# TARGET T0348 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-strand_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 22 (1 strand_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0348.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16.241 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.017 0.167 0.259 0.127 0.005 0.081 0.121 0.161 0.002 0.001 0.002 0.005 0.002 0.007 0.001 0.006 0.002 0.001 0.010 0.006 0.012 0.005 2 D 0.012 0.146 0.092 0.169 0.010 0.268 0.022 0.258 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.004 0.001 0.004 0.002 3 A 0.002 0.003 0.103 0.006 0.001 0.682 0.005 0.196 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 4 K 0.001 0.001 0.008 0.002 0.001 0.007 0.022 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 5 F 0.001 0.003 0.014 0.006 0.001 0.032 0.022 0.919 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 6 L 0.001 0.005 0.066 0.005 0.001 0.009 0.039 0.868 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 E 0.002 0.003 0.079 0.005 0.001 0.003 0.085 0.799 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.005 0.001 0.003 0.002 0.005 0.001 8 I 0.007 0.007 0.176 0.008 0.001 0.008 0.111 0.618 0.004 0.001 0.002 0.001 0.002 0.006 0.001 0.005 0.009 0.001 0.005 0.003 0.007 0.019 9 L 0.029 0.031 0.381 0.011 0.002 0.010 0.112 0.198 0.009 0.006 0.009 0.024 0.007 0.015 0.002 0.028 0.021 0.011 0.020 0.022 0.044 0.009 10 V 0.064 0.060 0.429 0.039 0.003 0.015 0.090 0.057 0.012 0.007 0.010 0.009 0.006 0.018 0.013 0.021 0.013 0.010 0.022 0.008 0.017 0.076 11 C 0.022 0.212 0.206 0.145 0.016 0.029 0.021 0.041 0.017 0.011 0.018 0.026 0.012 0.031 0.004 0.038 0.015 0.043 0.033 0.021 0.030 0.008 12 P 0.012 0.062 0.203 0.524 0.020 0.022 0.027 0.026 0.008 0.003 0.005 0.004 0.007 0.007 0.007 0.007 0.006 0.012 0.003 0.002 0.005 0.027 13 L 0.042 0.113 0.289 0.088 0.014 0.014 0.210 0.037 0.014 0.007 0.009 0.017 0.007 0.014 0.004 0.019 0.017 0.028 0.005 0.012 0.024 0.015 14 C 0.051 0.261 0.142 0.161 0.012 0.014 0.196 0.011 0.007 0.004 0.005 0.006 0.005 0.005 0.007 0.020 0.014 0.023 0.012 0.006 0.018 0.021 15 K 0.025 0.248 0.243 0.185 0.022 0.030 0.076 0.003 0.007 0.006 0.007 0.007 0.005 0.008 0.004 0.030 0.025 0.006 0.015 0.009 0.023 0.018 16 G 0.008 0.136 0.042 0.615 0.042 0.008 0.020 0.003 0.006 0.005 0.006 0.004 0.004 0.005 0.003 0.012 0.027 0.005 0.030 0.003 0.010 0.004 17 P 0.033 0.081 0.067 0.426 0.028 0.017 0.049 0.010 0.011 0.006 0.011 0.009 0.014 0.008 0.029 0.016 0.109 0.002 0.010 0.005 0.011 0.048 18 L 0.009 0.306 0.036 0.084 0.002 0.007 0.056 0.007 0.013 0.018 0.022 0.028 0.018 0.017 0.045 0.062 0.047 0.014 0.040 0.044 0.065 0.060 19 V 0.013 0.168 0.032 0.083 0.006 0.008 0.020 0.007 0.013 0.014 0.058 0.039 0.030 0.021 0.040 0.071 0.096 0.062 0.037 0.038 0.057 0.088 20 F 0.007 0.180 0.053 0.100 0.005 0.007 0.021 0.003 0.020 0.018 0.023 0.064 0.019 0.024 0.042 0.076 0.016 0.030 0.020 0.041 0.079 0.153 21 D 0.005 0.259 0.019 0.132 0.021 0.008 0.011 0.004 0.008 0.008 0.009 0.017 0.013 0.007 0.016 0.024 0.007 0.363 0.005 0.017 0.029 0.018 22 K 0.009 0.041 0.498 0.083 0.014 0.126 0.012 0.008 0.008 0.003 0.005 