# TARGET T0349 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0349.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.88375 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.068 0.020 0.004 0.002 0.052 0.004 0.010 0.552 0.173 0.089 0.027 2 R 0.013 0.011 0.002 0.006 0.029 0.020 0.041 0.725 0.130 0.016 0.006 3 E 0.055 0.066 0.016 0.004 0.216 0.006 0.044 0.506 0.063 0.019 0.006 4 L 0.057 0.053 0.010 0.004 0.235 0.011 0.025 0.465 0.078 0.051 0.011 5 L 0.114 0.111 0.023 0.002 0.130 0.003 0.028 0.437 0.062 0.049 0.040 6 R 0.041 0.027 0.010 0.011 0.035 0.024 0.057 0.159 0.085 0.469 0.081 7 T 0.012 0.503 0.190 0.051 0.150 0.022 0.021 0.028 0.012 0.007 0.004 8 N 0.007 0.002 0.003 0.007 0.002 0.013 0.037 0.204 0.221 0.438 0.068 9 D 0.049 0.231 0.106 0.020 0.208 0.007 0.029 0.156 0.076 0.101 0.018 10 A 0.060 0.035 0.008 0.002 0.096 0.003 0.007 0.515 0.211 0.033 0.029 11 V 0.008 0.019 0.005 0.001 0.023 0.003 0.015 0.847 0.070 0.004 0.004 12 L 0.026 0.010 0.001 0.001 0.028 0.001 0.006 0.865 0.050 0.006 0.006 13 L 0.011 0.006 0.001 0.001 0.018 0.002 0.007 0.873 0.068 0.008 0.005 14 S 0.004 0.009 0.003 0.001 0.006 0.005 0.018 0.911 0.040 0.002 0.002 15 A 0.003 0.004 0.002 0.001 0.003 0.001 0.005 0.927 0.042 0.011 0.001 16 V 0.003 0.004 0.001 0.001 0.003 0.003 0.011 0.837 0.124 0.012 0.002 17 G 0.001 0.004 0.001 0.001 0.003 0.003 0.016 0.801 0.162 0.006 0.001 18 A 0.002 0.004 0.004 0.001 0.005 0.003 0.030 0.831 0.109 0.009 0.001 19 L 0.003 0.004 0.004 0.002 0.002 0.006 0.071 0.716 0.138 0.050 0.003 20 L 0.017 0.074 0.024 0.011 0.032 0.023 0.101 0.489 0.106 0.104 0.019 21 D 0.007 0.273 0.184 0.066 0.031 0.052 0.072 0.072 0.059 0.157 0.026 22 G 0.040 0.034 0.032 0.026 0.037 0.011 0.013 0.096 0.168 0.370 0.173 23 A 0.034 0.221 0.072 0.008 0.118 0.009 0.032 0.216 0.238 0.040 0.013 24 D 0.053 0.051 0.013 0.005 0.069 0.006 0.044 0.128 0.122 0.450 0.059 25 I 0.288 0.105 0.015 0.004 0.314 0.005 0.007 0.043 0.046 0.053 0.119 26 G 0.008 0.007 0.008 0.065 0.014 0.217 0.270 0.254 0.093 0.052 0.011 27 H 0.158 0.181 0.053 0.007 0.437 0.003 0.007 0.053 0.033 0.049 0.020 28 L 0.241 0.088 0.008 0.002 0.546 0.003 0.005 0.053 0.014 0.007 0.032 29 V 0.243 0.071 0.009 0.002 0.432 0.004 0.014 0.079 0.019 0.035 0.091 30 L 0.130 0.197 0.043 0.021 0.246 0.022 0.036 0.087 0.032 0.099 0.086 31 D 0.196 0.187 0.084 0.028 0.313 0.010 0.014 0.045 0.021 0.048 0.056 32 Q 0.011 0.027 0.019 0.011 0.018 0.026 0.049 0.469 0.309 0.053 0.008 33 N 0.049 0.064 0.030 0.018 0.065 0.016 0.090 0.229 0.146 0.244 0.049 34 M 0.107 0.149 0.033 0.012 0.187 0.013 0.026 0.156 0.128 0.126 0.063 35 S 0.111 0.146 0.037 0.009 0.262 0.014 0.032 0.206 0.088 0.047 0.049 36 I 0.207 0.087 0.022 0.011 0.208 0.017 0.044 0.192 0.097 0.070 0.046 37 L 0.159 0.084 0.085 0.086 0.178 0.063 0.050 