# TARGET T0349 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment /projects/compbio/experiments/protein-predict/casp7/T0349/T0349.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.88375 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.027 0.019 0.080 0.118 0.001 0.124 0.003 0.001 0.008 0.003 0.057 0.043 0.491 0.001 0.002 0.023 2 R 0.028 0.144 0.154 0.236 0.001 0.021 0.004 0.001 0.001 0.001 0.021 0.107 0.275 0.001 0.001 0.005 3 E 0.005 0.012 0.061 0.503 0.002 0.065 0.002 0.001 0.001 0.001 0.019 0.019 0.302 0.002 0.002 0.005 4 L 0.003 0.034 0.138 0.324 0.016 0.043 0.020 0.001 0.001 0.001 0.018 0.012 0.368 0.009 0.002 0.012 5 L 0.003 0.062 0.052 0.585 0.013 0.029 0.011 0.005 0.001 0.001 0.006 0.015 0.199 0.003 0.006 0.011 6 R 0.009 0.031 0.075 0.262 0.120 0.114 0.058 0.015 0.005 0.010 0.013 0.008 0.162 0.051 0.007 0.060 7 T 0.023 0.056 0.051 0.064 0.047 0.259 0.026 0.086 0.005 0.012 0.121 0.018 0.165 0.012 0.041 0.014 8 N 0.009 0.103 0.026 0.029 0.002 0.066 0.003 0.042 0.022 0.037 0.313 0.150 0.159 0.002 0.011 0.025 9 D 0.033 0.028 0.009 0.011 0.001 0.064 0.001 0.001 0.008 0.005 0.086 0.490 0.251 0.001 0.002 0.009 10 A 0.015 0.003 0.038 0.008 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.360 0.120 0.436 0.001 0.001 0.004 11 V 0.001 0.007 0.012 0.007 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.429 0.525 0.001 0.001 0.001 12 L 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.009 0.969 0.001 0.001 0.001 13 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.981 0.001 0.001 0.001 14 S 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.984 0.001 0.001 0.001 15 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.988 0.001 0.001 0.001 16 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.994 0.001 0.001 0.001 17 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 18 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 19 L 0.001 0.001 0.011 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.836 0.065 0.004 0.071 20 L 0.001 0.001 0.015 0.002 0.011 0.001 0.158 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.216 0.561 0.021 0.011 21 D 0.001 0.004 0.013 0.002 0.001 0.010 0.005 0.079 0.001 0.001 0.003 0.001 0.280 0.006 0.558 0.035 22 G 0.013 0.009 0.009 0.002 0.004 0.006 0.041 0.002 0.042 0.029 0.097 0.006 0.183 0.106 0.006 0.445 23 A 0.525 0.034 0.030 0.005 0.001 0.003 0.004 0.018 0.001 0.001 0.021 0.120 0.080 0.002 0.148 0.006 24 D 0.010 0.049 0.219 0.011 0.003 0.020 0.022 0.001 0.026 0.009 0.011 0.025 0.109 0.024 0.008 0.454 25 I 0.195 0.013 0.124 0.060 0.001 0.207 0.016 0.009 0.002 0.001 0.057 0.042 0.249 0.001 0.016 0.007 26 G 0.003 0.645 0.148 0.056 0.001 0.015 0.002 0.002 0.005 0.002 0.005 0.058 0.045 0.001 0.001 0.012 27 H 0.029 0.008 0.043 0.816 0.001 0.012 0.001 0.001 0.002 0.001 0.019 0.006 0.054 0.001 0.001 0.007 28 L 0.003 0.003 0.816 0.112 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.044 0.001 0.001 0.001 29 V 0.002 0.018 0.025 0.752 0.014 0.058 0.004 0.002 0.001 0.001 0.017 0.005 0.097 0.002 0.001 0.002 30 L 0.002 0.072 0.012 0.644 0.018 0.110 0.007 0.005 0.001 0.001 0.009 0.024 0.088 0.002 0.002 0.003 31 D 0.002 0.033 0.015 0.076 0.070 0.531 0.035 0.010 0.004 0.007 0.031 0.019 0.148 0.007 0.004 0.008 32 Q 0.007 0.143 0.033 0.060 0.006 0.028 0.009 0.071 0.005 0.004 0.470 0.039 0.089 0.007 0.018 0.012 33 N 0.022 0.109 0.062 0.090 0.003 0.068 0.009 0.012 0.044 0.014 0.033 0.287 0.131 0.009 0.049 0.058 34 M 0.102 0.032 0.255 0.069 0.001 0.013 0.008 0.005 0.014 0.004 0.076 0.017 0.263 0.004 0.016 0.122 35 S 0.031 0.043 0.105 0.069 0.004 0.209 0.015 0.001 0.003 0.002 0.027 0.148 0.330 0.002 0.002 0.010 36 I 0.012 0.091 0.063 0.095 0.032 0.142 0.034 0.005 0.001 0.001 0.084 0.041 0.379 0.010 0.002 0.009 37 L 0.003 0.125 0.063 0.154 0.086 0.030 0.102 0.022 0.007 0.001 0.033 0.106 0.185 0.059 0.016 0.010 38 E 0.007 0.027 0.118 0.183 