005 0.073 0.001 0.016 0.870 0.001 0.001 0.002 0.007 0.016 0.002 0.005 2 R 0.002 0.001 0.019 0.002 0.025 0.929 0.001 0.001 0.002 0.006 0.007 0.002 0.005 3 E 0.002 0.001 0.010 0.001 0.028 0.925 0.001 0.001 0.002 0.013 0.010 0.004 0.004 4 L 0.001 0.001 0.006 0.001 0.016 0.940 0.001 0.002 0.004 0.005 0.020 0.002 0.003 5 L 0.003 0.004 0.011 0.001 0.006 0.879 0.002 0.013 0.009 0.008 0.055 0.003 0.005 6 R 0.004 0.008 0.038 0.002 0.007 0.743 0.002 0.005 0.006 0.029 0.141 0.008 0.005 7 T 0.001 0.004 0.089 0.001 0.011 0.515 0.001 0.002 0.004 0.101 0.264 0.002 0.005 8 N 0.001 0.006 0.226 0.001 0.010 0.318 0.001 0.001 0.002 0.237 0.196 0.001 0.003 9 D 0.001 0.004 0.198 0.001 0.007 0.579 0.001 0.001 0.003 0.163 0.042 0.001 0.001 10 A 0.001 0.003 0.043 0.001 0.003 0.925 0.001 0.001 0.002 0.011 0.009 0.001 0.003 11 V 0.001 0.001 0.006 0.001 0.002 0.982 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 12 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 13 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 14 S 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 15 A 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 16 V 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 17 G 0.001 0.001 0.003 0.001 0.012 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 18 A 0.001 0.001 0.003 0.001 0.024 0.951 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.001 0.001 19 L 0.001 0.001 0.005 0.001 0.030 0.916 0.001 0.001 0.001 0.004 0.044 0.001 0.001 20 L 0.001 0.004 0.015 0.001 0.024 0.791 0.001 0.001 0.001 0.015 0.148 0.001 0.001 21 D 0.001 0.002 0.017 0.001 0.031 0.358 0.001 0.001 0.001 0.017 0.573 0.001 0.001 22 G 0.001 0.002 0.122 0.001 0.065 0.159 0.001 0.001 0.001 0.075 0.575 0.001 0.001 23 A 0.001 0.006 0.294 0.001 0.084 0.127 0.001 0.001 0.003 0.201 0.281 0.001 0.002 24 D 0.001 0.015 0.365 0.003 0.068 0.036 0.001 0.001 0.006 0.106 0.393 0.003 0.003 25 I 0.001 0.017 0.659 0.004 0.043 0.023 0.002 0.003 0.038 0.138 0.042 0.008 0.022 26 G 0.002 0.007 0.319 0.091 0.034 0.010 0.003 0.004 0.043 0.375 0.084 0.018 0.008 27 H 0.021 0.009 0.122 0.016 0.032 0.017 0.033 0.107 0.403 0.068 0.035 0.033 0.104 28 L 0.046 0.014 0.079 0.013 0.009 0.019 0.080 0.213 0.409 0.019 0.010 0.048 0.041 29 V 0.044 0.009 0.050 0.007 0.002 0.013 0.078 0.384 0.313 0.012 0.005 0.041 0.041 30 L 0.030 0.017 0.160 0.017 0.002 0.018 0.045 0.289 0.298 0.020 0.012 0.031 0.062 31 D 0.006 0.010 0.555 0.010 0.009 0.028 0.006 0.031 0.158 0.096 0.032 0.029 0.030 32 Q 0.002 0.006 0.102 0.014 0.057 0.094 0.002 0.003 0.017 0.218 0.468 0.006 0.011 33 N 0.003 0.005 0.165 0.006 0.057 0.053 0.001 0.003 0.011 0.097 0.581 0.008 0.011 34 M 0.008 0.029 0.439 0.012 0.055 0.063 0.003 0.005 0.019 0.214 0.088 0.018 0.047 35 S 0.026 0.048 0.347 0.013 0.034 0.097 0.009 0.010 0.038 0.175 0.072 0.065 0.066 36 I 0.044 0.046 0.118 0.008 0.079 0.284 0.015 0.047 0.039 0.062 0.098 0.038 0.121 37 L 0.067 0.023 0.107 0.027 0.080 0.349 0.015 0.020 0.019 0.033 0.127 0.088 0.046 38 E 0.033 0.013 0.077 0.015 0.074 0.293 0.008 0.013 0.010 0.071 