0.104 0.052 0.084 0.054 38 E 0.044 0.060 0.029 0.117 0.047 0.109 0.288 0.142 0.059 0.068 0.037 39 G 0.024 0.083 0.147 0.221 0.032 0.059 0.020 0.051 0.060 0.258 0.046 40 S 0.045 0.290 0.123 0.029 0.187 0.022 0.030 0.135 0.071 0.055 0.012 41 L 0.173 0.141 0.028 0.013 0.233 0.023 0.033 0.117 0.097 0.071 0.071 42 G 0.094 0.190 0.130 0.083 0.243 0.041 0.028 0.055 0.034 0.058 0.043 43 V 0.284 0.126 0.031 0.005 0.368 0.004 0.011 0.038 0.026 0.051 0.056 44 I 0.052 0.420 0.274 0.013 0.198 0.004 0.006 0.017 0.005 0.003 0.008 45 P 0.142 0.266 0.073 0.011 0.309 0.018 0.041 0.060 0.023 0.019 0.037 46 R 0.110 0.130 0.052 0.028 0.245 0.049 0.098 0.120 0.084 0.049 0.035 47 R 0.198 0.156 0.036 0.009 0.471 0.009 0.011 0.027 0.020 0.024 0.040 48 V 0.136 0.192 0.012 0.001 0.611 0.002 0.005 0.010 0.005 0.006 0.019 49 L 0.303 0.121 0.018 0.001 0.449 0.001 0.002 0.004 0.002 0.021 0.079 50 V 0.094 0.381 0.101 0.010 0.331 0.006 0.015 0.013 0.005 0.012 0.032 51 H 0.024 0.511 0.331 0.010 0.096 0.002 0.002 0.008 0.004 0.007 0.006 52 E 0.005 0.015 0.008 0.003 0.012 0.005 0.012 0.496 0.411 0.025 0.007 53 D 0.003 0.015 0.006 0.002 0.008 0.006 0.029 0.615 0.248 0.061 0.007 54 D 0.012 0.022 0.007 0.001 0.012 0.001 0.011 0.432 0.168 0.322 0.011 55 L 0.005 0.012 0.004 0.001 0.010 0.001 0.002 0.792 0.131 0.040 0.004 56 A 0.001 0.013 0.008 0.002 0.003 0.013 0.022 0.853 0.076 0.008 0.001 57 G 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.900 0.045 0.044 0.002 58 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.936 0.053 0.008 0.001 59 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.963 0.033 0.001 0.001 60 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.974 0.017 0.002 0.001 61 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.978 0.014 0.002 0.001 62 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.953 0.037 0.005 0.001 63 T 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.861 0.112 0.005 0.001 64 D 0.001 0.005 0.003 0.001 0.003 0.003 0.047 0.853 0.067 0.016 0.001 65 A 0.002 0.723 0.218 0.002 0.040 0.001 0.002 0.007 0.002 0.001 0.001 66 G 0.105 0.005 0.005 0.006 0.011 0.005 0.008 0.032 0.016 0.359 0.448 67 L 0.088 0.344 0.078 0.012 0.210 0.011 0.015 0.103 0.051 0.058 0.030 68 A 0.083 0.116 0.048 0.029 0.169 0.029 0.037 0.238 0.126 0.073 0.052 69 H 0.074 0.154 0.041 0.012 0.174 0.013 0.033 0.252 0.182 0.046 0.019 70 E 0.110 0.089 0.036 0.006 0.193 0.013 0.047 0.281 0.095 0.085 0.045 71 L 0.106 0.124 0.029 0.009 0.164 0.012 0.036 0.229 0.087 0.151 0.052 72 R 0.081 0.123 0.076 0.036 0.132 0.033 0.047 0.170 0.086 0.159 0.056 73 S 0.045 0.163 0.101 0.038 0.112 0.021 0.035 0.183 0.130 0.144 0.029 74 D 0.035 0.071 0.047 0.016 0.060 0.015 0.037 0.294 0.222 0.171 0.032 75 D 0.062 0.122 0.050 0.014 0.116 0.013 0.054 0.271 0.143 0.121 0.034