# TARGET T0349 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0349.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.88375 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.114 0.080 0.053 0.104 0.089 0.096 0.116 0.103 0.102 0.082 0.062 2 R 0.127 0.105 0.069 0.165 0.183 0.136 0.120 0.050 0.028 0.012 0.005 3 E 0.083 0.094 0.166 0.229 0.169 0.115 0.089 0.033 0.014 0.005 0.002 4 L 0.018 0.019 0.028 0.060 0.077 0.106 0.183 0.161 0.146 0.121 0.082 5 L 0.015 0.009 0.025 0.032 0.035 0.047 0.116 0.147 0.190 0.203 0.181 6 R 0.017 0.059 0.124 0.195 0.171 0.138 0.126 0.071 0.054 0.029 0.016 7 T 0.022 0.037 0.064 0.058 0.054 0.069 0.168 0.145 0.152 0.136 0.096 8 N 0.066 0.071 0.049 0.139 0.182 0.146 0.165 0.084 0.053 0.029 0.016 9 D 0.033 0.053 0.043 0.092 0.119 0.137 0.236 0.110 0.089 0.058 0.030 10 A 0.057 0.041 0.074 0.113 0.130 0.145 0.149 0.088 0.089 0.067 0.047 11 V 0.022 0.017 0.038 0.032 0.031 0.049 0.162 0.154 0.196 0.166 0.134 12 L 0.002 0.007 0.018 0.024 0.025 0.042 0.130 0.179 0.215 0.201 0.156 13 L 0.005 0.008 0.057 0.023 0.018 0.024 0.069 0.104 0.195 0.238 0.258 14 S 0.006 0.008 0.092 0.057 0.055 0.059 0.130 0.139 0.161 0.151 0.140 15 A 0.001 0.002 0.025 0.021 0.025 0.043 0.147 0.151 0.219 0.205 0.161 16 V 0.001 0.002 0.044 0.016 0.014 0.021 0.081 0.105 0.201 0.244 0.271 17 G 0.005 0.008 0.060 0.088 0.122 0.184 0.271 0.115 0.078 0.043 0.027 18 A 0.003 0.006 0.074 0.028 0.034 0.058 0.159 0.148 0.182 0.164 0.142 19 L 0.001 0.002 0.006 0.014 0.020 0.038 0.124 0.131 0.189 0.216 0.259 20 L 0.001 0.002 0.008 0.010 0.020 0.039 0.131 0.148 0.230 0.206 0.205 21 D 0.062 0.150 0.247 0.245 0.145 0.083 0.046 0.012 0.005 0.002 0.002 22 G 0.576 0.148 0.069 0.093 0.051 0.032 0.021 0.006 0.003 0.001 0.001 23 A 0.070 0.051 0.021 0.072 0.077 0.101 0.180 0.143 0.118 0.088 0.079 24 D 0.246 0.342 0.108 0.181 0.073 0.031 0.013 0.003 0.002 0.001 0.001 25 I 0.007 0.006 0.004 0.012 0.018 0.034 0.103 0.138 0.231 0.221 0.225 26 G 0.241 0.212 0.081 0.168 0.106 0.078 0.063 0.024 0.014 0.007 0.006 27 H 0.026 0.045 0.028 0.117 0.128 0.152 0.200 0.116 0.094 0.059 0.036 28 L 0.023 0.020 0.016 0.052 0.060 0.096 0.150 0.131 0.153 0.151 0.148 29 V 0.046 0.064 0.057 0.175 0.172 0.140 0.137 0.086 0.063 0.039 0.023 30 L 0.015 0.019 0.023 0.049 0.049 0.056 0.132 0.154 0.192 0.174 0.137 31 D 0.014 0.032 0.052 0.117 0.136 0.146 0.179 0.121 0.095 0.061 0.047 32 Q 0.089 0.081 0.102 0.188 0.168 0.125 0.123 0.058 0.036 0.020 0.011 33 N 0.141 0.119 0.093 0.187 0.139 0.108 0.101 0.048 0.034 0.020 0.010 34 M 0.035 0.028 0.026 0.044 0.044 0.062 0.138 0.143 0.194 0.166 0.120 35 S 0.094 0.128 0.087 0.164 0.124 0.110 0.114 0.067 0.050 0.034 0.029 36 I 0.033 0.053 0.049 0.086 0.086 0.097 0.151 0.133 0.126 0.102 0.084 37 L 0.046 0.031 0.028 0.054 0.059 