0.312 0.023 0.058 39 G 0.027 0.018 0.133 0.015 0.050 0.133 0.003 0.002 0.007 0.133 0.383 0.051 0.046 40 S 0.014 0.020 0.341 0.015 0.075 0.129 0.002 0.001 0.009 0.099 0.190 0.023 0.082 41 L 0.038 0.026 0.261 0.053 0.090 0.067 0.007 0.002 0.012 0.106 0.186 0.040 0.113 42 G 0.062 0.022 0.199 0.021 0.065 0.041 0.011 0.003 0.017 0.123 0.147 0.211 0.076 43 V 0.056 0.050 0.259 0.012 0.030 0.034 0.018 0.006 0.026 0.081 0.063 0.021 0.344 44 I 0.017 0.020 0.376 0.040 0.010 0.012 0.007 0.002 0.027 0.175 0.025 0.263 0.025 45 P 0.021 0.009 0.437 0.018 0.012 0.009 0.006 0.002 0.025 0.067 0.044 0.016 0.335 46 R 0.063 0.009 0.347 0.099 0.034 0.020 0.018 0.005 0.041 0.124 0.054 0.105 0.083 47 R 0.186 0.007 0.104 0.037 0.037 0.032 0.064 0.019 0.118 0.095 0.027 0.110 0.164 48 V 0.281 0.007 0.052 0.013 0.016 0.026 0.178 0.048 0.113 0.019 0.017 0.059 0.171 49 L 0.312 0.019 0.052 0.008 0.004 0.016 0.200 0.047 0.110 0.011 0.010 0.108 0.102 50 V 0.097 0.026 0.255 0.006 0.001 0.009 0.053 0.026 0.140 0.051 0.010 0.171 0.155 51 H 0.005 0.008 0.743 0.002 0.001 0.010 0.001 0.004 0.054 0.067 0.010 0.018 0.076 52 E 0.001 0.002 0.063 0.001 0.108 0.488 0.001 0.001 0.002 0.060 0.269 0.002 0.004 53 D 0.001 0.003 0.036 0.001 0.230 0.392 0.001 0.001 0.001 0.055 0.279 0.001 0.001 54 D 0.001 0.003 0.108 0.001 0.285 0.448 0.001 0.001 0.001 0.049 0.102 0.001 0.002 55 L 0.001 0.003 0.072 0.001 0.062 0.804 0.001 0.001 0.001 0.023 0.033 0.001 0.001 56 A 0.001 0.001 0.011 0.001 0.025 0.898 0.001 0.001 0.001 0.007 0.057 0.001 0.001 57 G 0.001 0.001 0.010 0.001 0.012 0.925 0.001 0.001 0.001 0.004 0.048 0.001 0.001 58 A 0.001 0.001 0.013 0.001 0.004 0.973 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 59 R 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.989 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 60 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 61 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 62 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 63 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 64 D 0.001 0.001 0.005 0.001 0.008 0.926 0.001 0.001 0.001 0.003 0.058 0.001 0.001 65 A 0.001 0.001 0.009 0.001 0.015 0.635 0.001 0.001 0.001 0.008 0.331 0.001 0.001 66 G 0.001 0.005 0.047 0.001 0.016 0.128 0.001 0.001 0.001 0.026 0.777 0.001 0.001 67 L 0.001 0.016 0.703 0.001 0.013 0.064 0.001 0.001 0.003 0.123 0.071 0.002 0.004 68 A 0.001 0.023 0.523 0.003 0.089 0.076 0.001 0.001 0.005 0.145 0.117 0.008 0.010 69 H 0.001 0.008 0.186 0.003 0.280 0.209 0.001 0.001 0.004 0.121 0.165 0.006 0.017 70 E 0.002 0.009 0.144 0.003 0.292 0.304 0.001 0.001 0.009 0.088 0.121 0.010 0.016 71 L 0.003 0.018 0.211 0.003 0.150 0.384 0.002 0.002 0.007 0.101 0.083 0.009 0.030 72 R 0.001 0.019 0.379 0.005 0.066 0.263 0.001 0.001 0.003 0.107 0.126 0.017 0.013 73 S 0.001 0.008 0.224 0.002 0.044 0.120 0.001 0.001 0.001 0.087 0.505 0.003 0.006 74 D 0.001 0.004 0.402 0.001 0.019 0.034 0.001 0.001 0.001 0.126 0.410 0.001 0.002 75 D 0.001 0.005 0.867 0.001 0.008 0.014 0.001 0.001 0.001 0.078 0.024 0.002 0.003