0.014 0.008 0.008 0.003 0.025 0.011 0.006 0.003 0.050 0.022 0.041 23 S 0.014 0.273 0.103 0.182 0.018 0.014 0.132 0.079 0.003 0.004 0.005 0.011 0.005 0.004 0.004 0.013 0.012 0.063 0.004 0.025 0.024 0.010 24 K 0.033 0.045 0.316 0.093 0.009 0.350 0.047 0.035 0.002 0.001 0.003 0.004 0.003 0.003 0.001 0.008 0.008 0.002 0.005 0.011 0.013 0.009 25 D 0.065 0.069 0.129 0.040 0.014 0.033 0.374 0.170 0.003 0.002 0.005 0.004 0.002 0.005 0.002 0.013 0.020 0.004 0.014 0.009 0.016 0.010 26 E 0.023 0.109 0.096 0.078 0.004 0.051 0.130 0.165 0.007 0.001 0.004 0.008 0.006 0.006 0.005 0.023 0.023 0.005 0.189 0.014 0.019 0.035 27 L 0.026 0.197 0.107 0.066 0.004 0.027 0.111 0.128 0.008 0.004 0.010 0.009 0.009 0.010 0.009 0.034 0.032 0.023 0.036 0.013 0.029 0.109 28 I 0.016 0.146 0.131 0.073 0.004 0.019 0.044 0.047 0.008 0.003 0.006 0.018 0.008 0.015 0.007 0.039 0.022 0.020 0.226 0.031 0.040 0.079 29 C 0.016 0.236 0.088 0.174 0.023 0.023 0.047 0.039 0.006 0.007 0.007 0.013 0.007 0.007 0.006 0.027 0.014 0.092 0.049 0.024 0.046 0.049 30 K 0.027 0.083 0.329 0.142 0.027 0.113 0.047 0.043 0.006 0.003 0.003 0.011 0.007 0.008 0.004 0.020 0.011 0.014 0.016 0.034 0.021 0.031 31 G 0.035 0.104 0.239 0.121 0.023 0.039 0.204 0.107 0.004 0.002 0.004 0.007 0.005 0.006 0.003 0.012 0.005 0.014 0.009 0.027 0.019 0.013 32 D 0.031 0.093 0.197 0.161 0.009 0.075 0.205 0.097 0.004 0.002 0.004 0.007 0.005 0.006 0.002 0.015 0.010 0.002 0.012 0.022 0.027 0.012 33 R 0.094 0.081 0.192 0.037 0.015 0.046 0.279 0.119 0.005 0.002 0.004 0.007 0.005 0.009 0.003 0.014 0.009 0.003 0.022 0.014 0.023 0.017 34 L 0.023 0.132 0.182 0.072 0.005 0.040 0.114 0.124 0.008 0.004 0.006 0.010 0.009 0.017 0.006 0.032 0.020 0.002 0.139 0.012 0.027 0.016 35 A 0.028 0.128 0.176 0.071 0.013 0.055 0.182 0.064 0.009 0.007 0.006 0.024 0.013 0.019 0.010 0.024 0.017 0.002 0.050 0.013 0.031 0.058 36 F 0.009 0.198 0.059 0.096 0.005 0.054 0.014 0.075 0.011 0.006 0.007 0.010 0.006 0.011 0.004 0.036 0.022 0.095 0.205 0.029 0.032 0.017 37 P 0.007 0.051 0.058 0.418 0.010 0.027 0.019 0.210 0.006 0.002 0.002 0.006 0.015 0.008 0.005 0.008 0.007 0.024 0.009 0.011 0.008 0.090 38 I 0.005 0.057 0.126 0.032 0.003 0.085 0.068 0.329 0.007 0.003 0.006 0.012 0.006 0.013 0.004 0.019 0.029 0.043 0.004 0.042 0.050 0.058 39 K 0.002 0.022 0.508 0.009 0.002 0.004 0.157 0.188 0.002 0.001 0.001 0.021 0.003 0.002 0.001 0.008 0.001 0.036 0.001 0.014 0.014 0.004 40 D 0.017 0.003 0.044 0.008 0.001 0.001 0.908 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 41 G 0.731 0.006 0.006 0.001 0.062 0.002 0.176 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.003 0.001 42 I 0.001 0.156 0.006 0.180 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.635 0.001 0.002 0.001 43 P 0.006 0.067 0.116 0.315 0.033 0.012 0.011 0.010 0.014 0.012 0.010 0.066 0.119 0.042 0.004 0.023 0.020 0.001 0.004 0.008 0.022 0.085 44 M 0.004 0.171 0.036 0.056 0.001 0.019 0.066 0.015 0.030 0.036 0.053 0.032 0.023 0.072 0.085 0.032 0.012 0.006 0.199 0.005 0.032 0.013 45 M 0.004 0.091 0.044 0.038 0.003 0.020 0.023 0.018 0.066 0.051 0.048 0.178 0.147 0.076 0.012 0.047 0.025 0.008 0.034 0.010 