0.067 0.125 0.133 0.171 0.145 0.141 38 E 0.098 0.099 0.055 0.155 0.147 0.121 0.115 0.074 0.062 0.041 0.033 39 G 0.125 0.071 0.049 0.097 0.091 0.094 0.125 0.102 0.102 0.082 0.062 40 S 0.087 0.080 0.054 0.117 0.112 0.110 0.141 0.097 0.087 0.065 0.050 41 L 0.024 0.022 0.016 0.034 0.030 0.044 0.103 0.117 0.171 0.206 0.233 42 G 0.058 0.064 0.039 0.098 0.098 0.109 0.145 0.109 0.107 0.087 0.085 43 V 0.044 0.052 0.027 0.069 0.064 0.077 0.141 0.123 0.140 0.132 0.131 44 I 0.018 0.019 0.013 0.040 0.049 0.056 0.110 0.133 0.181 0.185 0.195 45 P 0.077 0.081 0.046 0.157 0.150 0.126 0.134 0.081 0.068 0.043 0.035 46 R 0.052 0.052 0.039 0.137 0.148 0.146 0.169 0.106 0.078 0.048 0.026 47 R 0.009 0.017 0.014 0.065 0.088 0.134 0.207 0.164 0.139 0.100 0.064 48 V 0.006 0.008 0.010 0.024 0.031 0.050 0.136 0.157 0.205 0.212 0.163 49 L 0.006 0.010 0.012 0.030 0.045 0.069 0.180 0.180 0.194 0.164 0.110 50 V 0.002 0.007 0.007 0.021 0.034 0.047 0.120 0.156 0.217 0.211 0.179 51 H 0.049 0.204 0.095 0.218 0.181 0.108 0.086 0.033 0.016 0.007 0.003 52 E 0.457 0.161 0.084 0.163 0.076 0.031 0.020 0.005 0.002 0.001 0.001 53 D 0.771 0.114 0.042 0.046 0.017 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 54 D 0.015 0.128 0.056 0.125 0.097 0.166 0.203 0.097 0.062 0.034 0.018 55 L 0.014 0.027 0.036 0.083 0.152 0.254 0.253 0.100 0.052 0.021 0.009 56 A 0.584 0.143 0.204 0.046 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 57 G 0.008 0.037 0.102 0.320 0.241 0.160 0.096 0.024 0.009 0.003 0.001 58 A 0.001 0.001 0.005 0.002 0.003 0.007 0.047 0.093 0.217 0.299 0.325 59 R 0.003 0.004 0.090 0.182 0.243 0.277 0.148 0.035 0.013 0.004 0.001 60 R 0.001 0.015 0.584 0.201 0.112 0.056 0.021 0.006 0.003 0.001 0.001 61 L 0.001 0.002 0.009 0.010 0.021 0.058 0.223 0.195 0.195 0.162 0.124 62 L 0.001 0.001 0.010 0.005 0.006 0.011 0.083 0.147 0.250 0.276 0.210 63 T 0.004 0.030 0.365 0.193 0.181 0.108 0.069 0.026 0.012 0.007 0.005 64 D 0.020 0.067 0.321 0.175 0.145 0.119 0.090 0.033 0.019 0.009 0.004 65 A 0.075 0.029 0.029 0.038 0.048 0.077 0.210 0.155 0.158 0.118 0.064 66 G 0.521 0.166 0.078 0.089 0.047 0.034 0.032 0.013 0.010 0.006 0.004 67 L 0.011 0.013 0.013 0.022 0.028 0.050 0.118 0.140 0.194 0.214 0.197 68 A 0.122 0.253 0.122 0.182 0.121 0.084 0.063 0.025 0.015 0.008 0.005 69 H 0.188 0.094 0.097 0.114 0.106 0.099 0.116 0.069 0.058 0.037 0.023 70 E 0.218 0.172 0.101 0.174 0.117 0.070 0.067 0.032 0.022 0.015 0.012 71 L 0.031 0.027 0.028 0.059 0.072 0.092 0.163 0.143 0.153 0.135 0.097 72 R 0.080 0.101 0.089 0.179 0.153 0.130 0.129 0.062 0.040 0.023 0.014 73 S 0.230 0.174 0.207 0.145 0.084 0.058 0.051 0.023 0.016 0.009 0.005 74 D 0.508 0.155 0.069 0.104 0.059 0.038 0.033 0.014 0.010 0.007 0.003 75 D 0.596 0.169 0.043 0.068 0.038 0.025 0.023 0.012 0.011 0.008 0.005