0.013 0.019 0.022 0.112 0.018 0.008 0.014 0.015 0.218 0.009 0.163 0.056 39 G 0.048 0.023 0.142 0.181 0.009 0.034 0.006 0.016 0.070 0.073 0.027 0.014 0.182 0.003 0.011 0.161 40 S 0.145 0.015 0.037 0.049 0.246 0.047 0.145 0.003 0.002 0.004 0.031 0.022 0.059 0.185 0.002 0.009 41 L 0.009 0.029 0.056 0.081 0.005 0.023 0.004 0.494 0.002 0.001 0.025 0.020 0.040 0.002 0.205 0.003 42 G 0.004 0.043 0.025 0.157 0.006 0.026 0.007 0.005 0.332 0.123 0.015 0.022 0.046 0.002 0.002 0.184 43 V 0.513 0.068 0.064 0.288 0.002 0.006 0.006 0.002 0.004 0.001 0.004 0.010 0.017 0.001 0.002 0.012 44 I 0.011 0.012 0.576 0.245 0.008 0.110 0.008 0.003 0.002 0.003 0.002 0.005 0.010 0.001 0.001 0.004 45 P 0.013 0.175 0.105 0.355 0.008 0.262 0.003 0.015 0.002 0.003 0.033 0.006 0.015 0.001 0.002 0.003 46 R 0.006 0.190 0.023 0.632 0.001 0.035 0.001 0.006 0.008 0.001 0.068 0.019 0.006 0.001 0.001 0.003 47 R 0.023 0.044 0.247 0.613 0.002 0.014 0.002 0.002 0.004 0.001 0.007 0.020 0.012 0.001 0.003 0.005 48 V 0.012 0.010 0.318 0.618 0.002 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.011 0.001 0.001 0.008 49 L 0.007 0.016 0.081 0.862 0.007 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.005 50 V 0.002 0.026 0.029 0.923 0.004 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 51 H 0.001 0.002 0.001 0.014 0.003 0.976 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 52 E 0.001 0.010 0.001 0.002 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.961 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 53 D 0.001 0.040 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.009 0.936 0.002 0.001 0.002 0.001 54 D 0.004 0.003 0.030 0.005 0.001 0.055 0.005 0.002 0.004 0.004 0.026 0.086 0.719 0.002 0.005 0.049 55 L 0.006 0.002 0.016 0.001 0.002 0.023 0.018 0.001 0.001 0.001 0.234 0.029 0.647 0.014 0.002 0.004 56 A 0.001 0.014 0.005 0.003 0.001 0.004 0.001 0.006 0.001 0.001 0.036 0.323 0.584 0.001 0.021 0.002 57 G 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.021 0.920 0.001 0.001 0.038 58 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.009 0.974 0.001 0.001 0.001 59 R 0.001 0.004 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.031 0.948 0.001 0.001 0.001 60 R 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.986 0.001 0.001 0.001 61 L 0.001 0.002 0.005 0.003 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.974 0.001 0.001 0.004 62 L 0.001 0.005 0.010 0.022 0.001 0.004 0.018 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.915 0.006 0.005 0.007 63 T 0.001 0.003 0.012 0.008 0.003 0.019 0.005 0.002 0.001 0.001 0.004 0.004 0.911 0.008 0.009 0.011 64 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.033 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.027 0.910 0.001 0.004 65 A 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.001 0.001 0.002 0.003 0.017 0.001 0.931 0.001 66 G 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.047 0.027 0.002 0.003 0.049 0.003 0.002 0.850 67 L 0.913 0.003 0.011 0.006 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.010 0.039 0.001 0.002 0.003 68 A 0.010 0.051 0.422 0.032 0.003 0.157 0.017 0.006 0.002 0.003 0.029 0.059 0.176 0.009 0.009 0.014 69 H 0.012 0.051 0.053 0.191 0.004 0.080 0.009 0.012 0.004 0.002 0.191 0.060 0.300 0.004 0.014 0.014 70 E 0.015 0.092 0.116 0.193 0.008 0.046 0.025 0.004 0.013 0.003 0.036 0.150 0.227 0.022 0.005 0.046 71 L 0.022 0.043 0.273 0.181 0.009 0.045 0.054 0.007 0.003 0.001 0.016 0.035 0.242 0.010 0.029 0.030 72 R 0.010 0.075 0.304 0.131 0.019 0.088 0.055 0.014 0.005 0.005 0.025 0.015 0.143 0.020 0.017 0.073 73 S 0.042 0.089 0.107 0.121 0.013 0.237 0.020 0.033 0.009 0.010 0.079 0.037 0.140 0.008 0.027 0.029 74 D 0.023 0.094 0.064 0.041 0.033 0.143 0.045 0.012 0.015 0.013 0.272 0.084 0.099 0.029 0.008 0.027 75 D 0.033 0.164 0.074 0.044 0.010 0.053 0.029 0.039 0.007 0.002 0.132 0.216 0.098 0.017 0.065 0.017