0.037 0.020 46 L 0.004 0.133 0.051 0.068 0.003 0.024 0.018 0.024 0.062 0.038 0.079 0.068 0.060 0.065 0.139 0.044 0.023 0.012 0.004 0.030 0.022 0.028 47 E 0.014 0.054 0.082 0.093 0.020 0.104 0.019 0.069 0.054 0.039 0.036 0.091 0.128 0.068 0.029 0.033 0.014 0.007 0.003 0.007 0.023 0.013 48 S 0.012 0.062 0.171 0.090 0.014 0.074 0.095 0.261 0.015 0.012 0.022 0.025 0.024 0.022 0.008 0.023 0.017 0.005 0.003 0.011 0.022 0.013 49 E 0.019 0.096 0.134 0.051 0.005 0.044 0.196 0.321 0.008 0.006 0.005 0.009 0.013 0.010 0.003 0.019 0.016 0.003 0.006 0.007 0.012 0.016 50 A 0.021 0.097 0.182 0.055 0.002 0.061 0.133 0.315 0.003 0.003 0.005 0.004 0.005 0.006 0.004 0.012 0.046 0.004 0.007 0.005 0.018 0.014 51 R 0.016 0.046 0.299 0.025 0.005 0.031 0.185 0.286 0.003 0.001 0.002 0.007 0.004 0.004 0.001 0.014 0.007 0.005 0.015 0.010 0.021 0.014 52 E 0.012 0.060 0.182 0.031 0.003 0.016 0.400 0.213 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.003 0.002 0.010 0.006 0.016 0.011 0.005 0.006 0.016 53 L 0.020 0.210 0.273 0.121 0.003 0.031 0.203 0.031 0.003 0.002 0.002 0.007 0.002 0.006 0.002 0.010 0.008 0.003 0.014 0.013 0.016 0.023 54 A 0.007 0.464 0.041 0.401 0.010 0.014 0.005 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.021 0.007 0.002 0.004 0.002 55 P 0.007 0.015 0.483 0.110 0.011 0.327 0.006 0.023 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 56 E 0.007 0.041 0.094 0.036 0.002 0.040 0.503 0.257 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 57 E 0.022 0.098 0.090 0.138 0.002 0.128 0.105 0.365 0.003 0.001 0.001 0.004 0.003 0.002 0.001 0.005 0.012 0.002 0.008 0.002 0.003 0.005 58 E 0.021 0.134 0.107 0.117 0.002 0.051 0.087 0.363 0.003 0.001 0.004 0.004 0.004 0.004 0.005 0.008 0.015 0.006 0.010 0.004 0.007 0.043 59 V 0.011 0.191 0.103 0.143 0.002 0.029 0.060 0.209 0.006 0.002 0.004 0.007 0.005 0.007 0.004 0.016 0.033 0.018 0.070 0.012 0.026 0.041 60 K 0.025 0.150 0.102 0.180 0.008 0.028 0.050 0.185 0.006 0.002 0.003 0.005 0.004 0.005 0.005 0.017 0.029 0.019 0.045 0.010 0.022 0.100 61 L 0.017 0.129 0.185 0.134 0.005 0.062 0.046 0.162 0.005 0.003 0.005 0.007 0.005 0.005 0.006 0.018 0.027 0.030 0.036 0.023 0.030 0.060 62 E 0.023 0.065 0.237 0.103 0.008 0.029 0.109 0.207 0.005 0.001 0.004 0.011 0.007 0.005 0.003 0.020 0.026 0.014 0.014 0.036 0.022 0.051 63 H 0.041 0.100 0.151 0.072 0.007 0.029 0.183 0.133 0.004 0.002 0.005 0.007 0.004 0.005 0.004 0.023 0.023 0.020 0.018 0.069 0.042 0.058 64 H 0.047 0.124 0.200 0.084 0.009 0.037 0.109 0.093 0.005 0.003 0.006 0.010 0.006 0.009 0.004 0.030 0.029 0.013 0.035 0.050 0.050 0.047 65 H 0.038 0.127 0.193 0.091 0.011 0.028 0.099 0.081 0.006 0.003 0.007 0.011 0.007 0.009 0.006 0.030 0.021 0.016 0.050 0.053 0.047 0.066 66 H 0.037 0.149 0.198 0.091 0.010 0.030 0.110 0.067 0.008 0.004 0.008 0.014 0.009 0.011 0.006 0.038 0.022 0.018 0.049 0.032 0.042 0.049 67 H 0.041 0.167 0.193 0.110 0.012 0.031 0.130 0.038 0.007 0.004 0.007 0.016 0.008 0.013 0.007 0.030 0.015 0.009 0.049 0.027 0.037 0.048 68 H 0.027 0.246 0.139 0.156 0.020 0.044 0.060 0.034 0.008 0.005 0.008 0.016 0.009 0.012 0.005 0.031 0.017 0.016 0.050 0.031 0.041 0.025